Dynamics of an ultrafast folding subdomain in the context of a larger protein fold

Journal of the American Chemical Society

Volumn 135, Issue 51, 2013, Pages 19260-19267

  Davis, Caitlin M ^a   Dyer, R Brian ^a  

^a EMORY UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONTACT ORDERS; FOLDING DYNAMICS; FTIR SPECTROSCOPY; LASER-INDUCED TEMPERATURE-JUMP; NANOSECOND TIME SCALE; PEPTIDE BACKBONES; RELAXATION DYNAMICS; ULTRAFAST FOLDING;

FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY;

PROTEINS;

AMIDE; ASPARTIC ACID; CARBONYL DERIVATIVE; GLUTAMIC ACID;

ARTICLE; ARTIFACT; CONTROLLED STUDY; CROSS LINKING; DENATURATION; DYNAMICS; FOURIER TRANSFORM INFRARED PHOTOACOUSTIC SPECTROSCOPY; HIGH TEMPERATURE; INFRARED SPECTROSCOPY; LOW TEMPERATURE; POINT MUTATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN PURIFICATION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN STABILITY; PROTEIN SYNTHESIS; QUARK; TEMPERATURE;

AMINO ACID MOTIFS; AMINO ACID SEQUENCE; CIRCULAR DICHROISM; INVERTED REPEAT SEQUENCES; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SPECTROSCOPY, FOURIER TRANSFORM INFRARED; TIME FACTORS;

EID: 84891309012     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja409608r     Document Type: Article

References (58)

1. Dyer, R. B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 38
2. Eaton, W. A.; Munoz, V.; Hagen, S. J.; Jas, G. S.; Lapidus, L. J.; Henry, E. R.; Hofrichter, J. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000, 29, 327
3. Takada, S. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001, 42, 85
4. Mayor, U.; Guydosh, N. R.; Johnson, C. M.; Grossmann, J. G.; Sato, S.; Jas, G. S.; Freund, S. M. V.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Nature 2003, 421, 863
5. Bai, Y. W.; Karimi, A.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Protein Sci. 1997, 6, 1449
6. Zagrovic, B.; Snow, C. D.; Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2002, 324, 1051
7. Plaxco, K. W.; Simons, K. T.; Baker, D. J. Mol. Biol. 1998, 277, 985
8. Dinner, A. R.; Lazaridis, T.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 9068
9. Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 2544
10. Pande, V. S.; Rokhsar, D. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 9062
11. Vu, D. M.; Brewer, S. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 2012, 51, 9104
12. Piana, S.; Sarkar, K.; Lindorff-Larsen, K.; Guo, M. H.; Gruebele, M.; Shaw, D. E. J. Mol. Biol. 2011, 405, 43
13. Davis, C. M.; Xiao, S.; Raleigh, D. P.; Dyer, R. B. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 14476
14. Kubelka, J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 76
15. Jager, M.; Nguyen, H.; Crane, J. C.; Kelly, J. W.; Gruebele, M. J. Mol. Biol. 2001, 311, 373
16. Macias, M. J.; Hyvonen, M.; Baraldi, E.; Schultz, J.; Sudol, M.; Saraste, M.; Oschkinat, H. Nature 1996, 382, 646
17. Macias, M. J.; Gervais, V.; Civera, C.; Oschkinat, H. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 375
18. Verdecia, M. A.; Bowman, M. E.; Lu, K. P.; Hunter, T.; Noel, J. P. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 639
19. Wiesner, S.; Stier, G.; Sattler, M.; Macias, M. J. J. Mol. Biol. 2002, 324, 807
20. Ferguson, N.; Johnson, C. M.; Macias, M.; Oschkinat, H.; Fersht, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 13002
21. Ferguson, N.; Pires, J. R.; Toepert, F.; Johnson, C. M.; Pan, Y. P.; Volkmer-Engert, R.; Schneider-Mergener, J.; Daggett, V.; Oschkinat, H.; Fersht, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 13008
22. Jager, M.; Zhang, Y.; Bieschke, J.; Nguyen, H.; Dendle, M.; Bowman, M. E.; Noel, J. P.; Gruebele, M.; Kelly, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 10648
23. Karanicolas, J.; Brooks, C. L., 3rd Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 3954
24. Karanicolas, J.; Brooks, C. L., 3rd Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 3432
25. Mu, Y.; Nordenskiold, L.; Tam, J. P. Biophys. J. 2006, 90, 3983
26. Noe, F.; Schutte, C.; Vanden-Eijnden, E.; Reich, L.; Weikl, T. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 19011
27. a Beccara, S.; Skrbic, T.; Covino, R.; Faccioli, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 2330
28. Nguyen, H.; Jager, M.; Moretto, A.; Gruebele, M.; Kelly, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 3948
29. Ferguson, N.; Berriman, J.; Petrovich, M.; Sharpe, T. D.; Finch, J. T.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 9814
30. Petrovich, M.; Jonsson, A. L.; Ferguson, N.; Daggett, V.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 2006, 360, 865
31. Liu, F.; Du, D.; Fuller, A. A.; Davoren, J. E.; Wipf, P.; Kelly, J. W.; Gruebele, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 2369
32. Deechongkit, S.; Nguyen, H.; Powers, E. T.; Dawson, P. E.; Gruebele, M.; Kelly, J. W. Nature 2004, 430, 101
33. Xu, D.; Zhang, Y. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2012, 80, 1715
34. Tremmel, S.; Beyermann, M.; Oschkinat, H.; Bienert, M.; Naumann, D.; Fabian, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 4631
35. Honda, S.; Akiba, T.; Kato, Y. S.; Sawada, Y.; Sekijima, M.; Ishimura, M.; Ooishi, A.; Watanabe, H.; Odahara, T.; Harata, K. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 15327
36. Zhang, Y.; Skolnick, J. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 2302
37. Andrushchenko, V. V.; Vogel, H. J.; Prenner, E. J. J. Pept. Sci. 2007, 13, 37
38. Williams, S.; Causgrove, T. P.; Gilmanshin, R.; Fang, K. S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 1996, 35, 691
39. Manning, M. C.; Woody, R. W. Biopolymers 1987, 26, 1731
40. Koepf, E. K.; Petrassi, H. M.; Sudol, M.; Kelly, J. W. Protein Sci. 1999, 8, 841
41. Koepf, E. K.; Petrassi, H. M.; Ratnaswamy, G.; Huff, M. E.; Sudol, M.; Kelly, J. W. Biochemistry 1999, 38, 14338
42. Viguera, A. R.; Arrondo, J. L.; Musacchio, A.; Saraste, M.; Serrano, L. Biochemistry 1994, 33, 10925
43. Knapp, S.; Mattson, P. T.; Christova, P.; Berndt, K. D.; Karshikoff, A.; Vihinen, M.; Smith, C. I.; Ladenstein, R. Proteins 1998, 31, 309
44. Reid, K. L.; Rodriguez, H. M.; Hillier, B. J.; Gregoret, L. M. Protein Sci. 1998, 7, 470
45. Maness, S. J.; Franzen, S.; Gibbs, A. C.; Causgrove, T. P.; Dyer, R. B. Biophys. J. 2003, 84, 3874
46. Wang-Jih Yang, P. R. G.; Michael Byler, D.; Heino, Susi Appl. Spectrosc. 1985, 39, 282
47. Arrondo, J. L. R.; Blanco, F. J.; Serrano, L.; Goni, F. M. FEBS Lett. 1996, 384, 35
48. Susi, H.; Byler, D. M. Methods Enzymol. 1986, 130, 290
49. Werner, J. H.; Dyer, R. B.; Fesinmeyer, R. M.; Andersen, N. H. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 487
50. Dyer, R. B.; Gai, F.; Woodruff, W. H. Acc. Chem. Res. 1998, 31, 709
51. Wang, T.; Xu, Y.; Du, D. G.; Gai, F. Biopolymers 2004, 75, 163
52. Hilario, J.; Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7562
53. Chan, D. C.; Bedford, M. T.; Leder, P. EMBO J. 1996, 15, 1045
54. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12048
55. Lindorff-Larsen, K.; Vendruscolo, M.; Paci, E.; Dobson, C. M. Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 443
56. Grantcharova, V. P.; Riddle, D. S.; Baker, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 7084
57. McCallister, E. L.; Alm, E.; Baker, D. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 669
58. Nauli, S.; Kuhlman, B.; Baker, D. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 602