RNA intrusions change DNA elastic properties and structure

Nanoscale

Volumn 6, Issue 17, 2014, Pages 10009-10017

  Chiu, Hsiang Chih ^a   Koh, Kyung Duk ^a   Evich, Marina ^b   Lesiak, Annie L ^a   Germann, Markus W ^b   Bongiorno, Angelo ^a   Riedo, Elisa ^a   Storici, Francesca ^a  

^a GEORGIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

^b GEORGIA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; DNA; DNA SEQUENCES; ELASTICITY; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; RNA;

BIOLOGICAL FUNCTIONS; ELASTIC PROPERTIES; ELASTICITY MEASUREMENT; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; RIBONUCLEOSIDES; RNA NANOTECHNOLOGIES; SINGLE MOLECULE; STRUCTURAL ALTERATIONS;

BIOINFORMATICS;

DNA; RIBONUCLEOTIDE;

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; MECHANICAL STRESS; MOLECULAR DYNAMICS; PROCEDURES; ULTRASTRUCTURE; YOUNG MODULUS;

COMPUTER SIMULATION; DNA; ELASTIC MODULUS; MICROSCOPY, ATOMIC FORCE; MODELS, CHEMICAL; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NUCLEIC ACID CONFORMATION; RIBONUCLEOTIDES; STRESS, MECHANICAL;

EID: 84905843129     PISSN: 20403364     EISSN: 20403372     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4nr01794c     Document Type: Article

References (66)

1. K. E. Duderstadt K. Chuang J. M. Berger Nature 2011 478 209 213
2. K. S. Bloom Chromosoma 2008 117 103 110
3. C. Bustamante S. B. Smith J. Liphardt D. Smith Curr. Opin. Struct. Biol. 2000 10 279 285
4. T. Nishinaka Y. Ito S. Yokoyama T. Shibata Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 6623 6628
5. A. Mazurek C. N. Johnson M. W. Germann R. Fishel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 4177 4182
6. P. Gross N. Laurens L. B. Oddershede U. Bockelmann E. J. G. Peterman G. J. L. Wuite Nat. Phys. 2011 7 731 736
7. G. Weber J. W. Essex C. Neylon Nat. Phys. 2009 5 769 773
8. A. G. Pedersen L. J. Jensen S. Brunak H. H. Staerfeldt D. W. Ussery J. Mol. Biol. 2000 299 907 930
9. H. G. Garcia P. Grayson L. Han M. Inamdar J. Kondev P. C. Nelson R. Phillips J. Widom P. A. Wiggins Biopolymers 2007 85 115 130
10. C. A. Hunter J. Mol. Biol. 1993 230 1025 1054
11. P. W. Rothemund Nature 2006 440 297 302
12. D. Schiffels T. Liedl D. K. Fygenson ACS Nano 2013 7 6700 6710
13. H. T. Maune S. P. Han R. D. Barish M. Bockrath W. A. Iii P. W. Rothemund E. Winfree Nat. Nanotechnol. 2010 5 61 66
14. M. Chang C. S. Yang D. M. Huang ACS Nano 2011 5 6156 6163
15. M. A. Reijns B. Rabe R. E. Rigby P. Mill K. R. Astell L. A. Lettice S. Boyle A. Leitch M. Keighren F. Kilanowski P. S. Devenney D. Sexton G. Grimes I. J. Holt R. E. Hill M. S. Taylor K. A. Lawson J. R. Dorin A. P. Jackson Cell 2012 149 1008 1022
16. S. A. Nick McElhinny B. E. Watts D. Kumar D. L. Watt E. B. Lundstrom P. M. Burgers E. Johansson A. Chabes T. A. Kunkel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 4949 4954
17. N. A. Cavanaugh W. A. Beard S. H. Wilson J. Biol. Chem. 2010 285 24457 24465
18. J. P. McDonald A. Vaisman W. Kuban M. F. Goodman R. Woodgate PLoS Genet. 2012 8 e1003030
19. A. R. Clausen S. Zhang P. M. Burgers M. Y. Lee T. A. Kunkel DNA Repair 2013 12 121 127
20. F. Storici K. Bebenek T. A. Kunkel D. A. Gordenin M. A. Resnick Nature 2007 447 338 341
21. Y. Shen K. D. Koh B. Weiss F. Storici Nat. Struct. Mol. Biol. 2011 19 98 104
22. Y. Shen P. Nandi M. B. Taylor S. Stuckey H. P. Bhadsavle B. Weiss F. Storici Mutat. Res. 2011 717 91 98
23. N. Kim S. Y. Huang J. S. Williams Y. C. Li A. B. Clark J. E. Cho T. A. Kunkel Y. Pommier S. Jinks-Robertson Science 2011 332 1561 1564
24. K. W. Caldecott Science 2014 343 260 261
25. A. H. Wang S. Fujii J. H. van Boom G. A. van der Marel S. A. van Boeckel A. Rich Nature 1982 299 601 604
26. T. N. Jaishree G. A. van der Marel J. H. van Boom A. H. Wang Biochemistry 1993 32 4903 4911
27. C. Ban B. Ramakrishnan M. Sundaralingam J. Mol. Biol. 1994 236 275 285
28. E. F. DeRose L. Perera M. S. Murray T. A. Kunkel R. E. London Biochemistry 2012 51 2407 2416
29. S. H. Chou P. Flynn A. Wang B. Reid Biochemistry 1991 30 5248 5257
30. M. Egli N. Usman A. Rich Biochemistry 1993 32 3221 3237
31. A. Bongiorno J. Phys. Chem. B 2008 112 13945 13950
32. C. L. Cleveland R. N. Barnett A. Bongiorno J. Joseph C. Liu G. B. Schuster U. Landman J. Am. Chem. Soc. 2007 129 8408 8409
33. R. N. Barnett A. Bongiorno C. L. Cleveland A. Joy U. Landman G. B. Schuster J. Am. Chem. Soc. 2006 128 10795 10800
34. L. C. Gallington A. Bongiorno J. Chem. Phys. 2010 132 174707
35. J. M. Aramini S. H. Cleaver R. T. Pon R. P. Cunningham M. W. Germann J. Mol. Biol. 2004 338 77 91
36. V. Sklenar H. Miyashiro G. Zon H. T. Miles A. Bax FEBS Lett. 1986 208 94 98
37. T. D. Goddard and D. G. Kneller, SPARKY 3.33, University of California, San Francisco, U.S.A
38. J. S. Williams A. R. Clausen S. A. Nick McElhinny B. E. Watts E. Johansson T. A. Kunkel DNA Repair 2012 11 649 656
39. Y. Shen F. Storici J. Visualized Exp. 2010 e2152
40. T. Morii R. Mizuno H. Haruta T. Okada Thin Solid Films 2004 464 456 458
41. S. Smith L. Finzi C. Bustamante Science 1992 258 1122 1126
42. C. G. Baumann S. B. Smith V. A. Bloomfield C. Bustamante Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 6185 6190
43. J. A. Abels F. Moreno-Herrero T. van der Heijden C. Dekker N. H. Dekker Biophys. J. 2005 88 2737 2744
44. E. Herrero-Galan M. E. Fuentes-Perez C. Carrasco J. M. Valpuesta J. L. Carrascosa F. Moreno-Herrero J. R. Arias-Gonzalez J. Am. Chem. Soc. 2013 135 122 131
45. J. Zlatanova S. M. Lindsay S. H. Leuba Prog. Biophys. Mol. Biol. 2000 74 37 61
46. H. J. Butt B. Cappella M. Kappl Surf. Sci. Rep. 2005 59 1 152
47. A. Noy D. V. Vezenov J. F. Kayyem T. J. Meade C. M. Lieber Chem. Biol. 1997 4 519 527
48. P. A. Wiggins T. van der Heijden F. Moreno-Herrero A. Spakowitz R. Phillips J. Widom C. Dekker P. C. Nelson Nat. Nanotechnol. 2006 1 137 141
49. J. Morfill F. Kuhner K. Blank R. A. Lugmaier J. Sedlmair H. E. Gaub Biophys. J. 2007 93 2400 2409
50. T.-H. Nguyen et al. Nanotechnology 2010 21 075101
51. R. S. Mathew-Fenn R. Das P. A. Harbury Science 2008 322 446 449
52. C. Yuan H. Chen X. W. Lou L. A. Archer Phys. Rev. Lett. 2008 100 018102
53. C. Bustamante J. F. Marko E. D. Siggia S. Smith Science 1994 265 1599 1600
54. P. A. Wiggins T. van der Heijden F. Moreno-Herrero A. Spakowitz R. Phillips J. Widom C. Dekker P. C. Nelson Nat. Nanotechnol. 2006 1 137 141
55. O. c. Lee J.-H. Jeon W. Sung Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2010 81 021906
56. J. Wong A. Chilkoti V. T. Moy Biomol. Eng. 1999 16 45 55
57. M. Grandbois M. Beyer M. Rief H. Clausen-Schaumann H. E. Gaub Science 1999 283 1727 1730
58. H.-C. Chiu S. Kim C. Klinke E. Riedo Appl. Phys. Lett. 2012 101 103109
59. H.-C. Chiu B. Ritz S. Kim E. Tosatti C. Klinke E. Riedo Adv. Mater. 2012 24 2797 2797
60. M. Lucas X. Zhang I. Palaci C. Klinke E. Tosatti E. Riedo Nat. Mater. 2009 8 876 881
61. T. D. Li J. P. Gao R. Szoszkiewicz U. Landman E. Riedo Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2007 75 115415
62. D. Ortiz-Young H. C. Chiu S. Kim K. Voitchovsky E. Riedo Nat. Commun. 2013 4 2482
63. F. Lankas J. Sponer P. Hobza J. Langowski J. Mol. Biol. 2000 299 695 709
64. S. Hormeno B. Ibarra J. L. Carrascosa J. M. Valpuesta F. Moreno-Herrero J. R. Arias-Gonzalez Biophys. J. 2011 100 1996 2005
65. G. G. Prive U. Heinemann S. Chandrasegaran L. S. Kan M. L. Kopka R. E. Dickerson Science 1987 238 498 504
66. D. G. Gorenstein Chem. Rev. 1994 94 1315 1338