Automated LC-HRMS(/MS) approach for the annotation of fragment ions derived from stable isotope labeling-assisted untargeted metabolomics

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 15, 2014, Pages 7320-7327

  Neumann, Nora K N ^a   Lehner, Sylvia M ^a   Kluger, Bernhard ^a   Bueschl, Christoph ^a   Sedelmaier, Karoline ^a   Lemmens, Marc ^b   Krska, Rudolf ^a   Schuhmacher, Rainer ^a  

^a UNIVERSITY OF NATURAL RESOURCES AND LIFE SCIENCES   (Austria)

^b UNIVERSITY OF NATURAL RESOURCES AND LIFE SCIENCES   (Austria)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULES; FUNGI; ISOTOPES; MASS SPECTROMETRY; METABOLITES; URANIUM;

AUTOMATED INTERPRETATION; BIO-CHEMICAL COMPOUNDS; ELEMENTAL COMPOSITIONS; FUNGAL CULTURE FILTRATES; NUMBER OF CARBON ATOMS; STABLE-ISOTOPE LABELING; STRUCTURAL CHARACTERIZATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

IONS;

EID: 84905686704     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac501358z     Document Type: Article

References (39)

1. Patti, G. J.; Yanes, O.; Siuzdak, G. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2012, 13, 263-269
2. Laatsch, H. In AntiBase 2007: The Natural Product Identifier; Wiley-VCH GmbH: Weinheim, Germany, 2007.
3. Degtyarenko, K.; de Matos, P.; Ennis, M.; Hastings, J.; Zbinden, M.; McNaught, A.; Alcantara, R.; Darsow, M.; Guedj, M.; Ashburner, M. Nucleic Acids Res. 2008, 36, D344-D350
4. PubChem. http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/.
5. KEGG Compound. http://www.genome.jp/kegg/compound/.
6. Caspi, R.; Altman, T.; Billington, R.; Dreher, K.; Foerster, H.; Fulcher, C. A.; Holland, T. A.; Keseler, I. M.; Kothari, A.; Kubo, A.; Krummenacker, M.; Latendresse, M.; Mueller, L. A.; Ong, Q.; Paley, S.; Subhraveti, P.; Weaver, D. S.; Weerasinghe, D.; Zhang, P.; Karp, P. D. Nucleic Acids Res. 2014, 42, D459-D471
7. Klein, S.; Heinzle, E. Wiley Interdiscip. Rev.: Syst. Biol. Med. 2012, 4, 261-272
8. Kind, T.; Fiehn, O. BMC Bioinf. 2006, 7, 234
9. Kind, T.; Fiehn, O. BMC Bioinf. 2007, 8, 105
10. Böcker, S.; Letzel, M. C.; Liptak, Z.; Pervukhin, A. Bioinformatics 2009, 25, 218-224
11. Nakabayashi, R.; Sawada, Y.; Yamada, Y.; Suzuki, M.; Hirai, M. Y.; Sakurai, T.; Saito, K. Anal. Chem. 2013, 85, 1310-1315
12. Glaser, K.; Kanawati, B.; Kubo, T.; Schmitt-Kopplin, P.; Grill, E. Plant J. 2013, 77, 31-45
13. Dunn, W.; Erban, A.; Weber, R. M.; Creek, D.; Brown, M.; Breitling, R.; Hankemeier, T.; Goodacre, R.; Neumann, S.; Kopka, J.; Viant, M. Metabolomics 2013, 9, 44-66
14. Horai, H.; Arita, M.; Kanaya, S.; Nihei, Y.; Ikeda, T.; Suwa, K.; Ojima, Y.; Tanaka, K.; Tanaka, S.; Aoshima, K.; Oda, Y.; Kakazu, Y.; Kusano, M.; Tohge, T.; Matsuda, F.; Sawada, Y.; Hirai, M. Y.; Nakanishi, H.; Ikeda, K.; Akimoto, N.; Maoka, T.; Takahashi, H.; Ara, T.; Sakurai, N.; Suzuki, H.; Shibata, D.; Neumann, S.; Iida, T.; Tanaka, K.; Funatsu, K.; Matsuura, F.; Soga, T.; Taguchi, R.; Saito, K.; Nishioka, T. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 703-714
15. Smith, C. A.; O'Maille, G.; Want, E. J.; Qin, C.; Trauger, S. A.; Brandon, T. R.; Custodio, D. E.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Ther. Drug Monit. 2005, 27, 747-751
16. NIST MS/MS. http://www.nist.gov/mml/bmd/data/tandemmass-speclib.cfm.
17. Nikolskiy, I.; Mahieu, N. G.; Chen, Y. J.; Tautenhahn, R.; Patti, G. J. Anal. Chem. 2013, 85, 7713-7719
18. Mistrik, R.; HighChem, Ltd.: Bratislava, Slovakia.
19. Wolf, S.; Schmidt, S.; Muller-Hannemann, M.; Neumann, S. BMC Bioinf. 2010, 11, 148
20. Rasche, F.; Svatos, A.; Maddula, R. K.; Böttcher, C.; Böcker, S. Anal. Chem. 2010, 83, 1243-1251
21. Peironcely, J. E.; Rojas-Cherto, M.; Tas, A.; Vreeken, R.; Reijmers, T.; Coulier, L.; Hankemeier, T. Anal. Chem. 2013, 85, 3576-3583
22. Rojas-Cherto, M.; Kasper, P. T.; Willighagen, E. L.; Vreeken, R. J.; Hankemeier, T.; Reijmers, T. H. Bioinformatics 2011, 27, 2376-2383
23. Rojas-Cherto, M.; Peironcely, J. E.; Kasper, P. T.; van der Hooft, J. J. J.; de Vos, R. C. H.; Vreeken, R.; Hankemeier, T.; Reijmers, T. Anal. Chem. 2012, 84, 5524-5534
24. Hegeman, A. D.; Schulte, C. F.; Cui, Q.; Lewis, I. A.; Huttlin, E. L.; Eghbalnia, H.; Harms, A. C.; Ulrich, E. L.; Markley, J. L.; Sussman, M. R. Anal. Chem. 2007, 79, 6912-6921
25. Baran, R.; Bowen, B. P.; Bouskill, N. J.; Brodie, E. L.; Yannone, S. M.; Northen, T. R. Anal. Chem. 2010, 82, 9034-9042
26. Giavalisco, P.; Hummel, J.; Lisec, J.; Inostroza, A. C.; Catchpole, G.; Willmitzer, L. Anal. Chem. 2008, 80, 9417-9425
27. Cano, P. M.; Jamin, E. L.; Tadrist, S.; Bourdaud'hui, P.; Pean, M.; Debrauwer, L.; Oswald, I. P.; Delaforge, M.; Puel, O. Anal. Chem. 2013, 85, 8412-8420
28. Chokkathukalam, A.; Kim, D. H.; Barrett, M. P.; Breitling, R.; Creek, D. J. Bioanalysis 2014, 6, 511-524
29. Bueschl, C.; Kluger, B.; Lemmens, M.; Adam, G.; Wiesenberger, G.; Maschietto, V.; Marocco, A.; Strauss, J.; Bödi, S.; Thallinger, G.; Krska, R.; Schuhmacher, R. Metabolomics 2013, 1-16
30. Hiller, K.; Metallo, C. M. Curr. Opin. Biotechnol. 2013, 24, 60-68
31. Wegner, A.; Weindl, D.; Jager, C.; Sapcariu, S. C.; Dong, X.; Stephanopoulos, G.; Hiller, K. Anal. Chem. 2014, 86, 2221-2228
32. Bueschl, C.; Kluger, B.; Berthiller, F.; Lirk, G.; Winkler, S.; Krska, R.; Schuhmacher, R. Bioinformatics 2012, 28, 736-738
33. Creek, D. J.; Chokkathukalam, A.; Jankevics, A.; Burgess, K. E. V.; Breitling, R.; Barrett, M. P. Anal. Chem. 2012, 84, 8442-8447
34. Huang, X.; Chen, Y. J.; Cho, K.; Nikolskiy, I.; Crawford, P. A.; Patti, G. J. Anal. Chem. 2014, 86, 1632-1639
35. Bald, T.; Barth, J.; Niehues, A.; Specht, M.; Hippler, M.; Fufezan, C. Bioinformatics 2012, 28, 1052-1053
36. Chambers, M. C.; Maclean, B.; Burke, R.; Amodei, D.; Ruderman, D. L.; Neumann, S.; Gatto, L.; Fischer, B.; Pratt, B.; Egertson, J.; Hoff, K.; Kessner, D.; Tasman, N.; Shulman, N.; Frewen, B.; Baker, T. A.; Brusniak, M. Y.; Paulse, C.; Creasy, D.; Flashner, L.; Kani, K.; Moulding, C.; Seymour, S. L.; Nuwaysir, L. M.; Lefebvre, B.; Kuhlmann, F.; Roark, J.; Rainer, P.; Detlev, S.; Hemenway, T.; Huhmer, A.; Langridge, J.; Connolly, B.; Chadick, T.; Holly, K.; Eckels, J.; Deutsch, E. W.; Moritz, R. L.; Katz, J. E.; Agus, D. B.; MacCoss, M.; Tabb, D. L.; Mallick, P. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 918-920
37. Kaufmann, A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 2035-2045
38. Pluskal, T.; Uehara, T.; Yanagida, M. Anal. Chem. 2012, 84, 4396-4403
39. Bueschl, C.; Krska, R.; Kluger, B.; Schuhmacher, R. Anal. Bioanal. Chem. 2013, 405, 27-33