Development of a universal metabolome-standard method for long-term LC-MS metabolome profiling and its application for bladder cancer urine-metabolite- biomarker discovery

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 13, 2014, Pages 6540-6547

  Peng, Jun ^a   Chen, Yi Ting ^b   Chen, Chien Lun ^c   Li, Liang ^a  

^a UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

^b CHANG GUNG UNIVERSITY COLLEGE OF MEDICINE   (Taiwan)

^c CHANG GUNG MEMORIAL HOSPITAL   (Taiwan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULES; BODY FLUIDS; CHEMICAL ANALYSIS; ISOTOPES; METABOLITES; STATISTICAL TESTS;

AREA UNDER THE CURVES; BIO-MARKER DISCOVERY; HEALTHY INDIVIDUALS; LIQUID CHROMATOGRAPHY-MASS SPECTROMETRY; QUANTITATIVE METHOD; RECEIVER OPERATING CHARACTERISTICS; RELATIVE QUANTIFICATION; VERIFICATION SAMPLES;

DISEASES;

TUMOR MARKER;

BLADDER TUMOR; HUMAN; ISOTOPE LABELING; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MALE; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; METABOLOME; METABOLOMICS; PROCEDURES; STANDARDS; URINALYSIS; URINE;

CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; ISOTOPE LABELING; MALE; MASS SPECTROMETRY; METABOLOME; METABOLOMICS; TUMOR MARKERS, BIOLOGICAL; URINALYSIS; URINARY BLADDER NEOPLASMS;

EID: 84903714952     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac5011684     Document Type: Article

References (37)

1. Liesenfeld, D. B.; Habermann, N.; Owen, R. W.; Scalbert, A.; Ulrich, C. M. Cancer Epidemiology, Biomarkers Prev. 2013, 22, 2182-2201
2. Issaq, H. J.; Waybright, T. J.; Veenstra, T. D. Electrophoresis 2011, 32, 967-975
3. Monteiro, M. S.; Carvalho, M.; Bastos, M. L.; de Pinho, P. G. Curr. Med. Chem. 2013, 20, 257-271
4. Xia, J. G.; Broadhurst, D. I.; Wilson, M.; Wishart, D. S. Metabolomics 2013, 9, 280-299
5. Boudah, S.; Paris, A.; Junot, C. In Metabolomics Coming of Age with Its Technological Diversity; Rolin, D., Ed.; Elsevier Academic Press Inc: San Diego, 2013; Vol. 67, pp 159-218.
6. Dunn, W. B.; Wilson, I. D.; Nicholls, A. W.; Broadhurst, D. Bioanalysis 2012, 4, 2249-2264
7. Kamleh, M. A.; Ebbels, T. M. D.; Spagou, K.; Masson, P.; Want, E. J. Anal. Chem. 2012, 84, 2670-2677
8. Wang, S. Y.; Kuo, C. H.; Tseng, Y. F. J. Anal. Chem. 2013, 85, 1037-1046
9. Dunn, W. B.; Broadhurst, D.; Begley, P.; Zelena, E.; Francis-McIntyre, S.; Anderson, N.; Brown, M.; Knowles, J. D.; Halsall, A.; Haselden, J. N.; Nicholls, A. W.; Wilson, I. D.; Kell, D. B.; Goodacre, R.; Human Serum Metabolome, H. C. Nat. Protoc. 2011, 6, 1060-1083
10. Guo, K.; Li, L. Anal. Chem. 2009, 81, 3919-3932
11. Peng, J.; Li, L. Anal. Chim. Acta 2013, 803, 97-105
12. Guo, K.; Li, L. Anal. Chem. 2010, 82, 8789-8793
13. Bruheim, P.; Kvitvang, H. F. N.; Villas-Boas, S. G. J. Chromatogr. A 2013, 1296, 196-203
14. Zheng, J. M.; Dixon, R. A.; Li, L. Anal. Chem. 2012, 84, 10802-10811
15. Wu, Y. M.; Li, L. Anal. Chem. 2013, 85, 5755-5763
16. Rosser, C. J.; Urquidi, V.; Goodison, S. Biomarkers Med. 2013, 7, 779-790
17. Issaq, H. J.; Nativ, O.; Waybright, T.; Luke, B.; Veenstra, T. D.; Issaq, E. J.; Kravstov, A.; Mullerad, M. J. Urol. 2008, 179, 2422-2426
18. Srivastava, S.; Roy, R.; Singh, S.; Kumar, P.; Dalela, D.; Sankhwar, S. N.; Goel, A.; Sonkar, A. A. Cancer Biomarkers 2010, 6, 11-20
19. Huang, Z.; Lin, L.; Gao, Y.; Chen, Y.; Yan, X.; Xing, J.; Hang, W. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M111.007922
20. Pasikanti, K. K.; Esuvaranathan, K.; Ho, P. C.; Mahendran, R.; Kamaraj, R.; Wu, Q. H.; Chiong, E.; Chan, E. C. Y. J. Proteome Res. 2010, 9, 2988-2995
21. Pasikanti, K. K.; Esuvaranathan, K.; Hong, Y. J.; Ho, P. C.; Mahendran, R.; Mani, L. R. N.; Chiong, E.; Chan, E. C. Y. J. Proteome Res. 2013, 12, 3865-3873
22. Bansal, N.; Gupta, A.; Mitash, N.; Shakya, P. S.; Mandhani, A.; Mahdi, A. A.; Sankhwar, S. N.; Mandal, S. K. J. Proteome Res. 2013, 12, 5839-5850
23. Cao, M.; Zhao, L. C.; Chen, H. G.; Xue, W.; Lin, D. H. Anal. Sci. 2012, 28, 451-456
24. Tripathi, P.; Somashekar, B. S.; Ponnusamy, M.; Gursky, A.; Dailey, S.; Kunju, P.; Lee, C. T.; Chinnaiyan, A. M.; Rajendiran, T. M.; Ramamoorthy, A. J. Proteome Res. 2013, 12, 3519-3528
25. Putluri, N.; Shojaie, A.; Vasu, V. T.; Vareed, S. K.; Nalluri, S.; Putluri, V.; Thangjam, G. S.; Panzitt, K.; Tallman, C. T.; Butler, C.; Sana, T. R.; Fischer, S. M.; Sica, G.; Brat, D. J.; Shi, H. D.; Palapattu, G. S.; Lotan, Y.; Weizer, A. Z.; Terris, M. K.; Shariat, S. F.; Michailidis, G.; Sreekumar, A. Cancer Res. 2011, 71, 7376-7386
26. Zhang, J.; Wei, S.; Liu, L.; Gowda, G. A. N.; Bonney, P.; Stewart, J.; Knapp, D. W.; Raftery, D. Biochim. Biophys. Acta, Mol. Basis Dis. 2012, 1822, 1807-1814
27. Chen, Y. T.; Chen, C. L.; Chen, H. W.; Chung, T.; Wu, C. C.; Chen, C. D.; Hsu, C. W.; Chen, M. C.; Tsui, K. H.; Chang, P. L.; Chang, Y. S.; Yu, J. S. J. Proteome Res. 2010, 9, 5803-5815
28. Chen, C. L.; Lin, T. S.; Tsai, C. H.; Wu, C. C.; Chung, T.; Chien, K. Y.; Wu, M.; Chang, Y. S.; Yu, J. S.; Chen, Y. T. J. Proteomics 2013, 85, 28-43
29. Chen, C. L.; Lai, Y. F.; Tang, P.; Chien, K. Y.; Yu, J. S.; Tsai, C. H.; Chen, H. W.; Wu, C. C.; Chung, T.; Hsu, C. W.; Chen, C. D.; Chang, Y. S.; Chang, P. L.; Chen, Y. T. J. Proteome Res. 2012, 11, 5611-5629
30. Wu, Y. M.; Li, L. Anal. Chem. 2012, 84, 10723-10731
31. Smith, C. A.; Want, E. J.; OMaille, G.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 779-787
32. Xia, J. G.; Mandal, R.; Sinelnikov, I. V.; Broadhurst, D.; Wishart, D. S. Nucleic Acids Res. 2012, 40, W127-W133
33. Li, L.; Li, R. H.; Zhou, J. J.; Zuniga, A.; Stanislaus, A. E.; Wu, Y. M.; Huan, T.; Zheng, J. M.; Shi, Y.; Wishart, D. S.; Lin, G. H. Anal. Chem. 2013, 85, 3401-3408
34. Wishart, D. S.; Jewison, T.; Guo, A. C.; Wilson, M.; Knox, C.; Liu, Y. F.; Djoumbou, Y.; Mandal, R.; Aziat, F.; Dong, E.; Bouatra, S.; Sinelnikov, I.; Arndt, D.; Xia, J. G.; Liu, P.; Yallou, F.; Bjorndahl, T.; Perez-Pineiro, R.; Eisner, R.; Allen, F.; Neveu, V.; Greiner, R.; Scalbert, A. Nucleic Acids Res. 2013, 41, D801-D807
35. Nordstrom, A.; Lewensohn, R. J. Neuroimmune Pharmacol. 2010, 5, 4-17
36. Fu, F. F.; Cheng, V. W. T.; Wu, Y. M.; Tang, Y. A.; Weiner, J. H.; Li, L. J. Proteome Res. 2013, 12, 4478-4489
37. Zheng, J. M.; Li, L. Int. J. Mass Spectrom. 2012, 316, 292-299