Mechanisms of ligand-protein interaction in Sec-14-like transporters investigated by computer simulations

Chimia

Volumn 68, Issue 9, 2014, Pages 615-619

  Helbling, Rachel E ^a   Lamprakis, Christos ^a   Aeschimann, Walter ^a   Bolze, Cristin S ^a   Stocker, Achim ^a   Cascella, Michele ^b  

^a UNIVERSITY OF BERN   (Switzerland)

^b UNIVERSITY OF OSLO   (Norway)

Author keywords

Metadynamics; Molecular dynamics; QM MM; Retinal; Tocopherol

Indexed keywords

ALPHA TOCOPHEROL; ALPHA-TOCOPHEROL TRANSFER PROTEIN; CARRIER PROTEIN; LIGAND; PROTEIN BINDING; VITAMIN;

ANIMAL; METABOLISM; PHYSIOLOGY; TRANSPORT AT THE CELLULAR LEVEL;

ALPHA-TOCOPHEROL; ANIMALS; BIOLOGICAL TRANSPORT; CARRIER PROTEINS; LIGANDS; PROTEIN BINDING; VITAMINS;

EID: 84907551845     PISSN: 00094293     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2533/chimia.2014.615     Document Type: Article

References (52)

1. V. A. Bankaitis, J. R. Aitken, A. E. Cleves, W. Dowhan, Nature 1990, 347, 561.
2. A. G. Howe, C. R. McMaster, Can. J. Physiol. Pharm. 2006, 84, 29.
3. K. E. Ile, G. Schaaf, V. A. Bankaitis, Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 576.
4. A. Debant, C. Serra-Pages, K. Seipel, S. O'Brien, M. Tang, S. H. Park, M. Streuli, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 5466.
5. R. Meier, T. Tomizaki, C. Schulze-Briese, U. Baumann,A.Stocker, J. Mol. Biol. 2003, 331,725.
6. C. Panagabko, S. Morley, M. Hernandez, P. Cassolato, H. Gordon, R. Parsons, D. Manor, J. Atkinson, Biochemistry 2003, 42, 6467.
7. R. E. Helbling, W. Aeschimann, F. Simona, A. Stocker, M. Cascella, PLoS ONE 2012, 7, e49195.
8. C. S. Bolze, R. E. Helbling, R. L. Owen, A. R. Pearson, G. Pompidor, F. Dworkowski, M. R. Fuchs, J. Furrer, M. Golczak, K. Palczewski, M. Cascella, A. Stocker, J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 137.
9. M. Cascella, S. Bärfuss, A. Stocker, Arch. Biochem. Biophys. 2013, 539, 187.
10. R. E. Helbling, C. S. Bolze, M. Golczak, K. Palczewski, A. Stocker, M. Cascella, J. Phys. Chem. B 2013, 117, 10719.
11. M. Christen, M. J. Marcaida, C. Lamprakis, J. Vaithilingam, M. Hilbert, M. Cascella, A. Stocker, submitted.
12. J. von Lintig, P. D. Kiser, M. Golczak, K. Palczewski, Trends Biochem. Sci. 2010, 35, 400.
13. J. W. Crabb, Y. Chen, J. T. Kapron, K. A. West, D. L. Bredberg, J. C. Saan, Invest. Ophth. Vis. Sci. 1996, 37, 3691.
14. J. C. Saari, A. H. Bunt, S. Futterman, E. R. Berman, Invest. Ophth. Vis. Sci. 1977, 16, 797.
15. P. D. Kiser, M. Golczak, A. Maeda, K. Palczewski, Biochim. Biophys. Acta 2012, 1821, 137.
16. K. J. Palczewski, Biol. Chem. 2012, 287, 1612.
17. J. C. Saari, M. Nawrot, B. N. Kennedy, G. G. Garwin, J. B. Hurley, J. Huang, D. E. Possin, J. W. Crabb, Neuron 2001, 29, 739.
18. I. Golovleva, S. Bhattacharya, Z. P. Wu, N. Shaw, Y. W. Yang, H. Andrabi, K. A. West, M. S. I. Burstedt, K. Forsman, G. Holmgren, O. Sandgren, N. Noy, J. Qin, J. W. Crabb, J. Biol. Chem. 2003, 278, 12397.
19. J. C. Saari, D. L. Bredberg, N. Noy, Biochemistry 1994, 33, 3106.
20. A. Muniz, E. T. Villazana-Espinoza, B. Thackeray, A. T. C. Tsin, Biochemistry 2006, 45, 12265.
21. J. C. Saari, J. W. Crabb, Exp. Eye Res. 2005, 81, 245.
22. J. C. Saari, J. Huang, D. E. Possin, R. N. Fariss, J. Leonard, G. G. Garwin, J. W. Crabb, A. H. Milam, Glia 1997, 21, 259.
23. X. Q. He, J. Lobsiger, A. Stocker, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106, 18545.
24. J. K. McBee, J. P. Van Hooser, G. F. Jang, K. Palczewski, J. Biol. Chem. 2001, 276, 48483.
25. J. C. Saari, D. L. Bredberg, J. Biol. Chem. 1987, 262, 7618.
26. M. S. I. Burstedt, O. Sandgren, G. Holmgren, K. Forsman-Semb, Invest. Ophth. Vis. Sci. 1999, 40, 995.
27. M. S. I. Burstedt, K. Forsman-Semb, I. Golovleva, T. Janunger, L. Wachtmeister, O. Sandgren, Arch. Ophth. 2001, 119, 260.
28. T. D. Lamb, E. N. Pugh, Progr. Retin. Eye Res. 2004, 23, 307.
29. T. Y. Liu, E. Jenwitheesuk, D. C. Teller, R. Samudrala, Proteins 2005, 61, 412.
30. Z. P. Wu, A. Hasan, T. Y. Liu, D. C. Teller, J. W. Crabb, J. Biol. Chem. 2004, 279, 27357.
31. A. Warshel, M. Levitt, J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
32. A. Laio, J. VandeVondele, U. Rothlisberger, J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7300.
33. A. Laio, J. VandeVondele, U. Rothlisberger, J. Chem. Phys. 2002, 116, 6941.
34. R. Rowan, A. Warshel, B. D. Sykes, M. Karplus, Biochemistry 1974, 13, 970.
35. G. L. Catignani, Biochem. Biophys. Res. Co. 1975, 67, 66.
36. Y. Sato, K. Hagiwara, H. Arai, K. Inoue, FEBS Lett. 1991, 288, 41.
37. M. G. Traber, H. Arai, Annu. Rev. Nutr. 1999, 19, 343.
38. D. E. Kaempf-Rotzoll, M. Horiguchi, K. Hashiguchi, J. Aoki, H. Tamai, O. Linderkamp, H. Arai, Placenta 2003, 24, 439.
39. M. Shichiri, N. Kono, Y. Shimanaka, M. Tanito, D. E. Rotzoll, Y. Yoshida, Y. Hagihara, H. Tamai, H. Arai, J. Biol. Chem. 2012, 287, 2926.
40. W. X. Zhang, V. Thakur, A. Lomize, I. Pogozheva, C. Panagabko, M. Cecchini, M. Baptist, S. Morley, D. Manor, J. Atkinson, J. Mol. Biol. 2011, 405, 972.
41. K. C. Min, R. A. Kovall, W. A. Hendrickson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 14713.
42. R. Brigelius-Flohe, Nutr. Res. Rev. 2006, 19, 174.
43. S. E. Campbell, W. L. Stone, S. Lee, S. Whaley, H. S. Yang, M. Qui, P. Goforth, D. Sherman, D. McHaffie, K. Krishnan, BMC Cancer 2006, 6, 13.
44. A. Stocker, Ann. Ny. Acad. Sci. 2004, 1031, 44.
45. M. M. Ryan, B. R. S. Temple, S. E. Phillips, V. A. Bankaitis, Mol. Biol. Cell 2007, 18, 1928.
46. A. Laio, M. Parrinello, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 12562.
47. D. Branduardi, F. L. Gervasio, M. Parrinello, J. Chem. Phys. 2007, 126, 054103.
48. A. Berteotti, A. Cavalli, D. Branduardi, F. L. Gervasio, M. Recanatini, M. Parrinello, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 244.
49. N. Besker, F. L. Gervasio, Methods Mol. Biol. 2012, 819, 501.
50. D. Van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark, H. J. C. Berendsen, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701.
51. M. Bonomi, D. Branduardi, G. Bussi, C. Camilloni, D. Provasi, P. Raiteri, D. Donadio, F. Marinelli, F. Pietrucci, R. A. Broglia, M. Parrinello, Comput. Phys. Commun. 2009, 180, 1961.
52. A. Chugh, A. Ray, J. B. Gupta, Progr. Lipid Res. 2003, 42, 37.