A high-throughput quantitative approach reveals more small RNA modifications in mouse liver and their correlation with diabetes

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 24, 2013, Pages 12173-12181

  Yan, Menghong ^a   Wang, Yuangao ^a   Hu, Yanan ^a   Feng, Yan ^a   Dai, Changgui ^a   Wu, Jingxia ^a   Wu, Dongmei ^a   Zhang, Fang ^a   Zhai, Qiwei ^a  

^a INSTITUTE OF GEOLOGY AND GEOPHYSICS   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL FUNCTIONS; DIABETIC MICE; HIGH-THROUGHPUT; LIQUID CHROMATOGRAPHY TANDEM MASS SPECTROMETRY (LC MS/MS); MODIFIED NUCLEOSIDES; MOUSE LIVER; QUANTITATIVE APPROACH; RNA MODIFICATIONS;

BIOMOLECULES; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY;

RNA;

NUCLEOSIDE; UNTRANSLATED RNA;

ANIMAL; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; DIABETES MELLITUS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; LIVER; MALE; METABOLISM; METHODOLOGY; MOUSE; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ANIMALS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; DIABETES MELLITUS; LIVER; MALE; MICE; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; NUCLEOSIDES; RNA, UNTRANSLATED; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84890542561     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4036026     Document Type: Article

References (55)

1. Machnicka, M. A.; Milanowska, K.; Osman Oglou, O.; Purta, E.; Kurkowska, M.; Olchowik, A.; Januszewski, W.; Kalinowski, S.; Dunin-Horkawicz, S.; Rother, K. M.; Helm, M.; Bujnicki, J. M.; Grosjean, H. Nucleic Acids Res. 2013, 41, D262-D267
2. Meng, Z.; Limbach, P. A. Brief. Funct. Genomics Proteomics 2006, 5, 87-95
3. MacKay, R. M.; Doolittle, W. F. Nucleic Acids Res. 1981, 9, 3321-3334
4. Miyazaki, M. J. Biol. Chem. 1974, 75, 1407-1410
5. Kim, Y. K.; Heo, I.; Kim, V. N. Cell 2010, 143, 703-709
6. Luciano, D. J.; Mirsky, H.; Vendetti, N. J.; Maas, S. RNA 2004, 10, 1174-1177
7. Yu, B.; Yang, Z.; Li, J.; Minakhina, S.; Yang, M.; Padgett, R. W.; Steward, R.; Chen, X. Science 2005, 307, 932-935
8. Mui Chan, C.; Zhou, C.; Brunzelle, J. S.; Huang, R. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 17699-17704
9. Chen, X. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 259-260
10. Ohara, T.; Sakaguchi, Y.; Suzuki, T.; Ueda, H.; Miyauchi, K.; Suzuki, T. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 349-350
11. Saito, K.; Sakaguchi, Y.; Suzuki, T.; Siomi, H.; Siomi, M. C. Genes Dev. 2007, 21, 1603-1608
12. Houwing, S.; Kamminga, L. M.; Berezikov, E.; Cronembold, D.; Girard, A.; van den Elst, H.; Filippov, D. V.; Blaser, H.; Raz, E.; Moens, C. B.; Plasterk, R. H.; Hannon, G. J.; Draper, B. W.; Ketting, R. F. Cell 2007, 129, 69-82
13. Karijolich, J.; Kantartzis, A.; Yu, Y. T. Methods Mol. Biol. 2010, 629, 1-19
14. Gustilo, E. M.; Vendeix, F. A.; Agris, P. F. Curr. Opin. Microbiol. 2008, 11, 134-140
15. Yarian, C.; Townsend, H.; Czestkowski, W.; Sochacka, E.; Malkiewicz, A. J.; Guenther, R.; Miskiewicz, A.; Agris, P. F. J. Biol. Chem. 2002, 277, 16391-16395
16. Karikó, K.; Buckstein, M.; Ni, H.; Weissman, D. Immunity 2005, 23, 165-175
17. Chan, C. T.; Dyavaiah, M.; DeMott, M. S.; Taghizadeh, K.; Dedon, P. C.; Begley, T. J. PLoS Genetics 2010, 6, e1001247
18. Björk, G. R.; Huang, B.; Persson, O. P.; Byström, A. S. RNA 2007, 13, 1245-1255
19. Ruggero, D.; Grisendi, S.; Piazza, F.; Rego, E.; Mari, F.; Rao, P. H.; Cordon-Cardo, C.; Pandolfi, P. P. Science 2003, 299, 259-262
20. Nunomura, A.; Perry, G.; Pappolla, M. A.; Wade, R.; Hirai, K.; Chiba, S.; Smith, M. A. J. Neurosci. 1999, 19, 1959-1964
21. Wei, F. Y.; Suzuki, T.; Watanabe, S.; Kimura, S.; Kaitsuka, T.; Fujimura, A.; Matsui, H.; Atta, M.; Michiue, H.; Fontecave, M.; Yamagata, K.; Suzuki, T.; Tomizawa, K. J. Clin. Invest. 2011, 21, 3598-3608
22. Poy, M. N.; Hausser, J.; Trajkovski, M.; Braun, M.; Collins, S.; Rorsman, P.; Zavolan, M.; Stoffel, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 5813-5818
23. Sun, C.; Zhang, F.; Ge, X.; Yan, T.; Chen, X.; Shi, X.; Zhai, Q. Cell Metab. 2007, 6, 307-319
24. Nashimoto, M. RNA 1996, 2, 523-534
25. Ciechanover, A.; Wolin, S. L.; Steitz, J. A.; Lodish, H. F. Proc. Natl. Acad. Sci. 1985, 82, 1341-1345
26. Bullerwell, C. E.; Schnare, M. N.; Gray, M. W. RNA 2003, 9, 287-292
27. Kim, S. W.; Li, Z.; Moore, P. S.; Monaghan, A. P.; Chang, Y.; Nichols, M.; John, B. Nucleic Acids Res. 2010, 38, e98
28. Zhang, X. H.; Chiang, V. L. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 990-991
29. Viollet, S.; Fuchs, R. T.; Munafo, D. B.; Zhuang, F.; Robb, G. B. BMC Biotechnol. 2011, 11, 72
30. Crain, P. F. Methods Enzymol. 1990, 193, 782-790
31. Dudley, E.; Tuytten, R.; Bond, A.; Lemière, F.; Brenton, A. G.; Esmans, E. L.; Newton, R. P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 3075-3085
32. Pomerantz, S. C.; McCloskey, J. A. Methods Enzymol. 1990, 193, 796-824
33. Brückl, T.; Globisch, D.; Wagner, M.; Müller, M.; Carell, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 7932-7934
34. Kowalak, J. A.; Pomerantz, S. C.; Crain, P. F.; McCloskey, J. A. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 4577-4585
35. Tseng, W. C.; Medina, D.; Randerath, K. Cancer Res. 1978, 38, 1250-1257
36. Horwich, M. D.; Li, C.; Matranga, C.; Vagin, V.; Farley, G.; Wang, P.; Zamore, P. D. Curr. Biol. 2007, 17, 1265-1272
37. Kirino, Y.; Mourelatos, Z. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 347-348
38. Suzuki, T.; Ikeuchi, Y.; Noma, A.; Suzuki, T.; Sakaguchi, Y. Methods Enzymol. 2007, 425, 211-229
39. Kime, M. J.; Moore, P. B. Nucleic Acids Res. 1982, 10, 4973-4983
40. Müller, J. J.; Misselwitz, R.; Zirwer, D.; Damaschun, G.; Welfle, H. Eur. J. Biochem. 1985, 148, 89-95
41. Göringer, H. U.; Szymkowiak, C.; Wagner, R. Eur. J. Biochem. 1984, 144, 25-34
42. Chen, X.; Ba, Y.; Ma, L.; Cai, X.; Yin, Y.; Wang, K.; Guo, J.; Zhang, Y.; Chen, J.; Guo, X.; Li, Q.; Li, X.; Wang, W.; Zhang, Y.; Wang, J.; Jiang, X.; Xiang, Y.; Xu, C.; Zheng, P.; Zhang, J.; Li, R.; Zhang, H.; Shang, X.; Gong, T.; Ning, G.; Wang, J.; Zen, K.; Zhang, J.; Zhang, C. Y. Cell Res. 2008, 18, 997-1006
43. Mitchell, P. S.; Parkin, R. K.; Kroh, E. M.; Fritz, B. R.; Wyman, S. K.; Pogosova-Agadjanyan, E. L.; Peterson, A.; Noteboom, J.; O'Briant, K. C.; Allen, A.; Lin, D. W.; Urban, N.; Drescher, C. W.; Knudsen, B. S.; Stirewalt, D. L.; Gentleman, R.; Vessella, R. L.; Nelson, P. S.; Martin, D. B.; Tewari, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 10513-10518
44. Keller, A.; Leidinger, P.; Gislefoss, R.; Haugen, A.; Langseth, H.; Staehler, P.; Lenhof, H. P.; Meese, E. RNA Biol. 2011, 8, 506-516
45. Steinberg, S.; Cedergren, R. RNA 1995, 1, 886-891
46. Metodiev, M. D.; Lesko, N.; Park, C. B.; Cámara, Y.; Shi, Y.; Wibom, R.; Hultenby, K.; Gustafsson, C. M.; Larsson, N. G. Cell Metab. 2009, 9, 386-397
47. Motorin, Y.; Helm, M. Biochemistry 2010, 49, 4934-4944
48. Kumar, R. K.; Davis, D. R. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 1272-1280
49. Ghildiyal, M.; Zamore, P. D. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 94-108
50. Heidenreich, O.; Pieken, W.; Eckstein, F. FASEB J. 1993, 7, 90-96
51. Morrissey, D. V.; Lockridge, J. A.; Shaw, L.; Blanchard, K.; Jensen, K.; Breen, W.; Hartsough, K.; Machemer, L.; Radka, S.; Jadhav, V.; Vaish, N.; Zinnen, S.; Vargeese, C.; Bowman, K.; Shaffer, C. S.; Jeffs, L. B.; Judge, A.; MacLachlan, I.; Polisky, B. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 1002-1007
52. Musacchio, T.; Vaze, O.; D'Souza, G.; Torchilin, V. P. Bioconjugate Chem. 2010, 21, 1530-1536
53. Corey, D. R. J. Clin. Invest. 2007, 117, 3615-3622
54. Honda, K.; Smith, M. A.; Zhu, X.; Baus, D.; Merrick, W. C.; Tartakoff, A. M.; Hattier, T.; Harris, P. L.; Siedlak, S. L.; Fujioka, H.; Liu, Q.; Moreira, P. I.; Miller, F. P.; Nunomura, A.; Shimohama, S.; Perry, G. J. Biol. Chem. 2005, 280, 20978-20986
55. Yasukawa, T.; Suzuki, T.; Ishii, N.; Ohta, S.; Watanabe, K. EMBO J. 2001, 20, 4794-4802