IndividualizedPath: Identifying genetic alterations contributing to the dysfunctional pathways in glioblastoma individuals

Molecular BioSystems

Volumn 10, Issue 8, 2014, Pages 2031-2042

  Ping, Yanyan ^a   Zhang, Hongyi ^a   Deng, Yulan ^a   Wang, Li ^a   Zhao, Hongying ^a   Pang, Lin ^a   Fan, Huihui ^a   Xu, Chaohan ^a   Li, Feng ^a   Zhang, Yong ^a   Gong, Yonghui ^a   Xiao, Yun ^a   Li, Xia ^a  

^a HARBIN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EGFR PROTEIN, HUMAN; EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR; MET PROTEIN, HUMAN; SCATTER FACTOR RECEPTOR;

ALGORITHM; BIOLOGY; COPY NUMBER VARIATION; GENE EXPRESSION REGULATION; GENE REGULATORY NETWORK; GENETIC DATABASE; GENETICS; GLIOBLASTOMA; HUMAN; PATHOLOGY; PROCEDURES; SIGNAL TRANSDUCTION;

ALGORITHMS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATABASES, GENETIC; DNA COPY NUMBER VARIATIONS; GENE EXPRESSION REGULATION, NEOPLASTIC; GENE REGULATORY NETWORKS; GLIOBLASTOMA; HUMANS; PROTO-ONCOGENE PROTEINS C-MET; RECEPTOR, EPIDERMAL GROWTH FACTOR; SIGNAL TRANSDUCTION;

EID: 84903756401     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00289j     Document Type: Article

References (66)

1. M. Nakada D. Kita T. Watanabe Y. Hayashi L. Teng I. V. Pyko J. Hamada Cancers 2011 3 3242 3278
2. C. Lopez-Gines R. Gil-Benso R. Ferrer-Luna R. Benito E. Serna J. Gonzalez-Darder V. Quilis D. Monleon B. Celda M. Cerda-Nicolas Mod. Pathol. 2010 23 856 865
3. M. C. Hollander G. M. Blumenthal P. A. Dennis Nat. Rev. Cancer 2011 11 289 301
4. S. Negrini V. G. Gorgoulis T. D. Halazonetis Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010 11 220 228
5. C. W. Brennan R. G. Verhaak A. McKenna B. Campos H. Noushmehr S. R. Salama S. Zheng D. Chakravarty J. Z. Sanborn S. H. Berman R. Beroukhim B. Bernard C. J. Wu G. Genovese I. Shmulevich J. Barnholtz-Sloan L. Zou R. Vegesna S. A. Shukla G. Ciriello W. K. Yung W. Zhang C. Sougnez T. Mikkelsen K. Aldape D. D. Bigner E. G. Van Meir M. Prados A. Sloan K. L. Black J. Eschbacher G. Finocchiaro W. Friedman D. W. Andrews A. Guha M. Iacocca B. P. O'Neill G. Foltz J. Myers D. J. Weisenberger R. Penny R. Kucherlapati C. M. Perou D. N. Hayes R. Gibbs M. Marra G. B. Mills E. Lander P. Spellman R. Wilson C. Sander J. Weinstein M. Meyerson S. Gabriel P. W. Laird D. Haussler G. Getz L. Chin T. R. Network Cell 2013 155 462 477
6. R. G. Verhaak K. A. Hoadley E. Purdom V. Wang Y. Qi M. D. Wilkerson C. R. Miller L. Ding T. Golub J. P. Mesirov G. Alexe M. Lawrence M. O'Kelly P. Tamayo B. A. Weir S. Gabriel W. Winckler S. Gupta L. Jakkula H. S. Feiler J. G. Hodgson C. D. James J. N. Sarkaria C. Brennan A. Kahn P. T. Spellman R. K. Wilson T. P. Speed J. W. Gray M. Meyerson G. Getz C. M. Perou D. N. Hayes Cancer Genome Atlas Research Network Cancer Cell 2010 17 98 110
7. K. Robison Briefings Bioinf. 2010 11 524 534
8. D. W. Parsons S. Jones X. Zhang J. C. Lin R. J. Leary P. Angenendt P. Mankoo H. Carter I. M. Siu G. L. Gallia A. Olivi R. McLendon B. A. Rasheed S. Keir T. Nikolskaya Y. Nikolsky D. A. Busam H. Tekleab L. A. Diaz Jr. J. Hartigan D. R. Smith R. L. Strausberg S. K. Marie S. M. Shinjo H. Yan G. J. Riggins D. D. Bigner R. Karchin N. Papadopoulos G. Parmigiani B. Vogelstein V. E. Velculescu K. W. Kinzler Science 2008 321 1807 1812
9. Cancer Genome Atlas Research Network Nature 2008 455 1061 1068
10. N. J. Szerlip A. Pedraza D. Chakravarty M. Azim J. McGuire Y. Fang T. Ozawa E. C. Holland J. T. Huse S. Jhanwar M. A. Leversha T. Mikkelsen C. W. Brennan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 3041 3046
11. R. Martinez V. Rohde G. Schackert J. Neuro-Oncol. 2010 96 321 329
12. Cancer Genome Atlas Network Nature 2012 490 61 70
13. Cancer Genome Atlas Research Network Nature 2011 474 609 615
14. M. D. Leiserson D. Blokh R. Sharan B. J. Raphael PLoS Comput. Biol. 2013 9 e1003054
15. F. Vandin E. Upfal B. J. Raphael Genome Res. 2012 22 375 385
16. C. Eifert R. S. Powers Nat. Rev. Cancer 2012 12 572 578
17. A. Youn R. Simon Bioinformatics 2011 27 175 181
18. R. Beroukhim G. Getz L. Nghiemphu J. Barretina T. Hsueh D. Linhart I. Vivanco J. C. Lee J. H. Huang S. Alexander J. Du T. Kau R. K. Thomas K. Shah H. Soto S. Perner J. Prensner R. M. Debiasi F. Demichelis C. Hatton M. A. Rubin L. A. Garraway S. F. Nelson L. Liau P. S. Mischel T. F. Cloughesy M. Meyerson T. A. Golub E. S. Lander I. K. Mellinghoff W. R. Sellers Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 20007 20012
19. U. D. Akavia O. Litvin J. Kim F. Sanchez-Garcia D. Kotliar H. C. Causton P. Pochanard E. Mozes L. A. Garraway D. Pe'er Cell 2010 143 1005 1017
20. Y. A. Kim S. Wuchty T. M. Przytycka PLoS Comput. Biol. 2011 7 e1001095
21. D. L. Masica R. Karchin Cancer Res. 2011 71 4550 4561
22. A. Bashashati G. Haffari J. Ding G. Ha K. Lui J. Rosner D. G. Huntsman C. Caldas S. A. Aparicio S. P. Shah Genome Biol. 2012 13 R124
23. M. G. McNamara S. Sahebjam W. P. Mason Cancers 2013 5 1103 1119
24. B. Vogelstein K. W. Kinzler Nat. Med. 2004 10 789 799
25. C. J. Vaske S. C. Benz J. Z. Sanborn D. Earl C. Szeto J. Zhu D. Haussler J. M. Stuart Bioinformatics 2010 26 i237 i245
26. D. K. Slonim Nat. Genet. 2002 32 suppl 502 508
27. J. R. Pollack T. Sorlie C. M. Perou C. A. Rees S. S. Jeffrey P. E. Lonning R. Tibshirani D. Botstein A. L. Borresen-Dale P. O. Brown Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12963 12968
28. C. N. Henrichsen E. Chaignat A. Reymond Hum. Mol. Genet. 2009 18 R1 R8
29. D. G. Albertson C. Collins F. McCormick J. W. Gray Nat. Genet. 2003 34 369 376
30. D. Kita Y. Yonekawa M. Weller H. Ohgaki Acta Neuropathol. 2007 113 295 302
31. L. J. Valentijn A. Koppen R. van Asperen H. A. Root F. Haneveld R. Versteeg Cancer Res. 2005 65 3136 3145
32. J. A. Engelman K. Zejnullahu T. Mitsudomi Y. Song C. Hyland J. O. Park N. Lindeman C. M. Gale X. Zhao J. Christensen T. Kosaka A. J. Holmes A. M. Rogers F. Cappuzzo T. Mok C. Lee B. E. Johnson L. C. Cantley P. A. Janne Science 2007 316 1039 1043
33. B. I. Ferreira J. Alonso J. Carrillo F. Acquadro C. Largo J. Suela M. R. Teixeira N. Cerveira A. Molares G. Gomez-Lopez A. Pestana A. Sastre P. Garcia-Miguel J. C. Cigudosa Oncogene 2008 27 2084 2090
34. A. B. Olshen E. S. Venkatraman R. Lucito M. Wigler Biostatistics 2004 5 557 572
35. M. Kanehisa S. Goto Nucleic Acids Res. 2000 28 27 30
36. C. Li X. Li Y. Miao Q. Wang W. Jiang C. Xu J. Li J. Han F. Zhang B. Gong L. Xu Nucleic Acids Res. 2009 37 e131
37. C. H. Mermel S. E. Schumacher B. Hill M. L. Meyerson R. Beroukhim G. Getz Genome Biol. 2011 12 R41
38. X. Shen S. Li L. Zhang H. Li G. Hong X. Zhou T. Zheng W. Zhang C. Hao T. Shi C. Liu Z. Guo PLoS One 2013 8 e61214
39. S. Kohler S. Bauer D. Horn P. N. Robinson Am. J. Hum. Genet. 2008 82 949 958
40. Y. Li J. C. Patra Bioinformatics 2010 26 1219 1224
41. T. S. Keshava Prasad R. Goel K. Kandasamy S. Keerthikumar S. Kumar S. Mathivanan D. Telikicherla R. Raju B. Shafreen A. Venugopal L. Balakrishnan A. Marimuthu S. Banerjee D. S. Somanathan A. Sebastian S. Rani S. Ray C. J. Harrys Kishore S. Kanth M. Ahmed M. K. Kashyap R. Mohmood Y. L. Ramachandra V. Krishna B. A. Rahiman S. Mohan P. Ranganathan S. Ramabadran R. Chaerkady A. Pandey Nucleic Acids Res. 2009 37 D767 D772
42. N. Shinojima K. Tada S. Shiraishi T. Kamiryo M. Kochi H. Nakamura K. Makino H. Saya H. Hirano J. Kuratsu K. Oka Y. Ishimaru Y. Ushio Cancer Res. 2003 63 6962 6970
43. N. Montano T. Cenci M. Martini Q. G. D'Alessandris F. Pelacchi L. Ricci-Vitiani G. Maira R. De Maria L. M. Larocca R. Pallini Neoplasia 2011 13 1113 1121
44. M. Van den Eynde J. F. Baurain F. Mazzeo J. P. Machiels Acta Clin. Belg. 2011 66 10 17
45. D. L. Wheeler E. F. Dunn P. M. Harari Nat. Rev. Clin. Oncol. 2010 7 493 507
46. I. K. Mellinghoff M. Y. Wang I. Vivanco D. A. Haas-Kogan S. Zhu E. Q. Dia K. V. Lu K. Yoshimoto J. H. Huang D. J. Chute B. L. Riggs S. Horvath L. M. Liau W. K. Cavenee P. N. Rao R. Beroukhim T. C. Peck J. C. Lee W. R. Sellers D. Stokoe M. Prados T. F. Cloughesy C. L. Sawyers P. S. Mischel N. Engl. J. Med. 2005 353 2012 2024
47. G. Ciriello E. Cerami C. Sander N. Schultz Genome Res. 2012 22 398 406
48. H. S. Phillips S. Kharbanda R. Chen W. F. Forrest R. H. Soriano T. D. Wu A. Misra J. M. Nigro H. Colman L. Soroceanu P. M. Williams Z. Modrusan B. G. Feuerstein K. Aldape Cancer Cell 2006 9 157 173
49. J. A. Jakob R. L. Bassett Jr. C. S. Ng J. L. Curry R. W. Joseph G. C. Alvarado M. L. Rohlfs J. Richard J. E. Gershenwald K. B. Kim A. J. Lazar P. Hwu M. A. Davies Cancer 2012 118 4014 4023
50. G. Mulligan D. I. Lichter A. Di Bacco S. J. Blakemore A. Berger E. Koenig H. Bernard W. Trepicchio B. Li R. Neuwirth N. Chattopadhyay J. B. Bolen A. J. Dorner H. van de Velde D. Ricci S. Jagannath J. R. Berenson P. G. Richardson E. A. Stadtmauer R. Z. Orlowski S. Lonial K. C. Anderson P. Sonneveld J. F. San Miguel D. L. Esseltine M. Schu Blood 2014 123 632 639
51. P. Dell'albani M. Rodolico R. Pellitteri E. Tricarichi S. A. Torrisi S. D'Antoni M. Zappia V. Albanese R. Caltabiano N. Platania E. Aronica M. V. Catania NeuroOncology 2014 16 204 216
52. N. Saito J. Fu S. Zheng J. Yao S. Wang D. D. Liu Y. Yuan E. P. Sulman F. F. Lang H. Colman R. G. Verhaak W. K. Yung D. Koul Stem Cells 2014 32 301 312
53. W. B. Li M. W. Ma L. J. Dong F. Wang L. X. Chen X. R. Li Cancer Biol. Ther. 2011 12 477 483
54. Y. Xiao J. Guan Y. Ping C. Xu T. Huang H. Zhao H. Fan Y. Li Y. Lv T. Zhao Y. Dong H. Ren X. Li Nucleic Acids Res. 2012 40 7653 7665
55. J. Chen S. Kesari C. Rooney P. R. Strack J. Chen H. Shen L. Wu J. D. Griffin Genes Cancer 2010 1 822 835
56. Y. Xiao Y. Ping H. Fan C. Xu J. Guan H. Zhao Y. Li Y. Lv Y. Jin L. Wang X. Li Neuro-Oncology 2013 15 818 828
57. A. Ylipaa O. Yli-Harja W. Zhang M. Nykter BMC Syst. Biol. 2013 7 suppl S1
58. J. G. Lohr P. Stojanov S. L. Carter P. Cruz-Gordillo M. S. Lawrence D. Auclair C. Sougnez B. Knoechel J. Gould G. Saksena K. Cibulskis A. McKenna M. A. Chapman R. Straussman J. Levy L. M. Perkins J. J. Keats S. E. Schumacher M. Rosenberg Multiple Myeloma Research Consortium G. Getz T. R. Golub Cancer Cell 2014 25 91 101
59. S. Horswell N. Matthews C. Swanton Cancer Lett. 2013 340 220 226
60. S. Bhatia J. V. Frangioni R. M. Hoffman A. J. Iafrate K. Polyak Nat. Biotechnol. 2012 30 604 610
61. A. Olar K. D. Aldape J. Pathol. 2014 232 165 177
62. C. E. Meacham S. J. Morrison Nature 2013 501 328 337
63. D. Waniczek M. Snietura J. Mlynarczyk-Liszka W. Piglowski A. Kopec D. Lange M. Rudzki J. Arendt Pol. J. Pathol. 2013 64 15 20
64. E. N. Gurzov M. Izquierdo Neurological Res. 2006 28 493 499
65. Y. Itatani K. Kawada T. Fujishita F. Kakizaki H. Hirai T. Matsumoto M. Iwamoto S. Inamoto E. Hatano S. Hasegawa T. Maekawa S. Uemoto Y. Sakai M. M. Taketo Gastroenterology 2013 145 1064 1075
66. L. Y. Huw C. O'Brien A. Pandita S. Mohan J. M. Spoerke S. Lu Y. Wang G. M. Hampton T. R. Wilson M. R. Lackner Oncogenesis 2013 2 e83