Escherichia coli achieves faster growth by increasing catalytic and translation rates of proteins

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 9, 2013, Pages 2344-2358

  Valgepea, Kaspar ^a,b   Adamberg, Kaarel ^a,b   Seiman, Andrus ^b   Vilu, Raivo ^a,b  

^a TALLINN UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Estonia)

^b Competence Centre of Food and Fermentation Technologies ^*  (Estonia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ESCHERICHIA COLI;

ESCHERICHIA COLI PROTEIN; PROTEOME; TRANSCRIPTOME;

CATALYSIS; CLUSTER ANALYSIS; ENERGY METABOLISM; ESCHERICHIA COLI; GENETICS; GROWTH, DEVELOPMENT AND AGING; METABOLISM; PROTEIN PROCESSING; PROTEIN SYNTHESIS; ARTICLE;

CATALYSIS; CLUSTER ANALYSIS; ENERGY METABOLISM; ESCHERICHIA COLI; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; PROTEIN BIOSYNTHESIS; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; PROTEOME; TRANSCRIPTOME;

EID: 84881087942     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70119k     Document Type: Article

References (77)

1. F. Jacob J. Monod J. Mol. Biol. 1961 3 318 356
2. U. Sauer Mol. Syst. Biol. 2006 2 62
3. B. H. ter Kuile H. V. Westerhoff FEBS Lett. 2001 500 169 171
4. K. van Eunen S. Rossell J. Bouwman H. V. Westerhoff B. M. Bakker Methods Enzymol. 2011 500 571 595
5. P. Daran-Lapujade S. Rossell W. M. van Gulik M. A. H. Luttik M. J. L de Groot M. Slijper A. J. R. Heck J.-M. Daran J. H. de Winde H. V. Westerhoff J. T. Pronk B. M. Bakker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 15753 15758
6. H. Bremer and P. Dennis, in Escherichia coli and Salmonella: Cellular and Molecular Biology, ed., F. Neidhardt, R. Curtiss III, J. Ingraham, E. Lin, K. Low, B. Magasanik, W. Reznikoff, M. Riley, M. Schaechter, and, H. Umbarger, ASM Press, Washington, DC, 2nd edn, 1996, pp. 1553-1569
7. G. N. Vemuri E. Altman D. P. Sangurdekar A. B. Khodursky M. A. Eiteman Appl. Environ. Microbiol. 2006 72 3653 3661
8. N. Ishii K. Nakahigashi T. Baba M. Robert T. Soga A. Kanai T. Hirasawa M. Naba K. Hirai A. Hoque P. Y. Ho Y. Kakazu K. Sugawara S. Igarashi S. Harada T. Masuda N. Sugiyama T. Togashi M. Hasegawa Y. Takai K. Yugi K. Arakawa N. Iwata Y. Toya Y. Nakayama T. Nishioka K. Shimizu H. Mori M. Tomita Science 2007 316 593 597
9. R. Nahku K. Valgepea P.-J. Lahtvee S. Erm K. Abner K. Adamberg R. Vilu J. Biotechnol. 2010 45 60 65
10. A. Nanchen A. Schicker U. Sauer Appl. Environ. Microbiol. 2006 72 1164 1172
11. K. Valgepea K. Adamberg R. Vilu BMC Syst. Biol. 2011 5 106
12. P.-J. Lahtvee K. Adamberg L. Arike R. Nahku K. Aller R. Vilu Microb. Cell Fact. 2011 10 12
13. K. Valgepea K. Adamberg R. Nahku P.-J. Lahtvee L. Arike R. Vilu BMC Syst. Biol. 2010 4 166
14. J. A. Mongold R. E. Lenski J. Bacteriol. 1996 178 5333 5334
15. B. Volkmer M. Heinemann PLoS One 2011 6 e23126
16. F. C. Neidhardt J. Bacteriol. 1999 181 7405 7408
17. U. Sauer M. Heinemann N. Zamboni Science 2007 316 550 551
18. M. Heinemann U. Sauer Curr. Opin. Microbiol. 2010 13 337 343
19. R. Phillips R. Milo Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 21465 21471
20. M. Scott T. Hwa Curr. Opin. Biotechnol. 2011 22 559 565
21. P. A. Hoskisson G. Hobbs Microbiology 2005 151 3153 3159
22. A. T. Bull J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2010 37 993 1021
23. T. Paalme A. Kahru R. Elken K. Vanatalu K. Tiisma R. Vilu J. Microbiol. Methods 1995 24 145 153
24. B. Schwanhäusser D. Busse N. Li G. Dittmar J. Schuchhardt J. Wolf W. Chen M. Selbach Nature 2011 473 337 342
25. L. Arike K. Valgepea L. Peil R. Nahku K. Adamberg R. Vilu J. Proteomics 2012 75 5437 5448
26. A. Otto J. Bernhardt H. Meyer M. Schaffer F.-A. Herbst J. Siebourg U. Mäder M. Lalk M. Hecker D. Becher Nat. Commun. 2010 1 137
27. C. Vogel E. M. Marcotte Nat. Rev. Genet. 2012 13 227 232
28. S. Marguerat A. Schmidt S. Codlin W. Chen R. Aebersold J. Bähler Cell 2012 151 671 683
29. M. Schaechter O. Maaløe N. O. Kjeldgaard J. Gen. Microbiol. 1958 19 592 606
30. M. Scott C. W. Gunderson E. M. Mateescu Z. Zhang T. Hwa Science 2010 330 1099 1102
31. S. Klumpp Z. Zhang T. Hwa Cell 2009 139 1366 1375
32. J. A. Lerman D. R. Hyduke H. Latif V. A. Portnoy N. E. Lewis J. D. Orth A. C. Schrimpe-Rutledge R. D. Smith J. N Adkins K. Zengler B. Ø. Palsson Nat. Commun. 2012 3 929
33. R. de Sousa Abreu L. O. Penalva E. M. Marcotte C. Vogel Mol. BioSyst. 2009 5 1512 1526
34. T. Maier M. Güell L. Serrano FEBS Lett. 2009 583 3966 3973
35. W. Zhang F. Li L. Nie Microbiology 2010 156 287 301
36. R. L. Tatusov N. D. Fedorova J. D. Jackson A. R. Jacobs B. Kiryutin E. V. Koonin D. M. Krylov R. Mazumder S. L. Mekhedov A. N. Nikolskaya B. S. Rao S. Smirnov A. V. Sverdlov S. Vasudevan Y. I. Wolf J. J. Yin D. A. Natale BMC Bioinf. 2003 4 41
37. P. Lu C. Vogel R. Wang X. Yao E. M. Marcotte Nat. Biotechnol. 2007 25 117 124
38. Y. Taniguchi P. J. Choi G.-W. Li H. Chen M. Babu J. Hearn A. Emili X. S. Xie Science 2010 329 533 538
39. K. Adamberg A. Seiman R. Vilu PLoS One 2012 7 e48223
40. T. Maier A. Schmidt M. Güell S. Kühner A.-C. Gavin R. Aebersold L. Serrano Mol. Syst. Biol. 2011 7 511
41. J. M. Buescher W. Liebermeister M. Jules M. Uhr J. Muntel E. Botella B. Hessling R. J. Kleijn L. Le Chat F. Lecointe U. Mader P. Nicolas S. Piersma F. Rugheimer D. Becher P. Bessieres E. Bidnenko E. L. Denham E. Dervyn K. M. Devine G. Doherty S. Drulhe L. Felicori M. J. Fogg A. Goelzer A. Hansen C. R. Harwood M. Hecker S. Hubner C. Hultschig H. Jarmer E. Klipp A. Leduc P. Lewis F. Molina P. Noirot S. Peres N. Pigeonneau S. Pohl S. Rasmussen B. Rinn M. Schaffer J. Schnidder B. Schwikowski J. M Van Dijl P. Veiga S. Walsh A. J. Wilkinson J. Stelling S. Aymerich U. Sauer Science 2012 335 1099 1103
42. A. Vazquez Q. K. Beg M. A. Demenezes J. Ernst Z. Bar-Joseph A.-L. Barabási L. G. Boros Z. N Oltvai BMC Syst. Biol. 2008 2 7
43. L. Gerosa U. Sauer Curr. Opin. Biotechnol. 2011 22 566 575
44. B. R. B. Haverkorn van Rijsewijk A. Nanchen S. Nallet R. J. Kleijn U. Sauer Mol. Syst. Biol. 2011 7 477
45. F. Wessely M. Bartl R. Guthke P. Li S. Schuster C. Kaleta Mol. Syst. Biol. 2011 7 515
46. I. M. Keseler A. Mackie M. Peralta-Gil A. Santos-Zavaleta S. Gama-Castro C. Bonavides-Martínez C. Fulcher A. M. Huerta A. Kothari M. Krummenacker M. Latendresse L. Muñiz-Rascado Q. Ong S. Paley I. Schröder A. G. Shearer P. Subhraveti M. Travers D. Weerasinghe V. Weiss J. Collado-Viles R. P. Gunsalus I. Paulsen P. D. Karp Nucleic Acids Res. 2013 41 D605 D612
47. A. Lourenço S. Carneiro J. P. Pinto M. Rocha E. C. Ferreira I. Rocha J. Integr. Bioinform. 2011 8 183
48. J. B. Plotkin Mol. Syst. Biol. 2010 6 406
49. A. Bar-Even E. Noor Y. Savir Biochemistry 2011 50 4402 4410
50. S. Sunya F. Delvigne J.-L. Uribelarrea C. Molina-Jouve N. Gorret Appl. Microbiol. Biotechnol. 2012 95 1021 1034
51. H. Taymaz-Nikerel W. M. van Gulik J. J. Heijnen Metab. Eng. 2011 13 307 318
52. R. Young H. Bremer Biochem. J. 1976 160 185 194
53. D. J. Jin C. Cagliero Y. N. Zhou FEMS Microbiol. Rev. 2011 36 269 287
54. F. C. Neidhardt, J. Ingraham and M. Schaechter, Physiology of the Bacterial Cell: A Molecular Approach, Sinauer Associates, Sunderland, 1990, p. 96
55. R. A. Cox Microbiology 2004 150 1413 1426
56. A. Kayser J. Weber V. Hecht U. Rinas Microbiology 2005 151 693 706
57. A. J. Wolfe Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2005 69 12 50
58. A. J. Roe C. P. O'Byrne D. McLaggan I. R. Booth Microbiology 2002 148 2215 2222
59. J. W. Tobias T. E. Shrader G. Rocap A. Varshavsky Science 1991 254 1374 1377
60. H. Akashi T. Gojobori Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 3695 3700
61. H. Gingold Y. Pilpel Mol. Syst. Biol. 2011 7 481
62. P. M. Sharp W. Li Nucleic Acids Res. 1987 15 1281 1295
63. B. Futcher G. I. Latter P. Monardo C. S. Mclaughlin I. Garrels Mol. Cell. Proteomics 1999 19 7357 7368
64. Y. Ishihama T. Schmidt J. Rappsilber M. Mann F. U. Hartl M. J. Kerner D. Frishman BMC Genomics 2008 9 102
65. G. Lithwick H. Margalit Genome Res. 2003 13 2665 2673
66. T. Masuda N. Saito M. Tomita Y. Ishihama Mol. Cell. Proteomics 2009 8 2770 2777
67. T. Tuller Y. Y. Waldman M. Kupiec E. Ruppin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 3645 3650
68. G. Kudla A. W. Murray D. Tollervey J. B. Plotkin Science 2009 324 255 258
69. F. Supek T. Šmuc Genetics 2010 185 1129 1134
70. A. Schmidt M. Beck J. Malmström H. Lam M. Claassen D. Campbell R. Aebersold Mol. Syst. Biol. 2011 7 510
71. H. B. Fraser A. E. Hirsh G. Giaever J. Kumm M. B. Eisen PLoS Biol. 2004 2 e137
72. M. Güell V. van Noort E. Yus W.-H. Chen J. Leigh-Bell K. Michalodimitrakis T. Yamada M. Arumugam T. Doerks S. Kühner M. Rode M. Suyama S. Schmidt A.-C. Gavin P. Bork L. Serrano Science 2009 326 1268 1271
73. E. Laing V. Mersinias C. P. Smith S. J. Hubbard Genome Biol. 2006 7 R46
74. A. Shinhara M. Matsui K. Hiraoka W. Nomura R. Hirano K. Nakahigashi M. Tomita H. Mori A. Kanai BMC Genomics 2011 12 428
75. H. Yi Y.-J. Cho S. Won J.-E. Lee H. Jin Yu S. Kim G. P. Schroth S. Luo J. Chun Nucleic Acids Res. 2011 39 e140
76. O. Lowry N. Rosebrough A. Lewis Farr R. Randall J. Biol. Chem. 1951 193 265 275
77. Y. Benjamini Y. Hochberg J. R. Statist. Soc. B 1995 57 289 300