MQTL.NMR: An integrated suite for genetic mapping of quantitative variations of 1H NMR-based metabolic profiles

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 8, 2015, Pages 4377-4384

  Hedjazi, Lyamine ^a   Gauguier, Dominique ^a   Zalloua, Pierre A ^b   Nicholson, Jeremy K ^c   Dumas, Marc Emmanuel ^c   Cazier, Jean Baptiste ^d,e  

^a SORBONNE UNIVERSITÉ   (France)

^b LEBANESE AMERICAN UNIVERSITY   (Lebanon)

^c IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^d UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

^e UNIVERSITY OF BIRMINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DATA HANDLING; DATA VISUALIZATION; METABOLISM; PHOTOMAPPING;

DIMENSIONALITY REDUCTION; METABOLIC PROFILING; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE (NMR); PRE-PROCESSING STEP; QUANTITATIVE TRAIT LOCUS; SPECTRAL DEPENDENCY; STRUCTURAL ASSIGNMENTS; SYSTEMATIC ANALYSIS;

NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE;

PROTON;

ANIMAL; BIOLOGY; CHROMOSOME MAP; GENOMICS; HUMAN; INTERNET; METABOLOMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

ANIMALS; CHROMOSOME MAPPING; COMPUTATIONAL BIOLOGY; GENOMICS; HUMANS; INTERNET; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; METABOLOMICS; PROTONS;

EID: 84928331220     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b00145     Document Type: Article

References (39)

1. Cookson, W.; Liang, L.; Abecasis, G.; Moffatt, M.; Lathrop, M. 1. Nat. Rev. Genet. 2009, 10 (3) 184-194
2. Nicholson, J. K.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Xenobiotica 1999, 29 (11) 1181-1189
3. Nicholson, J. K.; Connelly, J.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1 (2) 153-161
4. Illig, T.; Gieger, C.; Zhai, G.; Romisch-Margl, W.; Wang-Sattler, R.; Prehn, C.; Altmaier, E.; Kastenmuller, G.; Kato, B. S.; Mewes, H. W.; Meitinger, T.; de Angelis, M. H.; Kronenberg, F.; Soranzo, N.; Wichmann, E.; Spector, D.; Adamski, J.; Suhre, A. K. Nat. Genet. 2010, 42 (2) 137-141
5. Inouye, M.; Kettunen, J.; Soininen, P.; Silander, K.; Ripatti, S.; Kumpula, L. S.; Hamalainen, E.; Jousilahti, P.; Kangas, A. J.; Mannisto, S.; Savolainen, M. J.; Jula, A.; Leiviska, J.; Palotie, A.; Salomaa, V.; Perola, M.; Ala-Korpela, M.; Peltonen, L. Mol. Syst. Biol. 2010, 6, 441
6. Nicholson, J. K.; Foxall, P. J.; Spraul, M.; Farrant, R. D.; Lindon, J. C. Anal. Chem. 1995, 67 (5) 793-811
7. Gavaghan, C. L.; Holmes, E.; Lenz, E.; Wilson, I. D.; Nicholson, J. K. FEBS Lett. 2000, 484, 169-174
8. Tredwell, G. D.; Behrends, V.; Geier, F. M.; Liebeke, M.; Bundy, J. G. Anal. Chem. 2011, 83 (22) 8683-8687
9. Dona, A. C.; Jimenéz, B.; Schafer, H.; Humpfer, E.; Spraul, M.; Lewis, M. R.; Pearce, J. T. M.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2014, 86, 9887-9894
10. Beckonert, O.; Coen, M.; Keun, H. C.; Wang, Y.; Ebbels, T. M.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Nat. Protoc. 2010, 5 (6) 1019-1032
11. Beckonert, O.; Keun, H. C.; Ebbels, T. M.; Bundy, J.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Nat. Protoc. 2007, 2 (11) 2692-2703
12. Suhre, K.; Shin, Y.; Petersen, K.; Mohney, P.; Meredith, D.; Wägele, B.; Altmaier, E.; CARDIoGRAM, D. P.; Erdmann, J.; Grundberg, E.; Hammond, J.; de Angelis, H.; Kastenmüller, G.; Köttgen, A.; Kronenberg, F.; Mangino, M.; Meisinger Nature 2011, 477 (7362) 54-60
13. Dumas, M. E.; Wilder, S. P.; Bihoreau, M. T.; Barton, R. H.; Fearnside, J. F.; Argoud, K. L.; Wallis, R. H.; Blancher, C.; Keun, H. C.; Baunsgaard, D.; Scott, J.; Sidelmann, U. G.; Nicholson, J. K.; Gauguier, D. Nat. Genet. 2007, 39 (5) 666-672
14. Cazier, J. B.; Kaisaki, P. J.; Argoud, K.; Blaise, B. J.; Veselkov, K.; Ebbels, T. M.; Tsang, T.; Wang, Y.; Bihoreau, M. T.; Mitchell, S. C.; Holmes, E. C.; Lindon, J. C.; Scott, J.; Nicholson, J. K.; Dumas, M. E.; Gauguier, D. J. Proteome Res. 2012, 11 (2) 631-642
15. Nicholson, G.; Rantalainen, M.; Li, J. V.; Maher, A. D.; Malmodin, D.; Ahmadi, K. R.; Faber, J. H.; Barrett, A.; Min, J. L.; Rayner, N. W.; Toft, H.; Krestyaninova, M.; Viksna, J.; Neogi, S. G.; Dumas, M. E.; Sarkans, U.; Consortium, M.; Donnelly, P. PLoS Genet. 2011, 7 (9) e1002270
16. Wang, T.; Shao, K.; Chu, Q. Y.; Ren, Y. F.; Mu, Y. M.; Qu, L. J.; He, J.; Jin, C. W.; Xia, B. BMC Bioinf. 2009, 10, 83 10.1186/1471-2105-10-83
17. Alonso, A.; Rodriguez, M. A.; Vinaixa, M.; Tortosa, R.; Correig, X.; Julia, A.; Marsal, S. Anal. Chem. 2014, 86, 1160-1169
18. Izquierdo-Garcia, J. L.; Rodriguez, I.; Kyriazis, A.; Villa, P.; Barreiro, P.; Desco, M.; Ruiz-Cabello, J. BMC Bioinf. 2009, 10, 363 10.1186/1471-2105-10-363
19. Jarvis, R. M.; Broadhurst, D.; Johnson, H.; O'Boyle, N. M.; Goodacre, R. Bioinformatics 2006, 22, 2565-2566
20. Gaude, E.; Chignola, F.; Spiliotopoulos, D.; Spitaleri, A.; Ghitti, M.; Garcia-Manteiga, J. M.; Mari, S.; Musco, G. Curr. Metabolomics 2013, 1, 180-189
21. Xia, J. G.; Mandal, R.; Sinelnikov, I. V.; Broadhurst, D.; Wishart, D. S. Nucleic Acids Res. 2012, 40, W127-W133
22. Daszykowski, M.; Serneels, S.; Kaczmarek, K.; Van Espen, P.; Croux, C.; Walczak, B. Chemom. Intell. Lab. Syst. 2007, 85, 269-277
23. Barton, R. H.; Waterman, D.; Bonner, F. W.; Holmes, E.; Clarke, R.; Consortium, P.; Nicholson, J. K.; Lindon, J. C. Mol. Biosyst. 2010, 6 (1) 215-224
24. Barton, R. H.; Nicholson, J. K.; Elliott, P.; Holmes, E. Int. J. Epidemiol. 2008, 37, 31-40
25. Kohl, S. M.; Klein, M. S.; Hochrein, J.; Oefner, P. J.; Spang, R.; Gronwald, W. Metabolomics 2012, 8, 146-160
26. Zhang, S.; Zheng, C.; Lanza, I. R.; Nair, K. S.; Raftery, D.; Vitek, O. Anal. Chem. 2009, 81, 6080-6088
27. Cloarec, O.; Dumas, M. E.; Trygg, J.; Craig, A.; Barton, R. H.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K.; Holmes, E. Anal. Chem. 2005, 77 (2) 517-526
28. Forshed, J.; Schuppe-Koistinen, I.; Jacobsson, S. P. Anal. Chim. Acta 2003, 487, 189-199
29. Veselkov, K. A.; Lindon, J. C.; Ebbels, T. M. D.; Crockford, D.; Volynkin, V. V.; Holmes, E.; Davies, D. B.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2009, 81 (1) 56-66
30. Spraul, M.; Neidig, P.; Klauck, U.; Kessler, P.; Holmes, E.; Nicholson, J. K.; Sweatman, B. C.; Salman, S. R.; Farrant, R. D.; Rahr, E.; al, e. J. Pharm. Biomed. Anal. 1994, 12, 1215-1225
31. Blaise, B.; Shintu, L.; Elena, B.; Emsley, L.; Dumas, M.-E.; Toulhoat, P. Anal. Chem. 2009, 81 (15) 6242-6251
32. Craig, A.; Cloarec, O.; Holmes, E.; Nicholson, J. K.; Lindon, J. C. Anal. Chem. 2006, 78, 2262-2267
33. Bolstad, B. M.; Irizarry, R. A.; Astrand, M.; Speed, T. P. Bioinformatics 2003, 19, 185-193
34. Dieterle, F.; Ross, A.; Schlotterbeck, G.; Senn, H. Anal. Chem. 2006, 78 (13) 4281-4290
35. Jackson, J. E. A user's guide to principal components; Wiley: Hoboken, NJ, 2003.
36. Eriksson, L.; Antti, H.; Gottfries, J.; Holmes, E.; Johansson, E.; Lindgren, F.; Long, I.; Lundstedt, T.; Trygg, J.; Wold, S. Anal. Bioanal. Chem. 2004, 380, 419-429
37. Broman, K. W.; Wu, H.; Sen, ͆.; Churchill, G. A. Bioinformatics 2003, 19 (7) 889-890
38. Aulchenko, Y. S.; Ripke, S.; Isaacs, A.; van Duijn, C. M. Bioinformatics 2007, 23, 1294-1296
39. Feenstra, B.; M, S. I.; Broman, K. W. Genetics 2006, 173 (4) 2269-2282