MyCompoundID: Using an evidence-based metabolome library for metabolite identification

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 6, 2013, Pages 3401-3408

  Li, Liang ^a   Li, Ronghong ^a   Zhou, Jianjun ^a   Zuniga, Azeret ^a   Stanislaus, Avalyn E ^a   Wu, Yiman ^a   Huan, Tao ^a   Zheng, Jiamin ^a   Shi, Yi ^a   Wishart, David S ^a   Lin, Guohui ^a  

^a UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL SAMPLES; GENOMIC INFORMATION; HUMAN URINE SAMPLES; IDENTIFICATION OF UNKNOWNS; LIQUID CHROMATOGRAPHY-MASS SPECTROMETRY; METABOLIC REACTIONS; METABOLITE IDENTIFICATION; PUTATIVE METABOLITES;

BIOMOLECULES; BODY FLUIDS; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM;

METABOLITES;

ARTICLE; FACTUAL DATABASE; GENETICS; HUMAN; LIBRARY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; METABOLISM; METABOLOME; METHODOLOGY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

CHROMATOGRAPHY, LIQUID; DATABASES, FACTUAL; HUMANS; LIBRARIES, DIGITAL; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; METABOLOME; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84875432479     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac400099b     Document Type: Article

References (22)

1. Sreekumar, A.; Poisson, L. M.; Rajendiran, T. M.; Khan, A. P.; Cao, Q.; Yu, J. D.; Laxman, B.; Mehra, R.; Lonigro, R. J.; Li, Y.; Nyati, M. K.; Ahsan, A.; Kalyana-Sundaram, S.; Han, B.; Cao, X. H.; Byun, J.; Omenn, G. S.; Ghosh, D.; Pennathur, S.; Alexander, D. C.; Berger, A.; Shuster, J. R.; Wei, J. T.; Varambally, S.; Beecher, C.; Chinnaiyan, A. M. Nature 2009, 457, 910-914
2. Jenkins, H.; Hardy, N.; Beckmann, M.; Draper, J.; Smith, A. R.; Taylor, J.; Fiehn, O.; Goodacre, R.; Bino, R. J.; Hall, R.; Kopka, J.; Lane, G. A.; Lange, B. M.; Liu, J. R.; Mendes, P.; Nikolau, B. J.; Oliver, S. G.; Paton, N. W.; Rhee, S.; Roessner-Tunali, U.; Saito, K.; Smedsgaard, J.; Sumner, L. W.; Wang, T.; Walsh, S.; Wurtele, E. S.; Kell, D. B. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1601-1606
3. Cui, Q.; Lewis, I. A.; Hegeman, A. D.; Anderson, M. E.; Li, J.; Schulte, C. F.; Westler, W. M.; Eghbalnia, H. R.; Sussman, M. R.; Markley, J. L. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 162-164
4. Han, X. L.; Yang, K.; Gross, R. W. Mass Spectrom. Rev. 2012, 31, 134-178
5. Want, E. J.; Wilson, I. D.; Gika, H.; Theodoridis, G.; Plumb, R. S.; Shockcor, J.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. Nat. Protoc. 2010, 5, 1005-1018
6. Zehethofer, N.; Pinto, D. M. Anal. Chim. Acta 2008, 627, 62-70
7. Guo, K.; Li, L. Anal. Chem. 2010, 82, 8789-8793
8. Wishart, D. S.; Tzur, D.; Knox, C.; Eisner, R.; Guo, A. C.; Young, N.; Cheng, D.; Jewell, K.; Arndt, D.; Sawhney, S.; Fung, C.; Nikolai, L.; Lewis, M.; Coutouly, M. A.; Forsythe, I.; Tang, P.; Shrivastava, S.; Jeroncic, K.; Stothard, P.; Amegbey, G.; Block, D.; Hau, D. D.; Wagner, J.; Miniaci, J.; Clements, M.; Gebremedhin, M.; Guo, N.; Zhang, Y.; Duggan, G. E.; MacInnis, G. D.; Weljie, A. M.; Dowlatabadi, R.; Bamforth, F.; Clive, D.; Greiner, R.; Li, L.; Marrie, T.; Sykes, B. D.; Vogel, H. J.; Querengesser, L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D521-D526
9. Kanehisa, M.; Goto, S. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 27-30
10. Schuster, S.; Fell, D. A.; Dandekar, T. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 326-332
11. Kanehisa, M.; Goto, S.; Hattori, M.; Aoki-Kinoshita, K. F.; Itoh, M.; Kawashima, S.; Katayama, T.; Araki, M.; Hirakawa, M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D354-D357
12. Karp, P. D.; Ouzounis, C. A.; Moore-Kochlacs, C.; Goldovsky, L.; Kaipa, P.; Ahren, D.; Tsoka, S.; Darzentas, N.; Kunin, V.; Lopez-Bigas, N. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 6083-6089
13. Caspi, R.; Foerster, H.; Fulcher, C. A.; Hopkinson, R.; Ingraham, J.; Kaipa, P.; Krummenacker, M.; Paley, S.; Pick, J.; Rhee, S. Y.; Tissier, C.; Zhang, P. F.; Karp, P. D. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D511-D516
14. Parkinson, A.; Ogilvie, B. W.; Paris, B. L.; Hensley, T. N.; Loewen, G. J. In Biotransformation and Metabolite Elucidation of Xenobiotics; Nassar, A. F., Ed.; John Wiley & Sons: New York, 2010; Vol. 2010, pp 1-77.
15. Anari, M. R.; Sanchez, R. I.; Bakhtiar, R.; Franklin, R. B.; Baillie, T. A. Anal. Chem. 2004, 76, 823-832
16. Sana, T. R.; Waddell, K.; Fischer, S. M. J. Chromatogr., B 2008, 871, 314-321
17. Theodoridis, G. A.; Gika, H. G.; Want, E. J.; Wilson, I. D. Anal. Chim. Acta 2012, 711, 7-16
18. Tolstikov, V. V.; Lommen, A.; Nakanishi, K.; Tanaka, N.; Fiehn, O. Anal. Chem. 2003, 75, 6737-6740
19. Kanehisa, M.; Araki, M.; Goto, S.; Hattori, M.; Hirakawa, M.; Itoh, M.; Katayama, T.; Kawashima, S.; Okuda, S.; Tokimatsu, T.; Yamanishi, Y. Nucleic Acids Res. 2008, 36, D480-D484
20. Smith, C. A.; O'Maille, G.; Want, E. J.; Qin, C.; Trauger, S. A.; Brandon, T. R.; Custodio, D. E.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Ther. Drug Monit. 2005, 27, 747-751
21. Horai, H.; Arita, M.; Kanaya, S.; Nihei, Y.; Ikeda, T.; Suwa, K.; Ojima, Y.; Tanaka, K.; Tanaka, S.; Aoshima, K.; Oda, Y.; Kakazu, Y.; Kusano, M.; Tohge, T.; Matsuda, F.; Sawada, Y.; Hirai, M. Y.; Nakanishi, H.; Ikeda, K.; Akimoto, N.; Maoka, T.; Takahashi, H.; Ara, T.; Sakurai, N.; Suzuki, H.; Shibata, D.; Neumann, S.; Iida, T.; Funatsu, K.; Matsuura, F.; Soga, T.; Taguchi, R.; Saito, K.; Nishioka, T. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 703-714
22. Clements, M.; Li, L. Anal. Chim. Acta 2011, 685, 36-44