String method for calculation of minimum free-energy paths in cartesian space in freely tumbling systems

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 9, 2013, Pages 4140-4154

  Branduardi, Davide ^a   Faraldo Gómez, José D ^a,b  

^a MAX PLANCK INSTITUTE OF BIOPHYSICS   (Germany)

^b NATIONAL HEART LUNG AND BLOOD INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84884182345     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400469w     Document Type: Article

References (61)

1. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199
2. Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 275-282
3. Mezei, M. J. Comput. Phys. 1987, 68, 237-248
4. Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9169-9183
5. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 12562-12566
6. Fukunishi, H.; Watanabe, O.; Takada, S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9058-9067
7. Faraldo-Gómez, J. D.; Roux, B. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1634-1647
8. Branduardi, D.; Gervasio, F. L.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 054103
9. Maragliano, L.; Fischer, A.; Vanden-Eijnden, E.; Ciccotti, G. J. Chem. Phys. 2006, 125, 024106
10. E, W.; Ren, W.; Vanden-Eijnden, E. Phys. Rev. B 2002, 66, 052301
11. Vanden-Eijnden, E.; Venturoli, M. J. Chem. Phys. 2009, 130, 194103
12. Chen, M.; Yang, W. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1649-1653
13. Cao, L.; Lv, C.; Yang, W. J. Chem. Theory Comput. 2013, 130724080026008
14. Díaz Leines, G.; Ensing, B. Phys. Rev. Lett. 2012, 109, 020601
15. Ovchinnikov, V.; Karplus, M.; Vanden-Eijnden, E. J. Chem. Phys. 2011, 134, 085103
16. Miller, T. F., III; Vanden-Eijnden, E.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 14559-14564
17. Haas, K.; Chu, J.-W. J. Chem. Phys. 2009, 131, 144105
18. Kearsley, S. Acta Crystallogr., Sect. A: Cryst. Phys., Diffr., Theor. Gen. Crystallogr. 1989, A45, 208-210
19. Carter, E.; Ciccotti, G.; Hynes, J.; Kapral, R. Chem. Phys. Lett. 1989, 156, 472-477
20. Ciccotti, G.; Kapral, R.; Vanden-Eijnden, E. ChemPhysChem 2005, 6, 1809-1814
21. E, W.; Ren, W.; Vanden-Eijnden, E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 164103
22. Henkelman, G.; Jónsson, H. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9978-9985
23. Bonomi, M.; Branduardi, D.; Bussi, G.; Camilloni, C.; Provasi, D.; Raiteri, P.; Donadio, D.; Marinelli, F.; Pietrucci, F.; Broglia, R. A.; Parrinello, M. Comput. Phys. Commun. 2009, 180, 1961-1972
24. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
25. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
26. Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688
27. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellot, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kunczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
28. MacKerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-1415
29. Kirschner, K. N.; Yongye, A. B.; Tschampel, S. M.; González- Outeiriño, J.; Daniels, C. R.; Foley, B.; Woods, R. J. Comput. Chem. 2008, 29, 622-655
30. Bussi, G.; Donadio, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014101
31. Hess, B. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 116-122
32. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
33. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 107, 8577-8592
34. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; DiNola, A.; Van Gunsteren, W. F.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
35. Bolhuis, P. G.; Dellago, C.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 5877-5882
36. Ren, W.; Vanden-Eijnden, E.; Maragakis, P.; E, W. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134109
37. Khavrutskii, I. V.; Arora, K.; Brooks, C. L., III J. Chem. Phys. 2006, 125, 174108
38. Maragliano, L.; Vanden-Eijnden, E. Chem. Phys. Lett. 2007, 446, 182-190
39. Gfeller, D.; De Los Rios, P.; Caflisch, A.; Rao, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 1817-1822
40. Spiwok, V.; Lipovová, P.; Králová, B. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3073-3076
41. van der Vaart, A.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 164106
42. Sega, M.; Faccioli, P.; Pederiva, F.; Garberoglio, G.; Orland, H. Phys. Rev. Lett. 2007, 99, 118102
43. Barducci, A.; Bussi, G.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 020603
44. Spiwok, V.; Králová, B.; Tvaroska, I. J. Mol. Model. 2008, 14, 995-1002
45. Strodel, B.; Wales, D. Chem. Phys. Lett. 2008, 466, 105-115
46. Cecchini, M.; Krivov, S. V.; Spichty, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9728-9740
47. Bonomi, M.; Barducci, A.; Parrinello, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1615-1621
48. Dickson, B. M.; Legoll, F.; Lelievre, T.; Stoltz, G.; Fleurat-Lessard, P. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 5823-5830
49. Májek, P.; Elber, R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1805-1817
50. Ledbetter, P. J.; Clementi, C. J. Chem. Phys. 2011, 135, 044116
51. Ma, A.; Dinner, A. R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6769-6779
52. Krebs, W. G.; Gerstein, M. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1665-1675
53. Berteotti, A.; Cavalli, A.; Branduardi, D.; Gervasio, F. L.; Recanatini, M.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 244-250
54. Lodola, A.; Branduardi, D.; De Vivo, M.; Capoferri, L.; Mor, M.; Piomelli, D.; Cavalli, A. PLoS One 2012, 7, e32397
55. Geissler, P. L.; Dellago, C.; Chandler, D. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 3706-3710
56. Biarnés, X.; Ardèvol, A.; Planas, A.; Rovira, C.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10686-10693
57. Autieri, E.; Sega, M.; Pederiva, F.; Guella, G. J. Chem. Phys. 2010, 133, 095104
58. Ardèvol, A.; Biarnés, X.; Planas, A.; Rovira, C. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 16058-16065
59. Spiwok, V.; Králová, B.; Tvaroska, I. Carb. Res. 2010, 345, 530-537
60. Cremer, D. T.; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 1354-1358
61. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38