Milestoning without a reaction coordinate

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 6, 2010, Pages 1805-1817

  Májek, Peter ^a   Elber, Ron ^b  

^a Department of Computer Science and School of Operations Research and Information Engineering   (United States)

^b UNIVERSITY OF TEXAS AT AUSTIN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77953311061     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100114j     Document Type: Article

References (31)

1. West, A. M. A.; Elber, R.; Shalloway, D. J. Chem. Phys. 2007, 126, 145104
2. Shalloway, D.; Faradjian, A. K. J. Chem. Phys. 2006, 124 054112
3. Faradjian, A. K.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10880
4. Vanden-Eijnden, E.; Venturoli, M.; Ciccotti, G.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2008, 129, 174102
5. Elber, R. Biophys. J. 2007, 92, L85
6. Kuczera, K.; Jas, G. S.; Elber, R. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 7461
7. Vanden-Eijnden, E.; Venturoli, M. J. Chem. Phys. 2009, 130, 194101
8. Maragliano, L.; Vanden-Eijnden, E.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2589
9. West, A. M. A.; Elber, R.; Shalloway, D. J. Chem. Phys. 2007, 126
10. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187
11. van Erp, T. S.; Bolhuis, P. G. J. Comput. Phys. 2005, 205, 157
12. Moroni, D.; van Erp, T. S.; Bolhuis, P. G. Phys. A 2004, 340, 395
13. Moroni, D.; Bolhuis, P. G.; van Erp, T. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4055
14. Ren, W.; Vanden-Eijnden, E.; Maragakis, P.; E, W. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134109
15. Maragliano, L.; Vanden-Eijnden, E. J. Chem. Phys. 2008, 128, 184110
16. Ensing, B.; De Vivo, M.; Liu, Z.; Moore, P.; Klein, M. L. Acc. Chem. Res. 2005, 39, 73
17. Elber, R.; Roitberg, A.; Simmerling, C.; Goldstein, R.; Li, H.; Verkhivker, G.; Keasar, C.; Zhang, J.; Ulitsky, A. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 159
18. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 110, 1657
19. Juraszek, J.; Bolhuis, P. G. Biophys. J. 2008, 95, 4246
20. Hartley, H. Biometrics 1958, 14, 174
21. Kabsch, W. Acta Crystallogr., Sect. A 1976, 32, 922
22. Valeriani, C.; Allen, R. J.; Morelli, M. J.; Frenkel, D.; ten Wolde, P. R. J. Chem. Phys. 2007, 127, 114109
23. Allen, R. J.; Frenkel, D.; ten Wolde, P. R. J. Chem. Phys. 2006, 124 024102
24. Moroni, D.; Bolhuis, P. G.; van Erp, T. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4055
25. Warmflash, A.; Bhimalapuram, P.; Dinner, A. R. J. Chem. Phys. 2007, 127, 154112
26. Dickson, A.; Warmflash, A.; Dinner, A. R. J. Chem. Phys. 2009, 130 074104
27. Vanden-Eijnden, E.; Venturoli, M. J. Chem. Phys. 2009, 131 044120
28. Allen, R. J.; Frenkel, D.; ten Wolde, P. R. J. Chem. Phys. 2006, 124, 17
29. Zhang, B. W.; Jasnow, D.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Phys. 2010, 132
30. Noe, F.; Schutte, C.; Vanden-Eijnden, E.; Reich, L.; Weikl, T. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 19011
31. Shaw, D. E.; Deneroff, M. M.; Dror, R. O.; Kuskin, J. S.; Larson, R. H.; Salmon, J. K.; Young, C.; Batson, B.; Bowers, K. J.; Chao, J. C.; Eastwood, M. P.; Gagliardo, J.; Grossman, J. P.; Ho, C. R.; Ierardi, D. J.; Kolossvary, I.; Klepeis, J. L.; Layman, T.; McLeavey, C.; Moraes, M. A.; Mueller, R.; Priest, E. C.; Shan, Y. B.; Spengler, J.; Theobald, M.; Towles, B.; Wang, S. C. Commun. ACM 2008, 51, 91