Nonenzymatic detection of bacterial genomic DNA using the bio bar code assay

Analytical Chemistry

Volumn 79, Issue 23, 2007, Pages 9218-9223

  Hill, Haley D ^a   Vega, Rafael A ^a   Mirkin, Chad A ^a  

^a NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMPLIFICATION; BACTERIA; BIOASSAY; GENES; NANOSTRUCTURED MATERIALS; OLIGONUCLEOTIDES;

BACTERIAL GENOMIC DNA; BIO BAR CODE ASSAY; MAGNETIC MICROPARTICLES; NONENZYMATIC DETECTION;

DNA;

BACTERIAL DNA; DOUBLE STRANDED DNA; GENOMIC DNA; GOLD; NANOPARTICLE;

ARTICLE; BIO BAR CODE ASSAY; DENATURATION; DNA BINDING; DNA DETERMINATION; GENE AMPLIFICATION;

AUTOMATIC DATA PROCESSING; BACILLUS SUBTILIS; BASE SEQUENCE; DNA PROBES; DNA, BACTERIAL; GENOME, BACTERIAL; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS;

EID: 36849058726     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac701626y     Document Type: Article

References (44)

1. Saiki, R. K.; Scharf, S.; Faloona, F.; Mullis, K. B.; Horn, G. T.; Erlich, H. A.; Anheim, N. Science 1985, 230, 1350-1354.
2. Mullis, K.; Faloona, F.; Scharf, S.; Saiki, R.; Horn, G.; Erlich, H. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1986, 51, 263-273.
3. Scharf, S. J.; Horn, G. T.; Erlich, H. A. Science 1986, 233, 1076-1078.
4. Kary, B. M. Angew. Chem., Int. Ed. 1994, 33, 1209-1213.
5. Jochen-Wilhelm, A. P. ChemBioChem 2003, 4, 1120-1128.
6. Bowtell, D. S., DNA Microarrays: A Molecular Cloning Manual; Cold Spring Harbor Press: Cold Spring Harbor, NY, 2003.
7. DeRisi, J. L.; Iyer, V. R.; Brown, P. O. Science 1997, 278, 680-686.
8. Gibson, U. E. M.; Heid, C. A.; Williams, P. M. Gen. Res. 1996, 6, 995-1001.
9. Heid, C. A.; Stevens, J.; Livak, K. J.; Williams, P. M. Gen. Res. 1996, 6, 986-994.
10. Higuchi, R.; Fockler, C.; Dollinger, G.; Watson, R. Bio-Technology 1993, 11, 1026-1030.
11. Mirkin, C. A.; Thaxton, C. S.; Rosi, N. L. Expt. Rev. Mol. Diagn. 2004, 4, 749-751.
12. Nam, J. M.; Park, S. J.; Mirkin, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3820-3821.
13. Nam, J. M.; Stoeva, S. I.; Mirkin, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5932-5933.
14. Thaxton, C. S.; Hill, H. D.; Georganopoulou, D. G.; Stoeva, S. I.; Mirkin, C. A. Anal. Chem. 2005, 77, 8174-8178.
15. Oh, B. K.; Nam, J. M.; Lee, S. W.; Mirkin, C. A. Small 2006, 2, 103-108.
16. Bao, Y. P.; Wei, T. F.; Lefebvre, P. A.; An, H.; He, L. X.; Kunkel, G. T.; Muller, U. R. Anal. Chem. 2006, 78, 2055-2059.
17. Stoeva, S. I.; Lee, J. S.; Smith, J. E.; Rosen, S. T.; Mirkin, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 8378-8379.
18. Stoeva, S. I.; Lee, J. S.; Thaxton, C. S.; Mirkin, C. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 3303-3306.
19. Georganopoulou, D. G.; Chang, L.; Nam, J. M.; Thaxton, C. S.; Mufson, E. J.; Klein, W. L.; Mirkin, C. A. P. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2273-2276.
20. Goluch, E. D.; Nam, J. M.; Georganopoulou, D. G.; Chiesl, T. N.; Shaikh, K. A.; Ryu, K. S.; Barron, A. E.; Mirkin, C. A.; Liu, C. Lab Chip 2006, 6, 1293-1299.
21. (a) Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L.; Mucic, R. C.; Storhoff, J. J. Nature 1996, 382, 607-609.
22. (b) Letsinger, R. L.; Elghanian, R.; Viswanadham, G.; Mirkin, C. A. Bioconj. Chem. 2000, 11, 289-291.
23. (c) Li, Z.; Jin, R.; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 1558-1562.
24. Li, Z.; Jin, R.; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 1558-1562.
25. Cao, Y. W. C.; Jin, R.; Mirkin, C. A. Science 2002, 297, 1536-1540.
26. Storhoff, J. J.; Lazarides, A. A.; Mucic, R. C.; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L.; Schatz, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4640-4650.
27. Taton, T. A.; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L. Science 2000, 289, 1757-1760.
28. Jin, R.; Wu, G. S.; Li, Z.; Mirkin, C. A.; Schatz, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1643-1654.
29. Lytton-Jean, A. K. R.; Mirkin, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12754-12755.
30. Rosi, N. L.; Giljohann, D. A.; Thaxton, C. S.; Lytton-Jean, A. K. R.; Han, M. S.; Mirkin, C. A. Science 2006, 312, 1027-1030.
31. Hurst, S. J.; Lytton-Jean, A. K. R.; Mirkin, C. A. Anal. Chem. 2006, 78, 8313-8318.
32. Han, M. S.; Lytton-Jean, A. K. R.; Oh, B. K.; Heo, J.; Mirkin, C. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 1807-1810.
33. Han, M. S.; Lytton-Jean, A. K. R.; Mirkin, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4954-4955.
34. Lee, J-S; Han, M. S.; Mirkin, C. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 4093-4096.
35. Liu, J. W.; Lu, Y. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6642-6643.
36. Liu, J. W.; Lu, Y. Anal. Chem. 2004, 76, 1627-1632.
37. Daniel, M. C.; Astruc, D. Chem. Rev. 2004, 104, 293-346.
38. He, L.; Musick, M. D.; Nicewarner, S. R.; Salinas, F. G.; Benkovic, S. J.; Natan, M. J.; Keating, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9071-9077.
39. Huang, C. C.; Huang, Y. F.; Cao, Z. H.; Tan, W. H.; Chang, H. T. Anal. Chem. 2005, 77, 5735-5741.
40. Storhoff, J. J.; Sudhakar S.; Garimella, Viswanadham; Mirkin, Chad A. In Microarray Technology and Its Applications; Mueller, U. R. N., Dan V., Ed.; Springer GmbH: Berlin, Germany, 2005,; pp 147-179.
41. Hill, H. D.; Mirkin, C. A. Nat. Protoc. 2006, 1, 324-336.
42. Minunni, M.; Tombelli, S.; Fonti, J.; Spiriti, M. M.; Mascini, M.; Bogani, P.; Buiatti, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7966-7967.
43. Minunni, M.; Mannelli, I.; Spiriti, M. M.; Tombelli, S.; Mascini, M. Anal. Chim. Acta 2004, 526, 19-25.
44. Atlas, R. M. Annu. Rev. Microbiol. 2002, 56, 167-185.