SCOPUS 정보 검색 플랫폼 - 논문 보기

메뉴 건너뛰기

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 2, 2014, Pages 711-721

RESPAC: Method to determine partial charges in coarse-grained protein model and its application to DNA-binding proteins

(2) Terakawa, Tsuyoshi a Takada, Shoji a

a KYOTO UNIVERSITY (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84894175730 PISSN: 15499618 EISSN: 15499626 Source Type: Journal
DOI: 10.1021/ct4007162 Document Type: Article

Times cited : (35)

References (66)

1
- 0027159254
- Winkler, F. K.; Banner, D. W.; Oefner, C.; Tsernoglou, D.; Brown, R.; Heathman, S.; Bryan, R.; Martin, P.; Petratos, K.; Wilson, K. EMBO J. 1993, 12, 1781-1795
- (1993) EMBO J. , vol.12 , pp. 1781-1795
- Winkler, F.K.¹ Banner, D.W.² Oefner, C.³ Tsernoglou, D.⁴ Brown, R.⁵ Heathman, S.⁶ Bryan, R.⁷ Martin, P.⁸ Petratos, K.⁹ Wilson, K.¹⁰

2
- 0031754295
- Misra, V. K.; Hecht, J. L.; Yang, A.-S.; Honig, B. Biophys. J. 1998, 75, 2262-2273
- (1998) Biophys. J. , vol.75 , pp. 2262-2273
- Misra, V.K.¹ Hecht, J.L.² Yang, A.-S.³ Honig, B.⁴

3
- 0033634983
- Viadiu, H.; Aggarwal, A. K. Mol. Cell 2000, 5, 889-895
- (2000) Mol. Cell , vol.5 , pp. 889-895
- Viadiu, H.¹ Aggarwal, A.K.²

4
- 3142657230
- Kalodimos, C. G.; Biris, N.; Bonvin, A. M.; Levandoski, M. M.; Guennuegues, M.; Boelens, R.; Kaptein, R. Science 2004, 305, 386-389
- (2004) Science , vol.305 , pp. 386-389
- Kalodimos, C.G.¹ Biris, N.² Bonvin, A.M.³ Levandoski, M.M.⁴ Guennuegues, M.⁵ Boelens, R.⁶ Kaptein, R.⁷

5
- 33751005022
- Savelyev, A.; Papoian, G. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14506-14518
- (2006) J. Am. Chem. Soc. , vol.128 , pp. 14506-14518
- Savelyev, A.¹ Papoian, G.A.²

6
- 66649116808
- Dahirel, V.; Paillusson, F.; Jardat, M.; Barbi, M.; Victor, J. M. Phys. Rev. Lett. 2009, 102, 228101-228101
- (2009) Phys. Rev. Lett. , vol.102 , pp. 228101-228101
- Dahirel, V.¹ Paillusson, F.² Jardat, M.³ Barbi, M.⁴ Victor, J.M.⁵

7
- 84861367246
- Dror, R. O.; Dirks, R. M.; Grossman, J.; Xu, H.; Shaw, D. E. Annu. Rev. Biophys. 2012, 41, 429-452
- (2012) Annu. Rev. Biophys. , vol.41 , pp. 429-452
- Dror, R.O.¹ Dirks, R.M.² Grossman, J.³ Xu, H.⁴ Shaw, D.E.⁵

8
- 84894196654
- Lane, T. J.; Shukla, D.; Beauchamp, K. A.; Pande, V. S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2012, 58-65
- (2012) Curr. Opin. Struct. Biol. , pp. 58-65
- Lane, T.J.¹ Shukla, D.² Beauchamp, K.A.³ Pande, V.S.⁴

9
- 84876064638
- Piana, S.; Lindorff-Larsen, K.; Shaw, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 5915-5920
- (2013) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.110 , pp. 5915-5920
- Piana, S.¹ Lindorff-Larsen, K.² Shaw, D.E.³

10
- 79953742584
- Kamerlin, S. C.; Vicatos, S.; Dryga, A.; Warshel, A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2011, 62, 41-64
- (2011) Annu. Rev. Phys. Chem. , vol.62 , pp. 41-64
- Kamerlin, S.C.¹ Vicatos, S.² Dryga, A.³ Warshel, A.⁴

11
- 80053391759
- Hyeon, C.; Thirumalai, D. Nat. Commun. 2011, 2, 487
- (2011) Nat. Commun. , vol.2 , pp. 487
- Hyeon, C.¹ Thirumalai, D.²

12
- 84861773417
- Takada, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2012, 22, 130-137
- (2012) Curr. Opin. Struct. Biol. , vol.22 , pp. 130-137
- Takada, S.¹

13
- 82655179905
- Vuzman, D.; Levy, Y. Mol. BioSyst. 2012, 8, 47-57
- (2012) Mol. BioSyst. , vol.8 , pp. 47-57
- Vuzman, D.¹ Levy, Y.²

14
- 84877743189
- Saunders, M. G.; Voth, G. A. Annu. Rev. Biophys. 2013, 42, 73-93
- (2013) Annu. Rev. Biophys. , vol.42 , pp. 73-93
- Saunders, M.G.¹ Voth, G.A.²

15
- 0034685604
- Clementi, C.; Nymeyer, H.; Onuchic, J. N. J. Mol. Biol. 2000, 298, 937-953
- (2000) J. Mol. Biol. , vol.298 , pp. 937-953
- Clementi, C.¹ Nymeyer, H.² Onuchic, J.N.³

16
- 0242383943
- Karanicolas, J.; Brooks, C. L., III J. Mol. Biol. 2003, 334, 309-325
- (2003) J. Mol. Biol. , vol.334 , pp. 309-325
- Karanicolas, J.¹ Brooks III, C.L.²

17
- 34247861746
- Prieto, L.; de Sancho, D.; Rey, A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 154903
- (2005) J. Chem. Phys. , vol.123 , pp. 154903
- Prieto, L.¹ De Sancho, D.² Rey, A.³

18
- 70349422120
- Azia, A.; Levy, Y. J. Mol. Biol. 2009, 393, 527-542
- (2009) J. Mol. Biol. , vol.393 , pp. 527-542
- Azia, A.¹ Levy, Y.²

19
- 79952774013
- Li, W.; Wolynes, P. G.; Takada, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 3504-3509
- (2011) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.108 , pp. 3504-3509
- Li, W.¹ Wolynes, P.G.² Takada, S.³

20
- 84868107440
- Li, W.; Terakawa, T.; Wang, W.; Takada, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 17789-17794
- (2012) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.109 , pp. 17789-17794
- Li, W.¹ Terakawa, T.² Wang, W.³ Takada, S.⁴

21
- 37549009571
- Kim, Y. C.; Hummer, G. J. Mol. Biol. 2008, 375, 1416-1433
- (2008) J. Mol. Biol. , vol.375 , pp. 1416-1433
- Kim, Y.C.¹ Hummer, G.²

22
- 84856789405
- Zarrine-Afsar, A.; Zhang, Z.; Schweiker, K. L.; Makhatadze, G. I.; Davidson, A. R.; Chan, H. S. Proteins 2012, 80, 858-870
- (2012) Proteins , vol.80 , pp. 858-870
- Zarrine-Afsar, A.¹ Zhang, Z.² Schweiker, K.L.³ Makhatadze, G.I.⁴ Davidson, A.R.⁵ Chan, H.S.⁶

23
- 84861632145
- Okazaki, K.-i.; Sato, T.; Takano, M. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 8918-8925
- (2012) J. Am. Chem. Soc. , vol.134 , pp. 8918-8925
- Sato, T.¹ Takano, M.²

24
- 84864578471
- Chu, X.; Wang, Y.; Gan, L.; Bai, Y.; Han, W.; Wang, E.; Wang, J. PLoS Comput Biol 2012, 8, e1002608
- (2012) PLoS Comput Biol , vol.8 , pp. 1002608
- Chu, X.¹ Wang, Y.² Gan, L.³ Bai, Y.⁴ Han, W.⁵ Wang, E.⁶ Wang, J.⁷

25
- 84865714640
- Terakawa, T.; Kenzaki, H.; Takada, S. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 14555-14562
- (2012) J. Am. Chem. Soc. , vol.134 , pp. 14555-14562
- Terakawa, T.¹ Kenzaki, H.² Takada, S.³

26
- 0342877286
- Momany, F. A. J. Phys. Chem. 1978, 82, 592-601
- (1978) J. Phys. Chem. , vol.82 , pp. 592-601
- Momany, F.A.¹

27
- 84986513563
- Cox, S.; Williams, D. J. Comput. Chem. 1981, 2, 304-323
- (1981) J. Comput. Chem. , vol.2 , pp. 304-323
- Cox, S.¹ Williams, D.²

28
- 84986468608
- Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1984, 5, 129-145
- (1984) J. Comput. Chem. , vol.5 , pp. 129-145
- Singh, U.C.¹ Kollman, P.A.²

29
- 84988098098
- Chirlian, L. E.; Francl, M. M. J. Comput. Chem. 1987, 8, 894-905
- (1987) J. Comput. Chem. , vol.8 , pp. 894-905
- Chirlian, L.E.¹ Francl, M.M.²

30
- 84986513567
- Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361-373
- (1990) J. Comput. Chem. , vol.11 , pp. 361-373
- Breneman, C.M.¹ Wiberg, K.B.²

31
- 0343380162
- Francl, M. M.; Carey, C.; Chirlian, L. E.; Gange, D. M. J. Comput. Chem. 1996, 17, 367-383
- (1996) J. Comput. Chem. , vol.17 , pp. 367-383
- Francl, M.M.¹ Carey, C.² Chirlian, L.E.³ Gange, D.M.⁴

32
- 84986468508
- Woods, R. J.; Khalil, M.; Pell, W.; Moffat, S. H.; Smith, V. H. J. Comput. Chem. 1990, 11, 297-310
- (1990) J. Comput. Chem. , vol.11 , pp. 297-310
- Woods, R.J.¹ Khalil, M.² Pell, W.³ Moffat, S.H.⁴ Smith, V.H.⁵

33
- 84986437311
- Stouch, T.; Williams, D. E. J. Comput. Chem. 1992, 13, 622-632
- (1992) J. Comput. Chem. , vol.13 , pp. 622-632
- Stouch, T.¹ Williams, D.E.²

34
- 84986531941
- Merz, K. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 749-767
- (1992) J. Comput. Chem. , vol.13 , pp. 749-767
- Merz, K.M.¹

35
- 3042524904
- Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280
- (1993) J. Phys. Chem. , vol.97 , pp. 10269-10280
- Bayly, C.I.¹ Cieplak, P.² Cornell, W.³ Kollman, P.A.⁴

36
- 0034604376
- Woods, R.; Chappelle, R. J. Mol. Struct. 2000, 527, 149-156
- (2000) J. Mol. Struct. , vol.527 , pp. 149-156
- Woods, R.¹ Chappelle, R.²

37
- 0035974484
- Cieplak, P.; Caldwell, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1048-1057
- (2001) J. Comput. Chem. , vol.22 , pp. 1048-1057
- Cieplak, P.¹ Caldwell, J.² Kollman, P.³

38
- 0037173897
- Laio, A.; VandeVondele, J.; Rothlisberger, U. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7300-7307
- (2002) J. Phys. Chem. B , vol.106 , pp. 7300-7307
- Laio, A.¹ Vandevondele, J.² Rothlisberger, U.³

39
- 18744402303
- Anisimov, V. M.; Lamoureux, G.; Vorobyov, I. V.; Huang, N.; Roux, B.; MacK-erell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 153-168
- (2005) J. Chem. Theory Comput. , vol.1 , pp. 153-168
- Anisimov, V.M.¹ Lamoureux, G.² Vorobyov, I.V.³ Huang, N.⁴ Roux, B.⁵ Mack-Erell, A.D.⁶

40
- 36348929989
- Okiyama, Y.; Watanabe, H.; Fukuzawa, K.; Nakano, T.; Mochizuki, Y.; Ishikawa, T.; Tanaka, S.; Ebina, K. Chem. Phys. Lett. 2007, 449, 329-335
- (2007) Chem. Phys. Lett. , vol.449 , pp. 329-335
- Okiyama, Y.¹ Watanabe, H.² Fukuzawa, K.³ Nakano, T.⁴ Mochizuki, Y.⁵ Ishikawa, T.⁶ Tanaka, S.⁷ Ebina, K.⁸

41
- 77956737994
- Chen, D.-L.; Stern, A. C.; Space, B.; Johnson, J. K. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 10225-10233
- (2010) J. Phys. Chem. A , vol.114 , pp. 10225-10233
- Chen, D.-L.¹ Stern, A.C.² Space, B.³ Johnson, J.K.⁴

42
- 84875225459
- Zeng, J.; Duan, L.; Zhang, J. Z.; Mei, Y. J. Comput. Chem. 2012, 34, 847-853
- (2012) J. Comput. Chem. , vol.34 , pp. 847-853
- Zeng, J.¹ Duan, L.² Zhang, J.Z.³ Mei, Y.⁴

43
- 84876669734
- Chang, L.; Ishikawa, T.; Kuwata, K.; Takada, S. J. Comput. Chem. 2013, 34, 1251-1257
- (2013) J. Comput. Chem. , vol.34 , pp. 1251-1257
- Chang, L.¹ Ishikawa, T.² Kuwata, K.³ Takada, S.⁴

44
- 0000539622
- Kollman, P. A. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 461-470
- (1996) Acc. Chem. Res. , vol.29 , pp. 461-470
- Kollman, P.A.¹

45
- 33748501925
- Gabdoulline, R. R.; Wade, R. C. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3868-3878
- (1996) J. Phys. Chem. , vol.100 , pp. 3868-3878
- Gabdoulline, R.R.¹ Wade, R.C.²

46
- 0042940030
- Zhang, Q.; Beard, D. A.; Schlick, T. J. Comput. Chem. 2003, 24, 2063-2074
- (2003) J. Comput. Chem. , vol.24 , pp. 2063-2074
- Zhang, Q.¹ Beard, D.A.² Schlick, T.³

47
- 34548020295
- Basdevant, N.; Borgis, D.; Ha-Duong, T. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9390-9399
- (2007) J. Phys. Chem. B , vol.111 , pp. 9390-9399
- Basdevant, N.¹ Borgis, D.² Ha-Duong, T.³

48
- 58149170454
- Cascella, M.; Neri, M. A.; Carloni, P.; Peraro, M. D. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1378-1385
- (2008) J. Chem. Theory Comput. , vol.4 , pp. 1378-1385
- Cascella, M.¹ Neri, M.A.² Carloni, P.³ Peraro, M.D.⁴

49
- 77950142931
- Alemani, D.; Collu, F.; Cascella, M.; Dal Peraro, M. J. Chem. Theory Comput. 2009, 6, 315-324
- (2009) J. Chem. Theory Comput. , vol.6 , pp. 315-324
- Alemani, D.¹ Collu, F.² Cascella, M.³ Dal Peraro, M.⁴

50
- 84882378777
- Spiga, E.; Alemani, D.; Degiacomi, M. T.; Cascella, M.; Dal Peraro, M. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3515-3526
- (2013) J. Chem. Theory Comput. , vol.9 , pp. 3515-3526
- Spiga, E.¹ Alemani, D.² Degiacomi, M.T.³ Cascella, M.⁴ Dal Peraro, M.⁵

51
- 81055141525
- Marcovitz, A.; Levy, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 17957-17962
- (2011) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.108 , pp. 17957-17962
- Marcovitz, A.¹ Levy, Y.²

52
- 84886671899
- Marcovitz, A.; Levy, Y. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 13005-13014
- (2013) J. Phys. Chem. B , vol.117 , pp. 13005-13014
- Marcovitz, A.¹ Levy, Y.²

53
- 0035964342
- Baker, N. A.; Sept, D.; Joseph, S.; Holst, M. J.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10037-10041
- (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.98 , pp. 10037-10041
- Baker, N.A.¹ Sept, D.² Joseph, S.³ Holst, M.J.⁴ McCammon, J.A.⁵

54
- 34547559704
- Dolinsky, T. J.; Czodrowski, P.; Li, H.; Nielsen, J. E.; Jensen, J. H.; Klebe, G.; Baker, N. A. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 522-525
- (2007) Nucleic Acids Res. , vol.35 , pp. 522-525
- Dolinsky, T.J.¹ Czodrowski, P.² Li, H.³ Nielsen, J.E.⁴ Jensen, J.H.⁵ Klebe, G.⁶ Baker, N.A.⁷

55
- 3142714765
- Mackerell, A. D.; Feig, M.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-1415
- (2004) J. Comput. Chem. , vol.25 , pp. 1400-1415
- Mackerell, A.D.¹ Feig, M.² Brooks, C.L.³

56
- 0015866154
- Shrake, A.; Rupley, J. A. J. Mol. Biol. 1973, 79, 351-371
- (1973) J. Mol. Biol. , vol.79 , pp. 351-371
- Shrake, A.¹ Rupley, J.A.²

57
- 4043171970
- Qiu, D.; Shenkin, P. S.; Hollinger, F. P.; Still, W. C. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3005-3014
- (1997) J. Phys. Chem. A , vol.101 , pp. 3005-3014
- Qiu, D.¹ Shenkin, P.S.² Hollinger, F.P.³ Still, W.C.⁴

58
- 38749123962
- Hess, B. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 116-122
- (2008) J. Chem. Theory Comput. , vol.4 , pp. 116-122
- Hess, B.¹

59
- 84875592758
- Pronk, S.; Pall, S.; Schulz, R.; Larsson, P.; Bjelkmar, P.; Apostolov, R.; Shirts, M. R.; Smith, J. C.; Kasson, P. M.; van der Spoel, D.; Hess, B.; Lindahl, E. Bioinformatics 2013, 29, 845-854
- (2013) Bioinformatics , vol.29 , pp. 845-854
- Pronk, S.¹ Pall, S.² Schulz, R.³ Larsson, P.⁴ Bjelkmar, P.⁵ Apostolov, R.⁶ Shirts, M.R.⁷ Smith, J.C.⁸ Kasson, P.M.⁹ Van Der Spoel, D.¹⁰ Hess, B.¹¹ Lindahl, E.¹²

60
- 63649131960
- Sambriski, E.; Schwartz, D.; De Pablo, J. Biophys. J. 2009, 96, 1675-1690
- (2009) Biophys. J. , vol.96 , pp. 1675-1690
- Sambriski, E.¹ Schwartz, D.² De Pablo, J.³

61
- 79959215991
- Kenzaki, H.; Koga, N.; Hori, N.; Kanada, R.; Li, W.; Okazaki, K.-i.; Yao, X.-Q.; Takada, S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1979-1989
- (2011) J. Chem. Theory Comput. , vol.7 , pp. 1979-1989
- Kenzaki, H.¹ Koga, N.² Hori, N.³ Kanada, R.⁴ Li, W.⁵ Yao, X.-Q.⁶ Takada, S.⁷

62
- 33846823909
- Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
- (1993) J. Chem. Phys. , vol.98 , pp. 10089
- Darden, T.¹ York, D.² Pedersen, L.³

63
- 84986440341
- Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962
- (1992) J. Comput. Chem. , vol.13 , pp. 952-962
- Miyamoto, S.¹ Kollman, P.A.²

64
- 0035933104
- Kalodimos, C. G.; Folkers, G. E.; Boelens, R.; Kaptein, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 6039-6044
- (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.98 , pp. 6039-6044
- Kalodimos, C.G.¹ Folkers, G.E.² Boelens, R.³ Kaptein, R.⁴

65
- 84879579060
- Yonetani, Y.; Kono, H. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 7535-7545
- (2013) J. Phys. Chem. B , vol.117 , pp. 7535-7545
- Yonetani, Y.¹ Kono, H.²

66
- 33744961763
- Liu, J.; Perumal, N. B.; Oldfield, C. J.; Su, E. W.; Uversky, V. N.; Dunker, A. K. Biochemistry 2006, 45, 6873-6888
- (2006) Biochemistry , vol.45 , pp. 6873-6888
- Liu, J.¹ Perumal, N.B.² Oldfield, C.J.³ Su, E.W.⁴ Uversky, V.N.⁵ Dunker, A.K.⁶

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.