Cellulose chemistry and technology molecular dynamics simulations of chondroitin sulfate in explicit solvent: Point charge water models compared

Cellulose Chemistry and Technology

Volumn 47, Issue 3-4, 2013, Pages 191-202

  Neamtu, Andrei ^a,b   Tamba, Bogdan ^b   Patras, Xenia ^a  

^a PETRU PONI INSTITUTE OF MACROMOLECULAR CHEMISTRY   (Romania)

^b GRIGORE T POPA UNIVERSITY OF MEDICINE AND PHARMACY   (Romania)

Author keywords

Free energy landscape (FEL); Molecular dynamics; Sulfated glycosaminoglycans (GAGs); Water model

Indexed keywords

BIOLOGICAL FUNCTIONS; CHONDROITIN SULFATES; EXPERIMENTAL TECHNIQUES; FREE ENERGY LANDSCAPE; INHERENT LIMITATIONS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; SULFATED GLYCOSAMINOGLYCANS; WATER MODELS;

CONFORMATIONS; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; SOLVENTS;

COMPUTER SIMULATION;

EID: 84880425600     PISSN: 05769787     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Article

References (67)

1. M. David-Raoudi, B. Deschrevel, S. Leclercq, P. Galera and K. Boumediene and J. P. Pujol, Arth. Rheum., 60, 760 (2009).
2. M. M. Murray, S. D. Martin and M. Spector, J. Orthop. Res., 18, 557 (2000).
3. M. G. Haugh, C. M. Murphy, R. C. McKieman, C. Altenbuchner and F. J. O'Brien, Tissue Eng. A, 17, 1201 (2011).
4. C. B. Knudson and W. Knudson, FASEB J., 1, 1233 (1993).
5. R. Stem, A. A. Asari and K. N. Sugahara, Eur. J. Cell Bio., 85, 699 (2006).
6. J. D. Esko and S. B. Selleck, Annu. Rev. Biochem., 71, 435 (2002).
7. J. T. Gallagher, J. Clin. Invest., 108, 357 (2001).
8. E. Hileman, J. R. Fromm, J. M. Weiler and R. J. Linhardt, BioEssays, 20, 156 (1998).
9. M. Bemfield, M. Gotte, P. W. Park, O. Reizes, M. L. Fitzgerald et al., Annu. Rev. Biochem., 68, 729 (1999).
10. C. R. Franco, E. S. Trindade, H. A. Rocha, R. B. Da Silveira, K. S. Paludo et al., Biochem. Cell Biol., 87, 677 (2009).
11. A. Imberty, H. Lortat-Jacoband and S. Pǎrez, Carbohyd. Res., 342, 430 (2007).
12. C. Vanhaverbeke, J. P. Simorre, R. Sadir, P. Gans and H. Lortat-Jacob, Biochem. J., 384, 93 (2004).
13. A. Canales-Mayordomo, R. Fayos, J. Angulo, R. Ojeda, M. Martin-Pastor et al., Biomol. NMR, 35, 225 (2006).
14. I. Capila, M. J. Hemaiz, Y. D. Mo, T. R. Mealy, B. Campos et al., Structure, 9, 57 (2001).
15. C. Shao, F. Zhang, M. M. Kemp, R. J. Linhardt, D. M. Waisman et al., J. Biol. Chem., 281, 31689 (2006).
16. G. A. Jeffrey, Acta Crystallogr. B, 46, 89 (1990).
17. S. Perez, Methods Enzymol., 203, 510 (1991).
18. H. Perez-Sanchez, K. Tatarenko, M. Nigen, G. Pavlov, A. Imberty et al., Biochemistry, 45, 13227 (2006).
19. F. Corzana, M. S. Motawia, C. Herve Du Penhoat, S. Perez, S. M. Tschampel et al., J. Comput. Chem., 25, 573 (2004).
20. A. Imberty and S. Perez, Chem. Rev., 100, 4567 (2000).
21. J. L. M. Jansson, A. Maliniak and G. Widmalm, in "NMR Spectroscopy and Computer Modelling of Carbohydrates: Recent Advancesa", edited by J. F. G. Vilegenthart, R. J. Woods, American Chemical Society, Washington, DC, 2006, pp. 20-39.
22. A. R. Leach, "Molecular Modelling, Principles and Applicationsa", Prentice Hall, Second edition, 2001, pp. 165-247.
23. J. L. Klepeis, K. Lindorff-Larsen, R. O. Dror and D. E. Shaw, Curr. Opin. Struct. Biol., 19, 120 (2009).
24. A. Almond and K. J. Sheehan, Glycobiology, 13, 255 (2003).
25. J. W. Brady, Adv. Biophys. Chem., 1, 155 (1990).
26. K. N. Kirschner and R. J. Woods, Procs. Natl. Acad. Sei. USA, 98, 10541 (2001).
27. B. Guillot, J. Mol. Liq., 101, 219 (2002).
28. C. Vega, J. L. F. Abascal, M. M. Conde and J. L. Aragonǎs, Faraday Discuss., 141, 251 (2009).
29. L. F. Abascal and C. Vega, J. Chem. Phys., 123, 234505 (2005).
30. H. L. Pi, J. L. Aragonǎs, C. Vega, E. G. Noya, J. L. F. Abascal et al., Mol. Phys., 107, 365 (2009).
31. K. M. Dyer, J. S. Perkyns, G. Stell and B. M. Pettitt, Mol. Phys., 107, 423 (2009).
32. H. Nada and J. P. J. M. Van der Eerden, J. Chem. Phys., 118, 7401 (2003).
33. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz Jr. et al., J. Am. Chem. Soc., 117, 5179 (1995).
34. P. A. Kollman, Acc. Chem. Res., 29, 461 (1996).
35. J. Wang, P. Cieplak, P. A. Kollman, J. Comp. Chem., 21, 1049 (2000).
36. Y. Duan, C. Wu, S. Chowdhury, M. C. Lee, G. Xiong et al., J. Comput. Chem., 24, 1999 (2003).
37. E. J. Sorin and V. S. Pande, Biophys. J., 88, 2472 (2005).
38. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey and M. L. Klein, J. Chem. Phys., 79, 926 (1983).
39. W. L. Jorgensen and J. D. Madura, Mol. Phys., 56, 1381 (1985).
40. H. W. Horn, W. C. Swope, J. W. Pitera, J. D. Madura, T. J. Dick et al., J. Chem. Phys., 120, 9665 (2004).
41. L. F. Abascal, E. Sanz, R. Garcǎa Fernǎndez and C. Vega, J. Chem. Phys., 122, 234511 (2005).
42. S. W. Rick, S. J. Stuart and B. J. Berne, J. Chem. Phys., 101, 6141 (1994).
43. M. W. Mahoney and W. L. Jorgensen, J. Chem. Phys., 112, 8910 (2000).
44. K. N. Kirschner, A. B. Yongye, S. M. Tschampel, C. R. Daniels, B. L. Foley and R. J. J. Woods, J. Comput. Chem., 29, 622 (2008).
45. C. I. Bayly, P. Cieplak, W. D. Cornell and P. A. Kollman, J. Phys. Chem., 97, 10269 (1993).
46. M. Basma, S. Sundara, D. Caigan, T. Vemali and R. J. Woods, J. Comput. Chem., 11, 1125 (2001).
47. D. M. Leitner, M. Havenith and M. Gruebele, J. Radiol. Prot., 25, 553 (2006).
48. S. Ebbinghaus, S. J. Kim, M. Heyden, X. Yu, X. Heugen et al., Procs. Natl. Acad. Sei. USA, 130, 2374 (2008).
49. G. Bussi, D. Donadio and M. Parrinello, J. Chem. Phys., 126, 014101 (2007).
50. J. Gonzalez-Outeriao, K. N. Kirschner, S. Thobhani and R. J. Woods, Can. J. Chem., 84, 1 (2006).
51. G. N. Ramachandran, C. Ramakrishnan and V. Sasisekharan, J. Mol. Biol., 7, 95 (1963).
52. F. Yu, J. J. Wolff, I. J. Amster and J. H. Prestegard, J. Am. Chem. Soc., 129, 13288 (2007).
53. B. M. Sattelle, J. Shakeri, I. S. Roberts and A. Almond, Carbohyd. Res., 345, 291 (2010).
54. V. Blanchard, F. Chevalier, A. Imberty, B. R. Leeflang, Basappa, K. Sugahara and J. P. Kamerling, Biochemistry, 46, 1167 (2007).
55. A. Almond and J. K. Sheehan, Glycobiology, 10, 329 (2000).
56. M. A. Rodrǎguez-Carvajal, A. Imberty and S. Pǎrez, Biopolymers, 69, 15 (2003).
57. K. Sugahara, Y. Tanaka and S. Yamada, Glycoconjugate J., 13, 609 (1996).
58. S. Yamada, K. Yoshida, M. Sugiura and K. Sugahara, J. Biochem., 112, 440 (1992).
59. A. Kinoshita-Toyoda, S. Yamada, S. M. Haslam, K. H. Khoo, M. Sugiura et al., Biochemistry, 43, 11063 (2004).
60. J. J. Cael, W. T. Winter and S. Amott, J. Mol. Biol., 125, 21 (1978).
61. W. T. Winter, S. Amott, D. H. Isaac and E. D. Atkins, J. Mol. Biol., 125, 1 (1978).
62. E. D. Atkins, D. Meader and J. E. Scott, Int. J. Biol. Macromol., 2, 318 (1980).
63. Y. Zhong, B. A. Bauer and S. Patel, J. Comput. Chem., 32, 3339 (2011).
64. S. W. Rick,. J. Chem. Phys., 120, 6085 (2004).
65. A. Luzar and D. Chandler, Nature, 379, 55 (1996).
66. F. N. Keutsch and R. J. Saykally, Procs. Natl. Acad. Sci. USA, 98, 10533 (2001).
67. V. P. Voloshin and Y. I. Naberukhin, J. Struct. Chem., 50, 78 (2009).