IMSPeptider: A computational peptide collision cross-section area calculator based on a novel molecular dynamics simulation protocol

Journal of Computational Chemistry

Volumn 34, Issue 20, 2013, Pages 1707-1718

  De Carvalho, Ranieri V ^a   Lopez Ferrer, Daniel ^b   Guimarães, Katia S ^a   Lins, Roberto D ^a  

^a FEDERAL UNIVERSITY OF PERNAMBUCO   (Brazil)

^b Caprion Proteomics US   (United States)

Author keywords

computer simulation; ion mobility spectrometry; peptide global profiling; sequence identification

Indexed keywords

CROSS-SECTION AREA; ION MOBILITY SPECTROMETRY; ION MOBILITY-MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; ORTHOGONAL SEPARATIONS; PEPTIDE IDENTIFICATION; SEQUENCE IDENTIFICATION; STRUCTURAL INFORMATION;

COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS;

PEPTIDES;

PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; COMPUTER; COMPUTER PROGRAM; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR DYNAMICS;

COMPUTERS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PEPTIDES; SOFTWARE;

EID: 84879459486     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.23299     Document Type: Article

References (44)

1. G. F. Verbeck, B. T. Ruotolo, H. A. Sawyer, K. J. Gillig, D. H. Russell, J. Biomol. Tech. 2002, 13, 56.
2. B. C. Bohrer, S. I. Merenbloom, S. L. Koeniger, A. E. Hilderbrand, D. E. Clemmer, Annu. Rev. Anal. Chem. (Palo Alto Calif) 2008, 1, 293.
3. B. T. Ruotolo, J. L. Benesch, A. M. Sandercock, S. J. Hyung, C. V. Robinson, Nat. Protoc. 2008, 3, 1139.
4. C. S. Creaser, J. R. Griffiths, C. J. Bramwell, S. Noreen, C. A. Hill, C. L. P. Thomas, Analyst 2004, 129, 984
5. A. A. Shvartsburg, K. W. Siu, D. E. Clemmer, J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 2001, 12, 885.
6. P. D. Mosier, A. E. Counterman, P. C. Jurs, D. E. Clemmer, Anal. Chem. 2002, 74, 1360.
7. A. E. Hilderbrand, D. E. Clemmer, J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11802.
8. S. J. Valentine, M. A. Ewing, J. M. Dilger, M. S. Glover, S. Geromanos, C. Hughes, D. E. Clemmer, J. Proteome Res. 2011, 10, 2318.
9. A. A. Shvartsburg, K. W. M. Siu, D. E. Clemmer, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 885.
10. P. E. Barran, N. C. Polfer, D. J. Campopiano, D. J. Clarke, P. R. R. Langridge-Smith, R. J. Langley, J. R. W. Govan, A. Maxwell, J. R. Dorin, R. P. Millar, M. T. Bowers, Int. J. Mass spectrom. 2005, 240, 273.
11. T. Wyttenbach, M. Bowers, C. Schalley, Modern Mass Spectrometry, Springer: Berlin/Heidelberg, 2003; pp. 207-232.
12. T. Wyttenbach, M. T. Bowers, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10, 9.
13. S. C. Henderson, S. J. Valentine, A. E. Counterman, D. E. Clemmer, Anal. Chem. 1999, 71, 291.
14. T. Wyttenbach, M. T. Bowers, J. Phys. Chem. B 115, 12266, 2011.
15. C. Bleiholder, N. F. Dupuis, T. Wyttenbach, M. T. Bowers, Nat. Chem. 3, 172, 2011.
16. M. M. Murray, M. G. Krone, S. L. Bernstein, A. Baumketner, M. M. Condron, N. D. Lazo, D. B. Teplow, T. Wyttenbach, J. E. Shea, M. T. Bowers, J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6041.
17. A. Baumketner, S. L. Bernstein, T. Wyttenbach, G. Bitan, D. B. Teplow, M. T. Bowers, J. E. Shea, Protein Sci. 2006, 15, 420.
18. M. F. Jarrold, Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 179.
19. R. R. Hudgins, Y. Mao, M. A. Ratner, M. F. Jarrold, Biophys. J. 1999, 76, 1591.
20. L. Chen, Q. Shao, Y. Q. Gao, D. H. Russell, J. Phys. Chem. A 2011, 115, 4427.
21. L. Tao, D. B. Dahl, L. M. Perez, D. H. Russell, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1593.
22. A. Liwo, M. Khalili, H. A. Scheraga, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 2362.
23. B. L. de Groot, X. Daura, A. E. Mark, H. Grubmuller, J. Mol. Biol. 2001, 309, 299.
24. B. Hess, C. Kutzner, D. van der Spoel, E. Lindahl, J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435.
25. M. F. Mesleh, J. M. Hunter, A. A. Shvartsburg, G. C. Schatz, M. F. Jarrold, J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082.
26. Z. Feng, L. Chen, H. Maddula, O. Akcan, R. Oughtred, H. M. Berman, J. Westbrook, Bioinformatics 2004, 20, 2153.
27. T. E. Cheatham, III, P. Cieplak, P. A. Kollman, J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845.
28. B. L. Holian, A. F. Voter, R. Ravelo, Phys. Rev. E 1995, 52, 2338.
29. B. Hess, H. Bekker, H. J. C. Berendsen, J. Fraaije, J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463.
30. A. R. Dinner, M. Karplus, J. Mol. Biol. 1999, 292, 403.
31. S. S. Jaswal, S. M. Truhlar, K. A. Dill, D. A. Agard, J. Mol. Biol. 2005, 347, 355.
32. D. Trzesniak, R. D. Lins, W. F. van Gunsteren, Proteins-Struct Funct Bioinformatics 2006, 65, 136.
33. N. Hillson, J. N. Onuchic, A. E. Garcia, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 14848.
34. M. S. Cheung, A. E. Garcia, J. N. Onuchic, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 685.
35. E. Z. Wen, M. J. Hsieh, P. A. Kollman, R. Luo, J. Mol. Graph. Model 2004, 22, 415.
36. H. Jang, C. K. Hall, Y. Zhou, Biophys. J. 2004, 86 (Pt 1), 31.
37. N. V. Dokholyan, L. Li, F. Ding, E. I. Shakhnovich, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 8637.
38. L. Pollack, M. W. Tate, N. C. Darnton, J. B. Knight, S. M. Gruner, W. A. Eaton, R. H. Austin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 10115.
39. G. V. Semisotnov, H. Kihara, N. V. Kotova, K. Kimura, Y. Amemiya, K. Wakabayashi, I. N. Serdyuk, A. A. Timchenko, K. Chiba, K. Nikaido, T. Ikura, K. Kuwajima, J. Mol. Biol. 1996, 262, 559.
40. K. Gast, H. Damaschun, R. Misselwitz, M. Muller-Frohne, D. Zirwer, G. Damaschun, Eur. Biophys. J. 1994, 23, 297.
41. T. Lazaridis, M. Karplus, Science 1997, 278, 1928.
42. S. J. Valentine, A. E. Counterman, D. E. Clemmer, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10, 1188.
43. B. T. Ruotolo, G. F. Verbeck, L. M. Thomson, K. J. Gillig, D. H. Russell, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4214.
44. MATLAB. version 7.10.0; The MathWorks Inc.: Natick, MA, 2010.