Improving natural products identification through targeted LC-MS/MS in an untargeted secondary metabolomics workflow

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 21, 2014, Pages 10780-10788

  Hoffmann, Thomas ^a   Krug, Daniel ^a   Hüttel, Stephan ^a   Müller, Rolf ^a  

^a SAARLAND UNIVERSITY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULES; DATA MINING; MASS SPECTROMETRY;

BACTERIAL METABOLISM; DATA MINING WORKFLOW; FRAGMENTATION EVENTS; INFORMATION CONTENTS; SECONDARY METABOLITES; SIGNALS OF INTERESTS; STRUCTURE ELUCIDATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

METABOLITES;

BIOLOGICAL PRODUCT;

CHEMISTRY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; METABOLOMICS; PROCEDURES; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

BIOLOGICAL PRODUCTS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; METABOLOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84908584270     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac502805w     Document Type: Article

References (33)

1. Müller, R.; Wink, J. Int. J. Med. Microbiol. 2014, 304, 3-13
2. Krug, D.; Müller, R. Nat. Prod. Rep. 2014, 31, 768-783
3. Hooft, J. J. J.; Vos, R. C. H.; Ridder, L.; Vervoort, J.; Bino, R. J. Metabolomics 2013, 1009-1018
4. El-Elimat, T.; Figueroa, M.; Ehrmann, B. M.; Cech, N. B.; Pearce, C. J.; Oberlies, N. H. J. Nat. Prod. 2013, 76, 1709-1716
5. Klitgaard, A.; Iversen, A.; Andersen, M. R.; Larsen, T. O.; Frisvad, J. C.; Nielsen, K. F. Anal. Bioanal. Chem. 2014, 406, 1933-1943
6. Krug, D.; Zurek, G.; Revermann, O.; Vos, M.; Velicer, G. J.; Müller, R. Appl. Environ. Microbiol. 2008, 74, 3058-3068
7. Krug, D.; Zurek, G.; Schneider, B.; Garcia, R.; Müller, R. Anal. Chim. Acta 2008, 624, 97-106
8. Hou, Y.; Braun, D. R.; Michel, C. R.; Klassen, J. L.; Adnani, N.; Wyche, T. P.; Bugni, T. S. Anal. Chem. 2012, 84, 4277-4283
9. Farag, M. A.; Weigend, M.; Luebert, F.; Brokamp, G.; Wessjohann, L. A. Phytochemistry 2013, 96, 170-183
10. Vinayavekhin, N.; Saghatelian, A. ACS Chem. Biol. 2009, 4, 617-623
11. Cortina, N. S.; Krug, D.; Plaza, A.; Revermann, O.; Müller, R. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2012, 51, 811-816
12. Asamizu, S.; Abugreen, M.; Mahmud, T. ChemBioChem 2013, 14, 1548-1551
13. Yang, J. Y.; Sanchez, L. M.; Rath, C. M.; Liu, X.; Boudreau, P. D.; Bruns, N.; Glukhov, E.; Wodtke, A.; de Felicio, R.; Fenner, A.; Wong, W. R.; Linington, R. G.; Zhang, L.; Debonsi, H. M.; Gerwick, W. H.; Dorrestein, P. C. J. Nat. Prod. 2013, 76, 1686-1699
14. Rasche, F.; Svatos, A.; Maddula, R. K.; Böttcher, C.; Böcker, S. Anal. Chem. 2011, 83, 1243-1251
15. Rasche, F.; Scheubert, K.; Hufsky, F.; Zichner, T.; Kai, M.; Svatoš, A.; Böcker, S. Anal. Chem. 2012, 84, 3417-3426
16. Nguyen, D. D.; Wu, C.-H.; Moree, W. J.; Lamsa, A.; Medema, M. H.; Zhao, X.; Gavilan, R. G.; Aparicio, M.; Atencio, L.; Jackson, C.; Ballesteros, J.; Sanchez, J.; Watrous, J. D.; Phelan, V. V.; van de Wiel, C.; Kersten, R. D.; Mehnaz, S.; De Mot, R.; Shank, E. A.; Charusanti, P.; Nagarajan, H.; Duggan, B. M.; Moore, B. S.; Bandeira, N.; Palsson, B. Ø.; Pogliano, K.; Gutiérrez, M.; Dorrestein, P. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, E2611-E2620
17. Watrous, J.; Roach, P.; Alexandrov, T.; Heath, B. S.; Yang, J. Y.; Kersten, R. D.; van der Voort, M.; Pogliano, K.; Gross, H.; Raaijmakers, J. M.; Moore, B. S.; Laskin, J.; Bandeira, N.; Dorrestein, P. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, E1743-E1752
18. Sheldon, M. T.; Mistrik, R.; Croley, T. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 370-376
19. Heinonen, M.; Shen, H.; Zamboni, N.; Rousu, J. Bioinformatics 2012, 28, 2333-2341
20. Kersten, R. D.; Yang, Y.-L.; Xu, Y.; Cimermancic, P.; Nam, S.-J.; Fenical, W.; Fischbach, M. A.; Moore, B. S.; Dorrestein, P. C. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 794-802
21. Kersten, R. D.; Ziemert, N.; Gonzalez, D. J.; Duggan, B. M.; Nizet, V.; Dorrestein, P. C.; Moore, B. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, E4407-E4416
22. Ng, J.; Bandeira, N.; Liu, W.-T.; Ghassemian, M.; Simmons, T. L.; Gerwick, W. H.; Linington, R.; Dorrestein, P. C.; Pevzner, P. A. Nat. Methods 2009, 6, 596-599
23. Kavan, D.; Kuzma, M.; Lemr, K.; Schug, K. A.; Havlicek, V. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 1177-1184
24. Lim, H.-K.; Chen, J.; Cook, K.; Sensenhauser, C.; Silva, J.; Evans, D. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 1295-1311
25. Yao, M.; Ma, L.; Humphreys, W. G.; Zhu, M. J. Mass Spectrom. 2008, 43, 1364-1375
26. Rochfort, S. J.; Trenerry, V. C.; Imsic, M.; Panozzo, J.; Jones, R. Phytochemistry 2008, 69, 1671-1679
27. Schmidt, A.; Claassen, M.; Aebersold, R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2009, 13, 510-517
28. Schmidt, A.; Gehlenborg, N.; Bodenmiller, B.; Mueller, L. N.; Campbell, D.; Mueller, M.; Aebersold, R.; Domon, B. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 2138-2150
29. Rudomin, E. L.; Carr, S. A.; Jaffe, J. D. J. Proteome Res. 2009, 8, 3154-3160
30. Jaffe, J. D.; Mani, D. R.; Leptos, K. C.; Church, G. M.; Gillette, M. A.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1927-1941
31. Micallef, L.; Rodgers, P. PLoS One 2014, 9 e101717
32. Hufsky, F.; Scheubert, K.; Böcker, S. Nat. Prod. Rep. 2014, 31, 807-817
33. Bouslimani, A.; Sanchez, L. M.; Garg, N.; Dorrestein, P. C. Nat. Prod. Rep. 2014, 31, 718-729