Development of a capillary electrophoresis platform for identifying inhibitors of protein-protein interactions

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 20, 2013, Pages 9824-9831

  Rauch, Jennifer N ^a   Nie, Jing ^b   Buchholz, Tonia J ^b   Gestwicki, Jason E ^a,b   Kennedy, Robert T ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN MEDICAL SCHOOL   (United States)

^b UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL INHIBITORS; CHEMICALLY MODIFIED; LASER INDUCED FLUORESCENCE DETECTION; PROTEIN ADSORPTION; PROTEIN AGGREGATION; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN MODIFICATIONS; PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS;

ASSAYS; CAPILLARY ELECTROPHORESIS;

PROTEINS;

APOPTOSIS REGULATORY PROTEIN; BAG3 PROTEIN, HUMAN; FLUORESCENT DYE; HEAT SHOCK PROTEIN 70; SIGNAL TRANSDUCING ADAPTOR PROTEIN;

ARTICLE; ARTIFACT; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; CHEMISTRY; DRUG EFFECT; DRUG SCREENING; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR LIBRARY; PROTEIN BINDING;

ADAPTOR PROTEINS, SIGNAL TRANSDUCING; APOPTOSIS REGULATORY PROTEINS; ARTIFACTS; DRUG EVALUATION, PRECLINICAL; ELECTROPHORESIS, CAPILLARY; FLUORESCENT DYES; HSP70 HEAT-SHOCK PROTEINS; HUMANS; PROTEIN BINDING; SMALL MOLECULE LIBRARIES;

EID: 84886914891     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4023082     Document Type: Article

References (55)

1. Rual, J. F.; Venkatesan, K.; Hao, T.; Hirozane-Kishikawa, T.; Dricot, A.; Li, N.; Berriz, G. F.; Gibbons, F. D.; Dreze, M.; Ayivi-Guedehoussou, N.; Klitgord, N.; Simon, C.; Boxem, M.; Milstein, S.; Rosenberg, J.; Goldberg, D. S.; Zhang, L. V.; Wong, S. L.; Franklin, G.; Li, S.; Albala, J. S.; Lim, J.; Fraughton, C.; Llamosas, E.; Cevik, S.; Bex, C.; Lamesch, P.; Sikorski, R. S.; Vandenhaute, J.; Zoghbi, H. Y.; Smolyar, A.; Bosak, S.; Sequerra, R.; Doucette-Stamm, L.; Cusick, M. E.; Hill, D. E.; Roth, F. P.; Vidal, M. Nature 2005, 437, 1173-1178
2. Stelzl, U.; Worm, U.; Lalowski, M.; Haenig, C.; Brembeck, F. H.; Goehler, H.; Stroedicke, M.; Zenkner, M.; Schoenherr, A.; Koeppen, S.; Timm, J.; Mintzlaff, S.; Abraham, C.; Bock, N.; Kietzmann, S.; Goedde, A.; Toksoz, E.; Droege, A.; Krobitsch, S.; Korn, B.; Birchmeier, W.; Lehrach, H.; Wanker, E. E. Cell 2005, 122, 957-968
3. Bonsor, D. A.; Sundberg, E. J. Biochemistry 2011, 50, 2394-2402
4. Vidal, M.; Cusick, M. E.; Barabasi, A. L. Cell 2011, 144, 986-998
5. Powers, E. T.; Morimoto, R. I.; Dillin, A.; Kelly, J. W.; Balch, W. E. Annu. Rev. Biochem. 2009, 78, 959-991
6. Wells, J. A.; McClendon, C. L. Nature 2007, 450, 1001-1009
7. Smith, M. C.; Gestwicki, J. E. Expert Rev. Molec. Med. 2012, 14, e16
8. Thompson, A. D.; Dugan, A.; Gestwicki, J. E.; Mapp, A. K. ACS Chem. Biol. 2012, 7, 1311-1320
9. Makley, L. N.; Gestwicki, J. E. Chem. Biol. Drug Des. 2013, 81, 22-32
10. Arkin, M. R.; Whitty, A. Curr. Opin. Chem. Biol. 2009, 13, 284-290
11. Thorne, N.; Auld, D. S.; Inglese, J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 315-324
12. Schultz, N. M.; Kennedy, R. T. Anal. Chem. 1993, 65, 3161-3165
13. Heegaard, N. H. H. J. Chromatogr., A 1994, 680, 405-412
14. Chu, Y. H.; Avila, L. Z.; Gao, J. M.; Whitesides, G. M. Acc. Chem. Res. 1995, 28, 461-468
15. German, I.; Buchanan, D. D.; Kennedy, R. T. Anal. Chem. 1998, 70, 4540-4545
16. Schou, C.; Heegaard, N. H. H. Electrophoresis 2006, 27, 44-59
17. Sun, Y.; Cressman, S.; Fang, N.; Cullis, P. R.; Chen, D. D. Y. Anal. Chem. 2008, 80, 3105-3111
18. Shimura, K.; Uchiyama, N.; Enomoto, M.; Matsumoto, H.; Kasai, K. Anal. Chem. 2005, 77, 564-572
19. Chu, Y. H.; Dunayevskiy, Y. M.; Kirby, D. P.; Vouros, P.; Karger, B. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7827-7835
20. Shimura, K.; Karger, B. L. Anal. Chem. 1994, 66, 9-15
21. Picou, R. A.; Schrum, D. P.; Ku, G.; Cerqua, R. A.; Kheterpal, I.; Gilman, S. D. Anal. Biochem. 2012, 425, 104-112
22. Buchanan, D. D.; Jameson, E. E.; Perlette, J.; Malik, A.; Kennedy, R. T. Electrophoresis 2003, 24, 1375-1382
23. Zhang, H.; Li, X.-F.; Le, X. C. J. Am. Chem. Soc. 2007, 130, 34-35
24. Stebbins, M. A.; Hoyt, A. M.; Sepaniak, M. J.; Hurlburt, B. K. J. Chromatogr., B 1996, 683, 77-84
25. Shimura, K.; Kasai, K. Anal. Biochem. 1995, 227, 186-194
26. Shimura, K.; Arata, Y.; Uchiyama, N.; Hirabayashi, J.; Kasai, K. J. Chromatogr., B 2002, 768, 199-210
27. Shimura, K.; Waki, T.; Okada, M.; Toda, T.; Kimoto, I.; Kasai, K. Electrophoresis 2006, 27, 1886-1894
28. Yang, P. L.; Whelan, R. J.; Mao, Y. W.; Lee, A. W. M.; Carter-Su, C.; Kennedy, R. T. Anal. Chem. 2007, 79, 1690-1695
29. Lyubarskaya, Y. V.; Carr, S. A.; Dunnington, D.; Prichett, W. P.; Fisher, S. M.; Appelbaum, E. R.; Jones, C. S.; Karger, B. L. Anal. Chem. 1998, 70, 4761-4770
30. Kennedy, R. T.; German, I.; Thompson, J. E.; Witowski, S. R. Chem. Rev. 1999, 99, 3081-3132
31. Simpson, P. C.; Roach, D.; Woolley, A. T.; Thorsen, T.; Johnston, R.; Sensabaugh, G. F.; Mathies, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 2256-2261
32. He, Y.; Yeung, E. S. Electrophoresis 2003, 24, 101-108
33. Pei, J.; Nie, J.; Kennedy, R. T. Anal. Chem. 2010, 82, 9261-9267
34. Assimon, V. A.; Gillies, A. T.; Rauch, J. N.; Gestwicki, J. E. Curr. Pharm. Des. 2013, 19, 404-417
35. Boiani, M.; Daniel, C.; Liu, X.; Hogarty, M. D.; Marnett, L. J. J. Biol. Chem. 2013, 288, 6980-6990
36. Chiappetta, G.; Ammirante, M.; Basile, A.; Rosati, A.; Festa, M.; Monaco, M.; Vuttariello, E.; Pasquinelli, R.; Arra, C.; Zerilli, M.; Todaro, M.; Stassi, G.; Pezzullo, L.; Gentilella, A.; Tosco, A.; Pascale, M.; Marzullo, L.; Belisario, M. A.; Turco, M. C.; Leone, A. J. Clin. Endocrin. Metab. 2007, 92, 1159-1163
37. Jacobs, A. T.; Marnett, L. J. J. Biol. Chem. 2009, 284, 9176-9183
38. Wang, H. Q.; Liu, B. Q.; Gao, Y. Y.; Meng, X.; Guan, Y.; Zhang, H. Y.; Du, Z. X. Br. J. Pharmacol. 2009, 158, 1405-1412
39. Festa, M.; Del Valle, L.; Khalili, K.; Franco, R.; Scognamiglio, G.; Graziano, V.; De Laurenzi, V.; Turco, M. C.; Rosati, A. Am. J. Pathol. 2011, 178, 2504-2512
40. Liu, P.; Xu, B.; Li, J.; Lu, H. FEBS Lett. 2009, 583, 401-406
41. Liu, J.; Volk, K. J.; Lee, M. S.; Kerns, E. H.; Rosenberg, I. E. J. Chromatogr., A 1994, 680, 395-403
42. Nadeau, K.; Nadler, S. G.; Saulnier, M.; Walsh, C. T.; Tepper, M. A. Biochemistry 1994, 33, 2561-2567
43. Chang, L.; Thompson, A. D.; Ung, P.; Carlson, H. A.; Gestwicki, J. E. J. Biol. Chem. 2010, 285, 21282-21291
44. Miyata, Y.; Chang, L.; Bainor, A.; McQuade, T. J.; Walczak, C. P.; Zhang, Y.; Larsen, M. J.; Kirchhoff, P.; Gestwicki, J. E. J. Biomol. Screen. 2010, 15, 1211-1219
45. Shemetov, A. A.; Gusev, N. B. Arch. Biochem. Biophys. 2011, 513, 1-9
46. Shackman, J. G.; Watson, C. J.; Kennedy, R. T. J. Chromatogr., A 2004, 1040, 273-282
47. Blazer, L. L.; Roman, D. L.; Muxlow, M. R.; Neubig, R. R. Curr. Prot. Cytometry; 2010, Chapter 13: Unit 13.11; pp 1-15.
48. Towns, J. K.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 1991, 63, 1126-1132
49. Takayama, S.; Xie, Z.; Reed, J. C. J. Biol. Chem. 1999, 274, 781-786
50. Zhang, J. H.; Chung, T. D. Y.; Oldenburg, K. R. J. Biomol. Screen. 1999, 4, 67-73
51. Roman, D. L.; Talbot, J. N.; Roof, R. A.; Sunahara, R. K.; Traynor, J. R.; Neubig, R. R. Mol. Pharmacol. 2007, 71, 169-175
52. Tao, L.; Kennedy, R. T. Electrophoresis 1997, 18, 112-117
53. Westerheide, S. D.; Bosman, J. D.; Mbadugha, B. N. A.; Kawahara, T. L. A.; Matsumoto, G.; Kim, S. J.; Gu, W. X.; Devlin, J. P.; Silverman, R. B.; Morimoto, R. I. J. Biol. Chem. 2004, 279, 56053-56060
54. Chang, L.; Miyata, Y.; Ung, P. M. U.; Bertelsen, E. B.; McQuade, T. J.; Carlson, H. A.; Zuiderweg, E. R. P.; Gestwicki, J. E. Chem. Biol. 2011, 18, 210-221
55. Pei, J.; Dishinger, J. F.; Roman, D. L.; Rungwanitcha, C.; Neubig, R. R.; Kennedy, R. T. Anal. Chem. 2008, 80, 5225-5231