Polarized protein-specific charges from atoms-in-molecule electron density partitioning

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 7, 2013, Pages 2981-2991

  Lee, Louis P ^a   Cole, Daniel J ^a,b   Skylaris, Chris Kriton ^c   Jorgensen, William L ^b   Payne, Mike C ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^b YALE UNIVERSITY   (United States)

^c UNIVERSITY OF SOUTHAMPTON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84880016809     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400279d     Document Type: Article

References (62)

1. Jorgensen, W. L. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 724-733
2. Case, D.A.; Darden, T.A.; Cheatham, T.E.;, III; Simmerling, C.L.; Wang, J.; Duke, R.E.; R., Luo; Walker, R.C.; Zhang, W.; Merz, K.M.; Roberts, B.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; I. Kolossváry; Wong, K.F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Liu, J.; Wu, X.; Brozell, S.R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Hsieh, M.-J.; Cui, G.; Roe, D.R.; D. H., Mathews; Seetin, M.G.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, S.; Kovalenko, A.; Kollman, P.A. AMBER 11; University of California: San Francisco, 2010.
3. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
4. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
5. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280
6. Lee, L. P.; Cole, D. J.; Payne, M. C.; Skylaris, C.-K. J. Comput. Chem. 2013, 34, 429-444
7. Tong, Y.; Mei, Y.; Li, Y. L.; Ji, C. G.; Zhang, J. Z. H. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 5137-5142
8. Ji, C.; Mei, Y.; Zhang, J. Z. Biophys. J. 2008, 95, 1080-1088
9. Tong, Y.; Ji, C. G.; Mei, Y.; Zhang, J. Z. H. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 8636-8641
10. Ji, C. G.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13898-13900
11. Zeng, J.; Duan, L.; Zhang, J. Z. H.; Mei, Y. J. Comput. Chem. 2013, 34, 847-853
12. Söderhjelm, P.; Ryde, U. J. Comput. Chem. 2009, 30, 750-760
13. Genheden, S.; Söderhjelm, P.; Ryde, U. Int. J. Quantum Chem. 2012, 112, 1768-1785
14. Verstraelen, T.; Pauwels, E.; De Proft, F.; Van Speybroeck, V.; Geerlings, P.; Waroquier, M. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 661-676
15. Hirshfeld, F. Theor. Chim. Acta 1977, 44, 129-138
16. Lillestolen, T. C.; Wheatley, R. J. J. Chem. Phys. 2009, 131, 144101
17. Bultinck, P.; Alsenoy, C. V.; Ayers, P. W.; Carbó-Dorca, R. J. Chem. Phys. 2007, 126, 144111
18. Manz, T. A.; Sholl, D. S. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2455-2468
19. Manz, T. A.; Sholl, D. S. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2844-2867
20. Li, L.; Morrill, M. R.; Shou, H.; Barton, D. G.; Ferrari, D.; Davis, R. J.; Agrawal, P. K.; Jones, C. W.; Sholl, D. S. J. Phys. Chem. C 2013, 117, 2769-2773
21. Haldoupis, E.; Nair, S.; Sholl, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 4313-4323
22. Fang, H.; Kamakoti, P.; Zang, J.; Cundy, S.; Paur, C.; Ravikovitch, P. I.; Sholl, D. S. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 10692-10701
23. Hine, N. D. M.; Haynes, P. D.; Mostofi, A. A.; Skylaris, C.-K.; Payne, M. C. Comput. Phys. Commun. 2009, 180, 1041-1053
24. Heiss, M.; Fontana, Y.; Gustafsson, A.; Wust, G.; Magen, C.; O'Regan, D. D.; Luo, J. W.; Ketterer, B.; Conesa-Boj, S.; Kuhlmann, A. V.; Houel, J.; Russo-Averchi, E.; Morante, J. R.; Cantoni, M.; Marzari, N. Nat. Mater. 2013, 12, 439-444
25. Cole, D. J.; O'Regan, D. D.; Payne, M. C. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 1448-1452
26. Cole, D. J.; Rajendra, E.; Roberts-Thomson, M.; Hardwick, B.; McKenzie, G. J.; Payne, M. C.; Venkitaraman, A. R.; Skylaris, C.-K. PLoS Comput. Biol. 2011, 7, e1002096
27. Cole, D. J.; Skylaris, C.-K.; Rajendra, E.; Venkitaraman, A.; Payne, M. C. Europhys. Lett. 2010, 91, 37004
28. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F. Gaussian 09, Revision A.1; Gaussian Inc.: Wallingford, CT, 2009.
29. Nalewajski, R. F.; Parr, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8879-8882
30. Skylaris, C.-K.; Haynes, P. D.; Mostofi, A. A.; Payne, M. C. J. Chem. Phys. 2005, 122, 084119
31. Skylaris, C.-K.; Mostofi, A. A.; Haynes, P. D.; Dieguez, O.; Payne, M. C. Phys. Rev. B 2002, 66, 035119
32. Prodan, E.; Kohn, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 11635-11638
33. Mostofi, A. A.; Haynes, P. D.; Skylaris, C.-K.; Payne, M. C. J. Chem. Phys. 2003, 119, 8842
34. Ruiz-Serrano, A.; Hine, N. D. M.; Skylaris, C.-K. J. Chem. Phys. 2012, 136, 234101
35. Lever, G.; Cole, D. J.; Hine, N. D. M.; Haynes, P. D.; Payne, M. C. J. Phys.: Cond. Matt. 2013, 25, 152101
36. Dziedzic, J.; Helal, H. H.; Skylaris, C.-K.; Mostofi, A. A.; Payne, M. C. Europhys. Lett. 2011, 95, 43001
37. Dziedzic, J.; Fox, S. J.; Fox, T.; Tautermann, C. S.; Skylaris, C.-K. Int. J. Quantum Chem. 2013, 113, 771-785
38. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
39. Vanpoucke, D. E. P.; Bultinck, P.; Van Driessche, I. J. Comput. Chem. 2013, 34, 405-417
40. Udier-Blagović, M.; Morales De Tirado, P.; Pearlman, S. A.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1322-1332
41. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865
42. Hine, N. D. M.; Dziedzic, J.; Haynes, P. D.; Skylaris, C.-K. J. Chem. Phys. 2011, 135, 204103
43. Watanabe, T.; Manz, T. A.; Sholl, D. S. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 4824-4836
44. Van Damme, S.; Bultinck, P.; Fias, S. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 334-340
45. Dziedzic, J.; Hill, Q.; Skylaris, C.-K. Submitted.
46. Weber, C.; O'Regan, D. D.; Hine, N. D. M.; Littlewood, P. B.; Kotliar, G.; Payne, M. C. Phys. Rev. Lett. 2013, 110, 106402
47. Liu, L.; Baase, W. A.; Michael, M. M.; Matthews, B. W. Biochemistry 2009, 48, 8842-8851
48. Chen, V. B.; Arendall, W. B., III; Headd, J. J.; Keedy, D. A.; Immormino, R. M.; Kapral, G. J.; Murray, L. W.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Acta Crystallogr. 2010, D66, 12-21
49. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712
50. Ji, C. G.; Xiao, X.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2157-2164
51. Beauchamp, K. A.; Lin, Y.-S.; Das, R.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1409-1414
52. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546-4559
53. Genheden, S.; Diehl, C.; Akke, M.; Ryde, U. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2176-2190
54. Prompers, J. J.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4522-4534
55. Showalter, S. A.; Brüschweiler, R. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 961-975
56. Tjandra, N.; Szabo, A.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6986-6991
57. Sprangers, R.; Groves, M. R.; Sinning, I.; Sattler, M. J. Mol. Biol. 2003, 327, 507-520
58. Buck, M.; Bouguet-Bonnet, S.; Pastor, R. W., Jr.; A., D. M. Biophys. J. 2006, 90, L36-L38
59. Barfield, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4158-4168
60. Sass, H.-J.; Schmid, F. F.-F.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5898-5903
61. Markwick, P. R. L.; Sprangers, R.; Sattler, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 644-645
62. Cordier, F.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1601-1602