Steering target selectivity and potency by fragment-based de novo drug design

Angewandte Chemie - International Edition

Volumn 52, Issue 38, 2013, Pages 10006-10009

  Rodrigues, Tiago ^a   Kudoh, Takayuki ^a,b   Roudnicky, Filip ^a   Lim, Yi Fan ^a   Lin, Yen Chu ^a   Koch, Christian P ^a   Seno, Masaharu ^b   Detmar, Michael ^a   Schneider, Gisbert ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

^b OKAYAMA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

drug design; drug discovery; fragment based design; kinase inhibitors; VEGFR

Indexed keywords

ANTIANGIOGENIC; DE NOVO DESIGN; DRUG DESIGN; DRUG DEVELOPMENT; DRUG DISCOVERY; KINASE INHIBITORS; VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR; VEGFR;

DRUG DELIVERY; DRUG PRODUCTS; ENZYME INHIBITION;

DESIGN;

LIGAND; PROTEIN KINASE INHIBITOR; VASCULOTROPIN A; VEGFA PROTEIN, HUMAN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DRUG DESIGN; DRUG DEVELOPMENT; FRAGMENT-BASED DESIGN; HUMAN; KINASE INHIBITORS; VEGFR;

DRUG DESIGN; DRUG DISCOVERY; FRAGMENT-BASED DESIGN; KINASE INHIBITORS; VEGFR;

DRUG DESIGN; DRUG DISCOVERY; HUMANS; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN KINASE INHIBITORS; VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A;

EID: 84884215738     PISSN: 14337851     EISSN: 15213773     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/anie.201304847     Document Type: Article

References (29)

1. E. Lounkine, M. J. Keiser, S. Whitebread, D. Mikhailov, J. Hamon, J. L. Jenkins, P. Lavan, E. Weber, A. K. Doak, S. Côté, B. K. Shoichet, L. Urban, Nature 2012, 486, 361-367.
2. J. Besnard, G. F. Ruda, V. Setola, K. Abecassis, R. M. Rodriguiz, X.-P. Huang, S. Norval, M. F. Sassano, A. I. Shin, L. A. Webster, F. R. C. Simeons, L. Stojanovski, A. Prat, N. G. Seidah, D. B. Constam, G. R. Bickerton, K. D. Read, W. C. Wetsel, I. H. Gilbert, B. L. Roth, A. L. Hopkins, Nature 2012, 492, 215-220.
3. E. van der Horst, P. Marqués-Gallego, T. Mulder-Krieger, J. van Veldhoven, J. Kruisselbrink, A. Aleman, M. T. M. Emmerich, J. Brussee, A. Bender, A. P. IJzerman, J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 1713-1721.
4. A. L. Hopkins, C. R. Groom, A. Alex, Drug Discovery Today 2004, 9, 430-431.
5. P. P. Graczyk, J. Med. Chem. 2007, 50, 5773-5779.
6. K. R. Kampen, Anticancer Drugs 2012, 23, 347-354.
7. A. Polverino, A. Coxon, C. Starnes, Z. Diaz, T. DeMelfi, L. Wang, J. Bready, J. Estrada, R. Cattley, S. Kaufman, D. Chen, Y. Gan, G. Kumar, J. Meyer, S. Neervannan, G. Alva, J. Talvenheimo, S. Montestruque, A. Tasker, V. Patel, R. Radinsky, R. Kendall, Cancer Res. 2006, 66, 8715-8721.
8. M. I. Davis, J. P. Hunt, S. Herrgard, P. Ciceri, L. M. Wodicka, G. Pallares, M. Hocker, D. K. Treiber, P. P. Zarrinkar, Nat. Biotechnol. 2011, 29, 1046-1051.
9. G. V. Scagliotti, I. Vynnychenko, K. Park, Y. Ichinose, K. Kubota, F. Blackhall, R. Pirker, R. Galiulin, T.-E. Ciuleanu, O. Sydorenko, M. Dediu, Z. Papai-Szekely, N. M. Banaclocha, S. McCoy, B. Yao, Y.-j. Hei, F. Galimi, D. R. Spigel, J. Clin. Oncol. 2012, 30, 2829-2836.
10. J. Kankanala, A. M. Latham, A. P. Johnson, S. Homer-Vanniasinkam, C. W. Fishwick, S. Ponnambalam, Br. J. Pharmacol. 2012, 166, 737-748.
11. B. Spänkuch, S. Keppner, L. Lange, T. Rodrigues, H. Zettl, C. P. Koch, M. Reutlinger, M. Hartenfeller, P. Schneider, G. Schneider, Angew. Chem. 2013, 125, 4774-4779
12. Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 4676-4681.
13. T. Rodrigues, F. Roudnicky, C. P. Koch, T. Kudoh, D. Reker, M. Detmar, G. Schneider, Chem. Sci. 2013, 4, 1229-1233.
14. P. Willett, Drug Discovery Today 2006, 11, 1046-1053.
15. S. D. Patterson, M. T. Davis, J. R. Mackey, M. Martin, Y. Hei, M. B. Bass, J. Clin. Oncol. 2010, 28, S 1048.
16. C. Fischer, B. Jonckx, M. Mazzone, S. Zacchigna, S. Loges, L. Pattarini, E. Chorianopoulos, L. Liesenborghs, M. Koch, M. D. Mol, M. Autiero, S. Wyns, S. Plaisance, L. Moons, N. v. Rooijen, M. Giacca, J.-M. Stassen, M. Dewerchin, D. Collen, P. Carmeliet, Cell 2007, 131, 463-475.
17. S. Van de Veire, I. Stalmans, F. Heindryckx, H. Oura, A. Tijeras-Raballand, T. Schmidt, S. Loges, I. Albrecht, B. Jonckx, S. Vinckier, C. V. Steenkiste, S. Tugues, C. Rolny, M. D. Mol, D. Dettori, P. Hainaud, L. Coenegrachts, J.-O. Contreres, T. V. Bergen, H. Cuervo, W.-H. Xiao, C. L. Henaff, I. Buysschaert, B. K. Masouleh, A. Geerts, T. Schomber, P. Bonnin, V. Lambert, J. Haustraete, S. Zacchigna, J.-M. Rakic, W. Jiménez, A. Noël, M. Giacca, I. Colle, J.-M. Foidart, G. Tobelem, M. Morales-Ruiz, J. Vilar, P. Maxwell, S. A. Vinores, G. Carmeliet, M. Dewerchin, L. Claesson-Welsh, E. Dupuy, H. V. Vlierberghe, G. Christofori, M. Mazzone, M. Detmar, D. Collen, P. Carmeliet, Cell 2010, 141, 178-190.
18. Y. Cao, Sci. Signaling 2009, 2, re 1.
19. E. M. Hedlund, X. Yang, Y. Zhang, Y. Yang, M. Shibuya, W. Zhong, B. Sun, Y. Liu, K. Hosaka, Y. Cao, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2013, 110, 654-659.
20. W. Zhou, D. Ercan, L. Chen, C.-H. Yun, D. Li, M. Capelletti, A. B. Cortot, L. Chirieac, R. E. Iacob, R. Padera, J. R. Engen, K.-K. Wong, M. J. Eck, N. S. Gray, P. A. Jänne, Nature 2009, 462, 1070-1074.
21. Y. K. Hong, B. Lange-Asschenfeldt, P. Velasco, S. Hirakawa, R. Kunstfeld, L. F. Brown, P. Bohlen, D. R. Senger, M. Detmar, FASEB J. 2004, 18, 1111-1113.
22. G. Jones, P. Willett, R. C. Glen, A. R. Leach, R. Taylor, J. Mol. Biol. 1997, 267, 727-748.
23. Y. Liu, N. S. Gray, Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 358-364.
24. D. M. Brantley-Sieders, J. Caughron, D. Hicks, A. Pozzi, J. C. Ruiz, J. Chen, J. Cell Sci. 2004, 117, 2037-2049.
25. J. J. Steinle, C. J. Meininger, R. Forough, G. Wu, M. H. Wu, H. J. Granger, J. Biol. Chem. 2002, 277, 43830-43835.
26. J. Yu, D. Brian, C. Mahanivong, R. K. Cheng, W. Zhou, S. Huang, J. Biol. Chem. 2004, 279, 50446-50454.
27. M. Hartenfeller, H. Zettl, M. Walter, M. Rupp, F. Reisen, E. Proschak, S. Weggen, H. Stark, G. Schneider, PLoS Comput. Biol. 2012, 8, e 1002380.
28. M. R. Berthold, N. Cebron, F. Dill, T. R. Gabriel, T. Kötter, T. Meinl, P. Ohl, K. Thiel, B. Wiswedel, KNIME: The Konstanz Information Miner, Springer, Heidelberg, 2007.
29. G. Landrum RDKit: Open-Source Cheminformatics. http://www.rdkit.org.