Boolean logic functions of a synthetic peptide network

Journal of the American Chemical Society

Volumn 126, Issue 36, 2004, Pages 11140-11141

  Ashkenasy, Gonen ^a   Ghadiri, M Reza ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

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SYNTHETIC PEPTIDE;

ARTICLE; CATALYSIS; CHEMICAL MODIFICATION; INFORMATION SCIENCE; MOLECULAR INTERACTION; PEPTIDE SYNTHESIS; REACTION ANALYSIS;

AMINO ACID SEQUENCE; LOGIC; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES;

EID: 4544385006     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja046745c     Document Type: Article

References (44)

1. (a) Bray, D. Nature 1995, 376, 307-312.
2. (b) Arkin, A.; Ross, J. Biophys. J. 1994, 67, 560-578.
3. (c) Bhalla, U. S.; Iyengar, R. Science 1998, 283, 381-387.
4. (d) Vohradsky, J. FASEB J. 2001, 15, 846-854.
5. (e) Lee, T. I.; Rinaldi, N. J.; Robert, F.; Odom, D. T.; Bar-Joseph, Z.; Gerber, G. K.; Hannett, N. M.; Harbison, C. T.; Thompson, C. M.; Simon, I.; Zeitlinger, J.; Jennings, E. G.; Murray, H. L.; Gordon, D. B.; Ren, B.; Wyrick, J. J.; Tagne, J.-B.; Volkert, T. L.; Fraenkel, E.; Gifford, D. K.; Young, R. A. Science 2002, 298, 799-804.
6. (f) Ravasz, E.; Somera, A. L.; Mongru, D. A.; Oltvai, Z. N.; Barabasi, A. L. Science 2002, 297, 1551-1555.
7. (g) Pawson, T.; Nash, P. Science 2003, 300, 445-452.
8. (h) McAdams, H. H.; Shapiro, L. Science 2003, 301, 1874-1877.
9. (i) Mangan, S.; Alon, U. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 11980-11985.
10. (a) Adleman, L. M. Science 1994, 266, 1021-1024.
11. (b) Lipton, R. J. Science 1995, 268, 542-545.
12. (c) Guarnieri, F.; Fliss, M.; Bancroft, C. Science 1996, 273, 220-223.
13. (d) Ouyang, Q.; Kaplan, P. D.; Liu, S.; Libchaber, A. Science 1997, 278, 446-449.
14. (e) Faulhammer, D.; Cukras, A. R.; Lipton, R. J.; Landweber, L. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 1385-1389.
15. (f) Liu, Q.; Wang, L.; Frutos, A. G.; Condon, A. E.; Corn, R. M.; Smith, L. M. Nature 2000, 403, 175-179.
16. (g) Mao, C.; LaBean, T. H.; Reif, J. H.; Seeman, N. C. Nature 2000, 407, 493-496.
17. (h) Benenson, Y.; Paz-Elizur, T.; Adar, R.; Keinan, E.; Livneh, Z.; Shapiro, E. Nature 2001, 414, 430-434.
18. (i) Carbone, A.; Seeman, N. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12577-12582.
19. (J) Stojanovic, M. N.; Stefanovic, D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6673-6676.
20. (k) Saghatelian, A.; Voelcker, N. H.; Guckian, K. M.; Lin, V. S. Y.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 725, 346-347.
21. (L) Stojanovic, M. N.; Stefanovic, D. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 1069-1074.
22. (m) Yan, H.; Feng, L.; LaBean, T. H.; Reif, J. H. J. Am. Chem. Soc. 2003, 725, 14246-14247.
23. (a) Hjelmfelt, A.; Weinberger, E. D.; Ross, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 10983-10987.
24. (b) Hjelmfelt, A.; Weinberger, E. D.; Ross, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 383-387.
25. (c) Dueber, J. E.; Yeh, B. J.; Chak, K.; Lim, W. A. Science 2003, 507, 1904-1908.
26. (d) Sivan, S.; Tuchman, S.; Lotan, N. BioSystems 2003, 70, 21-33.
27. (a) Elowitz, M.; Leibler, S. Nature 2000, 403, 335-338.
28. (b) Gardner, T.; Cantor, C.; Collins, J. Nature 2000, 403, 339-342.
29. (c) Guet, C.; Elowitz, M.; Hsing, W.; Leibler, S. Science 2002, 290, 1466-1470.
30. (d) Hasty, J.; McMillen, D.; Collins, J. J. Nature 2002, 420, 224-230.
31. (e) Yokobayashi, Y.; Weiss, R.; Arnold, F. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16587-16591.
32. (f) Atkinson Mariette, R.; Savageau Michael, A.; Myers Jesse, T.; Ninfa Alexander, J. Cell 2003, 773, 597-607.
33. For a recent reviews of synthetic molecular logic gates, see: (a) Raymo, F. M. Adv. Mater. 2002, 14, 401-414.
34. (b) de Suva, A. P.; McClenaghan, N. D. Chem.-Eur. J. 2004, 10, 574-586.
35. (c) Molecular Computing; Sienko, T., Adamatzky, A., Rambidi, N. G., Conrad, M., Eds.; MIT Press: Cambridge, MA, 2003.
36. Ashkenasy, G.; Jagasia, R.; Yadav, M.; Ghadiri, M. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 10872-10877.
37. (a) Lee, D. H.; Granja, J. R.; Martinez, J. A.; Severin, K.; Ghadiri, M. R. Nature 1996, 382, 525-528.
38. (b) Severin, K.; Lee, D. H.; Kennan, A. J.; Ghadiri, M. R. Nature 1997, 389, 706-709.
39. (c) Lee, D. H.; Severin, K.; Yokobayashi, Y.; Ghadiri, M. R. Nature 1997, 390, 591-594.
40. (d) Severin, K.; Lee, D. H.; Martinez, J. A.; Vieth, M.; Ghadiri, M. R. Angew. Chem., Int. Ed. 1998, 37, 126-128.
41. (e) Yao, S.; Ghosh, I.; Zutshi, R.; Chmielewski, J. Nature 1998, 396, 447-450.
42. (f) Kennan, A. J.; Haridas, V.; Severin, K.; Lee, D. H.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1797-1803.
43. (a) Mendelson, E. Boolean Algebra and Switching Circuits; McGraw-Hill: 1970.
44. (b) http://edda.csie.dyu.edu.tw/course/verilog/ver_chap5_2up.pdf.