Fluorescence light-up probe for parallel G-quadruplexes

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 1, 2014, Pages 943-952

  Jin, Bing ^a,b   Zhang, Xin ^a,b   Zheng, Wei ^a,b   Liu, Xiangjun ^a   Qi, Cui ^a,b   Wang, Fuyi ^a   Shangguan, Dihua ^a  

^a INSTITUTE OF CHEMISTRY   (China)

^b UNIVERSITY OF CHINESE ACADEMY OF SCIENCES   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AQUEOUS BUFFER; BENZIMIDAZOLES; BINDING MODELS; BINDING STUDIES; FLUORESCENT PROBES; FLUORESCENT RESPONSE; NO FLUORESCENCES; SELECTIVE RECOGNITION;

DNA SEQUENCES; GENES;

FLUORESCENCE;

FLUORESCENT DYE; GUANINE QUADRUPLEX;

ARTICLE; CHEMISTRY; HUMAN; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE;

FLUORESCENT DYES; G-QUADRUPLEXES; HUMANS; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY;

EID: 84891795569     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac403676x     Document Type: Article

References (64)

1. Burge, S.; Parkinson, G. N.; Hazel, P.; Todd, A. K.; Neidle, S. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 5402-5415
2. Davis, J. T. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 668-698
3. Huppert, J. L.; Balasubramanian, S. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 2908-2916
4. Todd, A. K.; Johnston, M.; Neidle, S. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 2901-2907
5. Huppert, J. L.; Balasubramanian, S. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 406-413
6. Siddiqui-Jain, A.; Grand, C. L.; Bearss, D. J.; Hurley, L. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11593-11598
7. Phan, A. T.; Modi, Y. S.; Patel, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8710-8716
8. Jantos, K.; Rodriguez, R.; Ladame, S.; Shirude, P. S.; Balasubramanian, S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13662-13663
9. Waller, Z. A. E.; Sewitz, S. A.; Hsu, S. T. D.; Balasubramanian, S. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12628-12633
10. Cogoi, S.; Xodo, L. E. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 2536-2549
11. Cogoi, S.; Paramasivam, M.; Spolaore, B.; Xodo, L. E. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 3765-3780
12. Paramasivam, M.; Membrino, A.; Cogoi, S.; Fukuda, H.; Nakagama, H.; Xodo, L. E. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 2841-2853
13. Sun, D.; Liu, W. J.; Guo, K. X.; Rusche, J. J.; Ebbinghaus, S.; Gokhale, V.; Hurley, L. H. Mol. Cancer Ther. 2008, 7, 880-889
14. Sun, D. Y.; Guo, K. X.; Rusche, J. J.; Hurley, L. H. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 6070-6080
15. Palumbo, S. L.; Memmott, R. M.; Uribe, D. J.; Krotova-Khan, Y.; Hurley, L. H.; Ebbinghaus, S. W. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 1755-1769
16. Lew, A.; Rutter, W. J.; Kennedy, G. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 12508-12512
17. Paeschke, K.; Simonsson, T.; Postberg, J.; Rhodes, D.; Lipps, H. J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 847-854
18. Maizels, N. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 13, 1055-1059
19. Brooks, T. A.; Kendrick, S.; Hurley, L. FEBS J. 2010, 277, 3459-3469
20. Ou, T. M.; Lu, Y. J.; Tan, J. H.; Huang, Z. S.; Wong, K. Y.; Gu, L. Q. ChemMedChem 2008, 3, 690-713
21. Georgiades, S. N.; Abd Karim, N. H.; Suntharalingam, K.; Vilar, R. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 4020-4034
22. Alzeer, J.; Vummidi, B. R.; Roth, P. J. C.; Luedtke, N. W. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 9362-9365
23. Bhasikuttan, A. C.; Mohanty, J.; Pal, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 9305-9307
24. Kong, D. M.; Ma, Y. E.; Wu, J.; Shen, H. X. Chem.-Eur. J. 2009, 15, 901-909
25. Teulade-Fichou, M. P.; Carrasco, C.; Guittat, L.; Bailly, C.; Alberti, P.; Mergny, J. L.; David, A.; Lehn, J. M.; Wilson, W. D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4732-4740
26. Yang, P.; De Cian, A.; Teulade-Fichou, M. P.; Mergny, J. L.; Monchaud, D. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 2188-2191
27. Arthanari, H.; Basu, S.; Kawano, T. L.; Bolton, P. H. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3724-3728
28. Guo, J. H.; Zhu, L. N.; Kong, D. M.; Shen, H. X. Talanta 2009, 80, 607-613
29. Yan, J. W.; Ye, W. J.; Chen, S. B.; Wu, W. B.; Hou, J. Q.; Ou, T. M.; Tan, J. H.; Li, D.; Cu, L. Q.; Huang, Z. S. Anal. Chem. 2012, 84, 6288-6292
30. Li, T.; Wang, E. K.; Dong, S. J. Anal. Chem. 2010, 82, 7576-7580
31. Mohanty, J.; Barooah, N.; Dhamodharan, V.; Harikrishna, S.; Pradeepkumar, P. I.; Bhasikuttan, A. C. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 367-376
32. Jain, A. K.; Bhattacharya, S. Bioconjugate Chem. 2011, 22, 2355-2368
33. Zhu, L. N.; Zhao, S. J.; Wu, B.; Li, X. Z.; Kong, D. M. Plos One 2012, 7, e35586
34. Monchaud, D.; Yang, P.; Lacroix, L.; Teulade-Fichou, M. P.; Mergny, J. L. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 4858-4861
35. Dash, J.; Shirude, P. S.; Balasubramanian, S. Chem. Commun. 2008, 3055-3057
36. Jain, A. K.; Reddy, V. V.; Paul, A.; Muniyappa, K.; Bhattacharya, S. Biochemistry 2009, 48, 10693-10704
37. Li, G. R.; Huang, J.; Zhang, M.; Zhou, Y. Y.; Zhang, D.; Wu, Z. G.; Wang, S. R.; Weng, X. C.; Zhou, X.; Yang, G. F. Chem. Commun. 2008, 4564-4566
38. De Cian, A.; Mergny, J. L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 2483-2493
39. Bhattacharya, S.; Chaudhuri, P.; Jain, A. K.; Paul, A. Bioconjugate Chem. 2010, 21, 1148-1159
40. Bhattacharya, S.; Chaudhuri, P. Curr. Med. Chem. 2008, 15, 1762-1777
41. Latt, S. A.; Stetten, G. J. Histochem. Cytochem. 1976, 24, 24-33
42. Maiti, S.; Chaudhury, N. K.; Chowdhury, S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 310, 505-512
43. Phan, A. T.; Kuryavyi, V.; Gaw, H. Y.; Patel, D. J. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 167-173
44. Stootman, F. H.; Fisher, D. M.; Rodger, A.; Aldrich-Wright, J. R. Analyst 2006, 131, 1145-1151
45. Xie, X.; Choi, B.; Largy, E.; Guillot, R.; Granzhan, A.; Teulade-Fichou, M. P. Chem.-Eur. J. 2013, 19, 1214-1226
46. Li, Q.; Xiang, J. F.; Yang, Q. F.; Sun, H. X.; Guan, A. J.; Tang, Y. L. Nucleic Acids Res. 2013, 41, D1115-D1123
47. Park, H.; Lee, J.; Lee, S. Proteins 2006, 65, 549-554
48. Zhang, L. Z.; Zhou, J. P.; Zhang, L. N. Macromol. Chem. Phys. 2012, 213, 57-63
49. Shao, H. X.; Chen, X. P.; Wang, Z. X.; Lu, P. J. Lumin. 2007, 127, 349-354
50. Chang, C. C.; Wu, J. Y.; Chang, T. C. J. Chin. Chem. Soc. (Taipei, Taiwan) 2003, 50, 185-188
51. Chang, C. C.; Kuo, I. C.; Ling, I. F.; Chen, C. T.; Chen, H. C.; Lou, P. J.; Lin, J. J.; Chang, T. C. Anal. Chem. 2004, 76, 4490-4494
52. Cheng, X. H.; Liu, X. J.; Bing, T.; Zhao, R.; Xiong, S. X.; Shangguan, D. H. Biopolymers 2009, 91, 874-883
53. Dai, J. X.; Carver, M.; Hurley, L. H.; Yang, D. Z. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 17673-17680
54. Hsu, S. T. D.; Varnai, P.; Bugaut, A.; Reszka, A. P.; Neidle, S.; Balasubramanian, S. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 13399-13409
55. Martino, L.; Virno, A.; Randazzo, A.; Virgilio, A.; Esposito, V.; Giancola, C.; Bucci, M.; Cirino, G.; Mayol, L. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 6653-6662
56. He, Y. J.; Neumann, R. D.; Panyutin, I. G. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 5359-5367
57. Ambrus, A.; Chen, D.; Dai, J. X.; Bialis, T.; Jones, R. A.; Yang, D. Z. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 2723-2735
58. Plugariu, C. G.; Wu, S. J.; Zhang, W. T.; Chaiken, I. Biochemistry 2001, 40, 852-852
59. Boer, D. R.; Canals, A.; Coll, M. Dalton Trans. 2009, 399-414
60. Cheng, X. H.; Liu, X. J.; Bing, T.; Cao, Z. H.; Shangguan, D. H. Biochemistry 2009, 48, 7817-7823
61. Chang, C. C.; Chu, J. F.; Kao, F. J.; Chiu, Y. C.; Lou, P. J.; Chen, H. C.; Chang, T. C. Anal. Chem. 2006, 78, 2810-2815
62. Chang, C. C.; Wu, J. Y.; Chien, C. W.; Wu, W. S.; Liu, H.; Kang, C. C.; Yu, L. J.; Chang, T. C. Anal. Chem. 2003, 75, 6177-6183
63. Hazel, P.; Huppert, J.; Balasubramanian, S.; Neidle, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16405-16415
64. Bugaut, A.; Balasubramanian, S. Biochemistry 2008, 47, 689-697