Mathematical treatments that solve single molecules

Biophysical Reviews and Letters

Volumn 8, Issue 3-4, 2013, Pages 109-136

  Flomenbom, Ophir ^a  

^a Flomenbom BPS   (Israel)

Author keywords

AFM; enzymes; FRET; ion channels; quantum dots; Solving single molecules

Indexed keywords

CONFORMATIONAL TRANSITION; ENVIRONMENTAL CHANGE; FILTER; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; INFORMATION; MATHEMATICAL ANALYSIS; MOLECULE; NOISE; ORGANIZATION; PHOTON; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; SCIENTIST; SOLUTION AND SOLUBILITY; STATISTICAL ANALYSIS; STATISTICAL MODEL;

EID: 84893056196     PISSN: 17930480     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1142/S1793048013300016     Document Type: Review

References (70)

1. W. E. Moerner and M. Orrit, Science 283, 1670 (1999).
2. M. J. Ruedas-Rama, J. M. Alvarez-Pez and A. Orte, Biophys. Rev. Lett. 8, 161-190 (2013).
3. E. Neher and B. Sakmanm, Nature 260, 799 (1976).
4. M. Fahrner et al., Immunol. Rev. 231, 99 (2009).
5. J. J. Kasianowicz, E. Brandin, D. Branton and D. W. Deamer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 13770 (1996).
6. C. Nicolai and F. Sachs, Biophys. Rev. Lett. 8, 191-211 (2013).
7. B. Schuler, E. A. Lipman and W. A. Eaton, Nature 419, 743 (2002).
8. P. Narayan et al., Nat. Struct. Mol. Biol. 19, 79 (2012).
9. H. Yang, G. Luo, P. Karnchanaphanurach, T. Louie, I. Rech, S. Cova, L. Xun and X. S. Xie, Science 302, 262 (2003).
10. E. Rhoades, E. Gussakovsky and G. Haran, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 3197 (2003).
11. W. Min, G. Lou, B. J. Cherayil, S. C. Kou and X. S. Xie, Phys. Rev. Lett. 94, 198302 (2005).
12. X. Zhuang, H. Kim, M. J. B. Pereira, H. P. Babcock, N. G.Walter and S. Chu, Science 296, 1473 (2002).
13. H. Lu, L. Xun and X. S. Xie, Science 282, 1877 (1998).
14. L. Edman, Z. F̈oldes-Papp, S.Wennmalm and R. Rigler, Chem. Phys. 247, 11 (1999).
15. K. Velonia et al., Angew. Chem. Int. Edit. 44, 560 (2005).
16. O. Flomenbom et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 2368 (2005);
17. O. Flomenbom et al., Chem. Phys. Lett. 432, 371 (2006).
18. B. P. English et al., Nat. Chem. Biol. 2, 87 (2006).
19. R. J. Davenport, G. J. L. Wuite, R. Landick and C. Bustamante, Science 287, 2497 (2000).
20. F. Rico, A. Oshima, P. Hinterdorfer, Y. Fujiyoshi and S. Scheuring, J. Mol. Biol. 412, 72 (2011).
21. M. Ribezzi, M. Wagner and F. Ritort, J. Non. Math. Phys. 18, 397 (2011).
22. C. Roduit et al., Nat. Methods 9, 774 (2012).
23. S. Nie, D. T. Chiu and R. N. Zare, Science 266, 1018 (1994).
24. R. Shusterman, S. Alon, T. Gavrinyov and O. Krichevsky, Phys. Rev. Lett. 92, 048303-1 (2004).
25. H. De Keersmaecker, S. Rocha, E. Fron et al., Biophys. Rev. Lett. 8, 229-242 (2013).
26. A. E. Cohen and W. E. Moerner, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103, 4362 (2006).
27. R. M. Dickson, A. B. Cubitt, R. Y. Tsien and W. E. Moerner, Nature 388, 355 (1997).
28. I. Chung and M. G. Bawendi, Phys. Rev. B. 70, 165304-1 (2004).
29. R. Rossetti, S. Nakahara and L. E. Brus, J. Chem. Phys. 79, 1086 (1983).
30. J. Tang and R. A. Marcus, J. Chem. Phys. 123, 204511 (2005).
31. F. Qin. A. Auerbach and F. Sachs, Biophys. J. 79, 1928 (2000).
32. F. Qin, A. Auerbach and F. Sachs, Biophys. J. 79, 1915 (2000).
33. F. G. Ball and M. S. P. Sansom, Proc. R. Soc. Lond. B 236, 385 (1989).
34. O. Flomenbom, J. Klafter and A. Szabo, Biophys. J. 88, 3780 (2005).
35. J. Cao, Chem. Phys. Lett. 327, 38 (2000).
36. W. J. Bruno, J. Yang and J. Pearson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 6326 (2005).
37. O. Flomenbom and J. Klafter, Acta Phys. Pol. B 36, 1527 (2005);
38. J. Chem. Phys. 123, 064903 (2005).
39. J. B. Witkoskie and J. Cao, J. Chem. Phys. 121, 6361 (2004).
40. O. Flomenbom and R. J. Silbey, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103, 10907 (2006)
41. J. Chem. Phys. 128, 114902 (2008).
42. O. Flomenbom and R. J. Silbey, Phys. Rev. E 78, 066105 (2008).
43. R. J. Bauer, B. F. Bowman and J. L. Kenyon, Biophys. J. 52, 961 (1987).
44. P. Kienker, Proc. R. Soc. London B. 236, 269 (1989).
45. D. R. Fredkin and J. A. Rice, J. Appl. Prob. 23, 208 (1986).
46. D. Colquhoun and A. G. Hawkes, Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 300, 1 (1982).
47. L. Song and K. L. Magleby, Biophys. J. 67, 91 (1994).
48. O. Flomenbom, Adv. Chem. Phys. 146, 367 (2011).
49. B. Hille, Ion Channels of Excitable Membranes (USA: Sinauer Associates Inc, 2001).
50. D. R. Cox and D. V. Hinkley, Theoretical Statistics (USA: Chapman & Hall/CRC, 1974).
51. L. E. Baum, T. Petrie, G. Soules and N. Weiss, Ann. Math. Stat. 41, 164-171 (1970).
52. R. Horn and K. Lange, Biophys. J. 43, 207-223 (1983).
53. H. Yang and X. S. Xie, J. Chem Phys. 117, 10965-10979 (2002).
54. D. Colquhoun, A. G. Hawkes and K. Srodzinski, Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 354, 2555-2590 (1996).
55. F. Qin, A. Auerbach and F. Sachs, Biophys. J. 70, 264-280 (1996).
56. B. Roux and R. Sauve, Biophys. J. 48, 149-158 (1985).
57. A. G. Hawkes, A. Jalali and D. Colquhoun, Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 332, 511 (1990).
58. C. B. Li, H. Yang and T. Komatsuzaki, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 105, 536-541 (2008).
59. L. P. Watkins and H. Yang, Biophys. J. 86, 4015-4029 (2004).
60. J. Cao and R. J. Silbey, J. Phys. Chem. B 112, 12876 (2008).
61. I. V. Gopich and A. Szabo, J. Phys. Chem. B 114, 15221-6 (2010); PNAS USA 109, 7747 (2012).
62. H. S. Chung, I. V. Gopich, K. McHale, T. Cellmer, J. M. Louis and W. A. Eaton, J. Phys. Chem. A 115(16), 3642-3656 (2011).
63. R. Hurtado Guerrero et al., J. Biol. Chem. 284, 8461-9 (2009).
64. J. N. Taylor, D. E. Makarov and C. F. Landes, Biophys. J. 98, 164-173 (2010).
65. M. A. Little and N. S. Jones, Proc. R. Soc. A 467, 3088-3114 (2011); Proc. R. Soc. A 467, 3115-3140 (2011); Phil. Trans. R. Soc. A 371, 20110546 (2013).
66. G. Tatyana et al., ACS Nano 6(1), 346-354 (2012).
67. O. Flomenbom, submitted (2013). See http://arxiv.org/abs/1306.2435.
68. A. G. Hawkes, A. Jalali and D. Colquhoun, Phil. Trans. R. Soc. Lond. B 337, 383-404 (1992).
69. F. Qin, Biophys. J. 86(3), 1488-1501 (2004).
70. S. K. Jørgensen and N. S. Hatzakis, Biophys. Rev. Lett. 8, 137-160 (2013).