Validated High Resolution Mass Spectrometry-Based Approach for Metabolomic Fingerprinting of the Human Gut Phenotype

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 21, 2015, Pages 10927-10934

  Vanden Bussche, Julie ^a   Marzorati, Massimo ^a   Laukens, Debby ^a   Vanhaecke, Lynn ^a  

^a GHENT UNIVERSITY   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISEASES; DRUG PRODUCTS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METABOLITES; PATIENT MONITORING;

COEFFICIENTS OF VARIATIONS; ENDOGENOUS METABOLITES; GASTROINTESTINAL TRACT; HIGH RESOLUTION MASS SPECTROMETRY; INFLAMMATORY BOWEL DISEASE; METABOLIC FINGERPRINTING; PARTIAL LEAST SQUARE ANALYSIS; ULTRA-HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHIES;

QUALITY CONTROL;

FECES; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; INTESTINE; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; METABOLOMICS; MICROBIOLOGY; PROCEDURES; VALIDATION STUDY;

CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; FECES; HUMANS; INTESTINES; MASS SPECTROMETRY; METABOLOMICS;

EID: 84946434549     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b02688     Document Type: Article

References (40)

1. Idle, J. R.; Gonzalez, F. J. Cell Metab. 2007, 6, 348-351 10.1016/j.cmet.2007.10.005
2. Gao, X. F.; Pujos-Guillot, E.; Sebedio, J. L. Anal. Chem. 2010, 82, 6447-6456 10.1021/ac1006552
3. Naz, S.; Vallejo, M.; Garcia, A.; Barbas, C. J. Chromatogr. A. 2014, 1353, 99-105 10.1016/j.chroma.2014.04.071
4. Martin, F. P.; Collino, S.; Rezzi, S.; Kochhar, S. Front. Physiol. 2012, 3, 113 10.3389/fphys.2012.00113
5. Zheng, X.; Xie, G.; Zhao, A.; Zhao, L.; Yao, C.; Chiu, N. H.; Zhou, Z.; Bao, Y.; Jia, W.; Nicholson, J. K.; Jia, W. J. Proteome Res. 2011, 10, 5512-5522 10.1021/pr2007945
6. Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Kinross, J. M.; Darzi, A. W.; Takats, Z.; Lindon, J. C. Nature 2012, 491, 384-392 10.1038/nature11708
7. Lin, H.-M.; Helsby, N. A.; Rowan, D. D.; Ferguson, L. R. Inflamm.Bowel Dis. 2011, 17, 1021-1029 10.1002/ibd.21426
8. Roux, A.; Lison, D.; Junot, C.; Heilier, J. F. Clin. Biochem. 2011, 44, 119-135 10.1016/j.clinbiochem.2010.08.016
9. Wikoff, W. R.; Anfora, A. T.; Liu, J.; Schultz, P. G.; Lesley, S. A.; Peters, E. C.; Siuzdak, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 3698-3703 10.1073/pnas.0812874106
10. Bouatra, S.; Aziat, F.; Mandal, R.; Guo, A. C.; Wilson, M. R.; Knox, C.; Bjorndahl, T. C.; Krishnamurthy, R.; Saleem, F.; Liu, P.; Dame, Z. T.; Poelzer, J.; Huynh, J.; Yallou, F. S.; Psychogios, N.; Dong, E.; Bogumil, R.; Roehring, C.; Wishart, D. S. PLoS One 2013, 8, e73076 10.1371/journal.pone.0073076
11. Li, M.; Song, Y.; Cho, N.; Chang, J. M.; Koo, H. R.; Yi, A.; Kim, H.; Park, S.; Moon, W. K. PLoS One 2011, 6, e25563 10.1371/journal.pone.0025563
12. Martin, F.-P. J.; Sprenger, N.; Montoliu, I.; Rezzi, S.; Kochhar, S.; Nicholson, J. K. J. Proteome Res. 2010, 9, 5284-5295 10.1021/pr100554m
13. Marcobal, A.; Kashyap, P. C.; Nelson, T. A.; Aronov, P. A.; Donia, M. S.; Spormann, A.; Fischbach, M. A.; Sonnenburg, J. L. ISME J. 2013, 7, 1933-1943 10.1038/ismej.2013.89
14. Xu, W.; Chen, D.; Wang, N.; Zhang, T.; Zhou, R.; Huan, T.; Lu, Y.; Su, X.; Xie, Q.; Li, L.; Li, L. Anal. Chem. 2015, 87, 829-836 10.1021/ac503619q
15. Hong, Y. S.; Ahn, Y. T.; Park, J. C.; Lee, J. H.; Lee, H.; Huh, C. S.; Kim, D. H.; Ryu, D. H.; Hwang, G. S. Arch. Pharmacal Res. 2010, 33, 1091-1101 10.1007/s12272-010-0716-1
16. Weir, T. L.; Manter, D. K.; Sheflin, A. M.; Barnett, B. A.; Heuberger, A. L.; Ryan, E. P. PLoS One 2013, 8, e70803 10.1371/journal.pone.0070803
17. Goedert, J. J.; Sampson, J. N.; Moore, S. C.; Xiao, Q.; Xiong, J.; Hayes, R. B.; Ahn, J.; Shi, J.; Sinha, R. Carcinogenesis 2014, 35, 2089-2096 10.1093/carcin/bgu131
18. Bjerrum, J. T.; Wang, Y.; Hao, F.; Coskun, M.; Ludwig, C.; Günther, U.; Nielsen, O. H. Metabolomics 2015, 11, 122-133 10.1007/s11306-014-0677-3
19. Ponnusamy, K.; Choi, J. N.; Kim, J.; Lee, S. Y.; Lee, D. H. J. Med. Microbiol. 2011, 60, 817-827 10.1099/jmm.0.028126-0
20. Cummings, J. H.; Macfarlane, G. T. J. Appl. Bacteriol. 1991, 70, 443-459 10.1111/j.1365-2672.1991.tb02739.x
21. Chow, J.; Panasevich, M. R.; Alexander, D.; Vester Boler, B. M.; Rossoni Serao, M. C.; Faber, T. A.; Bauer, L. L.; Fahey, G. C. J. Proteome Res. 2014, 13, 2534-2542 10.1021/pr500011w
22. Worametrachanon, S.; Apichartsrangkoon, A.; Chaikham, P.; Van den Abbeele, P.; Van de Wiele, T.; Wirjantoro, T. I. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2014, 98, 5241-5250 10.1007/s00253-014-5624-8
23. Deventer, K.; Pozo, O. J.; Verstraete, A. G.; Van Eenoo, P. TrAC, Trends Anal. Chem. 2014, 55, 1-13 10.1016/j.trac.2013.10.012
24. Kamleh, M. A.; Ebbels, T. M. D.; Spagou, K.; Masson, P.; Want, E. J. Anal. Chem. 2012, 84, 2670 10.1021/ac202733q
25. Den Besten, G.; van Eunen, K.; Groen, A. K.; Venema, K.; Reijngoud, D. J.; Bakker, B. M. J. Lipid Res. 2013, 54, 2325-2340 10.1194/jlr.R036012
26. Boesjes, M.; Brufau, G. Curr. Med. Chem. 2014, 21, 2822-2829 10.2174/0929867321666140303142053
27. Kusano, T.; Suzuki, H. Polyamines: A universal molecular nexus for growth, survival, and specialized metabolism; Springer: Tokyo, 2015; p 260.
28. Heimerl, S.; Moehle, C.; Zahn, A.; Boettcher, A.; Stremmel, W.; Langmann, T.; Schmitz, G. Biochim. Biophys. Acta, Mol. Basis Dis. 2006, 1762, 341-350 10.1016/j.bbadis.2005.12.006
29. Blaut, M.; Clavel, T. J. Nutr. 2007, 137, 751S-755S
30. Chan, S. S.; Luben, R.; van Schaik, F.; Oldenburg, B.; Bueno-de-Mesquita, H. B.; Hallmans, G.; Karling, P.; Lindgren, S.; Grip, O.; Key, T.; Crowe, F. L.; Bergmann, M. M.; Overvad, K.; Palli, D.; Masala, G.; Khaw, K. T.; Racine, A.; Carbonnel, F.; Boutron-Ruault, M. C.; Olsen, A.; Tjonneland, A.; Kaaks, R.; Tumino, R.; Trichopoulou, A.; Hart, A. R. Inflammatory Bowel Dis. 2014, 20, 2013-2021 10.1097/MIB.0000000000000168
31. Le Gall, G.; Noor, S. O.; Ridgway, K.; Scovell, L.; Jamieson, C.; Johnson, I. T.; Colquhoun, I. J.; Kemsley, E. K.; Narbad, A. J. Proteome Res. 2011, 10, 4208-4218 10.1021/pr2003598
32. Marchesi, J. R.; Holmes, H.; Khan, F.; Kochhar, S.; Scanlan, P.; Shanahan, F.; Wilson, I. D.; Wang, Y. J. Proteome Res. 2007, 6, 546-551 10.1021/pr060470d
33. Jansson, J.; Willing, B.; Lucio, M.; Fekete, A.; Dicksved, J.; Halfvarson, J.; Tysk, C.; Schmitt-Kopplin, P. PLoS One 2009, 4, e6386 10.1371/journal.pone.0006386
34. Huang, H. J.; Zhang, A. Y.; Cao, H. C.; Lu, H. F.; Wang, B. H.; Xie, Q.; Xu, W.; Li, L. J. Dig. Liver Dis. 2013, 45, 677-682 10.1016/j.dld.2013.01.001
35. Boatto, G.; Nieddu, M.; Carta, A.; Pau, A.; Lorenzoni, S.; Manconi, P.; Serra, D. Forensic Sci. Int. 2004, 139, 191-194 10.1016/j.forsciint.2003.10.023
36. Llompart-Vizoso, M. P.; Lorenzo-Ferreira, R. A.; Cela-Torrijos, R. J. High Resolut. Chromatogr. 1996, 19, 207-212 10.1002/jhrc.1240190406
37. FDA. Guidance for industry, bioanalytical method validation; Food and Drug administration, CDER: Rockville, MD, 2001.
38. Van den Berg, R. A.; Hoefsloot, H. C. J.; Westerhuis, J. A.; Smilde, A. K.; Van Der Werf, M. J. BMC Genomics 2006, 7, 142-156 10.1186/1471-2164-7-142
39. Triba, M. N.; Le Moyec, L.; Amathieu, R.; Goossens, R.; Bouchemal, N.; Nahon, P.; Rutledge, D. N.; Savarin, P. Mol. BioSyst. 2015, 11, 13-19 10.1039/C4MB00414K
40. Antunes, L. C. M.; Han, J.; Ferreira, R. B. R.; Lolic, P.; Borchers, C. H.; Finlay, B. B. Antimicrob. Agents Chemother. 2011, 55, 1494-1503 10.1128/AAC.01664-10