GolP-CHARMM: First-principles based force fields for the interaction of proteins with Au(111) and Au(100)

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 3, 2013, Pages 1616-1630

  Wright, Louise B ^a   Rodger, P Mark ^a   Corni, Stefano ^b   Walsh, Tiffany R ^c  

^a UNIVERSITY OF WARWICK   (United Kingdom)

^b CNR   (Italy)

^c DEAKIN UNIVERSITY   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84874906318     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct301018m     Document Type: Article

References (108)

1. Hnilova, M.; Khatayevich, D.; Carlson, D.; Oren, E. E.; Gresswell, C.; Zheng, S.; Ohuchi, F.; Sarikaya, M.; Tamerler, C. J. Colloid Interface Sci. 2012, 265, 97
2. Hnilova, M.; So, C. R.; Oren, E. E.; Wilson, B. R.; Kacar, T.; Tamerler, C.; Sarikaya, M. Soft Matter 2012, 8, 4327
3. Hnilova, M.; Karaca, B. T.; Park, J.; Jia, C.; Wilson, B. R.; Sarikaya, M.; Tamerler, C. Biotechnol. Bioeng. 2012, 109, 1120
4. Chakraborty, M.; Jain, S.; Rani, V. Appl. Biochem. Biotechnol. 2011, 165, 1178
5. Mahmood, M.; Casciano, D.; Xu, Y.; Biris, A. S. J. Appl. Toxicol. 2012, 32, 10
6. Kumar, A.; Ma, H.; Zhang, X.; Huang, K.; Jin, S.; Liu, J.; Wei, T.; Cao, W.; Zou, G.; Liang, X.-J. Biomaterials 2012, 33, 1180
7. Lui, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 10485
8. Colombo, M.; Mazzucchelli, S.; Collico, V.; Avvakumova, S.; Pandolfi, L.; Corsi, F.; Porta, F.; Prosperi, D. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51, 9272
9. Coppage, R.; Slocik, J. M.; Briggs, B. D.; Frenkel, A. I.; Heinz, H.; Naik, R. R.; Knecht, M. R. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 12346
10. Hnilova, M.; Khatayevich, D.; Carlson, A.; Oren, E. E.; Gresswell, C.; Zheng, S.; Ohuchi, F.; Sarikaya, M.; Tamerler, C. J. Colloid Interface Sci. 2011, 365, 97
11. Tamerler, C.; Khatayevich, D.; Gungormus, M.; Kacar, T.; Oren, E. E.; Hnilova, M.; Sarikaya, M. Biopolymers 2010, 94, 78
12. Tamerler, C.; Sarikaya, M. ACS Nano 2009, 3, 1606
13. Briggs, B. D.; Knecht, M. R. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 405
14. Hwang, L.; Chen, C. L.; Rosi, N. L. Chem. Commun. 2011, 47, 185
15. Auyeung, A.; Cutler, J. L.; Macfarlane, R. J.; Jones, M. R.; Wu, J. S.; Liu, G.; Zhang, K.; Osberg, K. D.; Mirkin, C. A. Nat. Nanotechnol. 2012, 7, 24
16. Mirau, P. A.; Naik, R. R.; Gehring, P. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 18243
17. Ju, S.; Yeo, W.-S. Nanotechnology 2012, 23, 135701
18. Braun, R.; Sarikaya, M.; Schulten, K. J. Biomat. Sci.-Polym. E. 2002, 13, 747
19. Heinz, H.; Farmer, B. L.; Pandey, R. B.; Slocik, J. M.; Patnaik, S. S.; Pachter, R.; Naik, R. R. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 9704
20. Heinz, H.; Jha, K. C.; Luettmer-Strathmann, J.; Farmer, B. L.; Naik, R. R. J. R. Soc., Interface 2010, 8, 220
21. Feng, J.; Pandey, R. B.; Berry, R. J.; Farmer, B. L.; Naik, R. R.; Heinz, H. Soft Matter 2011, 7, 2113
22. Vila-Verde, A.; Acres, J. M.; Maranas, J. K. Biomacromolecules 2009, 10, 2118
23. Vila-Verde, A.; Beltramo, P. J.; Maranas, J. K. Langmuir 2011, 27, 5918
24. Yu, J.; Becker, M. L.; Carri, G. A. Small 2010, 6, 2242
25. Yu, J.; Becker, L.; Carri, G. A. Langmuir 2012, 28, 1408
26. Feng, J.; Slocik, J. M.; Sarikaya, M.; Naik, R. R.; Farmer, B. L.; Heinz, H. Small 2012, 8, 1049
27. Hoefling, M.; Iori, F.; Corni, S.; Gottschalk, K.-E. Langmuir 2010, 26, 8347
28. Hoefling, M.; Iori, F.; Corni, S.; Gottschalk, K.-E. Chem. Phys. Chem. 2010, 11, 1763
29. Hoefling, M.; Monti, S.; Corni, S.; Gottschalk, K. E. PLoS One 2011, 6, 20925
30. Makarucha, A. J.; Todorova, N.; Yarovsky, I. Eur. Biophys. J. Biophy. 2011, 40, 13
31. Di Felice, R.; Corni, S. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 1510
32. Heinz, H.; Vaia, R. A.; Farmer, B. L.; Naik, R. R. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 17281
33. Iori, F.; Di Felice, R.; Molinari, E.; Corni, S. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1465
34. Iori, F.; Corni, S. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1656
35. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225
36. Reimers, J. R.; Wang, Y.; Cankurtaran, B. O.; Ford, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 8378
37. Wang, Y.; Chi, Q.; Zhang, J.; Hush, N. S.; Reimers, J. R.; Ulstrup, J. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 14856
38. Wright, L. B.; Walsh, T. R. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 2933
39. Marks, L. D. Rep. Prog. Phys. 1994, 57, 603
40. MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586
41. MacKerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400
42. Piana, S.; Lindorff-Larsen, K.; Shaw, D. E. Biophys. J. 2011, 100, 47
43. Collier, G.; Vellore, N. A.; Yancey, J. A.; Stuart, S. J.; Latour, R. A. Biointerphases 2012, 7, 24
44. Lindorff-Larson, K.; Maragakis, P.; Piana, S.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. PLoS One 2012, 7, e32131
45. Cino, E.; Choy, W.-Y.; Karttunen, M. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2725
46. Vellore, N. A.; Yancey, J. A.; Collier, G.; Latour, R. A. Langmuir 2010, 26, 7396
47. Barone, V.; Casarin, M.; Forrer, D.; Monti, S.; Prampolini, G. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 18434
48. Mendonca, A. C. F.; Malfreyt, P.; Padua, A. A. H. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3348
49. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 13427
50. Harten, U.; Lahee, A. M.; Toennies, J. P.; Woll, C. Phys. Rev. Lett. 1985, 54, 2619
51. Skoluda, P. Electrochem. Commun. 2004, 6, 785
52. Gibbs, D.; Ocko, B. M.; Zehner, D. M.; Mochrie, S. G. J. Phys. Rev. B 1990, 42, 7330
53. Mochrie, S. G. J.; Zehner, D. M.; Ocko, B. M.; Gibbs, D. Phys. Rev. Lett. 1990, 64, 2925
54. Ocko, B. M.; Gibbs, D.; Huang, K. G.; Zehner, D. M.; Mochrie, S. G. J. Phys. Rev. B 1991, 44, 6429
55. Skoluda, P. Electrochim. Acta 2011, 56, 8625
56. Keith, J. A.; Fantauzzi, D.; Jacob, T.; van Duin, A. C. T. Phys. Rev. B 2010, 81, 235404
57. Pandey, R. B.; Heinz, H.; Feng, J.; Farmer, B. L.; Slocik, J. M.; Drummy, L. F.; Naik, R. R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 1989
58. Cohavi, O.; Reichmann, D.; Abramovich, R.; Tesler, A. B.; Bellapadrona, G.; Kokh, D. B.; Wade, R. C.; Vaskevich, A.; Rubinstein, I.; Schreiber, G. Chem. Eur. J. 2011, 17, 1327
59. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Oxford University Press: Oxford, U. K., 1987.
60. Schravendijk, P.; Ghiringhelli, L. M.; delle Site, L.; van der Vegt, N. F. A. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 2631
61. Ghiringhelli, L. M.; delle Site, L. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2634
62. Dion, M.; Rydberg, H.; Schroder, E.; Langreth, D. C.; Lundqvist, B. I. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 246401-1
63. Thonhauser, T.; Cooper, V. R.; Li, S.; Puzder, A.; Hyldgaard, P.; Langreth, D. C. Phys. Rev. B 2007, 76, 125112
64. Roman-Perez, G.; Soler, J. M. Phys. Rev. Lett. 2009, 103, 096102
65. Hammer, B.; Hansen, L. B.; Norskov, J. K. Phys. Rev. B 1999, 59, 7413
66. Iori, F.; Corni, S.; Di Felice, R. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 13540
67. Hong, G.; Heinz, H.; Naik, R. R.; Farmer, B. L.; Pachter, R. ACS Appl. Mater. Interfaces 2009, 1, 388
68. Giannozzi, P. J. Phys.: Condens. Matter. 2009, 21, 395502
69. Rosa, M.; Corni, S.; Di Felice, R. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 21366
70. Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1990, 41, 7892
71. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865
72. Fu, C.-L.; Ho, K.-M. Phys. Rev. B 1983, 28, 5480
73. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435
74. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
75. Neria, E.; Fischer, S.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1902
76. Hockney, R. W.; Goel, S. P.; Eastwood, J. J. Comput. Phys. 1974, 14, 148
77. Yang, M.; Stipp, S. L. S.; Harding, J. Crystal Growth Des. 2008, 8, 4066
78. Heinz, H. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1564
79. Cicero, G.; Calzolari, A.; Corni, S.; Catellani, A. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 2582
80. Langreth, D. C. J. Phys: Condens. Matter. 2009, 21, 084203
81. Toyoda, K.; Nakano, Y.; Hamada, I.; Lee, K.; Yanagisawa, S.; Morikawa, Y. Surf. Sci. 2009, 603, 2912
82. Li, G.; Tamblyn, I.; Cooper, V. R.; Gao, H.-J.; Neaton, J. B. Phys. Rev. B 2012, 85, 121409
83. Wellendorff, J.; Kelkkanen, A.; Mortensen, J. J.; Lundqvist, B. I.; Bligaard, T. Top. Catal. 2010, 53, 378
84. Lee, K.; Murray, E. D.; Kong, L.; Lundqvist, B. I.; Langreth, D. C. Phys. Rev. B 2010, 82, 081101
85. Wetterer, S. M.; Lavrich, D. J.; Cummings, T.; Bernasek, S. L.; Scoles, G. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9266
86. Syomin, D.; Koel, B. E. Surf. Sci. 2002, 498, 53
87. Kay, B. D.; Lykke, K. R.; Creighton, J. R.; Ward, S. J. J. Chem. Phys. 1989, 91, 5120
88. Lavrich, D. J.; Wetterer, S. M.; Bernasek, S. L.; Scoles, G. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3456
89. Syomin, D.; Koel, B. E. Surf. Sci. 2002, 498, 61
90. Fichthorn, K. A.; Becker, K. E.; Miron, R. A. Catal. Today 2007, 123, 71
91. Romaner, L.; Nobok, D.; Puschnig, P.; Zojer, E.; Ambrosch-Draxl, C. New J. Phys. 2009, 11, 053010
92. Syomin, D.; Kim, J.; Koel, B. E.; Ellison, G. B. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 8387
93. Makov, G.; Payne, M. C. Phys. Rev. B 1995, 51, 4014
94. Skelton, A. A.; Liang, T. N.; Walsh, T. R. ACS Appl. Mater. Interfaces 2009, 1, 1482
95. Jena, K. C.; Hore, D. K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 14383
96. Schneider, J.; Colombi-Ciacchi, L. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 2407
97. Nadler, R.; Sanz, J. F. J. Chem. Phys. 2012, 137, 114709
98. Meng, M.; Stievano, L.; Lambert, J.-F. Langmuir 2004, 20, 914
99. Schnur, S.; Gross, A. New J. Phys 2009, 11, 125003
100. Lin, X.; Gross, A. Surf. Sci. 2012, 606, 886
101. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1787
102. Klimes, J.; Bowler, D. R.; Michaelides, A. Phys. Rev. B 2011, 83, 195131
103. Pan, L.; Jung, S.; Yoon, R.-H. J. Colloid Interface Sci. 2011, 2361, 321
104. Peelle, B. R.; Krauland, E. M.; Wittrup, K. D.; Belcher, A. M. Langmuir 2005, 21, 6929
105. Hnilova, M.; Oren, E. E.; Seker, U. O. S.; Wilson, B. R.; Collino, S.; Evans, J. S.; Tamerler, C.; Sarikaya, M. Langmuir 2008, 24, 12440
106. Li, H.-Q.; Chen, A.; Roscoe, S. G.; Lipkowski, J. J. Electroanal. Chem. 2001, 500, 299
107. Jastrzebska, J.; Jurkiewicz-Herbich, M.; Trasatti, S. J. Electroanal. Chem. 1987, 216, 21-28
108. Wei, Y.; Latour, R. A. Langmuir 2008, 24, 6721-6729