In vitro and in vivo comparative and competitive activity-based protein profiling of GH29 α-L-fucosidases

Chemical Science

Volumn 6, Issue 5, 2015, Pages 2782-2789

  Jiang, Jianbing ^a   Kallemeijn, Wouter W ^b   Wright, Daniel W ^c   Van Den Nieuwendijk, Adrianus M C H ^a   Rohde, Veronica Coco ^a   Folch, Elisa Colomina ^a   Van Den Elst, Hans ^a   Florea, Bogdan I ^a   Scheij, Saskia ^b   Donker Koopman, Wilma E ^b   Verhoek, Marri ^b   Li, Nan ^a   Schürmann, Martin ^d   Mink, Daniel ^d   Boot, Rolf G ^b   Codée, Jeroen D C ^a   Van Der Marel, Gijsbert A ^a   Davies, Gideon J ^c   Aerts, Johannes M F G ^a,b   Overkleeft, Herman S ^a  

^a LEIDEN UNIVERSITY   (Netherlands)

^b ACADEMIC MEDICAL CENTER   (Netherlands)

^c UNIVERSITY OF YORK   (United Kingdom)

^d DSM RESOLVE   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ISOMERS; ORGANIC COMPOUNDS;

ACTIVE SITE; ACTIVITY-BASED PROBE; COMPETITIVE ACTIVITY; CONFIGURATIONAL ISOMERS; COVALENT MODIFICATIONS; CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS; CYCLOPHELLITOL; INHERITED DISORDERS;

PROTEINS;

EID: 84928155086     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4sc03739a     Document Type: Article

References (39)

1. J. Intra M.-E. Perotti G. Pavesi D. Horner Gene 2007 392 34 46
2. V. Lombard H. Golaconda Ramulu E. Drula P. M. Coutinho B. Henrissat Nucleic Acids Res. 2014 42 D490 D495
3. S. W. Liu C. S. Chen S. S. Chang K. K. T. Mong C. H. Lin C. W. Chang C. Y. Tang Y. K. Li Biochemistry 2009 48 110 120
4. L. Guillotin P. Lafite R. Daniellou Biochemistry 2014 53 1447 1455
5. B. Cobucci-Ponzano M. Mazzone M. Rossi M. Moracci Biochemistry 2005 44 6331 6342
6. F. A. Shaikh A. L. van Bueren G. J. Davies S. G. Withers Biochemistry 2013 52 5857 5864
7. D. E. Koshland Biol. Rev. 1953 28 416 436
8. T. W. Liu C. W. Ho H. H. Huang S. M. Chang S. D. Popat Y. T. Wang M. S. Wu Y. J. Chen C. H. Lin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 14581 14586
9. J. S. O'Brien P. J. Willems H. Fukushima J. R. de Wet J. K. Darby R. D. Cioccio M. L. Fowler T. B. Shows Enzyme 1987 38 45 53
10. K. Phopin W. Nimlamool L. J. Lowe-Krentz E. W. Douglass J. N. Taroni B. S. Bean Mol. Reprod. Dev. 2013 80 273 285
11. D. G. Hildebrand S. Lehle A. Borst S. Haferkamp F. Essmann K. Schulze-Osthoff Cell Cycle 2013 12 1922 1927
12. M. G. Giardina M. Matarazzo R. Morante A. Lucariello A. Varriale V. Guardasole G. De Marco Cancer 1998 83 2468 2474
13. B. F. Cravatt A. T. Wright J. W. Kozarich Annu. Rev. Biochem. 2008 77 383 414
14. W. W. Kallemeijn K. Y. Li M. D. Witte A. R. Marques J. Aten S. Scheij J. Jiang L. I. Willems T. M. Voorn-Brouwer C. P. van Roomen R. Ottenhoff R. G. Boot H. van den Elst M. T. Walvoort B. I. Florea J. D. Codee G. A. van der Marel J. M. Aerts H. S. Overkleeft Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2012 51 12529 12533
15. L. I. Willems T. J. M. Beenakker B. Murray S. Scheij W. W. Kallemeijn R. G. Boot M. Verhoek W. E. Donker-Koopman M. J. Ferraz E. R. van Rijssel B. I. Florea J. D. C. Codée G. A. van der Marel J. M. F. G. Aerts H. S. Overkleeft J. Am. Chem. Soc. 2014 136 11622 11625
16. M. J. Niphakis B. F. Cravatt Annu. Rev. Biochem. 2014 83 341 377
17. Y. Harrak C. M. Barra A. Delgado A. R. Castano A. Llebaria J. Am. Chem. Soc. 2011 133 12079 12084
18. K.-Y. Li J. Jiang M. D. Witte W. W. Kallemeijn H. van den Elst C.-S. Wong S. D. Chander S. Hoogendoorn T. J. M. Beenakker J. D. C. Codée J. M. F. G. Aerts G. A. van der Marel H. S. Overkleeft Eur. J. Org. Chem. 2014 2014 6030 6043
19. O. David W. J. N. Meester H. Bieräugel H. E. Schoemaker H. Hiemstra J. H. van Maarseveen Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 4373 4375
20. H. Griengl N. Klempier P. Pöchlauer M. Schmidt N. Shi A. A. Zabelinskaja-Mackova Tetrahedron 1998 54 14477 14486
21. A. D. Campbell T. M. Raynham R. J. K. Taylor Synthesis 1998 1707 1709
22. G. W. J. Fleet A. N. Shaw S. V. Evans L. E. Fellows J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1985 841 842
23. E. G. J. C. Warmerdam A. M. C. H. van den Nieuwendijk J. Brussee A. van der Gen C. G. Kruse Recl. Trav. Chim. Pays-Bas 1996 115 20 24
24. E. Moreno-Clavijo A. T. Carmona A. J. Moreno-Vargas L. Molina I. Robina Curr. Org. Synth. 2011 8 102 133
25. Y. Bleriot D. Gretzke T. M. Krulle T. D. Butters R. A. Dwek R. J. Nash N. Asano G. W. Fleet Carbohydr. Res. 2005 340 2713 2718
26. A. Bordier P. Compain O. R. Martin K. Ikeda N. Asano Tetrahedron: Asymmetry 2003 14 47 51
27. P. Jakobsen J. M. Undbeck M. Kristiansen J. Breinholt H. Demuth J. Pawlas M. P. Torres Candela B. Andersen N. Westergaard K. Lundgren N. Asano Bioorg. Med. Chem. 2001 9 733 744
28. J. Streith A. Boiron J.-L. Paillaud E.-M. Rodriguez-Perez C. Strehler T. Tschamber M. Zehnder Helv. Chim. Acta 1995 78 61 72
29. M. T. Moran J. P. Schofield A. R. Hayman G. P. Shi E. Young T. M. Cox Blood 2000 96 1969 1978
30. L. I. Willems J. Jiang K.-Y. Li M. D. Witte W. W. Kallemeijn T. J. N. Beenakker S. P. Schröder J. M. F. G. Aerts G. A. van der Marel J. D. C. Codée H. S. Overkleeft Chem.-Eur. J. 2014 20 10864 10872
31. A. Lammerts van Bueren A. Ardèvol J. Fayers-Kerr B. Luo Y. Zhang M. Sollogoub Y. Blériot C. Rovira G. J. Davies J. Am. Chem. Soc. 2010 132 1804 1806
32. S. Mcnicholas E. Potterton K. S. Wilson M. E. M. Noble Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2011 67 386 394
33. I. M. Aerts S. van Weely Hum. Mutat. 1997 10 348 358
34. A. G. W. Leslie Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2006 62 48 57
35. W. Kabsch Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2010 66 125 132
36. P. Emsley B. Lohkamp W. G. Scott K. Cowtan Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2010 66 486 501
37. G. N. Murshudov P. Skubak A. A. Lebedev N. S. Pannu R. A. Steiner R. A. Nicholls M. D. Winn F. Long A. A. Vagin Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2011 67 355 367
38. A. W. Schuttelkopf D. M. F. van Aalten Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2004 60 1355 1363
39. A. A. Lebedev P. Young M. N. Isupov O. V. Moroz A. A. Vagin G. N. Murshudov Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2012 68 431 440