Glycoform analysis of recombinant and human immunodeficiency virus envelope protein gp120 via higher energy collisional dissociation and spectral-aligning strategy

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 14, 2014, Pages 6959-6967

  Yang, Weiming ^a   Shah, Punit ^a   Toghi Eshghi, Shadi ^a   Yang, Shuang ^a   Sun, Shisheng ^a   Ao, Minghui ^a   Rubin, Abigail ^a   Jackson, J Brooks ^a,b   Zhang, Hui ^a  

^a JOHNS HOPKINS UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b UNIVERSITY OF MINNESOTA MEDICAL SCHOOL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISEASES; ESTERIFICATION; GLYCOSYLATION; POLYSACCHARIDES; RECOMBINANT PROTEINS; VIRUSES;

COLLISIONAL DISSOCIATION; DIRECT OBSERVATIONS; GLYCAN STRUCTURES; GLYCOFORM ANALYSIS; GLYCOSYLATION SITES; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS; PEPTIDE BACKBONES; SITE-SPECIFIC GLYCOSYLATION;

PEPTIDES;

GLYCOPEPTIDE; GLYCOPROTEIN GP 120; ION; RECOMBINANT PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; CHEMISTRY; CONFORMATION; GENETICS; GLYCOSYLATION; HEK293 CELL LINE; HUMAN; METABOLISM; MOLECULAR GENETICS; PROCEDURES; TANDEM MASS SPECTROMETRY; VIRION;

AMINO ACID SEQUENCE; CARBOHYDRATE CONFORMATION; GLYCOPEPTIDES; GLYCOSYLATION; HEK293 CELLS; HIV ENVELOPE PROTEIN GP120; HUMANS; IONS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; RECOMBINANT PROTEINS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; VIRION;

EID: 84904310904     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac500876p     Document Type: Article

References (48)

1. Patrie, S. M.; Roth, M. J.; Kohler, J. J. Methods Mol. Biol. 2013, 951, 1-17
2. Scanlan, C. N.; Offer, J.; Zitzmann, N.; Dwek, R. A. Nature 2007, 446, 1038-1045
3. Apweiler, R.; Hermjakob, H.; Sharon, N. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1473, 4-8
4. Sun, S.; Wang, Q.; Zhao, F.; Chen, W.; Li, Z. PLoS One 2011, 6, e22844
5. Sun, S.; Wang, Q.; Zhao, F.; Chen, W.; Li, Z. PLoS One 2012, 7, e32119
6. Strum, J. S.; Nwosu, C. C.; Hua, S.; Kronewitter, S. R.; Seipert, R. R.; Bachelor, R. J.; An, H. J.; Lebrilla, C. B. Anal. Chem. 2013, 85, 5666-5675
7. Khoury, G. A.; Baliban, R. C.; Floudas, C. A. Sci. Rep. 2011, 10.1038/srep00090
8. Tian, Y.; Zhou, Y.; Elliott, S.; Aebersold, R.; Zhang, H. Nat. Protoc. 2007, 2, 334-339
9. Amin, M. N.; McLellan, J. S.; Huang, W.; Orwenyo, J.; Burton, D. R.; Koff, W. C.; Kwong, P. D.; Wang, L. X. Nat. Chem. Biol. 2013, 9, 521-526
10. Crispin, M.; Bowden, T. A. Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, 20, 771-772
11. Bernstein, H. B.; Tucker, S. P.; Hunter, E.; Schutzbach, J. S.; Compans, R. W. J. Virol 1994, 68, 463-468
12. Go, E. P.; Liao, H. X.; Alam, S. M.; Hua, D.; Haynes, B. F.; Desaire, H. J. Proteome Res. 2013, 12, 1223-1234
13. Korber, B.; Gaschen, B.; Yusim, K.; Thakallapally, R.; Kesmir, C.; Detours, V. Br. Med. Bull. 2001, 58, 19-42
14. Go, E. P.; Hewawasam, G.; Liao, H. X.; Chen, H.; Ping, L. H.; Anderson, J. A.; Hua, D. C.; Haynes, B. F.; Desaire, H. J. Virol 2011, 85, 8270-8284
15. Muranyi, W.; Malkusch, S.; Muller, B.; Heilemann, M.; Krausslich, H. G. PLoS Pathog. 2013, 9, e1003198
16. Zhu, P.; Chertova, E.; Bess, J., Jr.; Lifson, J. D.; Arthur, L. O.; Liu, J.; Taylor, K. A.; Roux, K. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15812-15817
17. Chertova, E.; Bess, J. W., Jr.; Crise, B. J.; Sowder, I. R.; Schaden, T. M.; Hilburn, J. M.; Hoxie, J. A.; Benveniste, R. E.; Lifson, J. D.; Henderson, L. E.; Arthur, L. O. J. Virol. 2002, 76, 5315-5325
18. Alley, W. R., Jr.; Mann, B. F.; Novotny, M. V. Chem. Rev. 2013, 113, 2668-2732
19. Stavenhagen, K.; Hinneburg, H.; Thaysen-Andersen, M.; Hartmann, L.; Varon Silva, D.; Fuchser, J.; Kaspar, S.; Rapp, E.; Seeberger, P. H.; Kolarich, D. J. Mass Spectrom. 2013, 48, i
20. Hart-Smith, G.; Raftery, M. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 23, 124-140
21. Zhu, Z.; Su, X.; Clark, D. F.; Go, E. P.; Desaire, H. Anal. Chem. 2013, 85, 8403-8411
22. Singh, C.; Zampronio, C. G.; Creese, A. J.; Cooper, H. J. J. Proteome Res. 2012, 11, 4517-4525
23. Pompach, P.; Brnakova, Z.; Sanda, M.; Wu, J.; Edwards, N.; Goldman, R. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 1281-1293
24. Scott, N. E.; Parker, B. L.; Connolly, A. M.; Paulech, J.; Edwards, A. V.; Crossett, B.; Falconer, L.; Kolarich, D.; Djordjevic, S. P.; Hojrup, P.; Packer, N. H.; Larsen, M. R.; Cordwell, S. J. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10.1074/mcp.M000031-MCP201
25. Alley, W. R., Jr.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 23, 161-170
26. Segu, Z. M.; Mechref, Y. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 1217-1225
27. Nanni, P.; Panse, C.; Gehrig, P.; Mueller, S.; Grossmann, J.; Schlapbach, R. Proteomics 2013, 13, 2251-2255
28. Michalski, A.; Neuhauser, N.; Cox, J.; Mann, M. J. Proteome Res. 2012, 11, 5479-5491
29. Zhang, H.; Li, X. J.; Martin, D. B.; Aebersold, R. Nature Biotechnol. 2003, 21, 660-666
30. Parker, B. L.; Thaysen-Andersen, M.; Solis, N.; Scott, N. E.; Larsen, M. R.; Graham, M. E.; Packer, N. H.; Cordwell, S. J. J. Proteome Res. 2013, 12, 5791-5800
31. Buttke, T. M.; Folks, T. M. J. Biol. Chem. 1992, 267, 8819-8826
32. Clouse, K. A.; Powell, D.; Washington, I.; Poli, G.; Strebel, K.; Farrar, W.; Barstad, P.; Kovacs, J.; Fauci, A. S.; Folks, T. M. J. Immunol. 1989, 142, 431-438
33. Folks, T. M.; Clouse, K. A.; Justement, J.; Rabson, A.; Duh, E.; Kehrl, J. H.; Fauci, A. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 2365-2368
34. Yang, S.; Yuan, W.; Yang, W.; Zhou, J.; Harlan, R.; Edwards, J.; Li, S.; Zhang, H. Anal. Chem. 2013, 85, 8188-8195
35. Yang, S.; Toghi Eshghi, S.; Chiu, H.; DeVoe, D. L.; Zhang, H. Anal. Chem. 2013, 85, 10117-10125
36. Appel, R. D.; Bairoch, A.; Hochstrasser, D. F. Trends Biochem. Sci. 1994, 19, 258-260
37. Cooper, C. A.; Gasteiger, E.; Packer, N. H. Proteomics 2001, 1, 340-349
38. Chen, R.; Jiang, X.; Sun, D.; Han, G.; Wang, F.; Ye, M.; Wang, L.; Zou, H. J. Proteome Res. 2009, 8, 651-661
39. Doores, K. J.; Bonomelli, C.; Harvey, D. J.; Vasiljevic, S.; Dwek, R. A.; Burton, D. R.; Crispin, M.; Scanlan, C. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 13800-13805
40. Julien, J. P.; Cupo, A.; Sok, D.; Stanfield, R. L.; Lyumkis, D.; Deller, M. C.; Klasse, P. J.; Burton, D. R.; Sanders, R. W.; Moore, J. P.; Ward, A. B.; Wilson, I. A. Science 2013, 342, 1477-1483
41. Pancera, M.; Shahzad-Ul-Hussan, S.; Doria-Rose, N. A.; McLellan, J. S.; Bailer, R. T.; Dai, K.; Loesgen, S.; Louder, M. K.; Staupe, R. P.; Yang, Y.; Zhang, B.; Parks, R.; Eudailey, J.; Lloyd, K. E.; Blinn, J.; Alam, S. M.; Haynes, B. F.; Amin, M. N.; Wang, L. X.; Burton, D. R.; Koff, W. C.; Nabel, G. J.; Mascola, J. R.; Bewley, C. A.; Kwong, P. D. Nat. Struct Mol. Biol. 2013, 20, 804-813
42. McLellan, J. S.; Pancera, M.; Carrico, C.; Gorman, J.; Julien, J. P.; Khayat, R.; Louder, R.; Pejchal, R.; Sastry, M.; Dai, K.; O'Dell, S.; Patel, N.; Shahzad-ul-Hussan, S.; Yang, Y.; Zhang, B.; Zhou, T.; Zhu, J.; Boyington, J. C.; Chuang, G. Y.; Diwanji, D.; Georgiev, I.; Kwon, Y. D.; Lee, D.; Louder, M. K.; Moquin, S.; Schmidt, S. D.; Yang, Z. Y.; Bonsignori, M.; Crump, J. A.; Kapiga, S. H.; Sam, N. E.; Haynes, B. F.; Burton, D. R.; Koff, W. C.; Walker, L. M.; Phogat, S.; Wyatt, R.; Orwenyo, J.; Wang, L. X.; Arthos, J.; Bewley, C. A.; Mascola, J. R.; Nabel, G. J.; Schief, W. R.; Ward, A. B.; Wilson, I. A.; Kwong, P. D. Nature 2011, 480, 336-343
43. Wibmer, C. K.; Bhiman, J. N.; Gray, E. S.; Tumba, N.; Abdool Karim, S. S.; Williamson, C.; Morris, L.; Moore, P. L. PLoS Pathog. 2013, 9, e1003738
44. Scanlan, C. N.; Pantophlet, R.; Wormald, M. R.; Ollmann Saphire, E.; Stanfield, R.; Wilson, I. A.; Katinger, H.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M.; Burton, D. R. J. Virol 2002, 76, 7306-7321
45. Duenas-Decamp, M. J.; Clapham, P. R. J. Virol 2010, 84, 9608-9612
46. Huang, X.; Jin, W.; Hu, K.; Luo, S.; Du, T.; Griffin, G. E.; Shattock, R. J.; Hu, Q. Virology 2012, 423, 97-106
47. Li, H.; Xu, C. F.; Blais, S.; Wan, Q.; Zhang, H. T.; Landry, S. J.; Hioe, C. E. J. Immunol. 2009, 182, 6369-6378
48. Cao, L.; Tolic, N.; Qu, Y.; Meng, D.; Zhao, R.; Zhang, Q.; Moore, R. J.; Zink, E. M.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Wu, S. Anal. Biochem. 2014, 452, 96-102