Between-person comparison of metabolite fitting for NMR-based quantitative metabolomics

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 22, 2011, Pages 8683-8687

  Tredwell, Gregory D ^a   Behrends, Volker ^a   Geier, Florian M ^a   Liebeke, Manuel ^a   Bundy, Jacob G ^a  

^a IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMOMETRICES; COEFFICIENTS OF VARIATIONS; EXPERIMENTAL GROUPS; KNOW-HOW; LOW CONCENTRATIONS; METABOLITE IDENTIFICATION; METABOLOMICS; NMR SPECTRUM; PRIOR KNOWLEDGE; RAPID ACQUISITION; SAMPLE CONCENTRATION; SAMPLING METHOD; SHARED INFORMATION; SPECTRAL DATA; SPECTRAL PROCESSING; YEAST EXTRACTS;

METABOLISM; METABOLITES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; SOFTWARE TESTING;

BIOMOLECULES;

ARTICLE; COMPARATIVE STUDY; COMPUTER PROGRAM; HUMAN; METABOLOMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

HUMANS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; METABOLOMICS; SOFTWARE;

EID: 81255129709     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac202123k     Document Type: Article

References (20)

1. Dunn, W. B.; Broadhurst, D. I.; Atherton, H. J.; Goodacre, R.; Griffin, J. L. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 387-426
2. Zhang, S.; Nagana Gowda, G. A.; Ye, T.; Raftery, D. Analyst 2010, 135, 1490-1498
3. Wishart, D. S.; Tzur, D.; Knox, C.; Eisner, R.; Guo, A. C.; Young, N.; Cheng, D.; Jewell, K.; Arndt, D.; Sawhney, S.; Fung, C.; Nikolai, L.; Lewis, M.; Coutouly, M. A.; Forsythe, I.; Tang, P.; Shrivastava, S.; Jeroncic, K.; Stothard, P.; Amegbey, G.; Block, D.; Hau, D. D.; Wagner, J.; Miniaci, J.; Clements, M.; Gebremedhin, M.; Guo, N.; Zhang, Y.; Duggan, G. E.; Macinnis, G. D.; Weljie, A. M.; Dowlatabadi, R.; Bamforth, F.; Clive, D.; Greiner, R.; Li, L.; Marrie, T.; Sykes, B. D.; Vogel, H. J.; Querengesser, L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D521-6
4. Fan, T. W. M. Prog. NMR Spectrosc. 1996, 28, 161-219
5. Nicholson, J. K.; Wilson, I. D. Prog. NMR Spectrosc. 1989, 21, 449-501
6. Keun, H. C.; Ebbels, T. M.; Antti, H.; Bollard, M. E.; Beckonert, O.; Schlotterbeck, G.; Senn, H.; Niederhauser, U.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Chem. Res. Toxicol. 2002, 15, 1380-1386
7. Trygg, J.; Holmes, E.; Lundstedt, T. J. Proteome Res. 2007, 6, 469-479
8. Wishart, D. S. Trends Anal. Chem. 2008, 27, 228-237
9. Weljie, A. M.; Newton, J.; Mercier, P.; Carlson, E.; Slupsky, C. M. Anal. Chem. 2006, 78, 4430-4442
10. Bundy, J. G.; Sidhu, J. K.; Rana, F.; Spurgeon, D. J.; Svendsen, C.; Wren, J. F.; Sturzenbaum, S. R.; Morgan, A. J.; Kille, P. BMC Biol. 2008, 6, 25
11. Chagoyen, M.; Pazos, F. Bioinformatics 2011, 27, 730-731
12. Xia, J.; Wishart, D. S. Bioinformatics 2010, 26, 2342-2344
13. Mercier, P.; Lewis, M. J.; Chang, D.; Baker, D.; Wishart, D. S. J. Biomol. NMR 2011, 49, 307-323
14. Slupsky, C. M.; Rankin, K. N.; Wagner, J.; Fu, H.; Chang, D.; Weljie, A. M.; Saude, E. J.; Lix, B.; Adamko, D. J.; Shah, S.; Greiner, R.; Sykes, B. D.; Marrie, T. J. Anal. Chem. 2007, 79, 6995-7004
15. Tredwell, G. D.; Edwards-Jones, B.; Leak, D. J.; Bundy, J. G. PLoS One 2011, 6, e16286
16. Ulrich, E. L.; Akutsu, H.; Doreleijers, J. F.; Harano, Y.; Ioannidis, Y. E.; Lin, J.; Livny, M.; Mading, S.; Maziuk, D.; Miller, Z.; Nakatani, E.; Schulte, C. F.; Tolmie, D. E.; Kent Wenger, R.; Yao, H.; Markley, J. L. Nucleic Acids Res. 2008, 36, D402-8
17. Wishart, D. S.; Knox, C.; Guo, A. C.; Eisner, R.; Young, N.; Gautam, B.; Hau, D. D.; Psychogios, N.; Dong, E.; Bouatra, S.; Mandal, R.; Sinelnikov, I.; Xia, J.; Jia, L.; Cruz, J. A.; Lim, E.; Sobsey, C. A.; Shrivastava, S.; Huang, P.; Liu, P.; Fang, L.; Peng, J.; Fradette, R.; Cheng, D.; Tzur, D.; Clements, M.; Lewis, A.; De Souza, A.; Zuniga, A.; Dawe, M.; Xiong, Y.; Clive, D.; Greiner, R.; Nazyrova, A.; Shaykhutdinov, R.; Li, L.; Vogel, H. J.; Forsythe, I. Nucleic Acids Res. 2009, 37, D603-10
18. Parsons, H. M.; Ekman, D. R.; Collette, T. W.; Viant, M. R. Analyst 2009, 134, 478-485
19. Ward, J. L.; Baker, J. M.; Miller, S. J.; Deborde, C.; Maucourt, M.; Biais, B.; Rolin, D.; Moing, A.; Moco, S.; Vervoort, J.; Lommen, A.; Schafer, H.; Humpfer, E.; Beale, M. H. Metabolomics 2010, 6, 263-273
20. Viant, M. R.; Bearden, D. W.; Bundy, J. G.; Burton, I. W.; Collette, T. W.; Ekman, D. R.; Ezernieks, V.; Karakach, T. K.; Lin, C. Y.; Rochfort, S.; de Ropp, J. S.; Teng, Q.; Tjeerdema, R. S.; Walter, J. A.; Wu, H. Environ. Sci. Technol. 2009, 43, 219-225