Ab initio studies of structural and vibrational properties of protonated water cluster H7O3+ and its deuterium isotopologues: An application of driven molecular dynamics

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 8, 2010, Pages 2525-2535

  Kaledin, Martina ^a   Wood, Christopher A ^a  

^a KENNESAW STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77955582459     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100122s     Document Type: Article

References (45)

1. Marx, D.; Tuckerman, M. E.; Hutter, J.; Parrinello, M. Nature 1999, 397, 601-604.
2. Marx, D.; Tuckerman, M. E.; Parrinello, M. J. Phys.: Condens. Matter 2000, 12, A153-A159.
3. Paesani, F.; Zhang, W.; Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 184507.
4. Iyengar, S. S.; Petersen, M. K.; Day, T. J. F.; Burnham, C. J.; Teige, V. E.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 123 084309.
5. Zundel, G. In The Hydrogen Bond: Recent Developments in Theory and Experiment; Schuster, P.; Zundel, G.; Sandorfy, C., Eds.; North Holland: Amsterdam, 1976; Vol. 2, p 683.
6. Giguere, P. A.; Turrell, S. Can. J. Chem. 1976, 54, 3477-3482.
7. Librovich, N. B.; Sakun, V. P.; Sokolov, N. D. Chem. Phys. 1979, 39, 351-366.
8. Atkins, P. W.; de Paula, J. Physical Chemistry, 8th ed., Freeman: New York, 2002; p 763.
9. Eigen, M.; Wicke, E. J. Phys. Chem. 1954, 58, 702-714.
10. Zundel, G.; Metzger, H. Z. Phys. Chem. (Munich) 1968, 58, 225-241.
11. Agmon, N. Chem. Phys. Lett. 1995, 244, 456-462.
12. Wei, D.; Salahub, D. R. J. Chem. Phys. 1994, 101, 7633-7642.
13. Wei, D.; Salahub, D.R. J. Chem. Phys. 1997, 106, 6086-6094.
14. Yan, S.; Zhang, L.; Cukier, R. I.; Bu, Y. Chem. Phys. Phys. Chem. 2007, 8, 944-954.
15. Termath, V.; Sauer, J. Mol. Phys. 1997, 91, 963-975.
16. Schwarz, H. A. J. Chem. Phys. 1977, 67, 5525-5534.
17. Yeh, L. I.; Okumura, M.; Myers, J. D.; Price, J. M.; Lee, Y. T. J. Chem. Phys. 1989, 91, 7319-7390.
18. Okumura, M.; Yeh, L. I.; Myers, J. D.; Lee, Y. T. J. Chem. Phys. 1986, 85, 2328-2329.
19. Okumura, M.; Yeh, L. I.; Myers, J. D.; Lee, Y. T. J. Chem. Phys. 1990, 94, 3416-3427.
20. Honma, K.; Armentrout, P. B. J. Chem. Phys. 2004, 121, 8307-8320.
21. Douberly, G. E.; Walters, R. S.; Cui, J.; Jordan, K. D.; Duncan, M. A. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 4570-4579.
22. Headrick, J. M.; Diken, E. G.; Walters, R. S.; Hammer, N. I.; Christie, R. A.; Cui, J.; Myshakin, E. M.; Duncan, M. A.; Johnson, M. A.; Jordan, K. D. Science 2005, 308, 1765-1769.
23. Chaban, G. M.; Jung, J. O.; Gerber, R. B. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1823-1829.
24. Kaledin, M.; Moffitt, J. M.; Clark, C. R.; Rizvi, F. J. Chem. Theory Comput. 2009, 9, 1328-1336.
25. Bowman, J. M.; Zhang, X.; Brown, A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 646-650.
26. Kaledin, M.; Brown, A.; Kaledin, A. L.; Bowman, J. M. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5646-5653.
27. Kaledin, M.; Kaledin, A. L.; Brown, A.; Bowman, J. M. In Normal Mode Analysis: Theory and Applications to Biological and Chemical Systems; Cui, Q.; Bahar, I., Eds.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2006.
28. Kaledin, M.; Kaledin, A. L.; Bowman, J. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 2933-2939.
29. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
30. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
31. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372-1377.
32. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
33. Head-Gordon, M.; Pople, J. A.; Frisch, M. J. Chem. Phys. Lett. 1988, 153, 503-506.
34. Saebo, M. J. S.; Almlöf, J. Chem. Phys. Lett. 1989, 154, 83-89.
35. Frisch, M. J.; Head-Gordon, M.; Pople, J. A. Chem. Phys. Lett. 1990, 166, 275-280.
36. Wilson, E. B.; Decius, J. C.; Cross, P. C. Molecular Vibrations; McGraw-Hill: New York, 1955.
37. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
38. Berens, P. H.; Wilson, K. R. J. Chem. Phys. 1981, 74, 4872-4882.
39. Haile, J. M. Molecular Dynamics Simulation: Elementary Methods; Wiley & Sons: New York, 1992; p 277.
40. Mulliken, R. S. J. Chem. Phys. 1955, 23, 1833-1840.
41. Huang, X.; Braams, B. J.; Bowman, J. M. J. Chem. Phys. 2005, 122 044308.
42. Dalleska, N. F.; Honma, K.; Armentrout, P. B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 115, 12125-12131.
43. McCunn, L. R.; Roscioli, J. R.; Johnson, M. A.; McCoy, A. B. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 321-327.
44. McCunn, L. R.; Roscioli, J. R.; Elliott, B. M.; Johnson, M. A.; McCoy, A. B. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 6074-6078.
45. Park, M.; Shin, I.; Singh, N. J.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 10692-10702