Outer membrane remodeling: The structural dynamics and electrostatics of rough lipopolysaccharide chemotypes

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 6, 2014, Pages 2488-2497

  Dias, Roberta P ^a   Da Hora, Gabriel C A ^a   Ramstedt, Madeleine ^b   Soares, Thereza A ^a  

^a FEDERAL UNIVERSITY OF PERNAMBUCO   (Brazil)

^b UMEÅ UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84902173438     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct500075h     Document Type: Article

References (56)

1. Muller, C.; Plesiat, P.; Jeannot, K. Antimicrob. Agents Chemother. 2011, 55, 1211-1221
2. Brandenburg, K.; Andra, J.; Muller, M.; Koch, M. H.; Garidel, P. Carbohydr. Res. 2003, 338, 2477-2489
3. Ernst, R. K.; Guina, T.; Miller, S. I. Microbes Infect. 2001, 3, 1327-1334
4. Ernst, R. K.; Yi, E. C.; Guo, L.; Lim, K. B.; Burns, J. L.; Hackett, M.; Miller, S. I. Science 1999, 286, 1561-1565
5. Li, Y.; Powell, D. A.; Shaffer, S. A.; Rasko, D. A.; Pelletier, M. R.; Leszyk, J. D.; Scott, A. J.; Masoudi, A.; Goodlett, D. R.; Wang, X.; Raetz, C. R.; Ernst, R. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 8716-8721
6. Cybulski, L. E.; Martin, M.; Mansilla, M. C.; Fernandez, A.; de Mendoza, D. Curr. Biol. 2010, 20, 1539-1544
7. Rebeil, R.; Ernst, R. K.; Jarrett, C. O.; Adams, K. N.; Miller, S. I.; Hinnebusch, B. J. J. Bacteriol. 2006, 188, 1381-1388
8. Delcour, A. H. Biochim. Biophys. Acta 2009, 1794, 808-816
9. Fernandez, L.; Alvarez-Ortega, C.; Wiegand, I.; Olivares, J.; Kocincova, D.; Lam, J. S.; Martinez, J. L.; Hancock, R. E. Antimicrob. Agents Chemother. 2013, 57, 110-109
10. Zhang, L.; Dhillon, P.; Yan, H.; Farmer, S.; Hancock, R. E. Antimicrob. Agents Chemother. 2000, 44, 3317-3321
11. Lugtenberg, E. J.; Peters, R. Biochim. Biophys. Acta 1976, 441, 38-47
12. Ruiz, N.; Kahne, D.; Silhavy, T. J. Nat. Rev. Microbiol. 2006, 4, 57-66
13. Wilkinson, S. G. Prog. Lipid Res. 1996, 35, 283-343
14. Brandenburg, K.; Wiese, A. Curr. Top. Med. Chem. 2004, 4, 1127-1146
15. Erridge, C.; Bennett-Guerrero, E.; Poxton, I. R. Microbes Infect. 2002, 4, 837-851
16. Raetz, C. R. H.; Whitfield, C. Annu. Rev. Biochem. 2002, 71, 635-700
17. Hancock, R. E. W.; Mutharia, L. M.; Chan, L.; Darveau, R. P.; Speert, D. P.; Pier, G. B. Infect. Immun. 1983, 42, 170-177
18. Wu, E. L.; Engstrom, O.; Jo, S.; Stuhlsatz, D.; Yeom, M. S.; Klauda, J. B.; Widmalm, G.; Im, W. Biophys. J. 2013, 105, 1444-1455
19. Kirschner, K. N.; Lins, R. D.; Maass, A.; Soares, T. A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 28, 4719-4731
20. Kirschner, K. N.; Yongye, A. B.; Tschampel, S. M.; Gonzalez-Outeirino, J.; Daniels, C. R.; Foley, B. L.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2008, 29, 622-655
21. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
22. Nascimento, A.; Pontes, F. J.; Lins, R. D.; Soares, T. A. Chem. Commun. (Cambridge, U. K.) 2014, 50, 231-233
23. Ravi, H. K.; Stach, M.; Soares, T. A.; Darbre, T.; Reymond, J. L.; Cascella, M. Chem. Chem. Commun. (Cambridge, U. K.) 2013, 49, 8821-8823
24. Soares, T. A.; Straatsma, T. P. Mol. Simul. 2008, 34, 295-307
25. Straatsma, T. P.; Soares, T. A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2009, 74, 475-488
26. Soares, T. A.; Lins, R. D.; Straatsma, T. P. J. Braz. Chem. Soc. 2008, 19, 312-320
27. Pontes, F. J. S.; Rusu, V. H.; Soares, T. A.; Lins, R. D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3830-3838
28. Lins, R. D.; Vorpagel, E. R.; Guglielmi, M.; Straatsma, T. P. Biomacromolecules 2008, 9, 29-35
29. Bush, C. A.; Martin-Pastor, M.; Imberty, A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 269-293
30. Kocincova, D.; Lam, J. S. Biochemistry (Moscow) 2011, 76, 755-60
31. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-936
32. Lins, R. D.; Straatsma, T. P. Biophys. J. 2001, 81, 1037-1046
33. Hess, B. J. Chem. Theory Comput. 2007, 4, 116-122
34. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
35. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962
36. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3691
37. Tironi, I. G.; Sperb, R.; Smith, P. E.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 1995, 102, 5451-5459
38. Hochtl, P.; Boresch, S.; Bitomsky, W.; Steinhauser, O. J. Chem. Phys. 1998, 109, 4927-4937
39. van der Spoel, D.; van Maaren, P. J.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1998, 108, 10220-10230
40. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
41. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718
42. Tieleman, D. P.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1996, 105, 4871-4880
43. Baker, N. A.; Sept, D.; Joseph, S.; Holst, M. J.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 10037-10041
44. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
45. Abraham, T.; Schooling, S. R.; Nieh, M. P.; Kucerka, N.; Beveridge, T. J.; Katsaras, J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2477-2483
46. Petrache, H. I.; Dodd, S. W.; Brown, M. F. Biophys. J. 2000, 79, 3172-3192
47. Snyder, S.; Kim, D.; McIntosh, T. J. Biochemistry 1999, 38, 10758-10767
48. Brandenburg, K.; Funari, S. S.; Koch, M. H.; Seydel, U. J. Struct. Biol. 1999, 128, 175-186
49. Brandenburg, K.; Seydel, U. Biochim. Biophys. Acta 1984, 775, 225-238
50. Brandenburg, K. Biophys. J. 1993, 64, 1215-1231
51. Brandenburg, K.; Seydel, U. Eur. J. Biochem. 1988, 16, 83-94
52. Brandenburg, K.; Seydel, U. Eur. J. Biochem. 1990, 191, 229-236
53. Kucerka, N.; Papp-Szabo, E.; Nieh, M. P.; Harroun, T. A.; Schooling, S. R.; Pencer, J.; Nicholson, E. A.; Beveridge, T. J.; Katsaras, J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8057-8062
54. Langley, S.; Beveridge, T. J. Appl. Environ. Microbiol. 1999, 65, 489-498
55. Nikaido, H. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2003, 67, 593-656
56. Shephard, J.; McQuillan, A. J.; Bremer, P. J. Appl. Environ. Microbiol. 2008, 74, 6980-6986 Nível Superior Higher Education