A triangular three-dye DNA switch capable of reconfigurable molecular logic

RSC Advances

Volumn 4, Issue 90, 2014, Pages 48860-48871

  Buckhout White, Susan ^a,b   Claussen, Jonathan C ^a,b,c   Melinger, Joseph S ^a   Dunningham, Zaire ^a   Ancona, Mario G ^a   Goldman, Ellen R ^a   Medintz, Igor L ^a  

^a NAVAL RESEARCH LABORATORY   (United States)

^b GEORGE MASON UNIVERSITY   (United States)

^c Iowa State University of Science and Technology   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MOLECULAR LOGIC; RECONFIGURABLE;

EID: 84907970049     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4ra10580j     Document Type: Article

References (55)

1. T. J. Fu N. C. Seeman Biochemistry 1993 32 3211
2. P. W. K. Rothemund Nature 2006 440 297
3. B. Yurke A. J. Turberfield A. P. Mills F. C. Simmel J. L. Neumann Nature 2000 406 605
4. B. Yurke A. P. Mills Jr Genetic Programming and Evolvable Machines 2003 4 111 122
5. H. Z. Gu J. Chao S. J. Xiao N. C. Seeman Nature 2010 465 202
6. J. Elbaz O. Lioubashevski F. Wang F. Remacle R. D. Levine I. Willner Nat. Nanotechnol. 2010 5 417
7. J. K. Hannestad S. R. Gerrard T. Brown B. Albinsson Small 2011 7 3178
8. Y.-X. Zhao A. Shaw X. Zeng E. Benson A. M. Nystrom B. Hogberg ACS Nano 2012 6 8684
9. S. Modi C. Nizak S. Surana S. Halder Y. Krishnan Nat. Nanotechnol. 2013 8 459
10. S. Buckhout-White M. Ancona E. Oh J. R. Deschamps M. H. Stewart J. B. Blanco-Canosa P. E. Dawson E. R. Goldman I. L. Medintz ACS Nano 2012 6 1026
11. J. Andreasson U. Pischel Chem. Soc. Rev. 2010 39 174
12. S. Auslander D. Auslander M. Muller M. Wieland M. Fussenegger Nature 2012 487 123 127
13. G. Ashkenasy M. R. Ghadiri J. Am. Chem. Soc. 2004 126 11140
14. G. Seelig D. Soloveichik D. Y. Zhang E. Winfree Science 2006 314 1585
15. B. Shlyahovsky Y. Li O. Lioubashevski J. Elbaz I. Willner ACS Nano 2009 3 1831
16. W. Li Y. Yang H. Yan Y. Liu Nano Lett. 2013 13 2980
17. Y. Benenson T. Paz-Elizur R. Adar E. Keinan Z. Livneh E. Shapiro Nature 2001 414 430
18. M. N. Stojanovic D. Stefanovic Nat. Biotechnol. 2003 21 1069
19. Y. Benenson B. Gil U. Ben-Dor R. Adar E. Shapiro Nature 2004 429 423
20. L. Adleman Science 1994 266 1021 1024
21. R. Pei E. Matamoros M. Liu D. Stefanovic M. N. Stojanovic Nat. Nanotechnol. 2010 5 773
22. C. Pistol C. Dwyer A. R. Lebeck IEEE Micro Magazine 2008 28 7 18
23. E. Graugnard D. L. Kellis H. Bui S. Barnes W. Kuang J. Lee W. L. Hughes W. B. Knowlton B. Yurke Nano Lett. 2012 12 2117
24. T. Nishimura Y. Ogura J. Tanida Appl. Phys. Lett. 2012 101 233703
25. M. D. Mottaghi C. Dwyer Adv. Mater. 2013 25 3593
26. FRET-Förster Resonance Energy Transfer From Theory to Applications, ed., I. L. Medintz, and, N. Hildebrandt, Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2013
27. J. R. Lakowicz, Principles of Fluorescence Spectroscopy, Springer, New York, 2006
28. Y. Li H. Zheng Y. Li S. Wang Z. Wu P. Liu Z. Gao H. Liu D. Zhu J. Org. Chem. 2007 72 2878
29. M. Yuan W. Zhou X. Liu M. Zhu J. Li X. Yin H. Zheng Z. Zuo C. Ouyang H. Liu Y. Li D. Zhu J. Org. Chem. 2008 73 5008
30. B. Rout P. Milko M. A. Iron L. Motiei D. Margulies J. Am. Chem. Soc. 2013 135 15330
31. J. C. Claussen W. R. Algar N. Hildebrandt K. Susumu M. G. Ancona I. L. Medintz Nanoscale 2013 5 12156
32. J. C. Claussen N. Hildebrandt K. Susumu M. G. Ancona I. L. Medintz ACS Appl. Mater. Interfaces 2014 6 3771
33. Y. Tang F. He S. Wang Y. Li D. Zhu G. C. Bazan Adv. Mater. 2006 18 2105 2110
34. K. Boeneman D. E. Prasuhn J. B. Blanco-Canosa P. E. Dawson J. S. Melinger M. Ancona M. H. Stewart K. Susumu A. Huston I. L. Medintz J. Am. Chem. Soc. 2010 132 18177
35. C. S. Spillmann M. G. Ancona S. Buckhout-White W. R. Algar M. H. Stewart K. Susumu A. Huston E. R. Goldman I. L. Medintz ACS Nano 2013 7 7101
36. T. G. Martin H. Dietz Nat. Commun. 2012 3 1103
37. A. P. de Silva, Molecular Logic-based Computation, RSC, Cambridge, UK, 2013
38. A. Roque F. Pina S. Alves R. Ballardini M. Maestri V. Balzani J. Mater. Chem. 1999 9 2265
39. C. M. Spillmann S. Buckhout-White E. Oh E. R. Goldman M. G. Ancona I. L. Medintz Chem. Commun. 2014 10.1039/c1034cc01072h
40. W. R. Algar H. Kim I. L. Medintz N. Hildebrandt Coord. Chem. Rev. 2014 263-264 65
41. W. R. Algar D. Wegner A. Huston J. B. Blanco-Canosa M. H. Stewart A. Armstrong P. E. Dawson N. Hildebrandt I. L. Medintz J. Am. Chem. Soc. 2012 134 1876
42. K. E. Sapsford L. Berti I. L. Medintz Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 4562
43. H. Pei X. Zuo D. Zhu Q. Huang C. Fan Acc. Chem. Res. 2014 47 550
44. M. Probst S. M. Langnegger R. Häner Chem. Commun. 2014 50 159
45. S. Mailloux J. Halámek E. Katz Analyst 2014 139 982
46. E. Katz Int. J. Unconv. Comp. 2012 8 339
47. G. Zhu J. Zheng E. Song M. Donovan K. Zhang C. Liu W. Tan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 7998
48. Y. M. Chang M. Donovan W. Tan J. Nucleic Acids 2013 817350
49. C. H. Leung D. S. H. Chan B. Y. W. Man C. J. Wang W. Lam Y. C. Cheng W. F. Fong W. L. W. Hsiao D. L. Ma Anal. Chem. 2011 83 463
50. D. L. Ma T. Xu D. S.-H. Chan B. Y.-W. Man W.-F. Fong C.-H. Leung Nucleic Acids Res. 2011 39 e67
51. H.-Z. He D. S.-H. Chan C. H. Leung D.-L. Ma Chem. Commun. 2012 48 9462
52. D.-L. Ma H.-Z. He K.-H. Leung H.-J. Zhong D. S.-H. Chan C.-H. Leung Chem. Soc. Rev. 2013 42 3427
53. M. H. Stewart A. L. Huston A. M. Scott A. L. Efros J. S. Melinger K. B. Gemmill S. A. Trammell J. B. Blanco-Canosa P. E. Dawson I. L. Medintz ACS Nano 2012 6 5330
54. K. Boeneman D. E. Prasuhn J. B. Blanco-Canosa P. E. Dawson J. S. Melinger M. Ancona M. H. Stewart K. Susumu A. Huston I. L. Medintz J. Am. Chem. Soc. 2010 132 18177
55. I. L. Medintz T. Pons K. Susumu K. Boeneman A. M. Dennis D. Farrell J. R. Deschamps J. S. Melinger G. Bao H. Mattoussi J. Phys. Chem. C 2009 113 18552