The effect of temperature, cations, and number of Acyl chains on the lamellar to non-lamellar transition in Lipid-A membranes: A microscopic view

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 10, 2012, Pages 3830-3838

  Pontes, Frederico J S ^a   Rusu, Victor H ^a   Soares, Thereza A ^a   Lins, Roberto D ^a  

^a FEDERAL UNIVERSITY OF PERNAMBUCO   (Brazil)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84867380009     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300084v     Document Type: Article

References (52)

1. Aderem, A.; Ulevitch, R. J. Nature 2000, 406, 782
2. Underhill, D. M.; Ozinsky, A. Curr. Opin. Immunol. 2002, 14, 103
3. Miller, S. I.; Ernst, R. K.; Bader, M. W. Nat. Rev. Microbiol. 2005, 3, 36
4. Beutler, B.; Jiang, Z.; Georgel, P.; Crozat, K.; Croker, B.; Rutschmann, S.; Du, X.; Hoebe, K. Annu. Rev. Immunol. 2006, 24, 353
5. Beutler, B.; Rietschel, E. T. Nat. Rev. Immunol. 2003, 3, 169
6. Schromm, A. B.; Brandenburg, K.; Loppnow, H.; Moran, A. P.; Koch, M. H.; Rietschel, E. T.; Seydel, U. Eur. J. Biochem. 2000, 267, 2008
7. Brandenburg, K.; Wiese, A. Curr. Top. Med. Chem. 2004, 4, 1127
8. Raetz, C. R.; Reynolds, C. M.; Trent, M. S.; Bishop, R. E. Annu. Rev. Biochem. 2007, 76, 295
9. Wilkinson, S. G. Prog. Lipid Res. 1996, 35, 283
10. Brandenburg, K.; Kusumoto, S.; Seydel, U. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1329, 183
11. Brandenburg, K.; Hawkins, L.; Garidel, P.; Andra, J.; Muller, M.; Heine, H.; Koch, M. H.; Seydel, U. Biochemistry 2004, 43, 4039
12. Gutsmann, T.; Schromm, A. B.; Brandenburg, K. Int. J. Med. Microbiol. 2007, 297, 341
13. Chernomordik, L. V.; Zimmerberg, J.; Kozlov, M. M. J. Cell Biol. 2006, 175, 201
14. Chernomordik, L. V.; Kozlov, M. M. Annu. Rev. Biochem. 2003, 72, 175
15. Brandenburg, K. Biophys. J. 1993, 64, 1215
16. Brandenburg, K.; Seydel, U. Eur. J. Biochem. 1990, 191, 229
17. Brandenburg, K.; Seydel, U. Eur. J. Biochem. 1988, 16, 83
18. Mueller, M.; Lindner, B.; Kusumoto, S.; Fukase, K.; Schromm, A. B.; Seydel, U. J. Biol. Chem. 2004, 279, 26307
19. Lins, R. D.; Straatsma, T. P. Biophys. J. 2001, 81, 1037
20. Lins, R. D.; Vorpagel, E. R.; Guglielmi, M.; Straatsma, T. P. Biomacromolecules 2008, 9, 29
21. Soares, T. A.; Lins, R. D.; Straatsma, T. P. J. Braz. Chem. Soc. 2008, 19, 312
22. Soares, T. A.; Straatsma, T. P. AIP Conf. Proc. 2007, 963, 1375
23. Soares, T. A.; Straatsma, T. P. Mol. Simul. 2008, in press.
24. Straatsma, T. P.; Soares, T. A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2009, 74, 475
25. Lins, R. D.; Hunenberger, P. H. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1400
26. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81
27. Hockney, R. W. The potential calculation and some applications. In Methods in Computational Physics; Alder, B.; Fernbach, S.; Rotenberg, M., Eds.; Academic Press: New York/London, 1970; Vol. 9.
28. Bussi, G.; Donadio, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014101
29. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4
30. Franca, E. F.; Freitas, L. C.; Lins, R. D. Biopolymers 2011, 95, 448
31. Franca, E. F.; Lins, R. D.; Freitas, L. C. G.; Straatsma, T. P. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 2141
32. Chandrasekhar, I.; Kastenholz, M.; Lins, R. D.; Oostenbrink, C.; Schuler, L. D.; Tieleman, D. P.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2003, 32, 67
33. Oostenbrink, C.; Soares, T. A.; van der Vegt, N. F.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2005, 34, 273
34. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91
35. van Gunsteren, W. F.; Bakowies, D.; Baron, R.; Chandrasekhar, I.; Christen, M.; Daura, X.; Gee, P.; Geerke, D. P.; Glattli, A.; Hunenberger, P. H.; Kastenholz, M. A.; Ostenbrink, C.; Schenk, M.; Trzesniak, D.; van der Vegt, N. F. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 4064
36. van Gunsteren, W. F.; Bakowies, D.; Burgi, R.; Chandrasekhar, I.; Christen, M.; Daura, X.; Gee, P.; Glattli, A.; Hansson, T.; Oostenbrink, C.; Peter, C.; Pitera, J.; Schuler, L.; Soares, T. A.; Yu, H. B. Chimia 2001, 55, 856
37. Abraham, T.; Schooling, S. R.; Nieh, M. P.; Kucerka, N.; Beveridge, T. J.; Katsaras, J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2477
38. Kucerka, N.; Papp-Szabo, E.; Nieh, M. P.; Harroun, T. A.; Schooling, S. R.; Pencer, J.; Nicholson, E. A.; Beveridge, T. J.; Katsaras, J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8057
39. Schindler, M.; Osbron, M. J. Biochemistry 1979, 18, 4425
40. Brandenburg, K.; Funari, S. S.; Koch, M. H.; Seydel, U. J. Struct. Biol. 1999, 128, 175
41. Snyder, S.; Kim, D.; McIntosh, T. J. Biochemistry 1999, 38, 10758
42. Bedoux, G.; Vallee-Rehel, K.; Kooistra, O.; Zahringer, U.; Haras, D. J. Mass Spectrom. 2004, 39, 505
43. Brandenburg, K.; Andra, J.; Muller, M.; Koch, M. H.; Garidel, P. Carbohydr. Res. 2003, 338, 2477
44. Brandenburg, K.; Mayer, H.; Koch, M. H.; Weckesser, J.; Rietschel, E. T.; Seydel, U. Eur. J. Biochem. 1993, 218, 555
45. Seydel, U.; Oikawa, M.; Fukase, K.; Kusumoto, S.; Brandenburg, K. Eur. J. Biochem. 2000, 267, 3032
46. Brandenburg, K.; Matsuura, M.; Heine, H.; Muller, M.; Kiso, M.; Ishida, H.; Koch, M. H.; Seydel, U. Biophys. J. 2002, 83, 322
47. Garidel, P.; Rappolt, M.; Schromm, A. B.; Howe, J.; Lohner, K.; Andra, J.; Koch, M. H. J.; Brandenburg, K. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1715, 122
48. Seydel, U.; Brandenburg, K.; Koch, M. H.; Rietschel, E. T. Eur. J. Biochem. 1989, 186, 325
49. Brandenburg, K.; Koch, M. H.; Seydel, U. J. Struct. Biol. 1990, 105, 11
50. Coughlin, R. T.; Haug, A.; McGroarty, E. J. Biochemistry 1983, 22, 2007
51. Faunce, C. A.; Reichelt, H.; Paradies, H. H.; Quitschau, P.; Zimmermann, K. J. Chem. Phys. 2005, 122, 214727
52. Schindler, M.; Osborn, M. J. Biochemistry 1979, 18, 4425