Vibrational mode assignment of finite temperature infrared spectra using the AMOEBA polarizable force field

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 17, Issue 39, 2015, Pages 25968-25977

  Thaunay, Florian ^a   Dognon, Jean Pierre ^b   Ohanessian, Gilles ^a   Clavaguéra, Carine ^a  

^a LABORATOIRE HÉTÉROÉLÉMENTS ET COORDINATION   (France)

^b CNRS UMR 3299   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DIPEPTIDE; PHENYLALANYLALANINE;

CHEMISTRY; CONFORMATION; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; MOLECULAR DYNAMICS; PROCEDURES; TEMPERATURE;

DIPEPTIDES; MOLECULAR CONFORMATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; TEMPERATURE;

EID: 84942743354     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5cp02270c     Document Type: Article

References (72)

1. E. Garand M. Z. Kamrath P. A. Jordan A. B. Wolk C. M. Leavitt A. B. McCoy S. J. Miller M. A. Johnson Science 2012 335 694 698
2. E. Gloaguen and M. Mons, Topics in Current Chemistry, Springer, Berlin Heidelberg, 2015, pp. 1-46
3. Y. M. E. Fung T. Besson J. Lemaire P. Matre R. A. Zubarev Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 8340 8342
4. P. Kupser K. Pagel J. Oomens N. Polfer B. Koksch G. Meijer G. v. Helden J. Am. Chem. Soc. 2010 132 2085 2093
5. O. Balaj D. Semrouni V. Steinmetz E. Nicol C. Clavaguéra G. Ohanessian Chem. - Eur. J. 2012 18 4583 4592
6. R. B. Gerber, G. M. Chaban, B. Brauer and Y. Miller, First-principles calculations of anharmonic vibrational spectroscopy of large molecules, Elsevier, Amsterdam, 2005, ch. 9, pp. 165-194
7. V. Barone J. Chem. Phys. 2005 122 014108
8. P. Carbonniere T. Lucca C. Pouchan N. Rega V. Barone J. Comput. Chem. 2005 26 384 388
9. D. M. Benoit Front. Biosci. 2009 14 4229 4241
10. H.-B. Xie L. Jin S. Rudić J. P. Simons R. B. Gerber J. Phys. Chem. B 2012 116 4851 4859
11. N. Rega G. Brancato A. Petrone P. Caruso V. Barone J. Chem. Phys. 2011 134 074504
12. N. Rega Theor. Chem. Acc. 2006 116 347 354
13. M. Martinez M.-P. Gaigeot D. Borgis R. Vuilleumier J. Chem. Phys. 2006 125 144106
14. P. Carbonniere A. Dargelos I. Ciofini C. Adamo C. Pouchan Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 4375 4384
15. Q. Wan L. Spanu G. A. Galli F. Gygi J. Chem. Theory Comput. 2013 9 4124 4130
16. M.-P. Gaigeot R. Vuilleumier M. Sprik D. Borgis J. Chem. Theory Comput. 2005 1 772 789
17. M.-P. Gaigeot Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 3336 3359
18. F. Ingrosso G. Monard M. Hamdi Farag A. Bastida M. F. Ruiz-López J. Chem. Theory Comput. 2011 7 1840 1849
19. M. Rossi V. Blum P. Kupser G. von Helden F. Bierau K. Pagel G. Meijer M. Scheffler J. Phys. Chem. Lett. 2010 1 3465 3470
20. P. Carbonnière S. Thicoipe T. Very X. Assfeld Int. J. Quantum Chem. 2012 112 2221 2230
21. M. Thomas M. Brehm R. Fligg P. Vohringer B. Kirchner Phys. Chem. Chem. Phys. 2013 15 6608 6622
22. D. C. Marinica G. Grégoire C. Desfrançois J. P. Schermann D. Borgis M.-P. Gaigeot J. Phys. Chem. A 2006 110 8802 8810
23. P. Ren J. W. Ponder J. Phys. Chem. B 2003 107 5933 5947
24. A. Grossfield P. Ren J. W. Ponder J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15671 15682
25. J. W. Ponder C. Wu P. Ren V. S. Pande J. D. Chodera M. J. Schnieders I. Haque D. L. Mobley D. S. Lambrecht R. A. DiStasio M. Head-Gordon G. N. I. Clark M. E. Johnson T. Head-Gordon J. Phys. Chem. B 2010 114 2549 2564
26. D. Semrouni A. Sharma J.-P. Dognon G. Ohanessian C. Clavaguéra J. Chem. Theory Comput. 2014 10 3190 3199
27. R. A. Wheeler H. Dong S. E. Boesch ChemPhysChem 2003 4 382 384
28. R. A. Wheeler H. Dong ChemPhysChem 2003 4 1227 1230
29. B. R. Brooks D. Janeži M. Karplus J. Comput. Chem. 1995 16 1522 1542
30. R. M. Levy O. De la Luz Rojas R. A. Friesner J. Phys. Chem. 1984 88 4233 4238
31. R. M. Stratt Acc. Chem. Res. 1995 28 201 207
32. M. Buchner B. M. Ladanyi R. M. Stratt J. Chem. Phys. 1992 97 8522 8535
33. M. Cho G. R. Fleming S. Saito I. Ohmine R. M. Stratt J. Chem. Phys. 1994 100 6672 6683
34. R. E. Larsen R. M. Stratt J. Chem. Phys. 1999 110 1036 1052
35. M. Nonella G. Mathias M. Eichinger P. Tavan J. Phys. Chem. B 2003 107 316 322
36. L. Pejov D. Spångberg K. Hermansson J. Phys. Chem. A 2005 109 5144 5152
37. A. Bastida M. A. Soler J. Zúñiga A. Requena A. Kalstein S. Fernández-Alberti J. Phys. Chem. A 2010 114 11450 11461
38. J. Kohanoff Comput. Mater. Sci. 1994 2 221 232
39. G. Onida W. Andreoni J. Kohanoff M. Parrinello Chem. Phys. Lett. 1994 219 1 7
40. M. C. González Lebrero L. L. Perissinotti D. A. Estrin J. Phys. Chem. A 2005 109 9598 9604
41. J. M. Bowman X. Zhang A. Brown J. Chem. Phys. 2003 119 646 650
42. M. Kaledin A. Brown A. L. Kaledin J. M. Bowman J. Chem. Phys. 2004 121 5646 5653
43. A. Brown, M. Kaledin, J. Bowman and A. Kaledin, Driven Molecular Dynamics for Normal Modes of Biomolecules without the Hessian, and Beyond, Chapman and Hall/CRC, 2005, pp. 281-300
44. M. Kaledin A. L. Kaledin J. M. Bowman J. Phys. Chem. A 2006 110 2933 2939
45. P. Dauber-Osguthorpe D. J. Osguthorpe J. Am. Chem. Soc. 1990 112 7921 7935
46. P. Dauber-Osguthorpe D. J. Osguthorpe Biochemistry 1990 29 8223 8228
47. S. C. Phillips M. T. Swain A. P. Wiley J. W. Essex C. M. Edge J. Phys. Chem. B 2003 107 2098 2110
48. J. Sun G. Niehues H. Forbert D. Decka G. Schwaab D. Marx M. Havenith J. Am. Chem. Soc. 2014 136 5031 5038
49. M. Schmitz P. Tavan J. Chem. Phys. 2004 121 12233 12246
50. M. Schmitz P. Tavan J. Chem. Phys. 2004 121 12247 12258
51. F. Calvo P. Parneix N.-T. Van-Oanh J. Chem. Phys. 2010 133 074303
52. M. Kaledin D. T. Adedeji J. Phys. Chem. A 2015 119 1875 1884
53. H. H. Mantsch D. Naumann J. Mol. Struct. 2010 964 1 4
54. M. Kaledin A. L. Kaledin J. M. Bowman J. Ding K. D. Jordan J. Phys. Chem. A 2009 113 7671 7677
55. M. Kaledin C. A. Wood J. Chem. Theory Comput. 2010 6 2525 2535
56. J. W. Ponder, TINKER-Software Tools for Molecular Design (version 6), http://dasher.wustl.edu/tinker, 2014
57. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787 1799
58. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
59. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Phys. 2006 125 194101
60. K. Joshi D. Semrouni G. Ohanessian C. Clavaguéra J. Phys. Chem. B 2012 116 483 490
61. J. K. Martens I. Compagnon E. Nicol T. B. McMahon C. Clavaguéra G. Ohanessian J. Phys. Chem. Lett. 2012 3 3320 3324
62. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Fox, Gaussian 09 Revision D.01, Gaussian In.c, Wallingford CT, 2009
63. T. D. Rasmussen P. Ren J. W. Ponder F. Jensen Int. J. Quantum Chem. 2007 107 1390 1395
64. D. Semrouni G. Ohanessian C. Clavaguera Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 3450 3462
65. P. Y. Ren J. W. Ponder J. Comput. Chem. 2002 23 1497 1506
66. T. A. Halgren J. Am. Chem. Soc. 1992 114 7827 7843
67. N. L. Allinger Y. H. Yuh J. H. Lii J. Am. Chem. Soc. 1989 111 8551 8566
68. A. J. Stone Chem. Phys. Lett. 1981 83 233 239
69. A. J. Stone M. Alderton Mol. Phys. 1985 56 1047 1064
70. W. Chin F. Piuzzi J.-P. Dognon I. Dimicoli M. Mons J. Chem. Phys. 2005 123 084301
71. W. Chin J.-P. Dognon C. Canuel F. Piuzzi I. Dimicoli M. Mons I. Compagnon G. von Helden G. Meijer J. Chem. Phys. 2005 122 054317
72. S. Jaeqx J. Oomens A. Cimas M.-P. Gaigeot A. M. Rijs Angew. Chem., Int. Ed. 2014 53 3663 3666