Rapid sampling of folding equilibria of β-peptides in methanol using a supramolecular solvent model

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 6, 2014, Pages 2213-2223

  Huang, Wei ^a   Riniker, Sereina ^a   Van Gunsteren, Wilfred F ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84902140082     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct500048c     Document Type: Article

References (68)

1. Shaw, D. E.; Deneroff, M. M.; Dror, R. O.; Kuskin, J. S.; Larson, R. H.; Salmon, J. K.; Young, C.; Batson, B.; Bowers, K. J.; Chao, J. C.; Eastwood, M. P.; Gagliardo, J.; Grossman, J. P.; Ho, C. R.; Ierardi, D. J.; Kolossvary, I.; Klepeis, J. L.; Layman, T.; Mcleavey, C.; Moraes, M. A.; Mueller, R.; Priest, E. C.; Shan, Y. B.; Spengler, J.; Theobald, M.; Towles, B.; Wang, S. C. Commun. ACM 2008, 51, 91-97
2. Riniker, S.; Allison, J. R.; van Gunsteren, W. F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 12423-12430
3. Riniker, S.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2011, 134, 084110
4. Allison, J. R.; Riniker, S.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2012, 136, 054505
5. Schuler, L. D.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1205-1218
6. Schmid, N.; Eichenberger, A. P.; Choutko, A.; Riniker, S.; Winger, M.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2011, 40, 843-856
7. Tschop, W.; Kremer, K.; Hahn, O.; Batoulis, J.; Burger, T. Acta Polym. 1998, 49, 75-79
8. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 2469-2473
9. Milano, G.; Müller-Plathe, F. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18609-18619
10. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134105
11. Praprotnik, M.; Delle Site, L.; Kremer, K. J. Chem. Phys. 2005, 123, 224106
12. Neri, M.; Anselmi, C.; Cascella, M.; Maritan, A.; Carloni, P. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 218102
13. Harmandaris, V. A.; Adhikari, N. P.; van der Vegt, N. F. A.; Kremer, K. Macromolecules 2006, 39, 6708-6719
14. Praprotnik, M.; Delle Site, L.; Kremer, K. Phys. Rev. E 2006, 73, 066701
15. Christen, M.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2006, 124, 154106
16. Lyman, E.; Ytreberg, F. M.; Zuckerman, D. M. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 028105
17. Shi, Q.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 15045-15048
18. Shih, A. Y.; Freddolino, P. L.; Sligar, S. G.; Schulten, K. Nano Lett. 2007, 7, 1692-1696
19. Heath, A. P.; Kavraki, L. E.; Clementi, C. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 68, 646-661
20. Praprotnik, M.; Matysiak, S.; Delle Site, L.; Kremer, K.; Clementi, C. J. Phys.: Condens. Matter 2007, 19, 292201
21. Ensing, B.; Nielsen, S. O.; Moore, P. B.; Klein, M. L.; Parrinello, M. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1100-1105
22. Liu, P.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2007, 126, 045106
23. Carpenter, T.; Bond, P. J.; Khalid, S.; Sansom, M. S. P. Biophys. J. 2008, 95, 3790-3801
24. Heyden, A.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 217-221
25. Matysiak, S.; Clementi, C.; Praprotnik, M.; Kremer, K.; Delle Site, L. J. Chem. Phys. 2008, 128
26. Praprotnik, M.; Delle Site, L.; Kremer, K. Annu. Rev. Phys. Chem. 2008, 59, 545-571
27. Michel, J.; Orsi, M.; Essex, J. W. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 657-660
28. Masella, M.; Borgis, D.; Cuniasse, P. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1707-1724
29. Park, J. H.; Heyden, A. Mol. Simul. 2009, 35, 962-973
30. Rzepiela, A. J.; Schafer, L. V.; Goga, N.; Risselada, H. J.; De Vries, A. H.; Marrink, S. J. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1333-1343
31. Poblete, S.; Praprotnik, M.; Kremer, K.; Delle Site, L. J. Chem. Phys. 2010, 132, 114101
32. Samiotakis, A.; Homouz, D.; Cheung, M. S. J. Chem. Phys. 2010, 132, 175101
33. Izvekov, S.; Chung, P. W.; Rice, B. M. J. Chem. Phys. 2010, 133, 064109
34. Junghans, C.; Poblete, S. Comput. Phys. Commun. 2010, 181, 1447-1452
35. Masella, M.; Borgis, D.; Cuniasse, P. J. Comput. Chem. 2011, 32, 2664-2678
36. Rzepiela, A. J.; Louhivuori, M.; Peter, C.; Marrink, S. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 10437-10448
37. Bezkorovaynaya, O.; Lukyanov, A.; Kremer, K.; Peter, C. J. Comput. Chem. 2012, 33, 937-949
38. Riniker, S.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2012, 137, 044120
39. Riniker, S.; Eichenberger, A. P.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2012, 41, 647-661
40. Riniker, S.; Eichenberger, A. P.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 8873-8879
41. van Gunsteren, W. F.; Bürgi, R.; Peter, C.; Daura, X. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 351-355
42. Daura, X.; Glättli, A.; Gee, P.; Peter, C.; van Gunsteren, W. F. Adv. Protein Chem. 2002, 62, 341-360
43. van Gunsteren, W. F.; Gattin, Z. Simulation of Folding Equilibria in Foldamers: Structure, Properties, and Applications. In Simulation of Folding Equilibria in Foldamers: Structure, Properties, and Applications; Hecht, S.; Huc, I., Eds.; Wiley: Weinheim, Germany, 2007; pp 173-192.
44. Daura, X.; Gademann, K.; Schäfer, H.; Jaun, B.; Seebach, D.; van Gunsteren, W. F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2393-2404
45. Lin, Z. X.; Schmid, N.; van Gunsteren, W. F. Mol. Phys. 2011, 109, 493-506
46. Huang, W.; Lin, Z. X.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1237-1243
47. Oostenbrink, C.; Villa, A.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1656-1676
48. van Gunsteren, W. F. GROMOS. http://www.gromos.net (accessed March 21, 2014), the GROMOS software package and force fields can be downloaded from this Web site.
49. Eichenberger, A. P.; Allison, J. R.; Dolenc, J.; Geerke, D. P.; Horta, B. A. C.; Meier, K.; Oostenbrink, C.; Schmid, N.; Steiner, D.; Wang, D. Q.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3379-3390
50. Schmid, N.; Christ, C. D.; Christen, M.; Eichenberger, A. P.; van Gunsteren, W. F. Comput. Phys. Commun. 2012, 183, 890-903
51. Kunz, A. P. E.; Allison, J. R.; Geerke, D. P.; Horta, B. A. C.; Hünenberger, P. H.; Riniker, S.; Schmid, N.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2012, 33, 340-353
52. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
53. Tironi, I. G.; Sperb, R.; Smith, P. E.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 1995, 102, 5451-5459
54. CRC Handbook of Chemistry and Physics, 56 th ed.; West, R. C., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 1976.
55. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
56. Riniker, S.; Kunz, A. P. E.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1469-1475
57. Christen, M.; Hünenberger, P. H.; Bakowies, D.; Baron, R.; Bürgi, R.; Geerke, D. P.; Heinz, T. N.; Kästenholz, M. A.; Kräutler, V.; Oostenbrink, C.; Peter, C.; Trzesniak, D.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1719-1751
58. Lin, Z.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2013, 34, 2796-2805
59. Walser, R.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F.; Lauterbach, M.; Wipff, G. J. Chem. Phys. 2000, 112, 10450-10459
60. Fraternali, F.; van Gunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 1996, 256, 939-948
61. van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Hünenberger, P. H.; Krüger, P.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tironi, I. G. Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide; Vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zürich: Zürich, Switzerland, 1996.
62. Wüthrich, K.; Billeter, M.; Braun, W. J. Mol. Biol. 1983, 169, 949-961
63. Steiner, D.; Allison, J. R.; Eichenberger, A. P.; van Gunsteren, W. F. J. Biomol. NMR 2012, 53, 223-246
64. CRC Handbook of Chemistry and Physics, 94 th ed.; Haynes, W. M., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2013.
65. Daura, X.; Gademann, K.; Jaun, B.; Seebach, D.; van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 236-240
66. Hurle, R. L.; Woolf, L. A. Aust. J. Chem. 1980, 33, 1947-1952
67. Seebach, D.; Ciceri, P. E.; Overhand, M.; Jaun, B.; Rigo, D.; Oberer, L.; Hommel, U.; Amstutz, R.; Widmer, H. Helv. Chim. Acta 1996, 79, 2043-2066
68. Seebach, D.; Abele, S.; Gademann, K.; Guichard, G.; Hintermann, T.; Jaun, B.; Matthews, J. L.; Schreiber, J. V. Helv. Chim. Acta 1998, 81, 932-982