Synergetic regulatory networks mediated by oncogene-driven microRNAs and transcription factors in serous ovarian cancer

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 12, 2013, Pages 3187-3198

  Zhao, Min ^a   Sun, Jingchun ^a   Zhao, Zhongming ^a,b  

^a VANDERBILT UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b VANDERBILT UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MICRORNA; TRANSCRIPTION FACTOR;

ALGORITHM; CYSTADENOMA; FEMALE; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION; GENE REGULATORY NETWORK; GENETICS; HUMAN; OVARY TUMOR;

ALGORITHMS; CYSTADENOMA, SEROUS; FEMALE; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION, NEOPLASTIC; GENE REGULATORY NETWORKS; HUMANS; MICRORNAS; OVARIAN NEOPLASMS; TRANSCRIPTION FACTORS;

EID: 84887032296     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70172g     Document Type: Article

References (78)

1. R. Siegel D. Naishadham A. Jemal Ca-Cancer J. Clin. 2012 62 10 29
2. E. Lengyel Am. J. Pathol. 2010 177 1053 1064
3. K. R. Cho M. Shih Ie Annu. Rev. Pathol.: Mech. Dis. 2009 4 287 313
4. J. D. Seidman I. Horkayne-Szakaly M. Haiba C. R. Boice R. J. Kurman B. M. Ronnett Int. J. Gynecol. Pathol. 2004 23 41 44
5. A. Balmain J. Gray B. Ponder Nat. Genet. 2003 33 Suppl 238 244
6. M. Zhao J. Sun Z. Zhao PLoS One 2012 7 e44175
7. J. E. Darnell Nat. Rev. Cancer 2002 2 740 749
8. T. A. Farazi J. I. Spitzer P. Morozov T. Tuschl J. Pathol. 2011 223 102 115
9. H. Hermeking Nat. Rev. Cancer 2012 12 613 626
10. J. Sun X. Gong B. Purow Z. Zhao PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002488
11. Z. Yan P. K. Shah S. B. Amin M. K. Samur N. Huang X. Wang V. Misra H. Ji D. Gabuzda C. Li Nucleic Acids Res. 2012 40 e135
12. A. P. Crijns R. S. Fehrmann S. de Jong F. Gerbens G. J. Meersma H. G. Klip H. Hollema R. M. Hofstra G. J. te Meerman E. G. de Vries A. G. van der Zee PLoS Med. 2009 6 e24
13. M. T. van Jaarsveld J. Helleman E. M. Berns E. A. Wiemer Int. J. Biochem. Cell Biol. 2010 42 1282 1290
14. P. V. Nazarov S. E. Reinsbach A. Muller N. Nicot D. Philippidou L. Vallar S. Kreis Nucleic Acids Res. 2013 41 5 2817 2831 10.1093/nar/gks1471
15. M. B. Gerstein A. Kundaje M. Hariharan S. G. Landt K. K. Yan C. Cheng X. J. Mu E. Khurana J. Rozowsky R. Alexander R. Min P. Alves A. Abyzov N. Addleman N. Bhardwaj A. P. Boyle P. Cayting A. Charos D. Z. Chen Y. Cheng D. Clarke C. Eastman G. Euskirchen S. Frietze Y. Fu J. Gertz F. Grubert A. Harmanci P. Jain M. Kasowski P. Lacroute J. Leng J. Lian H. Monahan H. O'Geen Z. Ouyang E. C. Partridge D. Patacsil F. Pauli D. Raha L. Ramirez T. E. Reddy B. Reed M. Shi T. Slifer J. Wang L. Wu X. Yang K. Y. Yip G. Zilberman-Schapira S. Batzoglou A. Sidow P. J. Farnham R. M. Myers S. M. Weissman M. Snyder Nature 2012 489 91 100
16. The Cancer Genome Atlas Research Network Nature 2011 474 609 615
17. R. G. Verhaak K. A. Hoadley E. Purdom V. Wang Y. Qi M. D. Wilkerson C. R. Miller L. Ding T. Golub J. P. Mesirov G. Alexe M. Lawrence M. O'Kelly P. Tamayo B. A. Weir S. Gabriel W. Winckler S. Gupta L. Jakkula H. S. Feiler J. G. Hodgson C. D. James J. N. Sarkaria C. Brennan A. Kahn P. T. Spellman R. K. Wilson T. P. Speed J. W. Gray M. Meyerson G. Getz C. M. Perou D. N. Hayes Cancer Cell 2010 17 98 110
18. V. Matys O. V. Kel-Margoulis E. Fricke I. Liebich S. Land A. Barre-Dirrie I. Reuter D. Chekmenev M. Krull K. Hornischer N. Voss P. Stegmaier B. Lewicki-Potapov H. Saxel A. E. Kel E. Wingender Nucleic Acids Res. 2006 34 D108 D110
19. R Development Core Team, 2008
20. M. Selbach B. Schwanhausser N. Thierfelder Z. Fang R. Khanin N. Rajewsky Nature 2008 455 58 63
21. D. Baek J. Villen C. Shin F. D. Camargo S. P. Gygi D. P. Bartel Nature 2008 455 64 71
22. B. P. Lewis I. H. Shih M. W. Jones-Rhoades D. P. Bartel C. B. Burge Cell 2003 115 787 798
23. A. Y. Guo J. Sun P. Jia Z. Zhao BMC Syst. Biol. 2010 4 10
24. E. W. Sayers T. Barrett D. A. Benson E. Bolton S. H. Bryant K. Canese V. Chetvernin D. M. Church M. Dicuccio S. Federhen M. Feolo I. M. Fingerman L. Y. Geer W. Helmberg Y. Kapustin S. Krasnov D. Landsman D. J. Lipman Z. Lu T. L. Madden T. Madej D. R. Maglott A. Marchler-Bauer V. Miller I. Karsch-Mizrachi J. Ostell A. Panchenko L. Phan K. D. Pruitt G. D. Schuler E. Sequeira S. T. Sherry M. Shumway K. Sirotkin D. Slotta A. Souvorov G. Starchenko T. A. Tatusova L. Wagner Y. Wang W. J. Wilbur E. Yaschenko J. Ye Nucleic Acids Res. 2012 40 D13 D25
25. L. R. Meyer A. S. Zweig A. S. Hinrichs D. Karolchik R. M. Kuhn M. Wong C. A. Sloan K. R. Rosenbloom G. Roe B. Rhead B. J. Raney A. Pohl V. S. Malladi C. H. Li B. T. Lee K. Learned V. Kirkup F. Hsu S. Heitner R. A. Harte M. Haeussler L. Guruvadoo M. Goldman B. M. Giardine P. A. Fujita T. R. Dreszer M. Diekhans M. S. Cline H. Clawson G. P. Barber D. Haussler W. J. Kent Nucleic Acids Res. 2013 41 D64 D69
26. A. E. Kel E. Gossling I. Reuter E. Cheremushkin O. V. Kel-Margoulis E. Wingender Nucleic Acids Res. 2003 31 3576 3579
27. A. Kozomara S. Griffiths-Jones Nucleic Acids Res. 2011 39 D152 D157
28. D. S. Goldberg F. P. Roth Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 4372 4376
29. Y. Benjamini Y. Hochberg J. R. Stat. Soc. Ser. B (Methodological) 1995 57 289 300
30. M. Zhao J. Sun Z. Zhao Nucleic Acids Res. 2013 41 D970 D976
31. The UniProt Consortium Nucleic Acids Res. 2013 41 D43 D47
32. D. Wodarz Oncogene 2004 23 7799 7809
33. D. W. Huang B. T. Sherman Q. Tan J. R. Collins W. G. Alvord J. Roayaei R. Stephens M. W. Baseler H. C. Lane R. A. Lempicki Genome Biol. 2007 8 R183
34. S. Mangan U. Alon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 11980 11985
35. L. Goentoro O. Shoval M. W. Kirschner U. Alon Mol. Cell 2009 36 894 899
36. C. Chesnutt L. W. Burrus A. M. Brown L. Niswander Dev. Biol. 2004 274 334 347
37. J. J. Hill T. L. Tremblay C. Cantin M. O'Connor-McCourt J. F. Kelly A. E. Lenferink Proteome Sci. 2009 7 2
38. S. Filleur J. Hirsch A. Wille M. Schon C. Sell M. H. Shearer T. Nelius I. Wieland Cancer Cell Int. 2009 9 28
39. L. Ombrato F. Lluis M. P. Cosma Cell Cycle 2012 11 39 47
40. C. E. Barton K. N. Johnson D. M. Mays K. Boehnke Y. Shyr P. Boukamp J. A. Pietenpol Cell Death Dis. 2010 1 e74
41. Y. S. Lee A. Dutta Genes Dev. 2007 21 1025 1030
42. M. Idogawa T. Yamada K. Honda S. Sato K. Imai S. Hirohashi Gastroenterology 2005 128 1919 1936
43. M. Lepourcelet Y. N. Chen D. S. France H. Wang P. Crews F. Petersen C. Bruseo A. W. Wood R. A. Shivdasani Cancer Cell 2004 5 91 102
44. B. Boyerinas S. M. Park A. Hau A. E. Murmann M. E. Peter Endocr.-Relat. Cancer 2010 17 F19 F36
45. M. He Q. Y. Wang Q. Q. Yin J. Tang Y. Lu C. X. Zhou C. W. Duan D. L. Hong T. Tanaka G. Q. Chen Q. Zhao Cell Death Differ. 2013 20 3 408 418 10.1038/cdd.2012.130
46. P. Bhat-Nakshatri G. Wang N. R. Collins M. J. Thomson T. R. Geistlinger J. S. Carroll M. Brown S. Hammond E. F. Srour Y. Liu H. Nakshatri Nucleic Acids Res. 2009 37 4850 4861
47. Y. J. Kim S. J. Hwang Y. C. Bae J. S. Jung Stem Cells 2009 27 3093 3102
48. Z. Niu S. M. Goodyear S. Rao X. Wu J. W. Tobias M. R. Avarbock R. L. Brinster Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 12740 12745
49. S. A. Melo R. Kalluri Blood 2012 119 2439 2440
50. S. Le Guillou N. Sdassi J. Laubier B. Passet M. Vilotte J. Castille D. Laloe J. Polyte S. Bouet F. Jaffrezic E. P. Cribiu J. L. Vilotte F. Le Provost PLoS One 2012 7 e45727
51. M. Karbiener C. Neuhold P. Opriessnig A. Prokesch J. G. Bogner-Strauss M. Scheideler RNA Biol. 2011 8 850 860
52. Y. Liao B. Lonnerdal Cell. Mol. Life Sci. 2010 67 2969 2978
53. S. K. Laine J. J. Alm S. P. Virtanen H. T. Aro T. K. Laitala-Leinonen J. Cell. Biochem. 2012 113 2687 2695
54. S. Bhattacharjya S. Nath J. Ghose G. P. Maiti N. Biswas S. Bandyopadhyay C. K. Panda N. P. Bhattacharyya S. Roychoudhury Cell Death Differ. 2013 20 3 430 442 10.1038/cdd.2012.135
55. Y. Song Y. Xu Z. Wang Y. Chen Z. Yue P. Gao C. Xing H. Xu Int. J. Cancer 2012 131 1042 1051
56. K. Qian L. L. Hu H. Chen H. X. Li N. Liu Y. F. Li J. H. Ai G. J. Zhu Z. P. Tang H. W. Zhang Endocrinology 2009 150 4734 4743
57. M. Wang C. Li B. Yu L. Su J. Li J. Ju Y. Yu Q. Gu Z. Zhu B. Liu J. Gastroenterol. 2013 48 9 1023 1033 10.1007/s00535-012-0733-6
58. M. R. Suh Y. Lee J. Y. Kim S. K. Kim S. H. Moon J. Y. Lee K. Y. Cha H. M. Chung H. S. Yoon S. Y. Moon V. N. Kim K. S. Kim Dev. Biol. 2004 270 488 498
59. C. Roth I. Stuckrath K. Pantel J. R. Izbicki M. Tachezy H. Schwarzenbach PLoS One 2012 7 e38248
60. E. Cerami J. Gao U. Dogrusoz B. E. Gross S. O. Sumer B. A. Aksoy A. Jacobsen C. J. Byrne M. L. Heuer E. Larsson Y. Antipin B. Reva A. P. Goldberg C. Sander N. Schultz Cancer Discovery 2012 2 401 404
61. H. Xin R. Z. Lu H. Lee W. Zhang C. Y. Zhang J. H. Deng Y. Liu S. D. Shen K. U. Wagner S. Forman R. Jove H. Yu J. Biol. Chem. 2013 288 13842 13849
62. R. Murugan PLoS One 2012 7 e41027
63. A. Jankowski E. Szczurek R. Jauch J. Tiuryn S. Prabhakar Genome Res. 2013 23 8 1307 1318 10.1101/gr.154922.113
64. B. C. Haynes E. J. Maier M. H. Kramer P. I. Wang H. Brown M. R. Brent Genome Res. 2013 23 8 1319 1328 10.1101/gr.150904.112
65. R. D. Kornberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 12955 12961
66. C. Di Pietro M. Ragusa L. Duro M. R. Guglielmino D. Barbagallo A. Carnemolla A. Lagana P. Buffa R. Angelica A. Rinaldi M. S. Calafato I. Milicia C. Caserta R. Giugno A. Pulvirenti V. Giunta A. Rapisarda V. Di Pietro A. Grillo A. Messina A. Ferro K. H. Grzeschik M. Purrello DNA Cell Biol. 2007 26 369 385
67. A. Voulgari S. Voskou L. Tora I. Davidson T. Sasazuki S. Shirasawa A. Pintzas Mol. Cancer Res. 2008 6 1071 1083
68. J. Shen C. B. Ambrosone H. Zhao Int. J. Cancer 2009 124 1178 1182
69. H. Luo J. Zou Z. Dong Q. Zeng D. Wu L. Liu Biochem. J. 2012 442 311 321
70. C. Xie X. H. Jiang J. T. Zhang T. T. Sun J. D. Dong A. J. Sanders R. Y. Diao Y. Wang K. L. Fok L. L. Tsang M. K. Yu X. H. Zhang Y. W. Chung L. Ye M. Y. Zhao J. H. Guo Z. J. Xiao H. Y. Lan C. F. Ng K. M. Lau Z. M. Cai W. G. Jiang H. C. Chan Oncogene 2013 32 2282 2291 10.1038/onc.2012.251
71. Z. X. Lu Y. Li A. Takwi B. H. Li J. W. Zhang D. J. Conklin K. H. Young R. Martin Y. Li EMBO J. 2011 30 57 67
72. W. Shi K. Gerster N. M. Alajez J. Tsang L. Waldron M. Pintilie A. B. Hui J. Sykes C. P'ng N. Miller D. McCready A. Fyles F. F. Liu Cancer Res. 2011 71 2926 2937
73. F. Petrocca A. Vecchione C. M. Croce Cancer Res. 2008 68 8191 8194
74. Y. F. Wang R. Rathinam A. Walch S. K. Alahari J. Biol. Chem. 2009 284 23094 23106
75. A. Gaziel-Sovran M. F. Segura R. Di Micco M. K. Collins D. Hanniford E. V.-S. de Miera J. F. Rakus J. F. Dankert S. Shang R. S. Kerbel N. Bhardwaj Y. Shao F. Darvishian J. Zavadil A. Erlebacher L. K. Mahal I. Osman E. Hernando Cancer Cell 2011 20 104 118
76. S. E. Jalava A. Urbanucci L. Latonen K. K. Waltering B. Sahu O. A. Janne J. Seppala H. Lahdesmaki T. L. J. Tammela T. Visakorpi Oncogene 2012 31 4460 4471
77. Y. Zhao H. Liu Y. Li J. Wu A. R. Greenlee C. Yang Y. Jiang Toxicol. Lett. 2011 205 320 326
78. M. V. Joglekar D. Patil V. M. Joglekar G. V. Rao D. N. Reddy S. Mitnala Y. Shouche A. A. Hardikar Islets 2009 1 137 147