Binding free energy based structural dynamics analysis of HIV-1 RT RNase H-inhibitor complexes

Integrative Biology

Volumn 6, Issue 11, 2014, Pages 1010-1022

  Poongavanam, Vasanthanathan ^a   Olsen, Jógvan Magnus Haugaard ^a   Kongsted, Jacob ^a  

^a UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTI HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS AGENT; CARBOXYL GROUP; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE ASSOCIATED RIBONUCLEASE H INHIBITOR; HYDROGEN; HYDROXYL GROUP; MAGNESIUM ION; RIBONUCLEASE H; RNA DIRECTED DNA POLYMERASE INHIBITOR; UNCLASSIFIED DRUG; ENZYME INHIBITOR; LIGAND; PROTEIN BINDING;

ARTICLE; BINDING AFFINITY; CRYSTAL STRUCTURE; DRUG STRUCTURE; ENZYME STRUCTURE; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; HYDROGEN BOND; IONIZATION; LIGAND BINDING; MOLECULAR DYNAMICS; PREDICTION; PROTON TRANSPORT; QUANTUM MECHANICS; STATIC ELECTRICITY; ANTAGONISTS AND INHIBITORS; CHEMICAL STRUCTURE; ENZYMOLOGY; GROWTH, DEVELOPMENT AND AGING; HIV INFECTIONS; METABOLISM; PHYSIOLOGY; THERMODYNAMICS;

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1;

ENZYME INHIBITORS; HIV INFECTIONS; HIV-1; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN BINDING; RIBONUCLEASE H; THERMODYNAMICS;

EID: 84908216694     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4ib00111g     Document Type: Article

References (37)

1. E. De Clercq Biochim. Biophys. Acta, Mol. Basis Dis. 2002 1587 258 275
2. A. S. Fauci Nat. Med. 2003 9 839 843
3. D. M. Himmel K. A. Maegley T. A. Pauly J. D. Bauman K. Das C. Dharia A. D. Clark Jr. K. Ryan M. J. Hickey R. A. Love S. H. Hughes S. Bergqvist E. Arnold Structure 2009 17 1625 1635
4. A. J. Ribeiro M. J. Ramos P. A. Fernandes J. Am. Chem. Soc. 2012 134 13436 13447
5. P. Bean Clin. Infect. Dis. 2005 41 suppl 1 S96 S100
6. FDA, Antiretroviral drugs used in the treatment of HIV infection, http://www.fda.gov
7. E. Tramontano R. Di Santo Curr. Med. Chem. 2010 17 2837 2853
8. T. Ilina K. Labarge S. G. Sarafianos R. Ishima M. A. Parniak Biology 2012 1 521 541
9. D. M. Himmel S. G. Sarafianos S. Dharmasena M. M. Hossain K. McCoy-Simandle T. Ilina A. D. Clark Jr. J. L. Knight J. G. Julias P. K. Clark K. Krogh-Jespersen R. M. Levy S. H. Hughes M. A. Parniak E. Arnold ACS Chem. Biol. 2006 1 702 712
10. M. Wendeler H. F. Lee A. Bermingham J. T. Miller O. Chertov M. K. Bona N. S. Baichoo M. Ehteshami J. Beutler B. R. O'Keefe M. Gotte M. Kvaratskhelia S. Le Grice ACS Chem. Biol. 2008 3 635 644
11. A. K. Felts K. Labarge J. D. Bauman D. V. Patel D. M. Himmel E. Arnold M. A. Parniak R. M. Levy J. Chem. Inf. Model. 2011 51 1986 1998
12. M. Nowotny S. A. Gaidamakov R. Ghirlando S. M. Cerritelli R. J. Crouch W. Yang Mol. Cell 2007 28 264 276
13. R. Costi M. Métifiot F. Esposito G. Cuzzucoli Crucitti L. Pescatori A. Messore L. Scipione S. Tortorella L. Zinzula E. Novellino Y. Pommier E. Tramontano C. Marchand R. Di Santo J. Med. Chem. 2013 56 8588 8598
14. J. D. Barlett, Medscaps, 2006, Feb. 8, http://www.medscape.org/viewarticle/523119
15. E. B. Lansdon Q. Liu S. A. Leavitt M. Balakrishnan J. K. Perry C. Lancaster-Moyer N. Kutty X. Liu N. H. Squires W. J. Watkins T. A. Kirschberg Antimicrob. Agents Chemother. 2011 55 2905 2915
16. H. P. Su Y. Yan G. S. Prasad R. F. Smith C. L. Daniels P. D. Abeywickrema J. C. Reid H. M. Loughran M. Kornienko S. Sharma J. A. Grobler B. Xu V. Sardana T. J. Allison P. D. Williams P. L. Darke D. J. Hazuda S. Munshi J. Virol. 2010 84 7625 7633
17. M. Billamboz F. Bailly C. Lion N. Touati H. Vezin C. Calmels M. L. Andreola F. Christ Z. Debyser P. Cotelle J. Med. Chem. 2011 54 1812 1824
18. P. Vasanthanathan J. Kongsted PLoS One 2013 8 e73478
19. H. Fuji E. Urano Y. Futahashi M. Hamatake J. Tatsumi T. Hoshino Y. Morikawa N. Yamamoto J. Komano J. Med. Chem. 2009 52 1380 1387
20. S. Distinto F. Esposito J. Kirchmair M. C. Cardia M. Gaspari E. Maccioni S. Alcaro P. Markt G. Wolber L. Zinzula E. Tramontano Eur. J. Med. Chem. 2012 50 216 229
21. H. Yanagita S. Fudo E. Urano R. Ichikawa M. Ogata M. Yokota T. Murakami H. Wu J. Chiba J. Komano T. Hoshino Chem. Pharm. Bull. 2012 60 764 771
22. K. Arnold L. Bordoli J. Kopp T. Schwede Bioinformatics 2006 22 195 201
23. Schrödinger, Portland, USA, 2013
24. G. Madhavi Sastry M. Adzhigirey T. Day R. Annabhimoju W. Sherman J. Comput.-Aided Mol. Des. 2013 27 221 234
25. H. Li A. D. Robertson J. H. Jensen Proteins 2005 61 704 721
26. M. T. Christen L. Menon N. S. Myshakina J. Ahn M. A. Parniak R. Ishima Chem. Biol. Drug Des. 2012 80 706 716
27. J. C. Shelley A. Cholleti L. L. Frye J. R. Greenwood M. R. Timlin M. Uchimaya J. Comput.-Aided Mol. Des. 2007 21 681 691
28. A. D. Bochevarov E. Harder T. F. Hughes J. R. Greenwood D. A. Braden D. M. Philipp D. Rinaldo M. D. Halls J. Zhang R. A. Friesner Int. J. Quantum Chem. 2013 113 2110 2142
29. R. A. Friesner J. L. Banks R. B. Murphy T. A. Halgren J. J. Klicic D. T. Mainz M. P. Repasky E. H. Knoll M. Shelley J. K. Perry D. E. Shaw P. Francis P. S. Shenkin J. Med. Chem. 2004 47 1739 1749
30. D. A. Case, T. A. Darden, I. T. E. Cheatham, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. Roberts, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, J. Swails, A. W. Goetz, I. Kolossváry, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, R. M. Wolf, J. Liu, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, Q. Cai, X. Ye, J. Wang, M.-J. Hsieh, G. Cui, D. R. Roe, D. H. Mathews, M. G. Seetin, R. Salomon-Ferrer, C. Sagui, V. Babin, T. Luchko, S. Gusarov, A. Kovalenko and P. A. Kollman, Amber 12, University of California, San Francisco, 12 edn, 2012
31. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, N. J. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Fox, Gaussian 09, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, USA, Revision D.01 edn., 2009
32. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690
33. J. M. Hayes and G. Archontis, in Molecular Dynamics-Studies of Synthetic and Biological Macromolecules, ed., L. Wang, InTeck, 2012, ch. 9
34. A. Weis K. Katebzadeh P. Soderhjelm I. Nilsson U. Ryde J. Med. Chem. 2006 49 6596 6606
35. J. Kongsted U. Ryde J. Comput.-Aided Mol. Des. 2009 23 63 71
36. B. R. Miller T. D. McGee J. M. Swails N. Homeyer H. Gohlke A. E. Roitberg J. Chem. Theory Comput. 2012 8 3314 3321
37. V. Poongavanam C. Steinmann J. Kongsted PLoS One 2014 9 e98659