Conformational studies of polyprolines

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 2, Issue 2, 2006, Pages 342-353

  Zhong, Haizhen ^a,b   Carlson, Heather A ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

^b UNIVERSITY OF NORTH CAROLINA AT GREENSBORO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33748778062     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct050182t     Document Type: Article

References (53)

1. Zarrinpar, A.; Bhattacharyya, R. P.; Lim, W. A. Sci. STKE 2003, 779, re8., 1-10.
2. Wiesner, S.; Stier, G.; Sattler, M.; Macias, M. J. J. Mol. Biol. 2002, 324, 807-822.
3. Gertler, F. B.; Niebuhr, K.; Reinhard, M.; Wehland, J.; Soriano, P. Cell 1996, 87, 227-239.
4. Freund, C.; Kühne, R.; Yang, H.; Park, S.; Reinherz, E. L.; Wagner, G. Embo. J. 2002, 21, 5985-5995.
5. Gu, W.; Kofler, M.; Antes, I.; Freund, C.; Helms, V. Biochemistry 2005, 44, 6404-6415.
6. Mahoney, N. M.; Janmey, P. A.; Almo, S. C. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 953-960.
7. Mahoney, N. M.; Rozwarski, D. A.; Fedorov, E.; Fedorov, A. A.; Almo, S. C. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 666-671.
8. Ramakrishnan, V.; Ranbhor, R.; Durani, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16332-16333.
9. Whittington, S. J.; Chellgren, B. W.; Hermann, V. M.; Creamer, T. P. Biochemistry 2005, 44, 6269-6275.
10. Hamburger, J. B.; Ferreon, J. C.; Whitten, S. T.; Hilser, V. J. Biochemistry 2004, 43, 9790-9799.
11. Cowan, P. M.; McGavin, S. Nature 1955, 176, 501-503.
12. Straub, W.; Shmueli, U. Nature 1963, 198, 1165-1166.
13. Chao, Y.-Y. H.; Bersohn, R. Biopolymers 1978, 17, 2761-2767.
14. Deber, C. M.; Bovey, F. A.; Carver, J. P.; Blout, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 6191-6198.
15. Zhang, R.; Madalengoitia, J. S. Tetrahedron. Lett. 1996, 37, 6235-6238.
16. Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4885-4898.
17. Jhon, J. S.; Kang, Y. K. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 5436-5439.
18. Benzi, C.; Improta, R.; Scalmani, G.; Barone, V. J. Comput. Chem. 2002, 23, 341-350.
19. Fischer, S.; Dunbrack, R. L., Jr.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11931-11937.
20. Kang, Y. K. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2004, 675, 37-45.
21. Hudáky, I.; Baldoni, H. A.; Perczel, A. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2002, 582, 233-249.
22. Hudáky, I.; Perczel, A. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2003, 630, 135-140.
23. Czinki, E.; Császár, A. G. Chem. Eur. J. 2003, 9, 1008-1019.
24. Ramek, M.; Kelterer, A.-M.; Nikolić, S. Int. J. Quantum Chem. 1997, 65, 1033-1045.
25. Tanaka, S.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1974, 7, 698-705.
26. Bour, P.; Kubelka, J.; Keiderling, T. A. Biopolymers 2002, 65, 45-59.
27. Vitagliano, L.; Berisio, R. A.; Mastrangelo, A.; Mazzarella, L.; Zagari, A. Protein Sci. 2001, 10, 2627-2632.
28. Cubellis, M. V.; Caillez, F.; Blundell, T. L.; Lovell, S. C. Proteins: Struct., Funct., Bioinformatics 2005, 58, 880-892.
29. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.7; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
30. Lim, D. C.; Jorgensen, W. L. In The Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R., Ed.; John Wiley & Sons Ltd.: Athens, GA, 1998; Vol. 5, p 3295.
31. Foresman, J. B.; Keith, T. A.; Wiberg, K. B.; Snoonian, J.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16098-16104.
32. Long, S. B.; Hancock, P. J.; Kral, A. M.; Hellinga, H. W.; Beese, L. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 12948-12953.
33. Kang, Y. K. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2074-2082.
34. Lesarri, A.; Mata, S.; Cocinero, E. J.; Blanco, S.; Lüpez, J. C.; Alonso, J. L. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41 (24), 4673-4676.
35. Quan, J. M.; Wu, Y. D. J. Theor. Comput. Chem. 2004, 3(2), 225-243.
36. Badoni, H. A.; Rodriguez, A. M.; Zamora, M. A.; Zamarbide, G. N.; Enriz, R. D.; Farkas, Ö.; Császár, P.; Torday, L. L.; Sosa, C. P.; Jàkli, I.; Perzel, A.; Papp, J. G.; Hollosi, M.; Csizmadia, I. G. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1999, 465, 79-91.
37. Kang, Y. K.; Park, H. S. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2005, 718, 17-21.
38. Mattice, W. L.; Nishikawa, K.; Ooi, T. Macromolecules. 1973, 6, 443-446.
39. Sandvoss, L. M.; Carlson, H. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 1725, 15855-15862.
40. http://www.nist.gov/compchem/irikura/prog/thermo_cgi.html.
41. Christensen, A. M.; Massiah, M. A.; Turner, B. G.; Sundquist, W. I.; Summers, M. F. J. Mol. Biol. 1996, 264, 1117-1131.
42. Ng, K. K.; Petersen, J. F. W.; Cherney, M. M.; Garen, C.; Zalatoris, J. J.; Rao-Naik, C.; Dunn, B. M.; Martzen, M. R.; Peanasky, R. J.; James, M. N. G. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 653-657.
43. Mahoney, N. M.; Rozwarski, D. A.; Fedorov, E.; Fedorov, A. A.; Almo, S. C. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 666-671.
44. Steinberg, I. Z.; Berger, A.; Katchalski, E. Biochim. Biophys. Acta 1958, 28, 647.
45. Lin, L.-N.; Brandts, J. F. Biochemistry 1980, 19, 3055-3059.
46. Liu, Z.; Chen, K.; Ng, A.; Shi, Z.; Woody, R. W.; Kallenbach, N. R. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15141-15150.
47. Kakinoki, S.; Hirano, Y.; Oka, M. Polym. Bull. 2005, 53, 109-115.
48. Isemura, T.; Okabayashi, H.; Sakakibara, S. Biopolymers 1968, 6, 307-321.
49. Johnston, N.; Krimm, S. Biopolymers 1971, 10, 2597-2605.
50. Rabolt, J. F.; Wedding, W.; Johnson, K. W. Biopolymers 1975, 14, 1615-1622.
51. Clark, D. S.; Dechter, J. J.; Mandelkern, L. Macromolecules 1979, 12, 626-633.
52. Asher, S. A.; Mikhonin, A. V.; Bykov, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8433-8440.
53. Ireta, J.; Neugebauer, J.; Scheffler, M.; Rojo, A.; Galván, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17241-17244.