A journey to uncharted territory: New technical frontiers in studying tumor-stromal cell interactions

Integrative Biology (United Kingdom)

Volumn 7, Issue 2, 2015, Pages 153-161

  Guldner, Ian H ^a   Zhang, Siyuan ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTRE DAME   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ASTROCYTE; CANCER CELL; CARCINOGENESIS; CELL INTERACTION; HUMAN; MICROGLIA; NONHUMAN; PHENOTYPE; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; STROMA CELL; TISSUE MICROARRAY; TISSUE SECTION; TRANSCRIPTOMICS; TUMOR CELL; TUMOR GROWTH; TUMOR MICROENVIRONMENT; ANIMAL; BIOLOGY; CELL COMMUNICATION; DIAGNOSTIC IMAGING; GENETICS; MICROSCOPY; NEOPLASM; PATHOLOGY; PATHOPHYSIOLOGY; PHYSIOLOGY;

ANIMALS; CELL COMMUNICATION; COMPUTATIONAL BIOLOGY; DIAGNOSTIC IMAGING; HUMANS; MICROSCOPY; NEOPLASMS; STROMAL CELLS; TUMOR MICROENVIRONMENT;

EID: 84923095308     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4ib00192c     Document Type: Review

References (83)

1. D. F. Quail J. A. Joyce Nat. Med. 2013 19 1423 1437
2. K. E. de Visser A. Eichten L. M. Coussens Nat. Rev. Cancer 2006 6 24 37
3. P. Carmeliet R. K. Jain Nature 2000 407 249 257
4. N. A. Bhowmick E. G. Neilson H. L. Moses Nature 2004 432 332 337
5. M. M. Mueller N. E. Fusenig Nat. Rev. Cancer 2004 4 839 849
6. A. Schuldt Nat. Rev. Cancer 2006 6 S15
7. B. Mintz K. Illmensee Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1975 72 3585 3589
8. D. S. Dolberg M. J. Bissell Nature 1984 309 552 556
9. D. S. Dolberg R. Hollingsworth M. Hertle M. J. Bissell Science 1985 230 676 678
10. G. T. Wolf J. L. Hudson K. A. Peterson H. L. Miller K. D. McClatchey Otolaryngol.-Head Neck Surg. 1986 95 142 152
11. K. J. Kim B. Li J. Winer M. Armanini N. Gillett H. S. Phillips N. Ferrara Nature 1993 362 841 844
12. D. Hanahan L. M. Coussens Cancer Cell 2012 21 309 322
13. D. Hanahan R. A. Weinberg Cell 2000 100 57 70
14. J. L. Svennevig O. C. Lunde J. Holter D. Bjørgsvik Br. J. Cancer 1984 49 375 377
15. P. Maturu W. W. Overwijk J. Hicks S. Ekmekcioglu E. A. Grimm V. Huff Transl. Oncol. 2014 484 492
16. E. P. M. Tjin G. Krebbers K. J. Meijlink W. van de Kasteele E. H. Rosenberg J. Sanders P. M. Nederlof B. A. van de Wiel J. B. A. G. Haanen C. J. M. Melief F. A. Vyth-Dreese R. M. Luiten Cancer Immunol. Res. 2014 2 538 546
17. F. Moinfar Y. G. Man L. Arnould G. L. Bratthauer M. Ratschek F. A. Tavassoli Cancer Res. 2000 60 2562 2566
18. M. Allinen R. Beroukhim L. Cai C. Brennan J. Lahti-Domenici H. Huang D. Porter M. Hu L. Chin A. Richardson S. Schnitt W. R. Sellers K. Polyak Cancer Cell 2004 6 17 32
19. C. J. Creighton J. L. Bromberg-White D. E. Misek D. J. Monsma F. Brichory R. Kuick T. J. Giordano W. Gao G. S. Omenn C. P. Webb S. M. Hanash Mol. Cancer Res. 2005 3 119 129
20. G. Finak S. Sadekova F. Pepin M. Hallett S. Meterissian F. Halwani K. Khetani M. Souleimanova B. Zabolotny A. Omeroglu M. Park Breast Cancer Res. 2006 8 R58
21. X.-J. Ma S. Dahiya E. Richardson M. Erlander D. C. Sgroi Breast Cancer Res. 2009 11 R7
22. E. S. Park S. J. Kim S. W. Kim S.-L. Yoon S.-H. Leem S.-B. Kim S. M. Kim Y.-Y. Park J.-H. Cheong H. G. Woo G. B. Mills I. J. Fidler J.-S. Lee Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 17456 17461
23. E. S. Knudsen A. Ertel E. Davicioni J. Kline G. F. Schwartz A. K. Witkiewicz Breast Cancer Res. Treat. 2012 133 1009 1024
24. A. C. Vargas A. E. McCart Reed N. Waddell A. Lane L. E. Reid C. E. Smart S. Cocciardi L. da Silva S. Song G. Chenevix-Trench P. T. Simpson S. R. Lakhani Breast Cancer Res. Treat. 2012 135 153 165
25. J. Neman J. Termini S. Wilczynski N. Vaidehi C. Choy C. M. Kowolik H. Li A. C. Hambrecht E. Roberts R. Jandial Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 984 989
26. S. M. Pyonteck L. Akkari A. J. Schuhmacher R. L. Bowman L. Sevenich D. F. Quail O. C. Olson M. L. Quick J. T. Huse V. Teijeiro M. Setty C. S. Leslie Y. Oei A. Pedraza J. Zhang C. W. Brennan J. C. Sutton E. C. Holland D. Daniel J. A. Joyce Nat. Med. 2013 19 1264 1272
27. S. Halin S. H. Rudolfsson N. Van Rooijen A. Bergh Neoplasia 2009 11 177 186
28. M. Aragona T. Panciera A. Manfrin S. Giulitti F. Michielin N. Elvassore S. Dupont S. Piccolo Cell 2013 154 1047 1059
29. P. A. Riquelme E. Drapeau F. Doetsch Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2008 363 123 137
30. M. H. Barcellos-Hoff D. Lyden T. C. Wang Nat. Rev. Cancer 2013 13 511 518
31. V. Almendro Y.-K. Cheng A. Randles S. Itzkovitz A. Marusyk E. Ametller X. Gonzalez-Farre M. Muñoz H. G. Russnes A. Helland I. H. Rye A.-L. Borresen-Dale R. Maruyama A. van Oudenaarden M. Dowsett R. L. Jones J. Reis-Filho P. Gascon M. Gönen F. Michor K. Polyak Cell Rep. 2014 6 514 527
32. J. A. Gleave J. P. Lerch R. M. Henkelman B. J. Nieman PLoS One 2013 8 e72039
33. V. Ntziachristos Nat. Methods 2010 7 603 614
34. D. Zhu K. V. Larin Q. Luo V. V. Tuchin Laser Photonics Rev. 2013 7 732 757
35. H. Hama H. Kurokawa H. Kawano R. Ando T. Shimogori H. Noda K. Fukami A. Sakaue-Sawano A. Miyawaki Nat. Neurosci. 2011 14 1481 1488
36. M.-T. Ke S. Fujimoto T. Imai Nat. Neurosci. 2013 16 1154 1161
37. K. Chung J. Wallace S.-Y. Kim S. Kalyanasundaram A. S. Andalman T. J. Davidson J. J. Mirzabekov K. A. Zalocusky J. Mattis A. K. Denisin S. Pak H. Bernstein C. Ramakrishnan L. Grosenick V. Gradinaru K. Deisseroth Nature 2013 497 332 337
38. E. A. Susaki K. Tainaka D. Perrin F. Kishino T. Tawara T. M. Watanabe C. Yokoyama H. Onoe M. Eguchi S. Yamaguchi T. Abe H. Kiyonari Y. Shimizu A. Miyawaki H. Yokota H. R. Ueda Cell 2014 157 726 739
39. B. Yang J. B. Treweek R. P. Kulkarni B. E. Deverman C.-K. Chen E. Lubeck S. Shah L. Cai V. Gradinaru Cell 2014 158 945 958
40. K. Chung K. Deisseroth Nat. Methods 2013 10 508 513
41. S.-Y. Kim K. Chung K. Deisseroth Trends Cognit. Sci. 2013 17 596 599
42. R. Tomer L. Ye B. Hsueh K. Deisseroth Nat. Protoc. 2014 9 1682 1697
43. E. Poguzhelskaya D. Artamonov A. Bolshakova O. Vlasova I. Bezprozvanny Mol. Neurodegener. 2014 9 19
44. W.-Y. Kim F.-Q. Zhou J. Zhou Y. Yokota Y.-M. Wang T. Yoshimura K. Kaibuchi J. R. Woodgett E. S. Anton W. D. Snider Neuron 2006 52 981 996
45. R. C. Paolicelli G. Bolasco F. Pagani L. Maggi M. Scianni P. Panzanelli M. Giustetto T. A. Ferreira E. Guiducci L. Dumas D. Ragozzino C. T. Gross Science 2011 333 1456 1458
46. M. J. Gerdes C. J. Sevinsky A. Sood S. Adak M. O. Bello A. Bordwell A. Can A. Corwin S. Dinn R. J. Filkins D. Hollman V. Kamath S. Kaanumalle K. Kenny M. Larsen M. Lazare Q. Li C. Lowes C. C. McCulloch E. McDonough M. C. Montalto Z. Pang J. Rittscher A. Santamaria-Pang B. D. Sarachan M. L. Seel A. Seppo K. Shaikh Y. Sui J. Zhang F. Ginty Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 11982 11987
47. B. Gligorijevic J. Condeelis Cell Adh. Migr. 2009 3 313 315
48. Y. Kienast L. von Baumgarten M. Fuhrmann W. E. F. Klinkert R. Goldbrunner J. Herms F. Winkler Nat. Med. 2010 16 116 122
49. J. Deguine B. Breart F. Lemaître J. P. Di Santo P. Bousso Immunity 2010 33 632 644
50. J. J. Engelhardt B. Boldajipour P. Beemiller P. Pandurangi C. Sorensen Z. Werb M. Egeblad M. F. Krummel Cancer Cell 2012 21 402 417
51. B. Gligorijevic J. Wyckoff H. Yamaguchi Y. Wang E. T. Roussos J. Condeelis J. Cell Sci. 2012 125 724 734
52. S. Giampieri C. Manning S. Hooper L. Jones C. S. Hill E. Sahai Nat. Cell Biol. 2009 11 1287 1296
53. A. Boissonnas F. Licata L. Poupel S. Jacquelin L. Fetler S. Krumeich C. Théry S. Amigorena C. Combadière Neoplasia 2013 15 85 94
54. M. H. Abdulreda G. Faleo R. D. Molano M. Lopez-Cabezas J. Molina Y. Tan O. A. R. Echeverria E. Zahr-Akrawi R. Rodriguez-Diaz P. K. Edlund I. Leibiger A. L. Bayer V. Perez C. Ricordi A. Caicedo A. Pileggi P.-O. Berggren Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 12863 12868
55. B. G. Saar C. W. Freudiger X. Xu A. Huttner S. Kesari G. Young X. S. Xie Cold Spring Harb. Protoc. 2014 2014 10.1101/pdb.top081695
56. C. L. Evans E. O. Potma M. Puoris'haag D. Côté C. P. Lin X. S. Xie Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 16807 16812
57. T. S. Salameh T. T. Le M. B. Nichols E. Bauer J. Cheng I. G. Camarillo Int. J. Cancer J. Int. Cancer 2013 132 288 296
58. T. Hellerer C. Axäng C. Brackmann P. Hillertz M. Pilon A. Enejder Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 14658 14663
59. J. R. W. Conway N. O. Carragher P. Timpson Nat. Rev. Cancer 2014 14 314 328
60. P. Timpson E. J. McGhee J. P. Morton A. von Kriegsheim J. P. Schwarz S. A. Karim B. Doyle J. A. Quinn N. O. Carragher M. Edward M. F. Olson M. C. Frame V. G. Brunton O. J. Sansom K. I. Anderson Cancer Res. 2011 71 747 757
61. B. W. Okaty K. Sugino S. B. Nelson PLoS One 2011 6 e16493
62. W. C. Hines Y. Su I. Kuhn K. Polyak M. J. Bissell Cell Rep. 2014 6 779 781
63. L. Gay M. R. Miller P. B. Ventura V. Devasthali Z. Vue H. L. Thompson S. Temple H. Zong M. D. Cleary K. Stankunas C. Q. Doe Genes Dev. 2013 27 98 115
64. M. D. Cleary C. D. Meiering E. Jan R. Guymon J. C. Boothroyd Nat. Biotechnol. 2005 23 232 237
65. M. Heiman R. Kulicke R. J. Fenster P. Greengard N. Heintz Nat. Protoc. 2014 9 1282 1291
66. D. Lovatt B. K. Ruble J. Lee H. Dueck T. K. Kim S. Fisher C. Francis J. M. Spaethling J. A. Wolf M. S. Grady A. V. Ulyanova S. B. Yeldell J. C. Griepenburg P. T. Buckley J. Kim J.-Y. Sul I. J. Dmochowski J. Eberwine Nat. Methods 2014 11 190 196
67. J. R. Perkins A. Antunes-Martins M. Calvo J. Grist W. Rust R. Schmid T. Hildebrandt M. Kohl C. Orengo S. B. McMahon D. L. H. Bennett Mol. Pain 2014 10 7
68. Z. Wang M. Gerstein M. Snyder Nat. Rev. Genet. 2009 10 57 63
69. R. V. Grindberg J. L. Yee-Greenbaum M. J. McConnell M. Novotny A. L. O'Shaughnessy G. M. Lambert M. J. Araúzo-Bravo J. Lee M. Fishman G. E. Robbins X. Lin P. Venepally J. H. Badger D. W. Galbraith F. H. Gage R. S. Lasken Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 19802 19807
70. F. Tang C. Barbacioru E. Nordman B. Li N. Xu V. I. Bashkirov K. Lao M. A. Surani Nat. Protoc. 2010 5 516 535
71. A. P. Patel I. Tirosh J. J. Trombetta A. K. Shalek S. M. Gillespie H. Wakimoto D. P. Cahill B. V. Nahed W. T. Curry R. L. Martuza D. N. Louis O. Rozenblatt-Rosen M. L. Suvà A. Regev B. E. Bernstein Science 2014 344 1396 1401
72. K. W. Eliceiri M. R. Berthold I. G. Goldberg L. Ibáñez B. S. Manjunath M. E. Martone R. F. Murphy H. Peng A. L. Plant B. Roysam N. Stuurman N. Stuurmann J. R. Swedlow P. Tomancak A. E. Carpenter Nat. Methods 2012 9 697 710
73. T. Walter D. W. Shattuck R. Baldock M. E. Bastin A. E. Carpenter S. Duce J. Ellenberg A. Fraser N. Hamilton S. Pieper M. A. Ragan J. E. Schneider P. Tomancak J.-K. Hériché Nat. Methods 2010 7 S26 S41
74. A. D. Coster C. Wichaidit S. Rajaram S. J. Altschuler L. F. Wu Nat. Methods 2014 11 602
75. V. A. Hovhannisyan P.-J. Su Y.-F. Chen C. Y. Dong Opt. Express 2008 16 5107 5117
76. J. Seo S. Hwang J.-M. Lee H. Park J. Microsc. 2014 94 103
77. P. V. Kharchenko L. Silberstein D. T. Scadden Nat. Methods 2014 11 740 742
78. T. Conway J. Wazny A. Bromage M. Tymms D. Sooraj E. D. Williams B. Beresford-Smith Bioinformatics 2012 28 i172 i178
79. G. Bindea B. Mlecnik M. Tosolini A. Kirilovsky M. Waldner A. C. Obenauf H. Angell T. Fredriksen L. Lafontaine A. Berger P. Bruneval W. H. Fridman C. Becker F. Pagès M. R. Speicher Z. Trajanoski J. Galon Immunity 2013 39 782 795
80. J. Han H. Chang O. Giricz G. Y. Lee F. L. Baehner J. W. Gray M. J. Bissell P. A. Kenny B. Parvin PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000684
81. P. Kirk J. E. Griffin R. S. Savage Z. Ghahramani D. L. Wild Bioinformatics 2012 28 3290 3297
82. A. R. A. Anderson A. M. Weaver P. T. Cummings V. Quaranta Cell 2006 127 905 915
83. H. Enderling L. Hlatky P. Hahnfeldt Theor. Biol. Med. Modell. 2012 9 31