Highly sensitive and selective microRNA detection based on DNA-bio-bar-code and enzyme-assisted strand cycle exponential signal amplification

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 8, 2015, Pages 4334-4340

  Dong, Haifeng ^a   Meng, Xiangdan ^a   Dai, Wenhao ^a   Cao, Yu ^a   Lu, Huiting ^b   Zhou, Shufeng ^c   Zhang, Xueji ^a  

^a UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY BEIJING   (China)

^b BEIHANG UNIVERSITY   (China)

^c UNIVERSITY OF SOUTH FLORIDA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BAR CODES; DIAGNOSIS; DNA; ENZYMES; GENE ENCODING; NANOPROBES; NUCLEIC ACIDS; OLIGONUCLEOTIDES; PROBES; SANDWICH STRUCTURES; SIGNAL DETECTION; SIGNAL PROCESSING;

BIOLOGICAL DETECTION; EXPONENTIAL SIGNALS; FLUORESCENT SIGNALS; HYBRIDIZATION EFFICIENCY; LOCKED NUCLEIC ACID; MICRORNA DETECTIONS; OPTIMIZED CONDITIONS; ORDERS OF MAGNITUDE;

RNA;

DNA; DNA PROBE; ENDONUCLEASE; GOLD; METAL NANOPARTICLE; MICRORNA;

CHEMISTRY; DNA PROBE; HELA CELL LINE; HUMAN; METABOLISM; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION; PARTICLE SIZE; SURFACE PROPERTY;

DNA; DNA PROBES; ENDONUCLEASES; GOLD; HELA CELLS; HUMANS; METAL NANOPARTICLES; MICRORNAS; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION TECHNIQUES; PARTICLE SIZE; SURFACE PROPERTIES;

EID: 84928313633     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b00029     Document Type: Article

References (46)

1. Dong, H. F.; Jin, S.; Ju, H. X.; Hao, K. H.; Xu, L. P.; Lu, H. T.; Zhang, X. J. Anal. Chem. 2012, 84, 8670-8674
2. Johnson, B. N.; Mutharasan, R. Analyst 2014, 139, 1576-1588
3. Gregory, R. I.; Yan, K. P.; Amuthan, G.; Chendrimada, T.; Doratotaj, B.; Cooch, N.; Shlekhattar, R. Nature 2004, 432, 235-240
4. Campuzano, S.; Pedrero, M.; Pingarrón, J. M. Anal. Bioanal. Chem. 2014, 406, 27-33
5. Ryoo, S. R.; Lee, J.; Yeo, J.; Na, H. K.; Kim, Y. K.; Jang, H.; Lee, J. H.; Han, S. W.; Lee, Y.; Kim, V. N.; Min, D. H. ACS Nano 2013, 7, 5882-5891
6. Cissell, K. A.; Rahimi, Y.; Shrestha, S.; Hunt, E. A.; Deo, S. K. Anal. Chem. 2008, 80, 2319-2325
7. Bi, S.; Zhang, J. L.; Hao, S. Y.; Ding, C. F.; Zhang, S. S. Anal. Chem. 2011, 83, 3696-3702
8. Duan, R. X.; Zuo, X. L.; Wang, S. T.; Quan, X. Y.; Chen, D. L.; Chen, Z. F.; Jiang, L.; Fan, C. H.; Xia, F. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 4604-4607
9. Volinia, S.; Calin, G. A.; Liu, C. G.; Ambs, S.; Cimmino, A.; Petrocca, F.; Visone, R.; Iorio, M.; Roldo, C.; Ferracin, M.; Prueitt, R. L.; Yanaihara, N.; Lanza, G.; Scarpa, A.; Vecchione, A.; Negrini, M.; Harris, C. C.; Croce, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 2257-2261
10. Lee, E. J.; Gusev, Y.; Jiang, J.; Nuovo, G. J.; Lerner, M. R.; Frankel, W. L.; Morgan, D. L.; Postier, R. G.; Brackett, D. J.; Schmittgen, T. D. Int. J. Cancer 2006, 120, 1046-1054
11. Chan, J. A.; Krichevsky, A. M.; Kosik, K. S. Cancer Res. 2005, 65, 6029-6033
12. Loffler, D.; Brocke-Heidrich, K.; Pfeifer, G.; Stocsits, C.; Hackermuller, J.; Kretzschmar, A. K.; Burger, R.; Gramatzki, M.; Blumert, C.; Bauer, K.; Cvijic, H.; Ullmann, A. K.; Stadler, P. F.; Horn, F. Blood 2007, 110, 1330-1333
13. Schetter, A. J.; Leung, S. Y.; Sohn, J. J.; Zanetti, K. A.; Bowman, E. D.; Yanaihara, N.; Yuen, S. T.; Chan, T. L.; Kwong, D. L.; Au, G. K. J. Am. Med. Assoc. 2008, 299, 425-436
14. Wu, K. L.; Li, L. W.; Li, S. Y. Tumour Biol. 2014, 1-9
15. Xi, Q.; Zhou, D. M.; Kan, Y. Y.; Ge, J.; Wu, Z. K.; Yu, R. Q.; Jiang, J. H. Anal. Chem. 2014, 86, 1361-1365
16. Várallyay, E.; Burgyán, J.; Havelda, Z. Nat. Protoc. 2008, 3, 190-196
17. Zhang, Q.; Chen, F.; Xu, F.; Zhao, Y. X.; Fan, C. H. Anal. Chem. 2014, 86, 8098-8105
18. Park, S. J.; Taton, T. A.; Mirkin, C. A. Science 2002, 295, 1503-1506
19. Qavi, A. J.; Bailey, R. C. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 122, 4712-4715
20. Li, J.; Yao, B.; Huang, H.; Wang, Z.; Sun, C. H.; Fan, Y.; Chang, Q.; Li, S. L.; Wang, X.; Xi, J. Z. Anal. Chem. 2009, 81, 5446-5451
21. Nam, J. M.; Park, S. J.; Mirkin, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3820-3821
22. Jaffrezic-Renault, N.; Martelet, C.; Chevolot, Y.; Cloarec, J. P. Sensors 2007, 7, 589-614
23. Thaxton, C. S.; Hill, H. D.; Georganopoulou, D. G.; Stoeva, S. I.; Mirkin, C. A. Anal. Chem. 2005, 77, 8174-8178
24. Nam, J. M.; Stoeva, S. I.; Mirkin, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5932-5933
25. Hill, H. D.; Mirkin, C. A. Nat. Protoc. 2006, 1, 324-336
26. Nam, J. M.; Thaxton, S.; Mirkin, C. A. Science 2003, 301, 1884-1886
27. Hill, H. D.; Vega, R. A.; Mirkin, C. A. Anal. Chem. 2007, 79, 9218-9223
28. Kloosterman, W. P.; Wienholds, E.; de Bruijn, E.; Kauppinen, S.; Plasterk, R. H. A. Nat. Methods 2006, 3, 27-29
29. Castoldi, M.; Schmidt, S.; Benes, V.; Noertholm, M.; Kulozik, A. E.; Hentze, M. W.; Muckenthaler, M. U. RNA 2006, 12, 913-920
30. Dong, H. F.; Lei, J. P.; Ding, L.; Wen, Y. Q.; Ju, H. X.; Zhang, X. J. Chem. Rev. 2013, 113, 6207-6233
31. Hartig, J. S.; Grüne, I.; Najafi-Shoushtari, S. H.; Famulok, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 722-723
32. Zuo, X. L.; Xia, F.; Xiao, Y.; Plaxco, K. W. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1816-1818
33. Hu, Y. H.; Xu, X. Q.; Liu, Q. H.; Wang, L.; Lin, Z. Y.; Chen, G. N. Anal. Chem. 2014, 86, 8785-8790
34. Li, L.; Wang, Q.; Feng, J.; Tong, L. L.; Tang, B. Anal. Chem. 2014, 86, 5101-5107
35. Song, Y.; Li, W. K.; Duan, Y. F.; Li, Z. J.; Deng, L. Biosens. Bioelectron. 2014, 55, 400-404
36. Zhou, D. M.; Du, W. F.; Xi, Q.; Ge, J.; Jiang, J. H. Anal. Chem. 2014, 86, 6763-6767
37. Wang, G. L.; Zhang, C. Y. Anal. Chem. 2012, 84, 7037-7042
38. Rosi, N. L.; Mirkin, C. A. Chem. Rev. 2005, 105, 1547-1562
39. Lei, J. P.; Ju, H. X. Chem. Soc. Rev. 2012, 41, 2122-2134
40. Xia, H. B.; Bai, S.; Hartmann, J.; Wang, D. Y. Langmuir 2009, 26, 3585-3589
41. Liu, J. W.; Lu, Y. Nat. Protoc. 2006, 1, 246-252
42. Haiss, W.; Thanh, N. T. K.; Aveyard, J.; Fernig, D. G. Anal. Chem. 2007, 79, 4215-4221
43. Choi, J. H.; Kim, H.; Choi, J. H.; Choi, J. W.; Oh, B. K. Acs. Appl. Mater. Inter. 2013, 5, 12023-12028
44. Zhu, X. L.; Han, K.; Li, G. X. Anal. Chem. 2006, 78, 2447-2449
45. Wang, Y. X.; Li, J. S.; Jin, J. Y.; Wang, H.; Tang, H. X.; Yang, R. H.; Wang, K. M. Anal. Chem. 2009, 81, 9703-9709
46. Yin, C.; Salloum, F. N.; Kukreja, R. C. Circ. Res. 2009, 104, 572-575