Electronic properties of DNA base molecules adsorbed on a metallic surface

Journal of Physical Chemistry C

Volumn 111, Issue 39, 2007, Pages 14541-14551

  Kilina, Svetlana ^a,b   Trenak, Sergei ^a,b   Yarotski, Dzmitry A ^b   Zhu, Jian Xin ^a   Modine, Norman ^c   Taylor, Antoinette ^b   Balatsky, Alexander V ^a,b  

^a LOS ALAMOS NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b LOS ALAMOS NATIONAL LABORATORY   (United States)

^c SANDIA NATIONAL LABORATORIES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYTOSINE; METALLIC SURFACE; OXYGEN CONTAINING BASES; PARALLEL ORIENTATION;

CHEMISORPTION; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ELECTRONIC PROPERTIES; ELECTRONIC STRUCTURE; MOLECULAR INTERACTIONS; PHYSISORPTION; SCANNING TUNNELING MICROSCOPY;

DNA;

EID: 35348999039     PISSN: 19327447     EISSN: 19327455     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp070805u     Document Type: Article

References (60)

1. Shendure, J.; Mitra, R.; Varma, C.; Church, G. Nat. Rev. Genet. 2004, 5, 335.
2. Sanger, F.; Nicklen, S.; Coulson, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1977, 74, 5463.
3. Hergenhahn, M.; Liu, Z. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 2963.
4. Yan, H.; Xu, B. Small 2006, 2, 310.
5. Fologea, D.; Gershow, M.; Ledden, B.; McNabb, D. S.; Golovchenko, J. A.; Li, J. L. Nano Lett. 2005, 5, 1905.
6. Tanaka, H.; Kawai, T. Appl Surf. Sci. 2006, 252, 5474.
7. Tanaka, H.; Kawai, T. Surf. Sci. 2003, 539.
8. Liu, F.; Wang, X. Small 2006, 2, 1356.
9. Taniguchi, M.; Kawai, T. Phys. E. 2006, 33, 1.
10. Ziemann, P.; Boyen, H. Nat. Mat. 2006, 5, 394.
11. Zikic, R.; Krstic, P.; Zhang, X.; Fuentes-Cabrera, M.; Wells, J.; Zhao, X. Phys. Rev. E. 2006, 74, 011919.
12. Furukawa, M.; Tanaka, H.; Kawai, T. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3419.
13. Furukawa, M.; Tanaka, H.; Kawai, T. Surf. Sci. 2000, 445, 1.
14. Furukawa, M.; Tanaka, H.; Nakagawa, T.; Kawai, T. Surf. Sci. 1997, 392, 33.
15. Tanaka, H.; Nakagawa, T.; Kawai, T. Appl. Surf. Sci. 1996, 364, 575.
16. Puzdder, A.; Williamson, A. J.; Zaitseva, N.; Galli, G.; Manna, L.; Alivisatos, A. P. Nano Lett. 2004, 4, 2361.
17. Barnard, A. S.; Curtiss, L. A. Nano Lett.2005, 5, 1261.
18. Chretien, S.; Gordon, M.; Metiu, H. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9925.
19. Kresse, G.; Furtmüller, J. Phys. Rev. B. 1996, 54, 11169.
20. Kresse, G.; Hafner, J. Phys. Rev. B. 1996, 49, 14251.
21. Kresse, G.; Furtmüller, J. Comput. Mater. Sci. 1996, 6, 16.
22. Al-Lehyani, I.; Widom, M.; Wang, Y.; Moghadam, N.; Stocks, G. M.; Moriarty, J. A. Phys. Rev. B. 2001, 64, 075109.
23. Speyer, G.; Akis, R.; Ferry, D. K. J. Vac. Sci. Technol. B. 2006, 24, 1987.
24. Kilina, S. V.; Craig, C. F.; Kilin, D. S.; Prezhdo, O. V. J. Phys. Chem. C. 2007, 111, 4871.
25. Cerny, M.; Boyer, R.; Sob, M.; Yip, S. J. Comput.-Aided Mater. Des. 2005, 12, 161.
26. Vanderbilt, D. Phys. Rev. B. 1990, 41, 7892.
27. Perdew, J. P. Electronic Structure of Solids; Akademie Verlag: Berlin, 1991.
28. HyperChem(TM) Lite v. 2.; Hypercube, Inc.: 1115 NW 4th Street, Gainesville, Florida 32601, 1991.
29. Kevan, S.; Gaylord, R. Phys. Rev. B. 1987, 36, 5809.
30. (30} Euceda, A.; Bylander, D.; Kleinman, L. Phys. Rev. B. 1982, 28, 528.
31. Al-Rawi, A.; Kara, A.; Rahman, T. Phys. Rev. B. 2002, 66, 165439.
32. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, Jr., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; T. K. Gaussian 03, Rev. C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, Connecticut, 2003.
33. Casida, M. E. Recent Advantures in Density-Functional Methods Part I; World Scientific: Singapore, 1995.
34. Runge, E. Gross, E. K. U. Phys. Rev. Lett. 1984, 52, 997.
35. Tretiak, S.; Igumenshchev, K.; Chernyak, V. Phys. Rev. B. 2005, 71, 33201.
36. Tretiak, S. Mukamel, S. Chem. Rev. 2002, 102, 3171.
37. Kawai, T. (unpublished).
38. Voet, D.; Gratzer, W.; Cox, R.; Doty, P. Biopolymers 1963, 1, 193.
39. Clark, L.; Tinoco, I. J. Am. Chem. Soc. 1965, 87, 11.
40. Yamada, T.; Fukutome, H. Biopolymers 1968, 6, 43.
41. Silaghi, S.; Friedrich, M.; Cobet, C.; Esser, N.; Braun, W.; Zahn, D. Phys. Stat. Sol. (B.) 2005, 242, 3047.
42. Hobza, P.; Sponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247.
43. Kydd, R.; Mills, I. J. Mol. Spectrosc. 1972, 42, 320.
44. Roscioli, J.; Pratt, D. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13752.
45. Dong, F.; Miller, R. Science 2002, 298, 1227.
46. Mishra, S.; Shukla, M.; Mishra, P. Spectrochim. Acta A 2000, 56, 1355.
47. Stranick, S.; Kamna, M.; Weiss, P. Science 1994, 266, 99.
48. Preuss, M.; Schmidt, W.; Bechstedt, F. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 236102.
49. Wu, X.; Vargas, M.; Nayak, S.; Lotrich, V.; Scoles, G. J. Phys. Chem 2001, 115, 87484.
50. von Lilienfeld, O.; Tavernelli, I.; Rothlisberger, U.; Sebastiani, D. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 153004.
51. Henkelman, G.; Jonsson, H. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 664.
52. Jiang, Y.; Adams, J. Surf. Sci. 2003, 529, 428.
53. Bakalarski, G.; Grochowski, P.; Kwiatkowski, J.; Lesyng, B.; Leszczynski, J. Chem. Phys. 1996, 204, 301.
54. Kulakowska, I.; Geller, M.; Lesyng, B.; Bolewska, K.; Wierzchowski, K. Biochim. Biophys. Acta. 1974, 361, 119.
55. Tersoff, J.; Hamann, D. R. Phys. Rev. Lett. 1983, 50, 1998.
56. Tersoff, J.; Hamann, D. R. Phys. Rev. B. 1985, 31, 805.
57. Endres, R. G.; Cox, D. L.; Singh, R. R. P. Rev. Mod. Phys. 2004, 76, 195.
58. Braun, G.; Inagaki, K.; Estabrook, R. A.; Wood, D. K.; Levy, E.; Cleland, A. N.; Strouse, G. F.; Reich, N. O. Langmuir 2005, 21, 10699.
59. Matsuoka, Y.; Norden, B. J. Phys. Chem. 1982, 86, 1378.
60. Novros, J.; Clark, L. J. Phys. Chem. 1986, 90, 5666.