Interactions between trehalose and amino acids by molecular dynamics simulations

Wuli Huaxue Xuebao/ Acta Physico - Chimica Sinica

Volumn 30, Issue 7, 2014, Pages 1239-1246

  Bai, Shu ^a,b   Chang, Ying ^a   Liu, Xiao Juan ^a   Liu, Fu Feng ^a,b  

^a TIANJIN UNIVERSITY   (China)

^b SynBio Research Platform   (China)

Author keywords

Hydrogen bond; Molecular dynamics simulation; Osmolyte; Protein stability; Trehalose

Indexed keywords

EID: 84904464544     PISSN: 10006818     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.3866/PKU.WHXB201405151     Document Type: Article

References (31)

1. Richards, A. B.; Krakowka, S.; Dexter, L. B.; Schmid, H.; Wolterbeek, A. P.; Waalkens-Berendsen, D. H.; Shigoyuki, A.; Kurimoto, M. Food Chem. Toxicol. 2002, 40, 871. doi: 10.1016/ S0278-6915(02)00011-X
2. Singer, M. A.; Lindquist, S. Trends Biotechnol. 1998, 16, 460. doi: 10.1016/S0167-7799(98)01251-7
3. Crowe, J. H.; Crowe, L. M.; Carpenter, J. F.; Wistrom, A. C. Biochem. J. 1987, 242, 1.
4. Ohtake, S.; Wang, Y. J. J. Pharm. Sci. 2011, 100, 2020. doi: 10.1002/jps.22458
5. Zhang, N.; Liu, F. F.; Dong, X. Y.; Sun, Y. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 7040. doi: 10.1021/jp300171h
6. Zhang, N.; Liu, F. F.; Dong, X. Y.; Sun, Y. Biochem. Eng. J. 2013, 70, 188. doi: 10.1016/j.bej.2012.11.004
7. Liu, F. F.; Ji, L.; Zhang, L.; Dong, X. Y.; Sun, Y. J. Chem. Phys. 2010, 132, 225103. doi: 10.1063/1.3453713
8. Liu, F. F.; Ji, L.; Dong, X. Y. Acta Phys. -Chim. Sin. 2010, 26, 2813. doi: 10.3866/PKU.WHXB20101011
9. Zhang, N.; Liu, F. F.; Dong, X. Y.; Sun, Y. Biochem. Eng. J. 2013, 79, 120. doi: 10.1016/j.bej.2013.07.007
10. Dong, X. Y.; Liu, J. H.; Liu, F. F.; Sun, Y. Biochem. Eng. J. 2009, 43, 321. doi: 10.1016/j.bej.2008.10.015
11. Liu, F. F.; Ji, L.; Dong, X. Y.; Sun, Y. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11320. doi: 10.1021/jp905580j
12. Liu, F. F.; Dong, X. Y.; Sun, Y. Acta Phys. -Chim. Sin. 2010, 26, 1643. doi: 10.3866/PKU.WHXB20100613
13. Bolen, D.W.; Rose, G. D. Annu. Rev. Biochem. 2008, 77, 339. doi: 10.1146/annurev.biochem.77.061306.131357
14. Lins, R. D.; Pereira, C. S.; Hunenberger, P. H. Proteins 2004, 55, 177. doi: 10.1002/prot.10632
15. Ansari, A.; Jones, C. M.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Science 1992, 256, 1796. doi: 10.1126/science.1615323
16. Allison, S. D.; Chang, B.; Randolph, T.W.; Carpenter, J. F. Arch. Biochem. Biophys. 1999, 365, 289. doi: 10.1006/abbi.1999.1175
17. Lins, R. D.; Hunenberger, P. H. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1400. doi: 10.1002/jcc.20275
18. Liu, F. F.; Dong, X. Y.; Sun, Y. J. Mol. Graph. Model. 2008, 27, 421. doi: 10.1016/j.jmgm.2008.07.002
19. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435. doi: 10.1021/ct700301q
20. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B. Ed.; Reidel: Dordecht, Holland, 1981; pp 331.
21. Van gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Hunenberger, P. H.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tironi, I. G. Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide; Zurich: Groninigen, 1996.
22. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463. doi: 10.1002/(SICI)1096- 987X(199709)18:12<1463::AID-JCC4>3.0.CO;2-H
23. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089. doi: 10.1063/1.464397
24. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684. doi: 10.1063/1.448118
25. Liu, F. F.; Dong, X. Y.; Wang, T.; Sun, Y. J. Chromatogr. A 2007, 1175, 249. doi: 10.1016/j.chroma.2007.10.074
26. Stumpe, M. C.; Grubmuller, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 16126. doi: 10.1021/ja076216j
27. Sheu, S. Y.; Yang, D. Y.; Selzle, H. L.; Schlag, E.W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 12683. doi: 10.1073/ pnas.2133366100
28. Jenkins, S.; Morrison, I. Chem. Phys. Lett. 2000, 317, 97. doi: 10.1016/S0009-2614(99)01306-8
29. Li, W.; Qin, M.; Tie, Z.; Wang, W. Phys. Rev. E 2011, 84, 041933. doi: 10.1103/PhysRevE.84.041933
30. Li, W.; Zhang, J.; Wang, J.; Wang, W. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 892. doi: 10.1021/ja075302g
31. Lei, H.; Duan, Y. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 187. doi: 10.1016/j.sbi.2007.03.003