Benchmarking DFT and TD-DFT functionals for the ground and excited states of hydrogen-rich peptide radicals

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 8, 2014, Pages 3308-3318

  Riffet, Vanessa ^a   Jacquemin, Denis ^b,c   Cauët, Emilie ^d   Frison, Gilles ^a  

^a LABORATOIRE HÉTÉROÉLÉMENTS ET COORDINATION   (France)

^b UNIVERSITÉ DE NANTES   (France)

^c INSTITUT UNIVERSITAIRE DE FRANCE   (France)

^d UNIVERSITÉ LIBRE DE BRUXELLES   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84906213982     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct5004912     Document Type: Article

References (97)

1. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
2. McLafferty, F. W.; Horn, D. M.; Breuker, K.; Ge, Y.; Lewis, M. A.; Cerda, B.; Zubarev, R. A.; Carpenter, B. K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 245-249
3. Syka, J. E.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
4. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563-573
5. Cooper, H. J.; Hakansson, K.; Marshall, A. G. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 201-222
6. Mikesh, L. M.; Ueberheide, B.; Chi, A.; Coon, J. J.; Syka, J. E. P.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764, 1811-1822
7. Zubarev, R. A.; Haselmann, K. F.; Budnik, B.; Kjeldsen, F.; Jensen, F. Eur. J. Mass Spectrom. 2002, 8, 337-349
8. Stensballe, A.; Jensen, O. N.; Olsen, J. V.; Haselmann, K. F.; Zubarev, R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1793-1800
9. Kellerher, N. L.; Zubarev, R. A.; Bush, K.; Furie, B.; Furie, B. C.; McLafferty, F. W.; Walsh, C. T. Anal. Chem. 1999, 71, 4250-4253
10. Mirgorodskaya, E.; Roepstorff, P.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 1999, 71, 4431-4436
11. Shi, S. D.; Hemling, M. E.; Carr, S. A.; Horn, D. M.; Lindh, I.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2001, 73, 19-22
12. Sze, S. K.; Ge, Y.; Oh, H. B.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1774-1779
13. Ge, Y.; Lawhorn, B. G.; ElNaggar, M.; Strauss, E.; Park, J. H.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 672-678
14. Turecek, F.; Julian, R. R. Chem. Rev. 2013, 113, 6691-6733
15. Wodrich, M.; Zhurov, K.; Vorobyev, A.; Ben Hamidane, H.; Corminboeuf, C.; Tsybin, Y. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 10807-10815
16. Wodrich, M. D.; Zhurov, K. O.; Corminboeuf, C.; Tsybin, Y. O. J. Phys. Chem. B 2014, 118, 2985-2992
17. Zhurov, K. O.; Wodrich, M. D.; Corminboeuf, C.; Tsybin, Y. O. J. Phys. Chem. B 2014, 118, 2628-2637
18. Patriksson, A.; Adams, C.; Kjeldsen, F.; Raber, J.; van der Spoel, D.; Zubarev, R. A. Int. J. Mass Spectrom. 2006, 248, 124-135
19. Syrstad, E. A.; Turecek, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 208-224
20. Sawicka, A.; Skurski, P.; Hudgins, R. R.; Simons, J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13505-13511
21. Sobczyk, M.; Anusiewicz, I.; Berdys-Kochanska, J.; Sawicka, A.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 250-258
22. Turecek, F.; Chung, T. W.; Moss, C. L.; Wyer, J. A.; Ehlerding, A.; Holm, A. I. S.; Zettergren, H.; Nielsen, S. B.; Hvelplund, P.; Chamot-Rooke, J.; Bythell, B.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 10728-10740
23. Turecek, F.; Moss, C. L.; Chung, T. W. Int. J. Mass Spectrom. 2012, 330-332, 207-219
24. Breuker, K.; Oh, H. B.; Horn, D. M.; Cerda, B. A.; McLafferty, F. W. Eur. J. Mass Spectrom. 2002, 8, 177-180
25. Cooper, H. J.; Hudgins, R. R.; Håkansson, K.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 241-249
26. Cooper, H. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1932-1940
27. Fung, Y. M.; Chan, T. W. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 2005, 16, 1523-1535
28. Lee, S.; Chung, G.; Kim, J.; Oh, H. B. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2006, 20, 3167-3175
29. Liu, H.; Håkansson, K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 2007-2013
30. Haselmann, K. F.; Schmidt, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 1003-1008
31. Falth, M.; Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Kjeldsen, F.; Andren, P. E.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 2008, 80, 8089-8094
32. van der Rest, G.; Hui, R.; Frison, G.; Chamot-Rooke, J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1631-1644
33. Marek, A.; Pepin, R.; Peng, B.; Laszlo, K. J.; Bush, M. F.; Tureček, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 1641-1653
34. Kalapothakis, J. M. D.; Berezovskaya, Y.; Zampronio, C. G.; Faull, P. A.; Barran, P. E.; Cooper, H. J. Chem. Commun. 2014, 50, 198-200
35. Alizadeh, E.; Sanche, L. Chem. Rev. 2012, 112, 5578-5602
36. Gu, J.; Leszczynski, J.; Schaefer, H. F. Chem. Rev. 2012, 112, 5603-5640
37. Neff, D.; Simons, J. J. Phys. Chem. A 2009, 114, 1309-1323
38. Simons, J. Chem. Phys. Lett. 2010, 484, 81-95
39. Simons, J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7074-7085
40. Chamot-Rooke, J.; Malosse, C.; Frison, G.; Tureček, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 2146-2161
41. Frison, G.; van der Rest, G.; Turecek, F.; Besson, T.; Lemaire, J.; Maitre, P.; Chamot-Rooke, J. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14916-14917
42. Turecek, F.; Chen, X.; Hao, C. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 8818-8833
43. Panja, S.; Brøndsted Nielson, S.; Hvelplund, P.; Tureček, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1726-1742
44. Jensen, C. S.; Holm, A. I. S.; Zettergren, H.; Overgaard, J. B.; Hvelplund, P.; Brøndsted Nielsen, S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1881-1889
45. Sohn, C. H.; Chung, C. K.; Yin, S.; Ramachandran, P.; Loo, J. A.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 5444-5459
46. Bythell, B. J. J. Phys. Chem. A 2013, 117, 1189-1196
47. Maclot, S.; Rangama, J.; Brøndsted Nielson, S.; Poully, J. C. Int. J. Mass Spectrom. 2013, 337, 1-11
48. Pepin, R.; Laszlo, K. J.; Peng, B.; Marek, A.; Bush, M. F.; Tureček, F. J. Chem. Phys. A 2014, 118, 308-324
49. Moss, C. L.; Liang, W.; Li, X.; Tureček, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 446-459
50. Ledvina, A. R.; Chung, T. W.; Hui, R.; Coon, J. J.; Tureček, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 1351-1363
51. Gilson, A. I.; van der Rest, G.; Chamot-Rooke, J.; Kurlancheek, W.; Head-Gordon, M.; Jacquemin, D.; Frison, G. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 1426-1431
52. Lundberg, M.; Siegbahn, P. E. M. J. Chem. Phys. 2005, 122, 224103-224109
53. Cohen, A. J.; Mori-Sanchez, P.; Yang, W. T. Science 2008, 321, 792-794
54. Johnson, E. J.; Salamone, M.; Bietti, M.; DiLabio, G. A. J. Phys. Chem. A 2013, 117, 947-952
55. Conradie, J.; Ghosh, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 12621-12624
56. Boguslawski, K.; Jacob, C. R.; Reiher, M. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2740-2752
57. Leang, S. S.; Zahariev, F.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2012, 136, 104101-104112
58. Laurent, A. D.; Jacquemin, D. Int. J. Quantum Chem. 2013, 113, 2019-2039 and references therein
59. Schreiber, M.; Silva-Junior, M. R.; Sauer, S. P. A.; Thiel, W. J. Chem. Phys. 2008, 128, 134110
60. Silva-Junior, M. R.; Schreiber, M.; Sauer, S. P. A.; Thiel, W. J. Chem. Phys. 2008, 129, 104103
61. Goerigk, L.; Grimme, S. J. Chem. Phys. 2010, 132, 184103
62. Vlcek, A.; Zalis, S. Coord. Chem. Rev. 2007, 251, 258-287
63. Gonzalez, L.; Escudero, D.; Serrano-Andrés, L. ChemPhysChem 2012, 13, 28-51
64. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Gaussian 09, Revision B.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2010.
65. Yanai, T.; Tew, D.; Handy, N. Chem. Phys. Lett. 2004, 393, 51-57
66. Henderson, T. M.; Izmaylov, A. F.; Scuseria, G. E.; Savin, A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 221103
67. Henderson, T. M.; Izmaylov, A. F.; Scuseria, G. E.; Savin, A. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1254-1262
68. Chai, J. D.; Head-Gordon, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 6615-6620
69. Chai, J. D.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 2008, 128, 084106-084115
70. Likura, H.; Tsuneda, T.; Yanai, T.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3540-3544
71. Tsuneda, T.; Hirao, K. WIREs Comput. Mol. Sci. DOI: 10.1002/wcms.1178.
72. Peverati, R.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 2810-2817
73. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 5121-5129
74. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 13126-13130
75. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-89
76. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200-206
77. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-100
78. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372-77
79. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 215-241
80. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652
81. Rabilloud, F. J. Phys. Chem. A 2013, 117, 4267-4278
82. Refaely-Abramson, S.; Baer, R.; Kronik, L. Phys. Rev. B 2011, 84, 075144 1-8
83. Kronik, L.; Stein, T.; Refaely-Abramson, S.; Baer, R. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1515-1531
84. Refaely-Abramson, S.; Sharifzadeh, S.; Govind, N.; Autschbach, J.; Neaton, J. B.; Baer, R.; Kronik, L. Phys. Rev. Lett. 2012, 109, 226405 1-6
85. Karolewski, A.; Kronik, L.; Kümmel, S. J. Chem. Phys. 2013, 138, 204115 1-11
86. Agrawal, P.; Tkatchenko, A.; Kronik, L. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3473-3478
87. Moore, B., II; Autschbach, J. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 4991-5003
88. Sun, H.; Autschbach, J. ChemPhysChem 2013, 14, 2450-2461
89. Baer, R.; Livshits, E.; Salzner, U. Annu. Rev. Phys. Chem. 2010, 61, 85-109
90. Jacquemin, D.; Moore, B., II; Planchat, A.; Adamo, C.; Autschbach, J. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1677-1685
91. Reed, A. E.; Weinstock, R. B.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 735-746
92. Roos, B. O.; Taylor, P. R.; Siegbahn, P. E. M. Chem. Phys. 1980, 48, 157-173
93. Knowles, P. J.; Werner, H. J. Chem. Phys. Lett. 1988, 145, 514-522
94. Werner, H. J.; Knowles, P. J. J. Chem. Phys. 1988, 89, 5803-5814
95. Werner, H. J.; Knowles, P. J.; Knizia, G.; Manby, F. R.; Schütz, M.; Celani, P.; Korona, T.; Lindh, R.; Mitrushenkov, A.; Rauhut, G.; Molpro, version 2010.1, a package of ab initio programs, 2010. See http://www.molpro. net.
96. Langhoff, S. R.; Davidson, E. R. Int. J. Quantum Chem. 1974, 8, 61-72
97. Stanton, J. F.; Bartlett, R. J. J. Chem. Phys. 1993, 98, 7029-7039