P-Cyanophenylalanine and selenomethionine constitute a useful fluorophore-quencher pair for short distance measurements: Application to polyproline peptides

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 17, Issue 12, 2015, Pages 7881-7887

  Mintzer, Mary Rose ^a   Troxler, Thomas ^a   Gai, Feng ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALANINE; FLUORESCENT DYE; NITRILE; P-CYANOPHENYLALANINE; PEPTIDE; POLYPROLINE; SELENOMETHIONINE;

ANALOGS AND DERIVATIVES; CHEMISTRY; KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION; SPECTROFLUOROMETRY;

ALANINE; FLUORESCENT DYES; KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NITRILES; PEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; SELENOMETHIONINE; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE;

EID: 84924898115     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5cp00050e     Document Type: Article

References (53)

1. Z. Getahun C.-Y. Huang T. Wang B. De León W. F. DeGrado F. Gai J. Am. Chem. Soc. 2003 125 405 411
2. B. A. Lindquist K. E. Furse S. A. Corcelli Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 8119 8132
3. M. M. Waegele R. M. Culik F. Gai J. Phys. Chem. Lett. 2011 2 2598 2609
4. C. G. Bazewicz J. S. Lipkin E. E. Smith M. T. Liskov S. H. Brewer J. Phys. Chem. B 2012 116 10824 10831
5. A. L. Serrano T. Troxler M. J. Tucker F. Gai Chem. Phys. Lett. 2010 487 303 306
6. I. M. Pazos R. M. Roesch F. Gai Chem. Phys. Lett. 2013 563 93 96
7. M. J. Tucker R. Oyola F. Gai J. Phys. Chem. B 2005 109 4788 4795
8. J. M. Glasscock Y. Zhu P. Chowdhury J. Tang F. Gai Biochemistry 2008 47 11070 11076
9. S. J. Miyake-Stoner A. M. Miller J. T. Hammill J. C. Peeler K. R. Hess R. A. Mehl S. H. Brewer Biochemistry 2009 48 5953 5962
10. H. Taskent-Sezgin J. Chung V. Patsalo S. J. Miyake-Stoner A. M. Miller S. H. Brewer R. A. Mehl D. F. Green D. P. Raleigh I. Carrico Biochemistry 2009 48 9040 9046
11. J. M. Goldberg S. Batjargal E. J. Petersson J. Am. Chem. Soc. 2010 132 14718 14720
12. H. Taskent-Sezgin P. Marek R. Thomas D. Goldberg J. Chung I. Carrico D. P. Raleigh Biochemistry 2010 49 6290 6295
13. M. J. Tucker R. Oyola F. Gai Biopolymers 2006 83 571 576
14. K. C. Schultz L. Supekova Y. Ryu J. Xie R. Perera P. G. Schultz J. Am. Chem. Soc. 2006 128 13984 13985
15. K. N. Aprilakis H. Taskent D. P. Raleigh Biochemistry 2007 46 12308 12313
16. D. C. Urbanek D. Y. Vorobyev A. L. Serrano F. Gai R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. Lett. 2010 1 3311 3315
17. J. K. Chung M. C. Thielges M. D. Fayer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 3578 3583
18. J. Liu J. Strzalka A. Tronin J. S. Johansson J. K. Blasie Biophys. J. 2009 96 4176 4187
19. P. Marek R. Gupta D. P. Raleigh ChemBioChem 2008 9 1372 1374
20. J. Tang H. Yin J. Qiu M. J. Tucker W. F. DeGrado F. Gai J. Am. Chem. Soc. 2009 131 3816 3817
21. W. Hu L. J. Webb J. Phys. Chem. Lett. 2011 2 1925 1930
22. L. J. Lapidus P. J. Steinbach W. A. Eaton A. Szabo J. Hofrichter J. Phys. Chem. B 2002 106 11628 11640
23. T. Yuan A. M. Weljie H. J. Vogel Biochemistry 1998 37 3187 3195
24. M. R. Eftink C. A. Ghiron Biochemistry 1976 15 672 680
25. S. Doose H. Neuweiler M. Sauer ChemPhysChem 2009 10 1389 1398
26. J. R. Lakowicz, Principles of Fluorescence Spectroscopy, Springer, New York, 3rd edn, 2006
27. M. Zhang H. Vogel J. Mol. Biol. 1994 239 545 554
28. T. Kigawa E. Yamaguchi-Nunokawa K. Kodama T. Matsuda T. Yabuki N. Matsuda R. Ishitani O. Nureki S. Yokoyama J. Struct. Funct. Genomics 2002 2 29 35
29. P. A. Hill Q. Wei T. Troxler I. J. Dmochowski J. Am. Chem. Soc. 2009 131 3069 3077
30. Y. Wu E. Kondrashkina C. Kayatekin C. R. Matthews O. Bilsel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 13367 13372
31. L. Kalé R. Skeel M. Bhandarkar R. Brunner A. Gursoy N. Krawetz J. Phillips A. Shinozaki K. Varadarajan K. Schulten J. Comput. Phys. 1999 151 283 312
32. A. D. MacKerell D. Bashford M. Bellott R. L. Dunbrack J. D. Evanseck M. J. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha D. Joseph-McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. T. K. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. T. Nguyen B. Prodhom W. E. Reiher III B. Roux M. Schlenkrich J. C. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiórkiewicz- Kuczera D. Yin M. Karpus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
33. D. Gfeller O. Michielin V. Zoete Nucleic Acids Res. 2013 41 D327 D332
34. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
35. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
36. R. Marcus N. Sutin Biochim. Biophys. Acta, Rev. Bioenerg. 1985 811 265 322
37. J. R. Lakowicz J. Kus̈ba H. Szmacinski M. L. Johnson I. Gryczynski Chem. Phys. Lett. 1993 206 455 463
38. J. Kus̈ba J. Lakowicz Methods Enzymol. 1994 240 216 262
39. J. R. Lakowicz B. Zelent I. Gryczynski J. Kuba M. L. Johnson Photochem. Photobiol. 1994 60 205 214
40. J. R. Lakowicz B. Zelent J. Kusba I. Gryczynski J. Fluoresc. 1996 6 187 194
41. B. Zelent I. Gryczynski M. L. Johnson J. R. Lakowicz J. Phys. Chem. 1996 100 18592 18602
42. C. Moser J. Keske K. Warncke R. Farid P. Dutton Nature 1992 355 796 802
43. A. Harriman J. Phys. Chem. 1987 91 6102 6104
44. B. Mishra A. Sharma S. Naumov K. I. Priyadarsini J. Phys. Chem. B 2009 113 7709 7715
45. L. Stryer R. P. Haugland Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1967 58 719 726
46. C. Deber F. Bovey J. Carver E. Blout J. Am. Chem. Soc. 1970 92 6191 6198
47. A. Tonelli J. Am. Chem. Soc. 1970 92 6187 6190
48. H. C. Chiu R. Bersohn Biopolymers 1977 16 277 288
49. B. Schuler E. A. Lipman P. J. Steinbach M. Kumke W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 2754 2759
50. R. B. Best K. A. Merchant I. V. Gopich B. Schuler A. Bax W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 18964 18969
51. S. Doose H. Neuweiler H. Barsch M. Sauer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 17400 17405
52. A. Radhakrishnan A. Vitalis A. H. Mao A. T. Steffen R. V. Pappu J. Phys. Chem. B 2012 116 6862 6871
53. H. Zhong H. A. Carlson J. Chem. Theory Comput. 2006 2 342 353