Structural determinants of oxidative stabilization in an evolved versatile peroxidase

ACS Catalysis

Volumn 4, Issue 11, 2014, Pages 3891-3901

  Gonzalez Perez, David ^a   Garcia Ruiz, Eva ^b   Ruiz Dueñas, Francisco Javier ^c   Martinez, Angel T ^c   Alcalde, Miguel ^a  

^a INSTITUTO DE CATÁLISIS Y PETROLEOQUÍMICA   (Spain)

^b UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^c CENTRO DE INVESTIGACIONES BIOLÓGICAS   (Spain)

Author keywords

directed evolution; in vivo DNA recombination; oxidative stability; rational design; Saccharomyces cerevisiae; versatile peroxidase

Indexed keywords

DIRECTED EVOLUTION; DNA RECOMBINATION; OXIDATIVE STABILITY; RATIONAL DESIGN; VERSATILE PEROXIDASE;

YEAST;

EID: 84909949748     PISSN: 21555435     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cs501218v     Document Type: Article

References (49)

1. Fawal, N.; Li, Q.; Savelli, B.; Brette, M.; Passaia, G.; Fabre, M.; Mathé, C.; Dunand, C. Nucleic Acids Res. 2013, 41, 441-444
2. Battistuzzi, G.; Bellei, M.; Bortolotti, C. A.; Sola, M. Arch. Biochem. Biophys. 2010, 500, 21-36
3. Poulos, T. L. Arch. Biochem. Biophys. 2010, 500, 3-12
4. Martínez, A. T. In Industrial Enzymes: Structure, Function and Applications; Polaina, J.; MacCabe, A. P., Eds.; Springer: Berlin, 2007; pp 475-486.
5. Martínez, A. T.; Ruiz-Dueñas, F. J.; Martínez, M. J.; del Río, J. C.; Gutíerrez, A. Curr. Opin. Biotechnol. 2009, 20, 348-357
6. Gregg, P. K.; Zhao, Y.; Kagan, V. E.; Star, A. Adv. Drug Delivery Rev. 2013, 65, 1921-1932
7. Salvachúa, D.; Prieto, A.; Mattinen, M. L.; Tamminen, T.; Liitiä, T.; Lille, M.; Willför, S.; Martínez, A. T.; Martínez, M. J.; Faulds, C. B. Enzyme Microb. Technol. 2013, 52, 303-311
8. Regalado, C.; García-Almendárez, B. E.; Duarte-Vázquez, M. A. Phytochem. Rev. 2004, 3, 243-256
9. Van de Velde, F.; Lourenço, N. D.; Bakker, M.; van Rantwijk, F.; Sheldon, R. A. Biotechnol. Bioeng. 2000, 69, 286-291
10. Valderrama, B.; Ayala, M.; Vazquez-Duhalt, R. Chem. Biol. 2002, 9, 555-565
11. Ayala, M.; Batista, C. V.; Vazquez-Duhalt, R. J. Biol. Inorg. Chem. 2011, 16, 63-68
12. Hernandez-Ruiz, J.; Arnao, M. B.; Hiner, A. N.; Garcia-Canovas, F.; Acosta, M. Biochem. J. 2001, 354, 107-114
13. Wariishi, H.; Gold, M. H. FEBS Lett. 1989, 243, 165-168
14. Gil-Rodríguez, P.; Ferreira-Batista, C.; Vázquez-Duhalt, R.; Valderrama, B. Eng. Life Sci. 2008, 8, 286-296
15. Ogola, H. J.; Hashimoto, N.; Miyabe, S.; Ashida, H.; Ishikawa, T.; Shibata, H.; Sawa, Y. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010, 87, 1727-36
16. Miyazaki, C.; Takahashi, H. FEBS Lett. 2001, 509, 111-4
17. Cherry, J. R.; Lamsa, M. H.; Schneider, P.; Vind, J.; Svendsen, A.; Jones, A.; Pedersen, A. H. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 379-84
18. Cherry, J. R. Methods Enzymol. 2004, 388, 167-75
19. Morawski, B.; Quan, S.; Arnold, F. H. Biotechnol. Bioeng. 2001, 76, 99-107
20. Miyazaki-Imamura, C.; Oohira, K.; Kitagawa, R.; Nakano, H.; Yamane, T.; Takahashi, H. Method Enzymol. 2003, 16, 423-428
21. Mate, D.; Gonzalez-Perez, D.; Falk, M.; Kittl, R.; Pita, M.; De Lacey, A. L.; Ludwig, R.; Shleev, S.; Alcalde, M. Chem. Biol. 2013, 20, 223-231
22. Sun, L.; Bulter, T.; Alcalde, M.; Petrounia, I. P.; Arnold, F. H. ChemBioChem 2002, 3, 781-783
23. Reetz, M. T.; Wang, L. W.; Bocola, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 1236-1241
24. Garcia-Ruiz, E.; Gonzalez-Perez, D.; Ruiz-Dueñas, F. J.; Martinez, A. T.; Alcalde, M. Biochem. J. 2012, 441, 487-498
25. Ruiz-Dueñas, F. J.; Martínez, M. J.; Martínez, A. T. Mol. Microbiol. 1999, 31, 223-235
26. Pérez-Boada, M.; Ruiz-Dueñas, F. J.; Pogni, R.; Basosi, R.; Choinowski, T.; Martínez, M. J.; Piontek, K.; Martínez, A. T. J. Mol. Biol. 2005, 354, 385-402
27. Ruiz-Dueñas, F. J.; Morales, M.; García, E.; Miki, Y.; Martínez, M. J.; Martínez, A. T. J. Exp. Bot. 2009, 60, 441-452
28. Garcia-Ruiz, E.; Mate, D. M.; Gonzalez-Perez, D.; Molina-Espeja, P.; Camarero, S.; Martinez, A. T.; Ballesteros, A. O.; Alcalde, M. In Cascade Biocatalysis; Riva, S.; Fessner, W. D., Eds.; Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA: Weinheim, 2014; pp 1-18.
29. Gonzalez-Perez, D.; Molina-Espeja, P.; Garcia-Ruiz, E.; Alcalde, M. PLoS One 2014, 9, e90919
30. Gonzalez-Perez, D.; Garcia-Ruiz, E.; Alcalde, M. Bioeng. Bugs 2012, 3, 172-177
31. Zumárraga, M.; Camarero, S.; Shleev, S.; Martínez-Arias, A.; Ballesteros, A.; Plou, F. J.; Alcalde, M. Proteins 2008, 71, 250-260
32. Fasan, R.; Chen, M. M.; Crook, N. C.; Arnold, F. H. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 8414-8418
33. Shivange, A. V.; Marienhagen, J.; Mundhada, H.; Schenk, A.; Schwaneber, U. Curr. Opin. Chem. Biol. 2009, 13, 19-25
34. Böckle, B.; Martínez, M. J.; Guillén, F.; Martínez, A. T. Appl. Environ. Microb. 1999, 65, 923-928
35. Hiner, A. N.; Hernández-Ruiz, J.; Rodríguez-López, J. N.; Arnao, M. B.; Varón, R.; García-Cánovas, F.; Acosta, M. J. Biol. Inorg. Chem. 2001, 6, 504-516
36. Asad, S.; Torabi, S. F.; Fathi-Roudsari, M.; Ghaemi, N.; Khajeh, K. Int. J. Biol. Macromol. 2011, 48, 566-570
37. Mao, L.; Luo, S.; Huang, Q.; Lu, J. Sci. Rep. 2013, 3, 3126
38. Kitajima, S.; Kitamura, M.; Koja, N. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008, 372, 918-923
39. Ryu, K.; Kang, J. H.; Wang, L.; Lee, E. K. J. Biotechnol. 2008, 135, 241-246
40. Ryu, K.; Hwang, S. Y.; Kim, K. H.; Kang, J. H.; Lee, E. K. J. Biotechnol. 2008, 133, 110-115
41. Morales, M.; Mate, M. J.; Romero, A.; Martínez, M. J.; Martínez, A. T.; Ruiz-Dueñas, F. J. J. Biol. Chem. 2012, 287, 41053-41067
42. Bao, X.; Huang, X.; Lu, X.; Li, J. J. Enzyme Microb. Technol. 2014, 54, 51-58
43. Berglund, G. I.; Carlsson, G. H.; Smith, A. T.; Szoke, H.; Henriksen, A.; Hajdu, J. Nature 2002, 417, 463-468
44. Kishi, K.; Hildebrand, D. P.; Kusters-van Someren, M.; Gettemy, J.; Mauk, A. G.; Gold, M. H. Biochemistry 1997, 36, 4268-4277
45. Dolphin, D.; Forman, A.; Borg, D. C.; Fajer, J.; Felton, R. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1971, 68, 614-618
46. Patterson, W. R.; Poulos, T. L.; Goodin, D. B. Biochemistry 1995, 34, 4342-4345
47. Sivaraja, M.; Goodin, D. B.; Smith, M.; Hoffman, B. M. Science 1989, 245, 738-740
48. Saez-Jimenez, V.; Martinez, A. T.; Ruiz-Dueñas, F. J. In Oxizymes book of abstracts. Proceedings of OxiZymes Vienna, July 1-4, 2014, Vienna, Austria; Obinger, C.; Peterbauer, C., Eds.; Published by University of Natural Resources and Life Sciences: Vienna, Austria, 2014; p 152.
49. Floudas, D.; Binder, M.; Riley, R.; Barry, K.; Blanchette, R. A.; Henrissat, B.; Martínez, A. T.; Otillar, R.; Spatafora, J. W.; Yadav, J. S.; Aerts, A.; Benoit, I.; Boyd, A.; Carlson, A.; Copeland, A.; Coutinho, P. M.; de Vries, R. P.; Ferreira, P.; Findley, K.; Foster, B.; Gaskell, J.; Glotzer, D.; Górecki, P.; Heitman, J.; Hesse, C.; Hori, C.; Igarashi, K.; Jurgens, J. J.; Kallen, N.; Kersten, P.; Kohler, A.; Kües, U.; Kumar, T. K. A.; Kuo, A.; LaButti, K.; Larrondo, L. F.; Lindquist, E.; Ling, A.; Lombard, V.; Lucas, S.; Lundell, T.; Martin, R.; McLaughlin, D. J.; Morgenstern, I.; Morin, E.; Murat, C.; Nagy, L. G.; Nolan, M.; Ohm, R. A.; Patyshakuliyeva, A.; Rokas, A.; Ruiz-Dueñas, F. J.; Sabat, G.; Salamov, A.; Samejima, M.; Schmutz, J.; Slot, J. C.; John, F., St; Stenlid, J.; Sun, H.; Sun, S.; Syed, E.; Tsang, A.; Wiebenga, A.; Young, D.; Pisabarro, A.; Eastwood, D. C.; Martin, F.; Cullen, D.; Grigoriev, I. V.; Hibbett, D. S. Science 2012, 336, 1715-1719