New nmr tools for characterizing the dynamic conformations and interactions of oligosaccharides

Chemistry Letters

Volumn 42, Issue 12, 2013, Pages 1455-1462

  Zhang, Ying ^a,b,c   Yamaguchi, Takumi ^a,b,c   Kato, Koichi ^a,b,c,d  

^a OKAZAKI INSTITUTE FOR INTEGRATIVE BIOSCIENCE   (Japan)

^b GRADUATE UNIVERSITY FOR ADVANCED STUDIES   (Japan)

^c NAGOYA CITY UNIVERSITY   (Japan)

^d OCHANOMIZU UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84889767391     PISSN: 03667022     EISSN: 13480715     Source Type: Journal    
DOI: 10.1246/cl.130789     Document Type: Review

References (59)

1. A. Varki, Glycobiology 1993, 3, 97.
2. N. Sharon, J. Biol. Chem. 2007, 282, 2753.
3. K. Kato, Y. Kamiya, Glycobiology 2007, 17, 1031.
4. Y. Kamiya, M. Yagi-Utsumi, H. Yagi, K. Kato, Curr. Pharm. Des. 2011, 17, 1672.
5. Y. Kamiya, T. Satoh, K. Kato, Biochim. Biophys. Acta, Gen. Subj. 2012, 1820, 1327.
6. M. R. Wormald, A. J. Petrescu, Y.-L. Pao, A. Glithero, T. Elliott, R. A. Dwek, Chem. Rev. 2002, 102, 371.
7. K. Kato, Y. Yamaguchi, in Encyclopedia of Magnetic Resonance, ed. by R. K. Harris, R. E. Wasylishen, John Wiley, Chichester, 2012, Vol. 3, pp. 17791790.
8. A.G. Palmer, III, J. Williams, A. McDermott, J. Phys. Chem. 1996, 100, 13293.
9. I. R. Kleckner, M. P. Foster, Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2011, 1814, 942.
10. I. Bertini, C. Luchinat, G. Parigi, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2002, 40, 249.
11. G.M.Clore, J. Iwahara, Chem. Rev. 2009, 109, 4108.
12. G. Otting, Annu. Rev. Biophys. 2010, 39, 387.
13. G.Pintacuda, M. John, X.-C. Su, G. Otting, Acc. Chem. Res. 2007, 40, 206.
14. B. Graham, C. T. Loh, J. D. Swarbrick, P. Ung, J. Shin, H. Yagi, X. Jia, S. Chhabra, N. Barlow, G. Pintacuda, T. Huber, G. Otting, Bioconjugate Chem. 2011, 22, 2118.
15. S. Yamamoto, T. Yamaguchi, M. Erdélyi, C. Griesinger, K. Kato, Chem.®Eur. J. 2011, 17, 9280.
16. A. Mallagaray, A. Canales, G. Domínguez, J. Jiménez- Barbero, J. Pérez-Castells, Chem. Commun. 2011, 47, 7179.
17. M. Erdélyi, E. d'Auvergne, A. Navarro-Vázquez, A. Leonov, C. Griesinger, Chem.®Eur. J. 2011, 17, 9368.
18. S. Yamamoto, Y. Zhang, T. Yamaguchi, T. Kameda, K. Kato, Chem. Commun. 2012, 48, 4752.
19. Y. Zhang, S. Yamamoto, T. Yamaguchi, K. Kato, Molecules 2012, 17, 6658.
20. J. Iwahara, C. D. Schwieters, G. M. Clore, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5879.
21. C. Tang, C. D. Schwieters, G. M. Clore, Nature 2007, 449, 1078.
22. T. Yamaguchi, Y. Kamiya, Y.-M. Choo, S. Yamamoto, K. Kato, Chem. Lett. 2013, 42, 544.
23. Y. Kamiya, K. Yanagi, T. Kitajima, T. Yamaguchi, Y. Chiba, K. Kato, Biomolecules 2013, 3, 108.
24. M. Mayer, B. Meyer, Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 1784.
25. J. Angulo, C. Rademacher, T. Biet, A. J. Benie, A. Blume, H. Peters, M. Palcic, F. Parra, T. Peters, Methods Enzymol. 2006, 416, 12.
26. A. Ardá, P. Blasco, D. V. Silva, V. Schubert, S. André, M. Bruix, F. J. Cañada, H.-J. Gabius, C. Unverzagt, J. Jiménez- Barbero, J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 2667.
27. T. Zhuang, H.-S. Lee, B. Imperiali, J. H. Prestegard, Protein Sci. 2008, 17, 1220.
28. M. Yagi-Utsumi, T. Kameda, Y. Yamaguchi, K. Kato, FEBS Lett. 2010, 584, 831.
29. M. Utsumi, Y. Yamaguchi, H. Sasakawa, N. Yamamoto, K. Yanagisawa, K. Kato, Glycoconjugate J. 2009, 26, 999.
30. E. A. Merritt, S. Sarfaty, F. Van Den Akker, C. L'Hoir, J. A. Martial, W. G. J. Hol, Protein Sci. 1994, 3, 166.
31. T. E. Vasquez, Jr., J. M. Bergset, M. B. Fierman, A. Nelson, J. Roth, S. I. Khan, D. J. O'Leary, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2931.
32. H.-C. Siebert, S. André, J. L. Asensio, F. J. Cañada, X. Dong, J. F. Espinosa, M. Frank, M. Gilleron, H. Kaltner, T. Kozár, N. V. Bovin, C.-W. von der Lieth, J. F. G. Vliegenthart, J. Jiménez-Barbero, H.-J. Gabius, ChemBio- Chem 2000, 1, 181
33. S. Hanashima, K. Kato, Y. Yamaguchi, Chem. Commun. 2011, 47, 10800.
34. P. E. Pfeffer, K. M. Valentine, F. W. Parrish, J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 1265
35. K. Kato, H. Sasakawa, Y. Kamiya, M. Utsumi, M. Nakano, N. Takahashi, Y. Yamaguchi, Biochim. Biophys. Acta, Gen. Subj. 2008, 1780, 619.
36. M. D. Battistel, R. Pendrill, G. Widmalm, D. I. Freedberg, J. Phys. Chem. B 2013, 117, 4860.
37. A. Geyer, C. Gege, R. R. Schmidt, Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 3245.
38. L. Mauri, R. Casellato, M. G. Ciampa, Y. Uekusa, K. Kato, K.-i. Kaida, M. Motoyama, S. Kusunoki, S. Sonnino, Glycobiology 2012, 22, 352.
39. J. M. Duker, A. S. Serianni, Carbohydr. Res. 1993, 249, 281
40. B. Bose, S. Zhao, R. Stenutz, F. Cloran, P. B. Bondo, G. Bondo, B. Hertz, I. Carmichael, A. S. Serianni, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11158.
41. U. Olsson, A. S. Serianni, R. Stenutz, J. Phys. Chem. B 2008, 112, 4447.
42. K. H. M. Jonsson, R. Pendrill, G. Widmalm, Magn. Reson. Chem. 2011, 49, 117
43. K. H. M. Jonsson, E. Säwén, G. Widmalm, Org. Biomol. Chem. 2012, 10, 2453.
44. Y. Yamaguchi, K. Kato, in Modern Magnetic Resonance, ed. by G. A. Webb, Springer, The Netherlands, 2006, Vol. 1, pp. 223229. doi:10.1007/1-4020-3910-7- 27.
45. K. Kato, Y. Yamaguchi, Y. Arata, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2010, 56, 346.
46. Y. Yamaguchi, K. Kato, Methods Enzymol. 2010, 478, 305.
47. R. Arya, A. Bhattacharya, K. S. Saini, FASEB J. 2008, 22, 4055.
48. V. Blanchard, R. A. Gadkari, A. V. E. George, S. Roy, G. J. Gerwig, B. R. Leeflang, R. R. Dighe, R. Boelens, J. P. Kamerling, Glycoconjugate J. 2008, 25, 245.
49. W. J. Walton, A. J. Kasprzak, J. T. Hare, T. M. Logan, J. Biomol. NMR 2006, 36, 225.
50. Y. Kamiya, S. Yamamoto, Y. Chiba, Y. Jigami, K. Kato, J. Biomol. NMR 2011, 50, 397.
51. A. Gayen, C. Mukhopadhyay, Langmuir 2008, 24, 5422.
52. A. Gayen, S. K. Goswami, C. Mukhopadhyay, Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2011, 1808, 127.
53. U. L. Khatun, S. K. Goswami, C. Mukhopadhyay, Biophys. Chem. 2012, 168169, 48.
54. T. Yamaguchi, T. Uno, Y. Uekusa, M. Yagi-Utsumi, K. Kato, Chem. Commun. 2013, 49, 1235.
55. M. L. DeMarco, R. J. Woods, J. H. Prestegard, F. Tian, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1334.
56. U. H. E. Hansmann, Y. Okamoto, J. Comput. Chem. 1993, 14, 1333
57. Y. Sugita, Y. Okamoto, Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.
58. S. Re, W. Nishima, N. Miyashita, Y. Sugita, Biophys. Rev. 2012, 4, 179
59. W. Nishima, N. Miyashita, Y. Yamaguchi, Y. Sugita, S. Re, J. Phys. Chem. B 2012, 116, 8504.