NMR order parameter determination from long molecular dynamics trajectories for objective comparison with experiment

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 6, 2014, Pages 2599-2607

  Gu, Yina ^a   Li, Da Wei ^a   Brüschweiler, Rafael ^a  

^a OHIO STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84902147449     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct500181v     Document Type: Article

References (55)

1. Karplus, M.; McCammon, J. A. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 788-788
2. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 65, 712-725
3. Li, D. W.; Brüschweiler, R. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 6778-6780
4. Huang, J.; MacKerell, A. D. J. Comput. Chem. 2013, 34, 2135-2145
5. Lane, T. J.; Shukla, D.; Beauchamp, K. A.; Pande, V. S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2013, 23, 58-65
6. Klepeis, J. L.; Lindorff-Larsen, K.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 120-127
7. Levy, R. M.; Karplus, M.; Wolynes, P. G. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 5998-6011
8. Palmer, A. G.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9059-9067
9. Lienin, S. F.; Bremi, T.; Brutscher, B.; Brüschweiler, R.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9870-9879
10. Kay, L. E.; Torchia, D. A.; Bax, A. Biochemistry 1989, 28, 8972-8979
11. Palmer, A. G., 3rd. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 129-55
12. Case, D. A. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 325-331
13. Brüschweiler, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 175-183
14. Villa, A.; Stock, G. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1228-1236
15. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546-4559
16. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4559-4570
17. Clore, G. M.; Szabo, A.; Bax, A.; Kay, L. E.; Driscoll, P. C.; Gronenborn, A. M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4989-4991
18. Chandrasekhar, I.; Clore, G. M.; Szabo, A.; Gronenborn, A. M.; Brooks, B. R. J. Mol. Biol. 1992, 226, 239-250
19. Richter, B.; Gsponer, J.; Varnai, P.; Salvatella, X.; Vendruscolo, M. J. Biomol. NMR 2007, 37, 117-135
20. Markwick, P. R. L.; Bouvignies, G.; Salmon, L.; McCammon, J. A.; Nilges, M.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16968-16975
21. Wong, V.; Case, D. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6013-6024
22. Prompers, J. J.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4522-4534
23. Bernado, P.; Fernandes, M. X.; Jacobs, D. M.; Fiebig, K.; de la Torre, J. G.; Pons, M. J. Biomol. NMR 2004, 29, 21-35
24. Musselman, C.; Al-Hashimi, H. M.; Andricioaei, I. Biophys. J. 2007, 93, 411-422
25. Showalter, S. A.; Brüschweiler, R. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 961-975
26. Koller, A. N.; Schwalbe, H.; Gohlke, H. Biophys. J. 2008, 95, L4-L6
27. Genheden, S.; Diehl, C.; Akke, M.; Ryde, U. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2176-2190
28. Lindert, S.; Kekenes-Huskey, P. M.; Huber, G.; Pierce, L.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 8449-8459
29. Rosenman, D. J.; Connors, C. R.; Chen, W.; Wang, C.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol. 2013, 425, 3338-3359
30. Buck, M.; Bouguet-Bonnet, S.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D. Biophys. J. 2006, 90, L36-L38
31. Lange, O. F.; van der Spoel, D.; de Groot, B. L. Biophys. J. 2010, 99, 647-655
32. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; Vandrunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56
33. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317
34. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718
35. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
36. Li, D. W.; Brüschweiler, R. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1773-1782
37. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
38. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962
39. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
40. Bremi, T.; Brüschweiler, R.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4272-4284
41. Wangsness, R. K.; Bloch, F. Phys. Rev. 1953, 89, 728-739
42. Bloch, F. Phys. Rev. 1956, 102, 104-135
43. Redfield, A. G. IBM J. Res. Dev. 1957, 1, 19-31
44. Abragam, A. The Principles of Nuclear Magnetism; Clarendon Press: Oxford, U.K., 1961.
45. Palmer, A. G.; Rance, M.; Wright, P. E. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4371-4380
46. Dosset, P.; Hus, J. C.; Blackledge, M.; Marion, D. J. Biomol. NMR 2000, 16, 23-28
47. Clore, G. M.; Schwieters, C. D. J. Mol. Biol. 2006, 355, 879-886
48. Prompers, J. J.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7305-7313
49. Schindelin, H.; Jiang, W. N.; Inouye, M.; Heinemann, U. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994, 91, 5119-5123
50. Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Klepeis, J. L.; Arkin, I. T.; Jensen, M. O.; Xu, H. F.; Trbovic, N.; Friesner, R. A.; Palmer, A. G.; Shaw, D. E. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6155-6158
51. Trbovic, N.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Palmer, A. G. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008, 71, 684-694
52. Soares, T. A.; Daura, X.; Oostenbrink, C.; Smith, L. J.; van Gunsteren, W. F. J. Biomol. NMR 2004, 30, 407-422
53. Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5341-5344
54. Sun, H. C.; Long, D.; Brüschweiler, R.; Tugarinov, V. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 1308-1320
55. Chen, J.; Brooks, C. L., 3rd; Wright, P. E. J. Biomol. NMR 2004, 29, 243-257