Analysis of protein glycosylation and phosphorylation using HILIC-MS

Hydrophilic Interaction Liquid Chromatography (HILIC) and Advanced Applications

Volumn , Issue , 2011, Pages 551-576

  Thaysen Andersen, Morten ^a   Engholm Keller, Kasper ^b   Roepstorff, Peter ^b  

^a MACQUARIE UNIVERSITY   (Australia)

^b UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HILIC-MS; PROTEIN GLYCOSYLATION;

EID: 84886853288     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: None     Document Type: Chapter

References (84)

1. Apweiler, R.; Hermjakob, H.; Sharon, N. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1473, 4-8
2. Varki, A. Glycobiology 1993, 3, 97-130
3. Manning, G.; Plowman, G. D.; Hunter, T.; Sudarsanam, S. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 514-520
4. Manning, G.; Whyte, D. B.; Martinez, R.; Hunter, T.; Sudarsanam, S. Science 2002, 298, 1912-1934
5. Hubbard, M. J.; Cohen, P. Trends Biochem. Sci. 1993, 18, 172-177
6. Hunter, T.; Sefton, B. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1980, 77, 1311-1315. Analysis of Protein Glycosylation and Phosphorylation Using HILIC-MS 573
7. Hunter, T. Cell 2000, 100, 113-127
8. Alpert, A. J. J. Chromatogr. 1990, 499, 177-196
9. Hao, Z.; Xiao, B.; Weng, N. J. Sep. Sci. 2008, 31, 1449-1464
10. Hirabayashi, J. Glycoconj. J. 2004, 21, 35-40
11. Bunkenborg, J.; Pilch, B. J.; Podtelejnikov, A. V.; Wisniewski, J. R. Proteomics 2004, 4, 454-465
12. Packer, N. H.; Lawson, M. A.; Jardine, D. R.; Redmond, J. W. Glycoconj. J. 1998, 15, 737-747
13. Larsen, M. R.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 107-119
14. Larsen, M. R.; Jensen, S. S.; Jakobsen, L. A.; Heegaard, N. H. H. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1778-1787
15. Zhang, H.; Li, X. J.; Martin, D. B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 660-666
16. Sparbier, K.; Koch, S.; Kessler, I.; Wenzel, T.; Kostrzewa, M. J. Biomol. Tech. 2005, 16, 407-413
17. Wuhrer, M.; Catalina, M. I.; Deelder, A. M.; Hokke, C. H. J. Chromatogr. B Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2007, 849, 115-128
18. Liu, X.; Ma, L.; Li, J. J. Anal. Lett. 2008, 41, 268-277
19. Guile, G. R.; Harvey, D. J.; O'Donnell, N.; Powell, A. K.; Hunter, A. P.; Zamze, S.; Fernandes, D. L.; Dwek, R. A.; Wing, D. R. Eur. J. Biochem. 1998, 258, 623-656
20. Thaysen-Andersen, M.; Thogersen, I. B.; Nielsen, H. J.; Lademann, U.; Brunner, N.; Enghild, J. J.; Hojrup, P. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 638-647
21. Thaysen-Andersen, M.; Thogersen, I. B.; Lademann, U.; Offenberg, H.; Giessing, A. M.; Enghild, J. J.; Nielsen, H. J.; Brunner, N.; Hojrup, P. Biochim. Biophys. Acta 2008, 1784, 455-463
22. Omaetxebarria, M. J.; Hagglund, P.; Elortza, F.; Hooper, N. M.; Arizmendi, J. M.; Jensen, O. N. Anal. Chem. 2006, 78, 3335-3341
23. Yu, Y. Q.; Gilar, M.; Kaska, J.; Gebler, J. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 2331-2336
24. Yu, Y. Q.; Fournier, J.; Gilar, M.; Gebler, J. C. Anal. Chem. 2007, 79, 1731-1738
25. Wada, Y.; Tajiri, M.; Yoshida, S. Anal. Chem. 2004, 76, 6560-6565
26. Tajiri, M.; Yoshida, S.; Wada, Y. Glycobiology 2005, 15, 1332-1340
27. Anumula, K. R.; Dhume, S. T. Glycobiology 1998, 8, 685-694
28. Ciucanu, I.; Costello, C. E. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 16213-16219
29. Thaysen-Andersen, M.; Mysling, S.; Hojrup, P. Anal. Chem. 2009, 81, 3933-3943
30. Hagglund, P.; Bunkenborg, J.; Elortza, F.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P. J. Proteome Res. 2004, 3, 556-566
31. Hagglund, P.; Matthiesen, R.; Elortza, F.; Hojrup, P.; Roepstorff, P.; Jensen, O. N.; Bunkenborg, J. J. Proteome Res. 2007, 6, 3021-3031
32. Picariello, G.; Ferranti, P.; Mamone, G.; Roepstorff, P.; Addeo, F. Proteomics 2008, 8, 3833-3847
33. Gonzalez, J.; Takao, T.; Hori, H.; Besada, V.; Rodriguez, R.; Padron, G.; Shimonishi, Y. Anal. Biochem. 1992, 205, 151-158
34. Calvano, C. D.; Zambonin, C. G.; Jensen, O. N. J. Proteomics 2008, 71, 304-317
35. Hemstrom, P.; Irgum, K. J. Sep. Sci. 2006, 29, 1784-1821
36. Takegawa, Y.; Deguchi, K.; Ito, H.; Keira, T.; Nakagawa, H.; Nishimura, S. I. J. Sep. Sci. 2006, 29, 2533-2540
37. Anumula, K. R. Anal. Biochem. 2006, 350, 1-23
38. Karlsson, N. G.; Hansson, G. C. Anal. Biochem. 1995, 224, 538-541
39. Wang, W. T.; Erlansson, K.; Lindh, F.; Lundgren, T.; Zopf, D. Anal. Biochem. 1990, 190, 182-187
40. Rudd, P. M.; Colominas, C.; Royle, L.; Murphy, N.; Hart, E.; Merry, A. H.; Hebestreit, H. F.; Dwek, R. A. Proteomics 2001, 1, 285-294
41. Wuhrer, M.; Koeleman, C. A.; Deelder, A. M.; Hokke, C. H. FEBS J. 2006, 273, 347-361
42. Maslen, S.; Sadowski, P.; Adam, A.; Lilley, K.; Stephens, E. Anal. Chem. 2006, 78, 8491-8498
43. Maslen, S. L.; Goubet, F.; Adam, A.; Dupree, P.; Stephens, E. Carbohydr. Res. 2007, 342, 724-735
44. Zhang, J.; Wang, D. I. J. Chromatogr. B Biomed. Sci. Appl. 1998, 712, 73-82
45. Nguyen, H. P.; Schug, K. A. J. Sep. Sci. 2008, 31, 1465-1480
46. Wuhrer, M.; Koeleman, C. A.; Deelder, A. M.; Hokke, C. H. Anal. Chem. 2004, 76, 833-838
47. Charlwood, J.; Birrell, H.; Bouvier, E. S.; Langridge, J.; Camilleri, P. Anal. Chem. 2000, 72, 1469-1474
48. Wuhrer, M.; Koeleman, C. A. M.; Hokke, C. H.; Deelder, A. M. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 232, 51-57
49. Wuhrer, M.; de Boer, A. R.; Deelder, A. M. Mass Spectrom. Rev. 2009, 28, 192-206
50. Naidong, W. J. Chromatogr. B Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2003, 796, 209-224
51. Takegawa, Y.; Deguchi, K.; Keira, T.; Ito, H.; Nakagawa, H.; Nishimura, S. J. Chromatogr. A 2006, 1113, 177-181
52. Staples, G. O.; Bowman, M. J.; Costello, C. E.; Hitchcock, A. M.; Lau, J. M.; Leymarie, N.; Miller, C.; Naimy, H.; Shi, X.; Zaia, J. Proteomics 2009, 9, 686-695
53. Takegawa, Y.; Ito, H.; Keira, T.; Deguchi, K.; Nakagawa, H.; Nishimura, S. J. Sep. Sci. 2008, 31, 1585-1593
54. Wuhrer, M.; Koeleman, C. A.; Hokke, C. H.; Deelder, A. M. Anal. Chem. 2005, 77, 886-894
55. Temporini, C.; Perani, E.; Calleri, E.; Dolcini, L.; Lubda, D.; Caccialanza, G.; Massolini, G. Anal. Chem. 2007, 79, 355-363
56. Gropengiesser, J.; Varadarajan, B. T.; Stephanowitz, H.; Krause, E. J. Mass Spectrom. 2009, 44, 821-831
57. Andersson, L.; Porath, J. Anal. Biochem. 1986, 154, 250-254
58. Neville, D. C.; Rozanas, C. R.; Price, E. M.; Gruis, D. B.; Verkman, A. S.; Townsend, R. R. Protein Sci. 1997, 6, 2436-2445
59. Gruhler, A.; Olsen, J. V.; Mohammed, S.; Mortensen, P.; Faergeman, N. J.; Mann, M.; Jensen, O. N. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 310-327
60. Villen, J.; Beausoleil, S. A.; Gerber, S. A.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 1488-1493
61. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247
62. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12130-12135
63. Pinkse, M. W.; Uitto, P. M.; Hilhorst, M. J.; Ooms, B.; Heck, A. J. Anal. Chem. 2004, 76, 3935-3943
64. Larsen, M. R.; Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Jorgensen, T. J. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 873-886
65. Olsen, J. V.; Blagoev, B.; Gnad, F.; Macek, B.; Kumar, C.; Mortensen, P.; Mann, M. Cell 2006, 127, 635-648
66. Rush, J.; Moritz, A.; Lee, K. A.; Guo, A.; Goss, V. L.; Spek, E. J.; Zhang, H.; Zha, X. M.; Polakiewicz, R. D.; Comb, M. J. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 94-101
67. Schmelzle, K.; Kane, S.; Gridley, S.; Lienhard, G. E.; White, F. M. Diabetes 2006, 55, 2171-2179
68. Zhang, X.; Ye, J.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 2032-2042
69. Zhou, H.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 375-378
70. Oda, Y.; Nagasu, T.; Chait, B. T. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 379-382
71. Adamczyk, M.; Gebler, J. C.; Wu, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1481-1488
72. Gilar, M.; Olivova, P.; Daly, A. E.; Gebler, J. C. Anal. Chem. 2005, 77, 6426-6434
73. Boutin, J. A.; Ernould, A. P.; Ferry, G.; Genton, A.; Alpert, A. J. J. Chromatogr. 1992, 583, 137-143
74. Lindner, H.; Sarg, B.; Helliger, W. J. Chromatogr. A 1997, 782, 55-62
75. McNulty, D. E.; Annan, R. S. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 971-980
76. Albuquerque, C. P.; Smolka, M. B.; Payne, S. H.; Bafna, V.; Eng, J.; Zhou, H. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1389-1396
77. Boersema, P. J.; Divecha, N.; Heck, A. J.; Mohammed, S. J. Proteome Res. 2007, 6, 937-946
78. Alpert, A. J. Anal. Chem. 2008, 80, 62-76
79. Ytterberg, J. A.; Ogorzalek-Loo, R. R.; Boontheung, P.; Loo, J. A. Poster Presentation at the 55th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics June 3-7, 2007, Indianapolis, IN
80. Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Robinson, P. J.; Larsen, M. R. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 661-671
81. Jensen, S. S.; Larsen, M. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 3635-3645
82. Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Schwartz, J. C.; Hunt, D. F.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2004, 76, 3590-3598
83. Engholm-Keller, K.; Jensen, S. S.; Larsen, M. R. Poster Presentation at the 57th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics May 31-June 4, 2009, Philadelphia, PA
84. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386