Metadynamics in essential coordinates: Free energy simulation of conformational changes

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 12, 2007, Pages 3073-3076

  Spiwok, Vojtěch ^a   Lipovová, Petra ^a   Králová, Blanka ^a  

^a INSTITUTE OF CHEMICAL TECHNOLOGY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANGLE MEASUREMENT; CONFORMATIONS; EXTRACTION; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS; TORSIONAL STRESS;

FREE ENERGY SIMULATION; METADYNAMICS;

COMPUTER SIMULATION;

EID: 34147097967     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp068587c     Document Type: Article

References (26)

1. McCammon, J. A.; Gelin, B. R.; Karplus, M. Nature 1977, 267, 585.
2. van der Vaart, A. Theor. Chem. Acc. 2006, 116, 183.
3. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12562.
4. Amadei, A.; Linssen, A. B.; Berendsen, H. J. Proteins 1993, 17, 412.
5. Lange, O. F.; Schafer, L. V.; Grubmuller, H. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1693.
6. Ensing, B.; de Vivo, M.; Liu, Z.; Moore, P.; Klein, M. L. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 73.
7. Young, M. A.; Gonfloni, S.; Superti-Furga, G.; Roux, B.; Kuriyan, J. Cell 2001, 105, 115.
8. Nagar, B.; Hantschel, O.; Young, M. A.; Scheffzek, K.; Veach, D.; Bornmann, W.; Clarkson, B.; Superti-Furga, G.; Kuriyan, J. Cell 2003, 112, 859.
9. Meyer, T.; Ferrer, C.; Pérez, A.; Rueda, M.; Bidón-Chanal, A.; Luque, F. J.; Laughton, C.; Orozco, M. J. Chem. Theor. Comput. 2006, 2, 251.
10. Amadei, A.; Linssen, A. B.; de Groot, B. L.; van Aalten, D. M.; Berendsen, H. J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 615.
11. de Groot, B. L.; Amadei, A.; van Aalten, D. M.; Berendsen, H. J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 741.
12. Chen, C.; Xiao, Y.; Zhang, L. Biophys. J. 2005, 88, 3276.
13. Barducci, A.; Chelli, R.; Procacci, P.; Schettino, V.; Gervasio, F. L.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2705.
14. Gervasio, F. L.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2600.
15. Stirling, A.; Iannuzzi, M.; Laio, A.; Parrinello, M. ChemPhysChem 2004, 5, 1558.
16. Oganov, A. R.; Martoňák, R.; Laio, A.; Raiteri, P.; Parrinello, M. Nature 2005, 438, 1142.
17. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306.
18. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
19. Sorin, E. J.; Rhee, Y. M.; Pande, V. S. Biophys. J. 2005, 88, 2516.
20. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
21. Coutsias, E. A.; Seok, C.; Dill, K. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1849.
22. Bolhuis, P. G.; Dellago, C.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5877.
23. Madison, V.; Kopple, K. D. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 4855.
24. Raiteri, P.; Laio, A.; Gervasio, F. L.; Micheletti, C.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3533.
25. Lange, O. F.; Grubmuller, H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22842.
26. Day, R.; Bennion, B. J.; Ham, S.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 2002, 322, 189.