Interaction of nucleic acid bases with the Au(111) surface

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 10, 2013, Pages 4552-4561

  Rosa, Marta ^a,b   Corni, Stefano ^a   Felice, Rosa Di ^a  

^a CNR   (Italy)

^b UNIVERSITY OF MODENA AND REGGIO EMILIA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84898475948     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct4002416     Document Type: Article

References (74)

1. Miescher, F. Medicinischchemische Untersuchungen 1871, 4, 441− 460.
2. Dahm, R. Am. Sci. 2008, 96, 320−327.
3. Watson, J. D.; Crick, F. H. Nature 1953, 171, 737−738.
4. Porath, D.; Cuniberti, G.; Di Felice, R. Top. Curr. Chem. 2004, 237, 183−227.
5. Endres, R. G.; Cox, D. L.; Singh, R. R. P. Rev. Mod. Phys. 2004, 76, 195−214.
6. Mallajosyula, S. S.; Pati, S. K. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 1881− 1894.
7. Genereux, J. G.; Barton, J. K. Chem. Rev. 2010, 110, 1642−1662.
8. Shapir, E.; Calzolari, A.; Cavazzoni, C.; Ryndyk, D.; Cuniberti, G.; Kotlyar, A. B.; Di Felice, R.; Porath, D. Nat. Mater. 2008, 7, 68−74.
9. Shapir, E.; Sagiv, L.; Molotsky, T.; Kotlyar, A. B.; Di Felice, R.; Porath, D. J. Phys. Chem. C 2010, 114, 22079−22084.
10. Lindsay, S. M.; Thundat, T.; Nagahara, L. A. J. Microsc. 1988, 152, 213−220.
11. de Pablo, P. J.; Moreno-Herrero, F.; Colchero, J.; Gomez Herrero, J.; Herrero, P.; Baro, A. M.; Ordejon, P.; Soler, J. M.; Artacho, E. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 4992−4995.
12. Kotlyar, A. B.; Borovok, N.; Molotsky, T.; Cohen, H.; Shapir, E.; Porath, D. Adv. Mater. 2005, 17, 1901−1905.
13. Porath, D.; Bezryadin, A.; de Vries, S.; Dekker, C. Nature 2000, 403, 635−638.
14. Cohen, H.; Nogues, C.; Naaman, R.; Porath, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 11589−11593.
15. Boon, E. M.; Barton, J. K. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 320−329.
16. Slinker, J. D.; Muren, N. B.; Gorodetsky, A. A.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 2769−2774.
17. Varsano, D.; Garbesi, A.; Di Felice, R. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 14012−14021.
18. Migliore, A.; Corni, S.; Varsano, D.; Klein, M. L.; Di Felice, R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9402−9415.
19. Woiczikowski, P.; Kubar, T.; Gutierrez, R.; Caetano, R.; Cuniberti, G.; Elstner, M. J. Chem. Phys. 2009, 130, 215104/1−14.
20. Woiczikowski, P.; Kubar, T.; Gutierrez, R.; Cuniberti, G.; Elstner, M. J. Chem. Phys. 2010, 133, 035103/1−12.
21. Daggett, V.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1993, 232, 600−618.
22. Tirado-Rives, J.; Orozco, M.; Jorgensen, W. L. Biochem. 1997, 36, 7313−7329.
23. Toofanny, R. D.; Daggett, V. WIREs Comput. Mol. Sci. 2012, 2, 405−423.
24. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Oxford University Press: Oxford, 1987; pp 1−385.
25. van Gusteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Angew. Chem., Int. Ed. 1990, 29, 992−1023.
26. Iori, F.; Di Felice, R.; Molinari, E.; Corni, S. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1465−1476.
27. Wright, L. B.; Rodger, P. M.; Corni, S.; Walsh, T. J. Chem. Theor. Comput. 2013, 9, 1616−1630.
28. Di Felice, R.; Corni, S. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 1510−1519.
29. Iori, F.; Corni, S.; Di Felice, R. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 13540−13545.
30. Wong, K.-Y.; Pettitt, B. M. Teor. Chim. Acta 2001, 106, 233− 235.
31. Zwolak, M.; Di Ventra, M. Rev. Mod. Phys. 2008, 80, 141−165. (32) Hughes, G. A. Nanomedicine 2005, 1, 22−30.
32. Piana, S.; Billic, A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 23467−23471.
33. Otero, R.; Lukas, M.; Kelly, R. E. A.; Xu, W.; Laegsgaard, E.; Stensgaard, I.; Kantorovich, L. N.; Besenbacher, F. Science 2008, 319, 312−315.
34. Ortmann, F.; Schmidt, W. G.; Bechstedt, F. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 186101/1−4.
35. Sowerby, S. J.; Stockwell, P. A.; Heckl, W. M.; Petersen, G. B. Origins Life Evol. Biospheres 2000, 30, 81−99.
36. Seino, K.; Schmidt, W. G.; Preuss, M.; Bechstedt, F. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5031−5035.
37. Kilina, S.; Tretiak, S.; Yarotski, D. A.; Zhu, J.-X.; Modine, N.; Taylor, A.; Balatsky, A. V. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 14541−14551.
38. Mignon, P.; Ugliengo, P.; Sodupe, M. J. Phys. Chem. C 2009, 113, 13741−13749.
39. Rosa, M.; Corni, S.; Di Felice, R. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 21366−21373.
40. Kelly, R. E. A.; Xu, W.; Lukas, M.; Otero, R.; Mura, M.; Lee, YJ.; Laegsgaard, E.; Stensgaard, I.; Kantorovich, L. N.; Besenbacher, F. Small 2008, 4, 1494−1500.
41. Lukas, M.; Kelly, R. E. A.; Kantorovich, L. N; Otero, R.; Xu, W.; Laegsgaard, E.; Stensgaard, I.; Kantorovich, L. N.; Besenbacher, F. J. Chem. Phys. 2009, 130, 024705/1−9.
42. Xu, W.; Kelly, R. E. A.; Henkjan, G.; Laegsgaard, E.; Stensgaard, I.; Kantorovich, L. N.; Besenbacher, F. Small 2009, 5, 1952−1956.
43. Xu, W.; Kelly, R. E. A.; Otero, R.; Schöck, M.; Laegsgaard, E.; Stensgaard, I.; Kantorovich, L. N.; Besenbacher, F. Small 2007, 3, 2011−2014.
44. Kelly, R. E. A.; Lukas, M.; Kantorovich, L. N.; Otero, R.; Xu, W.; Mura, M.; Laegsgaard, E.; Stensgaard, I.; Besenbacher, F. J. Chem. Phys. 2008, 129, 187707.
45. Otero, R.; Lukas, W. X. M.; Kelly, R. E. A.; Xu, W.; Laegsgaard, E.; Stensgaard, I.; Kantorovich, L. N.; Besenbacher, F. Science 2008, 319, 312−315.
46. Kelly, R. E. A.; Lukas, M.; Kantorovich, L. N.; Otero, R.; Xu, W.; Mura, M.; Laegsgaard, E.; Stensgaard, I.; Besenbacher, F. J. Chem. Phys. 2008, 129, 184707/1−13.
47. Ostblom, M.; Liedberg, B.; Demers, L. M.; Mirkin, C. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15150−15160.
48. Giannozzi, P.; Baroni, S.; Bonini, N.; Calandra, M.; Car, R.; Cavazzoni, C.; Ceresoli, D.; Chiarotti, G. L.; Cococcioni, M.; Dabo, I.; Dal Corso, A.; de Gironcoli, S.; Fabris, S.; Fratesi, G.; Gebauer, R.; Gerstmann, U.; Gougoussis, C.; Kokalj, A.; Lazzeri, M.; Martin-Samos, L.; Marzari, N.; Mauri, F.; Mazzarello, R.; Paolini, S.; Pasquarello, A.; Paulatto, L.; Sbraccia, C.; Scandolo, S.; Sclauzero, G.; Seitsonen, A. P.; Smogunov, A.; Umari, P.; Wentzcovitch, R. J. Phys.: Condens. Matter 2009, 21, 395502/1−19.
49. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865−3868.
50. Dion, M.; Rydberg, H.; Schroder, E.; Langreth, D. C.; Lundqvist, B. I. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 246401/1−4.
51. Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1990, 41, R7892−R7895.
52. Akinaga, Y.; Nakajima, T.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2001, 114, 8555−8564.
53. Fernandez, E. M.; Soler, J. M.; Balbas, L. C. Phys. Rev. B 2008, 73, 235433/1−8.
54. Di Felice, R.; Selloni, A.; Molinari, E. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 1151−1156.
55. Vargas, M. C.; Giannozzi, P.; Selloni, A.; Scoles, G. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9509−9513.
56. Thonhauser, T.; Cooper, V. R.; Li, S.; Puzder, A.; Hyldgaard, P.; Langreth, D. C. Phys. Rev. B 2007, 76, 125112/1−11.
57. Langreth, D. C.; Dion, M.; Rydberg, H.; Schroder, E.; Hyldgaard, P.; Lundqvist, B. I. Int. J. Quantum Chem. 2005, 101, 599−610.
58. Tkatchenko, A.; Romaner, L.; Hofmann, O. T.; Zojer, E.; Ambrosch-Draxl, C.; Scheffler, M. MRS Bull. 2010, 35, 435−442.
59. Vanin, M.; Mortensen, J. J.; Kelkkanen, A. K.; Garcia-Lastra, J. M.; Thygesen, K. S.; Jacobsen, K. W. Phys. Rev. B 2010, 81, 081408/ 1−4.
60. Cho, Y.; Min, S. K.; Yu, J.; Kim, W. Y.; Tkachenko, A.; Kim, K. S. J. Chem. Theor. Comput. 2013, 9, 2090−2096.
61. Antony, J.; Grimme, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2722−2729.
62. Mura, M.; Gulans, A.; Thonhauser, T.; Kantorovich, L. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 4759−4767.
63. Atodiresei, N.; Caciuc, V.; Lazic, P.; Blügel, S. Phys. Rev. Lett. 2009, 102, 136809/1−4.
64. Johnston, K.; Harmandaris, V. J. Chem. Phys. C 2011, 115, 14707−14717.
65. Tautz, F. S. Prog. Surf. Sci. 2007, 82, 479−520.
66. Henze, S. K. M.; Bauer, O.; Lee, T-L.; Sokolowski, M.; Tautz, F. S. Surf. Sci. 2007, 601, 1566−1573.
67. Lee, K.; Murray, E. D.; Kong, L.; Lundqvist, B. I.; Langreth, D. C. Phys. Rev. B 2010, 82, 081101(R)/1−4.
68. Puzder, A.; Dion, M.; Langreth, D. C. J. Chem. Phys. 2006, 124, 164105/1−8.
69. Bogdan, D.; Morari, C. J. Phys. Chem. A 2013, 117, 4669−4678.
70. Rapino, S.; Zerbetto, F. Langmuir 2005, 21, 2512−2518.
71. Min, S. K.; Kim, W. Y.; Cho, Y.; Kim, K. S. Nature Nanotechnol. 2011, 6, 162−165.
72. Hammer, B.; Nørskov, J. K. In Theory of Adorption and Surface Reactions, in Chemisorption and Reactivity of Supported Clusters and Thin Films; Lambert, R. M., Pacchioni, G., Eds.; Kluwer Academic Publishers: The Netherlands, 1997; pp 285−351.
73. Gori, P.; Contini, G.; Prosperi, T.; Catone, D.; Turchini, S.; Zema, N.; Palma, A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 3963−3970.
74. Ferretti, A.; Calzolari, A.; Di Felice, R.; Ruini, A.; Molinari, E.; Baldacchini, C.; Betti, M. G. Phys. Rev. Lett. 2007, 99, 046802/1−4.