An experimental study of the solvent-dependent self-assembly/disassembly and conformer preferences of gramicidin A

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 16, 2013, Pages 7826-7833

  Chen, Liuxi ^a   Chen, Shu Hua ^a   Russell, David H ^a  

^a Texas AandM University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COLLISION-INDUCED DISSOCIATION; HEAD-TO-HEAD DIMERS; HYDROGEN/DEUTERIUM EXCHANGE; INTERMEDIATE COMPLEX; INTERMOLECULAR HYDROGEN BONDS; POTENTIAL UTILITY; SOLVENT DEPENDENCE; STRUCTURAL INFORMATION;

DISSOCIATION; ELECTROSPRAY IONIZATION; HYDROGEN BONDS; KINETICS; METAL IONS; SOLVENTS;

DIMERS;

EID: 84882646196     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac401370t     Document Type: Article

References (53)

1. Kourie, J. I.; Henry, C. L. Clin. Exp. Pharmacol. Physiol. 2002, 29, 741-753
2. Shai, Y. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 1999, 1462, 55-70
3. Dobson, C. M. Nature 2003, 426, 884-890
4. Sham, S. S.; Shobana, S.; Townsley, L. E.; Jordan, J. B.; Fernandez, J. Q.; Andersen, O. S.; Greathouse, D. V.; Hinton, J. F. Biochemistry 2003, 42, 1401-1409
5. Ramamoorthy, A.; Lee, D.-K.; Santos, J. S.; Henzler-Wildman, K. A. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 11023-11029
6. Lu, J.-X.; Yau, W.-M.; Tycko, R. Biophys. J. 2011, 100, 711-719
7. Demmers, J. A. A.; Haverkamp, J.; Heck, A. J. R.; Koeppe, R. E.; Killian, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 3189-3194
8. Allen, T. W.; Andersen, O. S.; Roux, B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 9868-9877
9. Ruotolo, B. T.; Giles, K.; Campuzano, I.; Sandercock, A. M.; Bateman, R. H.; Robinson, C. V. Science 2005, 310, 1658-1661
10. van Duijn, E.; Barendregt, A.; Synowsky, S.; Versluis, C.; Heck, A. J. R. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 1452-1459
11. Kelkar, D. A.; Chattopadhyay, A. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007, 1768, 2011-2025
12. Kokryakov, V. N.; Harwig, S. S. L.; Panyutich, E. A.; Shevchenko, A. A.; Aleshina, G. M.; Shamova, O. V.; Korneva, H. A.; Lehrer, R. I. FEBS Lett. 1993, 327, 231-236
13. Boman, H. G.; Hultmark, D. Annu. Rev. Microbiol. 1987, 41, 103-126
14. Arseniev, A. S.; Barsukov, I. L.; Bystrov, V. F.; Lomize, A. L.; Ovchinnikov, Y. A. FEBS Lett. 1985, 186, 168-174
15. Veatch, W. R.; Blout, E. R. Biochemistry 1974, 13, 5257-5264
16. Veatch, W. R.; Fossel, E. T.; Blout, E. R. Biochemistry 1974, 13, 5249-5256
17. Xu, F.; Cross, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 9057-9061
18. Wallace, B. A. Biopolymers 1983, 22, 397-402
19. Chen, Y.; Wallace, B. A. Biopolymers 1997, 42, 771-781
20. Doyle, D. A.; Wallace, B. A. Biophys. J. 1998, 75, 635-640
21. O'Boyle, F.; Wallace, B. A. Protein Peptide Lett. 2003, 10, 9-17
22. Wallace, B. A.; Veatch, W. R.; Blout, E. R. Biochemistry 1981, 20, 5754-5760
23. Pascal, S. M.; Cross, T. A. J. Mol. Biol. 1992, 226, 1101-1109
24. Chen, Y.; Tucker, A.; Wallace, B. A. J. Mol. Biol. 1996, 264, 757-769
25. Cotten, M.; Fu, R.; Cross, T. A. Biophys. J. 1999, 76, 1179-1189
26. Braco, L.; Abad, C.; Campos, A.; Figueruelo, J. E. J. Chromatogr. A 1986, 353, 181-192
27. Bano, M. C.; Braco, L.; Abad, C. FEBS Lett. 1989, 250, 67-71
28. Braco, L.; Bano, C.; Chillaron, F.; Abad, C. Int. J. Biol. Macromol. 1988, 10, 343-348
29. Zhang, J.; Thurbide, K. B. J. Chromatogr. A 2006, 1101, 286-292
30. Langs, D. Science 1988, 241, 188-191
31. Wallace, B. A.; Ravikumar, K. Science 1988, 241, 182-187
32. Burkhart, B. M.; Gassman, R. M.; Langs, D. A.; Pangborn, W. A.; Duax, W. L. Biophys. J. 1998, 75, 2135-2146
33. Tucker, W. A.; Sham, S.; Hinton, J. F. Biochemistry 2001, 40, 11676-11686
34. Bouchard, M.; Benjamin, D. R.; Tito, P.; Robinson, C. V.; Dobson, C. M. Biophys. J. 2000, 78, 1010-1017
35. Chitta, R. K.; Gross, M. L. Biophys. J. 2004, 86, 473-479
36. Chitta, R.; Rempel, D.; Gross, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1813-1820
37. Loo, J. A. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 1-23
38. Bernstein, S. L.; Dupuis, N. F.; Lazo, N. D.; Wyttenbach, T.; Condron, M. M.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Shea, J. E.; Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V.; Bowers, M. T. Nature Chem. 2009, 1, 326-331
39. Wales, T. E.; Engen, J. R. Mass Spectrom. Rev. 2006, 25, 158-170
40. Bohrer, B. C.; Atlasevich, N.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 4509-4515
41. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71
42. Lee, S.-W.; Freivogel, P.; Schindler, T.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11758-11765
43. Breuker, K.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 18145-18152
44. Ruotolo, B. T.; Benesch, J. L. P.; Sandercock, A. M.; Hyung, S.-J.; Robinson, C. V. Nat. Prot. 2008, 3, 1139-1152
45. Clemmer Collision cross-section Database. http://www.indiana.edu/ ∼clemmer/ (accessed August 2007).
46. Mesleh, M. F.; Hunter, J. M.; Shvartsburg, A. A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082-16086
47. Chen, L.; Gao, Y. Q.; Russell, D. H. J. Phys. Chem. A 2012, 116, 689-696
48. Chitta, R. K.; Rempel, D. L.; Gross, M. L. J. Am. Soc. Mass Spec. 2005, 16, 1031-1038
49. Wales, T. E.; Engen, J. R. Mass Spectrom. Rev. 2006, 25, 158-170
50. Liu, Y.; Smith, D. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 19-28
51. Engen, J. R.; Smithgall, T. E.; Gmeiner, W. H.; Smith, D. L. Biochemistry 1997, 36, 14384-14391
52. Demmers, J. A. A.; Rijkers, D. T. S.; Haverkamp, J.; Killian, J. A.; Heck, A. J. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11191-11198
53. Shaw, B. F.; Arthanari, H.; Narovlyansky, M.; Durazo, A.; Frueh, D. P.; Pollastri, M. P.; Lee, A.; Bilgicer, B.; Gygi, S. P.; Wagner, G.; Whitesides, G. M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 17411-17425